DreINT0016692 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101293 | PKN2 (1 of 2)
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr6:25358220-25369250:-
Coord C1 exon
chr6:25368950-25369250
Coord A exon
chr6:25358375-25368949
Coord C2 exon
chr6:25358220-25358374
Length
10575 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGG
5' ss Score
7.37
3' ss Seq
TTGTGTTTGTTCAACATCAGAGT
3' ss Score
5.08
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGATGCTCGGGGTCCGATGGTTTCGGGACGGCTGGATTTCGACCAGAACTTGGACTTCTCGGACACGATGGTCCAAAAAAACCTGGATGAAATCAAGGATCAGATAAAGCGAGAGATCCGCAAAGAGCTGAAGATCAAAGAAGGAGCCGAGAACCTGAGGAAGGTCACTACTGATAAGAAGAGTCTGGCGTATGTGGACAACATGCTGAAAAAGTCCAACAAGAAGGTGGAGGAGCTGCACCAGGAGCTTCAGGAACTGAACGCACACATAGTGGTGAAGGACCCTGAGGAGGTTGTAG
Seq A exon
GTATGGCTGGTTTTATTCCTCCATCAAAATCTATATCACTTGTATAGAGATAATAATAAATATCACCATCTAAATAAATAAATAAATAAATATATCATTATAGTTATTTTATTATTAGGATTTATTTGTATTTATTTTATTATTTATTTATTCATATTATGCAAATCTGCAGCTGGCAGCGCTTTAAAAGTTCAAATAATAAAAGAAAATACAACAAATGTAAAATGATCTCCTTTCAAGCTAGCATGAGCATAATCTTTTTTGACACACTTGCTGAAGCTGTGACAATGGAGGAAGGAAAATATTTTTGTCTAAATGTTTGATGTAATTCAGAGTTTTTCTTCATAAGACCTCAATTTATTGCCAGGATCCACGGGTAACAATTTGTTTTACGTGTATATGTTTTTTGACACAAAAACACATTGATTTACATTCTAAGAATAAGAAACATGGTTTCAGGTAAAATGACTGTTTAATGATCCACTAAAAAAATAATCATCTACATCGTAAATGATCTGAGAGTGAATACATGCACAAACTTTATAATAATATTTATTAATTTACTTTTACACACACTGGAATAATTAAACGACAATAAAAAAATAATAATAAAAAAAGCTTTTGCTCAATCATGTAATTGCAACATCAGAAAAGTTTTCCTAAATGACAAACAAGTGGTTGAAGCTGTATTGAATCTTTCAGTATTAAGTTATGTTTGCCTGAAGTTTGTAAATCATAAATATTGTGGTGTGGACCAAATTCAAAAATAGTCTTTTGAAAATAAAAAATGGCTGAAGTAAATAATAATAATAATAATATCATGTTTTTGGATGGTACTTCAGCATACCATGTAAGTAACACCTGTATATGGTTTGCAGTTTGCACTGAAGAGTACCATGTTATTACTACTTCAACCTGACAAAGACCTTGGTACTTTACCACCACAGCCCTTTTTTTGCTCTGCTGTGGTTGTACAACCAAGGGCTTTGTATCCAAAACAACAGTTATCCAAGGGTATTACTCTACCCTGTAATATATTGCTGAAAAAAAAACAAATCACCACAACAAAGAACAATGATAATGATTTGCCAGGGGTTTAAAGGATTATCAAAAATAGAAGGTTTTGTACAGTATTTGTGCTTACACAAGTGGCTCACATTTACATTTTGAAACTGTTACTTACTTGAACCACCAGCTAATATTAGAAGAAAGAACGTTTGTTTACTAGCATGGGTTTTTTATTTGGTAATTGTTTTATTGATAACACTGCAATAATCTAATTCGACCCCCTAGTTAGTTTATCATAAATTAATGCAAAGCAACAGTATGACGTACATGAATGAAGTCTCACATGTGTCATGCTAAGCTCGTGGCATTGTCTGGTATGACATATATTACAGTGTGTATCTTCTTTTTTTTTAAACTGACAGCAGTAATAAACTTCAGTAAATATCTATTTACATATTAAAACTAAGCTATCATATTTGCTGTAGTCATCACCATAAAATACAATATTTTTGGTAATATAGCCTATGAATGTATAGTTGGTCTACATTACACCACCTACAAATGTTGATGCCTCACTTTCTTTTTCATTTCACAAGCAGGGGAGGAGGCTTTTTTGCAGCACTGAATATGCTGTTTTGAAAGACTTGTCTGAAGTAAAGTTATGTTTTTGCTAACAGAAAGTTTTTGTTATCAGGAAGTTGCTCGGCAACAGAGACGCATATTTAAAGTCACAGGGGAAAAGTAGGAGACACTAAAATGCAAGCGGTTATTTTAATCACTGTGGTAGTTCTAGGTAGATAAATAATCAGAACTCAGTTTGGAATTGTTAGAATGTTATATACACATATTTAGTTAAAGTCAGGGAATTATAGCACATTTTATTTCAACAGTTGTTCAATTGTAAAAATTGCCTCTGTAATTCTAGTGCTAAAATGATTTCAACTTTTACACCGTAGCATTCATCAATGTCAGTTCCAAAGCAGTGAACTAATTAGAAGAACTCCGATGTAGAACAAACATTGGCTTCTGTTTACATTAGCAATTTTGCATGACTACTACTTTATTTGATGGCAACATGGTGAACCCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACACATTCTTGAGTGCTCCATCTTGCATTTATGCAAAGACATGTTGTGTGTGACTGGCATCTTACACTGCTCTTTATGTCCTGTGTGAAATGCGTGCTGTTGTTGATTCAGAAATGCCCTGACTAGCAGCTCTAAAAGACCACAGTTCACGCAATTTAAGGATTTTTTGAACGAAACAAAAAATCACAAGGCTTTAAATTGGCCATTGACTTAAAGCCCATCTGAATGTTGGGAGATCCAGATGATACCCAAAATTGTTATTTAAAATTAATTTAAAATTATTTAAAATCTTCATTGTAATTGATGTCTGGATATTCCAGCCTGATCTTACGAGGAAACATAAGTATTTTTAGTTTTGTCAGTTTAGTGGCTAATTTGTACGAATTCGTACGAGTTCAGTCGTACGAAAATGTACGATTTTAAAAAGGAGGCGTGGCACATAACCTCACCCCTAACCAGCCCCTAACCCCAACCATCATTGAGGTATGAGCAAATCGGAAAAAATTGTATGAATTAGATCGTACGAATTCATACAAATTAGCCACTGAAACAAAAAGTTATGAATTGAGATTGCGTTGGATATTCTATTTTAGAAACTTTTTTTCTGTGACGTTGTGGTTGGTAAAATGACATACTTTATTTCCCAACACTACTTTTTAAATCTCAGACACTGCTTTTGTGCTGTAATGTGAGTTTGTTCATTTTTGTGATAATTAATGCCCACAAAAAAATTATATTCTTTAAGTAAATTTTAAAAGATTGTGATATTCTTAAGATCATTTTTTATTATTCTTAAAAGAATAAAAAATAAATAAAATAAAAAAATAGTAATAAAAAATTACTCATCTTCTGCTTGTTCCAATCCTGTTTGTTTCTTTTTTTGGTGAGCACAAAGGAAAATATACATAAGAATGTTGAACAAACAAACAAAACACAAAAACGGCCTTTGCCTTCCATACTTTTTTTATGTGATATATTGTCACAGAAATTGTTGCATAATCTATATTATTGTCATTTTGTGATCATTTTATGCAACTGATTATATATAATGATTCTATAACAGCATAATAATAGCCAAAAATACTTTAAATAGCTTTAAACATTTTAAAATATTTATCATTCTTAAGATTATTTATATCCTATAATTTAATGTTAAAAATGTAAATATCCTATTATACACAATGTTTTATTAAGTTAATGCTCAAGTTTAAACTTTGTCATCTGTGAGGTAGAATGTAAATATCATTGTAAAATGGCTTTATTGTTATGCTCAACAAATATTGAGGTCCAACTATTGCACGATAAGTCAAGATATTGATTATTGTGACAGGCCTATAGTTTCTGTGACTGCTTTTTTACCAATGTTTTTTTCAGAATAAATTGGTTTGTGATTAACTGAAGAAAGAAATTTATAAATGTTTGGAACAATTTTGGGTGAACTATTCTTTTAATGTTTAATTTTTAAATGATGAGATAATGGTTTAGTCAAACGTTGGTTGATAAGTAAAATATCAAGCATCATATTACCTGGGGTAAACACTTAAGTATTACATACATTTTGCCATGGAAAGGGAAACTTCTACAAGTATGTAAAAACATCTTCTTCAGAAAAAGGCTCAACATCTTTTCATTTCTAACTTTTCTCTGCAGGTCTTTAATAAATGTTGACTGTAGTTTTACATTGACCCAATCTGTTAGTTGATCTGGCCTTTGATCTGAATCAGATTTAAATGTTATTTTTTGGGGTTTTATAATGTTTAGTCAGGACATTCTGTTTTTTAGTCAAGTTTTGAGTGACAAAGTCTGTGAATCATAGTTTTAGTCAACAAAAACATCATTTTAGTTGTTTCAGTAACTAAATAATGGGTATTCAAAATCACAATAATTTAGCTTTGCATCATAATTGTGATGAATGATGGTTATCGTCATTTGAGAGGTCATCGGAATTATTACAATTTCACATCAATTTCAAGTCAAAAGAATATCAGACCATACATGATTCACAATTTACCTTATTAATTTAGCATTGTCATTAGCATGTTACTGCAAACTATTCAAACTGTGAAATTCCTGTTTTAGTATGTTTTCCTATTAAACTGAATGAACAAACAAACAAGTGAAAGGCGCAAACAAGCTTGTATTTGGCCTCAGAGGATTCAAGGTGTGTTTCCAGTGTGGTGCGTTTGGATGTGTGTTTTTATTGCTCATACAAAAGCAACCTGGTCATCTTCAAGAGGGGGAGGGTGATGGAGGGATTATAGGAGAATTAGGACAGGAAGTGTGTCTTTCCTGGCATTAGTAGTGGGACACCCATGACAAATCTGAGGCCTTTCCTGGATTCACAAACACTTAATAAAAAAATCACTGAATTGTATTCTTCTTTTTCTCTCTTTCTTTCTTTTCCTCTTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTCTCTTTTTTTAAAATGAGTTGAAACAACAGAACTCTTGTGATTATTTTGGACAACATTGTTTTATGTTCAATCCACTTGGATTTGTTAAGTTAACTTAATTTGTGTTGGGATAGGGACAACATTTAGTTTTATGGAACCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTCCAGATCATTTAAATTGTAATTAGTAGATTGCAGTAAGTTTGCTTGCATGTTGATGAAATGCAAAGAATGTCTCTGGGCCAGTTGGTTTGCTTTATTCATAATCCAATGATTAACTCACCAAACTTCAGGAAGTTTTTCTGTGTTTACAAATAGAAGTCACTGTTCTAGATAAGGTTATTTTAAATATCCTAAAT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Seq C2 exon
AGTACCCACTAACTCCAGACACCCCCAAGAGTGAAACCCGGATGTCCACCAACAGCAATCGTCTGGCCGCTCTGAAGAAACAGGCCGACATTGAGCTCAAAGTCAAACAAGGAGCGGAAAATATGATACAGATGTATTCCAATGGCTCTTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101293:ENSDART00000169030:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.251 A=NA C2=0.538
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054786=Prominin=WD(100=81.2),PF154561=Uds1=WD(100=68.3),PF0218511=HR1=WD(100=67.3)
A:
NA
C2:
PF154561=Uds1=PU(51.2=80.8),PF0218511=HR1=PU(43.8=61.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]