BtaINT0119930 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014947 | PTPN13
Description
Bos taurus protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 (APO-1/CD95 (Fas)-associated phosphatase) (PTPN13), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174590]
Coordinates
chr6:103409567-103415804:+
Coord C1 exon
chr6:103409567-103409752
Coord A exon
chr6:103409753-103415716
Coord C2 exon
chr6:103415717-103415804
Length
5964 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGC
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TTTTGATTACCTGTGTACAGACG
3' ss Score
4.67
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTATCAAGCTTGGAGATCATCTCAACAGCATCCTACTTGGAATGTGCGAGGATGTGGTTTATGCTCGGGTCTCTGTCCGGACTGTCCTGGATGCTTGCAGTGCCCACATCAGGAATAGCAATTGTGCGCCTTCATTTTCCTACGTGAAGCAGTTGGTAAAACTGGTTCTGGGAAGTCTTTCTGGG
Seq A exon
GTAAGCCACAGTTCCAACTGGTGCATATAGTCATACTTTAAACTTTAGTAGCATTTCACAGGATTTTCTTTAAATATGGATAGCATTGCTCCATGGAGACTAGGAACAGGAGGCTGAATTTCTTTCAAACATTAGTTGTTTATTTGCAACAGTACTTAAAATAGAAGCCCACTGCAATAATTTAGTCTTACAAATTTTATGAGAATTTGTCTTTTTTAATTTTTGAAAATTAAAAAAATTTTTTAATTGGAGGATGATTGCTTTACAGTGTTGTATTGGTTTCTGTAGTACAACAGCGCAAATCAGTCATAACTATATATATACACACATGTATATAGTTATAGGGAGGGAATATGTATGTATATGTACATATACATATTCCTTCCCTCTTGAGCCTCCCTCCCACACACCCCACTAACCTATCCCACCCCTCTAGTTCATCACAGAGCACTAGGCTGGATTCCCCGTGTTATGTAACTATAATACTAGCTATCTGTTTTATACAAAGTAGTGTATATAATGCCAGTGCTATTTCTCAATTGATCCCACCCTGTCTTTCCCCTGTGGTATCCATAAGTCCTTTCTCTACGTCTGTGCCTTTATTCCTGTCCCGCAAATAGTTTCATCAGCACCGTTTTTCTAGCTTCTGTATATGTATGTTAATATACAGTATTTGTTTTTCTCTTTCTGTCTTTCTCCACTGTGTATAACAAGCTATAGGTTCATCCACCCTAGTTCAACTGATTCACGTTTGTTCCTTTTTATGGCTGAGTAATATCCCATTGTATAATATACCGTAACTTCTTTAACCATTCATCTGTTTATGGACATCTAATTTGCTTCCAGGTTCTGGCTATTGTGAATAGGGCTGCAGTGAACACTAGGGTACATGTGTCTTTTTGAATAGTCTTTTTTTTAGAACTTTATTCTAGAAAGTAGTATAGAATCACAGCATGTTAAAGCTAAAAATGTCTTCTTGCCTCTTTTCTTTCATTTTTTCCTATGGAGCTTTCAGTAAGTGAGTTTATCTACTGTGAAAGCCATATGGACATGCAGCATGGGTTTTAGAGTCATTTACATGCATTTTCAATTGCTTTAGACCTCTTTCTTGTCTACTTAGTCTGGACCTCTTAAGTATTTCTACACCCTCCCCGCCTTATTTGCACATTGGCTTCTGGTGTGTGAGGGGGATACATGCTTGCATCCCTACCAGATTAGTCCAAAACTGGGACTACCTTTATTTTCTCGCTTGTCTTAGATATGAAGAATCCGAAGACTAACAGTCTGTATATGTAATAATCCCTCCATTGTATTTCTCAAGCTGTATTCTATCCTATTTGCCATAGATTGGCCATCCTTTGTTGTTGTTTTTTAAGGAAATTCTTTTCTCTCTCTTTTTAAAATGATTTTTGTTTATTTATATATTTATTTTTGGCTGTGATGGCTCTTTGTTGCCATTCAGGCTTTTCTCTAGTTGTGGCAAGCAGCGGCCACTCTCTAATTGTGGTGCACAGGTTTCTCATCGCGATGGCTTCCCGTGTTGCTGAGCACGGGCTCTGGGACATGTGGGTTTCAGTGGTTGCAGTTCCCGGGCTCTCGAGTGCAGGCTCAGCAATTGTGGCTCAGGGGTTTAGTTGTTCCACGGCATGTGGATCAGGGATCAAACCCACGTCTCCTGCATTGTCAGGTGGATTCTCGACCACTGAGCCATCAGGGAAGCCTTCTTTTGATTTTTGGTATTTGATCTAGATTTGACCTTCGTCTGCTCTTGCCCCTTACATTATGGTACCTTGAGTTCCTCTCTTTTATGCAACTTTGGATAGACTTGTCACTGTCACACAGTGTTCTTGCTGGCTTCCTCTTAATTTCTCATCCCTAGGGATTTAGTTCTGCTAACCTTAACCAAGATGTTGTATGGCTGGCAAGGATATATCCAAATTCCACATGCTTTGCCAGTTGATAGGTTCATAAAGTCTTCAGGGCAAATGGTTTATAAAGTAGACTCCAAGGAGCCTTTGCAATTCTGTAGTGAGAGGAATTGGGGTAGTAGAGGCTAAGTGAAGAGGGTTCTTGGCCATGTATTTCCCCCTTCTTAACTAGGGCTGATTTATTTGTATTTCTATGTGTAACTTTTTTTTTTCCAAAACAAAGATAAAGATACTAAAAACTTAGGAAAGCCCTCTGTCCCAGAGGTCCCCAGCCTTTTTGGCACCAGATTTTGTGGAAGACAGGTTTTTCCACAGACTCAGGCAGTGGGGAGAGTGATGGTTTGGGGATGATTCAAGTGCGCTACACTTATTGTGCACTTTATTTCTATTATTATTGCATCAGCTCCACCTCAGATCATCAGGCATTCAGATCAGATCAGATCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGTGACCCCATGAATCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCCTCACCAACTCCCAGAGTTCATCCAGACTCATGTCCATAGAGTCAGTGATGCCCAGCCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAGCTCTTCGCATGAGGTGGTCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTAATCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTTCAAGGGACTCCCAAGAGTCTTCTCCAACACCACACTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGTGCTTAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGAACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGTAGTGATTGTGGAGCCCCAAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTCCCCTTCTATTTGCCATGAAGTGATGGGACCGGATGCCATGATCTTCGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCACTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTTAGTTCTTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTAAGGTTATTGATATTTCTCCCGGCAGTCTTGATTCCAGCTTGATTCCAGAGGTTGGGGACTACCACTCCATTCAGACCAAGCTATCCTACATATTTTGAAATACATTTTTGTTTAAAAAAATTTCTCTGTGTTCAAGTAGAGTTGAGGGAAAACTCTTTAAGGAATATAAAATGTATATTCACTGTAGAACTTCTCAGAGCCTTTAATATACTAGGTTGTATCACTAACCCTCAAGAGGGAAAGATACATAGGTGAAAGATTTCCCAAACTTATTTGAGCCTTCTTTCACAGATCTTCTCATAATACTGATGTTCTTGTGAAAACTCCCTCTGAGGAATGATCTGCACTAACTCCTTCACTTTATAATTTACCTATTTCTATGTTTGCTTTGTTTTTTTTAAAAACATTTTGAAGATTTTTGGGGGTTTTTTTGGCTGTGCTGGGTCTTTGTTGCTGTGCGGGCTTTCTTCTAGTTGGGGCCAGTAGGGGGCCACTCTTCGTTGCGCTGTGAGGGCTTCTCATTGGGGTGCCTTCCTTTGTTGCGGAGCTCGGGCTCTAGGCACGAAGGCTTAGTGGTTGTGGCGCATGGGCTTAGTCGCCCCAGAGCATGTGGGATCTGCCCAGACCAGGAATGGAACCCATGTCTCCTGTATTGATAGGTGGATTCCCATCCATTGGACCCCCAGGGGCATCCTATATATATTTCTTAAAGAAATTGAGACTCACAAAGCTTATGTGACTTCCGTTTCCTATTAATCAGTCAGGAATTTAACAGCTATCAGAGTTTGAGGGGAAAGGATACAAGTAATGACTGAGTTGAAAAAGAGAGCGTTAAACTAGATCCCAGAGACTGGATAGAAAGAAAGGGTAATCCAGGCAGAGGGAAGTAAACTTGGATCAGTCCCCTGAGATGGGAAAGAGCAGAATGTTCAACGAACAACGATAAGTCTGACACAGGATGTGCTGTGGGACTTTTTAGTGGGAGAGAAGCATAGAAAGGTCAGTTGGAGTCAGCAGGGAGAGAGCTCGCCTTTCCAGAGGCAGATTTCAAAGTAGAAATAATAACACTCCCCCCATCCATTGCTCTTGAGAGTCTCCTGGATATCCAGACAAGTAACTCTCATAGCTACCATTTTTAAATGTTGAGTTTGTTTTGTGCTGAATGACTTATGTGTTTTTTTCACCTTTATTCACCAAAATAGCCCCAGGTTATTAGAGAGAATGAAACCAAGGCTCAAATAGATGAAATAACTTGCCGTGGCCACATGCATGGTAAATGACAGAGACACAATCGGAATCTGGATCTCTCTGACCCTGAAGCCCATGCTGTTAGCCAGCACGCCCCTCTGAGACTATCAATCTCCCCAGTAGCTGATAGAAAGACTTAGTCTTTCATCCAGTGTGAAATTCACTACAAGTGTCCATAATCCTAACTCACTTAAAATTAATTAGCCTGGAGTAAAAGTCAGTGGGCCAGCTTACTTGTCAGCATTCCTCCACTGATTTAATCTTATAACGTGTTTGAATGCAGTTTTACTTACCTGTAAGATAGTAGTAATAGTGCATACCATCCACCCATATTAGTGAGTAGTTGTAAAGACAATTATTTCAATATTGATGAGCTACTTCAAGGTCCTTAGAAATTTGCTATTTCTCCCTTTATTGTAATGTGAAATTAATAATAATATATACCACTTGAGGTTTTTTTGATAGTTAAATGACATTAAGTATGTAAAGCCCCAAAGGTGGTACCTGCCTTATAGTAATTGCTCAGTAAATGTCAACTGTTATTAATAGTAGTGTTCATGCAGGAATACCCAAAGATGATACAGGATATTTTCTCTTCTGTTACTGATAAT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Seq C2 exon
ACGGATCAGCTTTCCCGTAGCAGCGAGCAAAAGCCTGATCGAAGCCAGGCTATCCGAGACCGATTGAGAGGAAAAGGATTACCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014947:ENSBTAT00000055276:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.867
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]