MmuINT0120825 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000004591 | Pkn2
Description
protein kinase N2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:109211]
Coordinates
chr3:142502172-142516678:-
Coord C1 exon
chr3:142516378-142516678
Coord A exon
chr3:142502327-142516377
Coord C2 exon
chr3:142502172-142502326
Length
14051 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTG
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
ATGTGATATTTTGTACACAGATT
3' ss Score
6.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGATTCCCGGACTCTTCCATTTTCTGAGAATGTGAGTGCTGTTCAGAAATTAGACTTTTCAGATACAATGGTGCAACAGAAATTGGACGACATCAAGGATCGAATAAAGAGAGAAATAAGGAAAGAACTGAAAATCAAAGAAGGAGCTGAAAACCTGAGGAAAGTTACAACAGATAAGAAAAATTTGGCTTATGTAGACAACATTTTGAAAAAATCAAATAAAAAATTAGAAGAATTACATCACAAGCTACAAGAATTAAATGCACACATCGTTGTATCGGATCCAGAGGACTCCACAG
Seq A exon
GTATTGTGCTCTGTTGGCTGTTTCTGTGATATATTAGCAGGACAGATATCCTTCCAGAGAATTTTGTTTTATGCTGGTAGCTTTTAGCTGTTGGAAAAGTAGAGACTGTTTTCTGTTGTGGTTAGGGTCTTGTTTCTGTATTGTTCAGGTTAGTGAGTTTATGGCTGTGAAAACTGAAGCATTTACTTAGAGATAAATAACTGTTGTATTTATCTTTAGTGAGTAGGACAGGACTTGGGAGTTATTTTCTAGTATTCTTTTGTACTGAGTCAACCACATACTCTTAGCAAAGTGGACCCGATGATTCAAAAGTGAAAAATTCATTCCATGGGGCCAACAAGATGGCCTAGAGAGGAACGGTGTTTGTTCCTCGGCCTGAGTTTTGGAGCCTGAAGACTTGAGACCTTTTAATTCCCAGTACCCACATAATGGAAGGACTGATTTTCTTCTGACTTCATTTACTCCCTCCCAAATAAATAAATAAATCAATAAGTAAATGTGAAAGAAAGATGCGTTCTATAAAAATCTATACTAAAGATTTTTCGGTCATTAATCAAACTTATTACCTTGGTCTTTGTGCACTATGAACCTGAGTTAAGCACCTAAGCTCACAGGCACATTGCTTAATAAGAATTTCTCTCTGTAACCCTAGCTGTCCTAGAACTCACTCTGTATCCAAGCTGGTATCAAAATCACAGTCTATGCCTCCAGAATGCTAAAATTACAGACCTGTGCCCCCCCCCCCCCGCCCCAGCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTTCCTTCCTTCCTATCTCCCTCCCTTCCTCCCTCTCTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTTAGAAAAAAACAACAGATATTAGACATTTTTTCAGTAGTTCGAGAAGTGAAGATAGGAAAACTGCCTGCCTCCTTCAGACTAAAGCTAAAGGCAGCATTGCTTTTTTATTATATAGCTTTTCAAGAAAAATGTAAGCTTTTCAAGAAAAAAAAAAGTATAATCCTTTCATTTGCAGAAAGAAAATAAACAAAGGAAAAATCACTTATAAAAAGTAAAACACTAGCATCAGAGATTTTAGACAAACGTCTTTAGGTAGTAAGATACAATAGATGTAAAATTAACAGTCTAAAAAGGGTCAGAAAATACAGTATTTAGTGTTTTTCATTTACTTAATTGGTGTCTACATGTAGGACTCATAACTCTTATTTGGAGTTTCTGTATATAGATTTTCAACCACGTGCAAGAACTTAATCTTTAAAATAAAATAAGTAATAGGAAACGAGTCTTTGTTTCACAACTGAAACAGTCCCAAAGGTGTGAATTAATTTGCTCAAAATAGTCAAACTAGTTATACAACACTTTCTATTTCTACTCCTCAGCTGGTAGTCTCTTACCCATAAATTTAGTAATTACATTATAAATGGAAACGTGTATTATGAAAATTCCGTTTTTAGTAGTACTATTTTATAAACTAAGATAGTCTGTTGTGTTTGGATCTCTGCCAAGTCTTACATGTCTTGCCTGTTGCATCTTTAGAATTCCAAAATAAGAAACTGCTAGAGCTTTAAACTTTATTTAGAGAAAGCATTTTTTTCTTCATAGAATGCTGAGAGCAGTCTTGTGATTCATTCAAATATGAATGTTTTAGTAACACAAAATGTAGCCCATTCGGTTAGTCCCCTTTAAAAATTTAATTTTAGTGGAATAAAAAAACCCATATGATAAATGTGTGAGTGATTTACATATATGTTGAAATATACAATTTGATGATTTTTTAACAAATGTATACAATGTATCTAGAGAGATGTCATTAGGTCTACTCAGAAGGCTCCATTACTTCAGTGATTACATTTCTTTCTGTCCCAGTCAGTTCCCACTCAGTCCTCAGCCCTAGAAGCCACTATTATACTTTTCTTAGGGTATTGACTATTTCTTCAGACATTTATTTAAAAAAAGACCTTCTTTAAGCCCTACTGTCAAATTCATGGGCTCCCTAAGAAGCCAAGTTGATAACATTGTGAAAGCTTCTCTGACTGTCCTTTTCCTCTCTGTGCTGCTTTGTTCATTTATTGTTCTATTTCCATCCATGTTTATTACTCACTAATTGTGTGCCCAGTGAAGGTTCACACATTTCCTCATGTTCTCCAGGTTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTCCAGACAGTGTTTCCCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAAAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCCAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCAAGCCCAGCTATTCTCCAGGATTTTAGAAACTGAGACATAGCAGCATATAATTGTGACTATTATAAATGTATAAACCCTAGCAAATTGAAATTGTACCTTTATTTTTTGTAATTGTTATGAAAGCATACTTTGTCATTTCACTTTAAATATTAAGACAGAGGATAAGCCTAAAATTAAGTTTTAGGATAATACCAAAATTATGTTCTACTGATAATGGTTTGGTTGGTTGGTTGGCTTTTTTTAAAGATAACATTTAATATTTACTTTCTAGATAATTGGAAAACAGATGTATACAATGTCAGTTTGTACTTTGATTGCTTAATACTTTAGTGTGTTGGAACAAAATTTCTTAATTTTGTTAAAATCAGCACTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCAGCACAGGCATACACAAACATGCCATGATACATACATGGAGGCCGGAAGAGACAGCTTTGTGTGTCAGTCCTTGCCTTTTACCTTGCTTGGTATAGGATCTTGTATTGTTTACTGCTGTGTATGTACACCAGGCTAGCTGGCCAGCAAATTTCTGAGGTTTCTCTTATCTATGTCTCCTATTTCCCTATAGGAAGGAACACTAGGATTACAGATGTTTATATTACCATGTCTGACTTTTATGTGGTCCTGGGGATCTGAACTCTAATTGTCAGACTTGCACACTGAGCTTTCTCCTTAGCCTAGAGGCTTGCTCATAATTTACCCCTGAAATAGGTCTTAAGTCATTTGCTACATACATGCCATGGCACATAGATGGAGGCTGGAAGGGACAGCTTTGTGTGACAGTCCTTGCCTTTTATCTTGCTTAGTACAGACCCTTAGTACAGGGTCTTTTATTGTTTACTGCTGTGTACAGTAAACAGTTTTACCTATTTATAAAGTAAGGATTTTTATCAGGTGGACTTCTTAATTATATAATGCTGAAATGTTGTTTATTATAAAGGCCTGGACATTTGGGGCTGGTATTAAAAATTAAGGAGCCGGGTGTGGTGGCCCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGAGTACACAGAGAAACCCTATCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGTTCATTTGCTATTCCAAGGCACATGAAATGAATATTTGCTATTTATGCCCAGAATTTCTTAGTCTTCCATTCATTTTCCATATACTTTAAAATACAAGGGGAAATCTATCTCAGCAGTTCCATAAAGGCAAATGATAAAATTGAACGTTTTCGTGATAAAAATTCAACAAATTAGAAGTAGTAGGAATTGTATTCAACACACACACACACACACACACACACATACACACACACACACACACACATATATGAGAGATAGTCTCACAGTTCCTATCACATTAATGGTAAATAGTTGAAAGTTTTTCCTAGGATGTCAGAAGCACGACCGGATAGCCACTCTTAGGGTTCTGATCAGTAAAGTACTAGGAGTCCTAGCCAGAGCAATTAAGGAGGAAAGGAACTAAAATGCATTAAGAAGAAATGAATTATCTGTCTCTGCTTGCTAACAACATTATTTCGTACCTAGAGACTTCCATCTAACTCACCAAAATTCTCCCCCCAAAATAACCTGTTAGAACTAATAATGAAATTTAGTAAAGTTTTAGATTACAAAATTGGTAGCATTTCCTTATTAACAGTATGATAAATGAAACGAAAATTTTTTTTTAACTTCTGGAAACAATTTTTTTAAATTAGGTATTTTCCTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCACCACTCCCCTACCCACTCACTCCCACTTTTTGACCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCATTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTAATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCAGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGCACCTACAGGGTTGCAGATCTCTTTAGCACCTTGGTTACTTTGTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCATCCAATACCTGACTGTGAGCATCCACTTCTCTGTTTGTTAGGCCCCAGCCTAGTCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTGCAGCAAATGCTTGTTAGTGTATGCAATGGTGTCATCGTTTGGAGGCTAATTATGGGATGGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTTTGTCTCAGCTCCAAACTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGATTGTTTCCAATTCTTTTTTTTTTTTTAATAATTTACATATTTATTACATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAGGAGGGCGCCAGATCTCATTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCTTGTTTCCAATTCTAAGAAGGGGCAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCCTCTTCAGTTTCATGTGTTTT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Seq C2 exon
ATTGTCCGAGGACTCCAGATACTCCAAATAGTGACTCTCGTAGTTCTACTAGCAACAATAGACTGATGGCCTTACAGAAACAACTGGATATAGAACTTAAAGTAAAGCAGGGTGCAGAGAACATGATACAGATGTACTCAAATGGCTCTTCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000004591-Pkn2:NM_178654:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.281 A=NA C2=0.635
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=WD(100=67.3)
A:
NA
C2:
PF154561=Uds1=PU(50.7=73.1),PF0218511=HR1=PU(45.1=61.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: