BtaINT0128790 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000043981 | SBF2
Description
Bos taurus SET binding factor 2 (SBF2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001103237]
Coordinates
chr15:43258880-43272596:+
Coord C1 exon
chr15:43258880-43258978
Coord A exon
chr15:43258979-43272391
Coord C2 exon
chr15:43272392-43272596
Length
13413 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTACGT
5' ss Score
6.58
3' ss Seq
ACCTATGTTTAATATTGCAGGAG
3' ss Score
8.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTAGCTTTTGAAGTAGAGCGAATTAAAGTTGAAGAAAATAACCCAATGAAGATGATAAAGCATGTCAGAGAACTTGCTGAGCAACTATTTAAAAAT
Seq A exon
GTACGTAAGTATATTTATTTAGATAGTCATTAATTTTAAAAGTATTAATAAAGTATTTTCTTTGAAAAATTCAAAAGCTTCATATTCCTAGTGATGATCTTTTTTGATCTGATTTAAAACCCTTGAGACTATGAGTTCCAAATATTAAAGTTGGTACTGTGCATCAAAATAGACCTCATTTTTCAAAGTGATTTCCCTGTCAATTGATACATTATGAAAACATATTAGTCCCAGTTTTCCAGTTTATCATTTGCCTTCATTGTGATTTTCATTTGGATCTCTGTCTTCTTAAGAGCATATTGAATATTTTTGAGATGTAACAATTAGACTCATGGAGACCACAACTACCTGGGACAGATTTGACCGATGTATTCTGCTTTAGCTTGGTACAGTGACTGTCCACTGTATCGTGAAAAACTTCGAGGTGCATTGCTTTGAATATACAGGAATGAAAAGCTTAAAGAAAGAAAACTGTCAGGTGCCATACAAACTCAAGGGTGAAAGTATTCCCTGATAAAGAAACGCAGTAAGTTAAAGACTGGAATGTGTTAAAGTCTGTATTTGGATACCAGGAGAGAAGAGAAGATGCACACAGAAAAGTGGATACTGGCTAATGTGGATACTGGCTTATTTCTCCTGCATGCGAAGATTTTCAGGGTTGAATCTTTTTACTAAAAAAAGGAAAATAAATGAGAAGTATTGTCTTCCAGTGTAAAGTTGAGGGGAGATGTATCTTAAAGAAAATATAGTTAAGAAGGATTTGGGATCAGTATCCTAATATTGCTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCATGTCCGACTCTTTGTGACCCCATGAACTGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGTCCATCCAAACCCATGTCCGTTGAGTCGGTGATGCTATCCAACCATCTCATCCTCTGTTGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCTCAATCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCAAGTGAGTCAGCTCTTCGCATCAGGTGACCAAAGTACTGGAGTTCCAGCTTCAACATCAGTCCTTCCAATGAACACCCAGGACTCATCTCCTTTAGGATGGACTGGTTGAATCTCCTTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAGCACCACAGTTCCAAAGCATCAATTCTTTAGCACTCAGATTTCTTTATAGTCCAACTCTCACTTCCATACGTGACCTCTGGAAAAACCATAACCTTGACTAGATGGCCCTTTTTTAGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTTAATATGCTTTCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCATCTTTTAATTTCCTGGCTGCAACCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCAGAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTCCCCATCTGTTTGCCAGTGATGGGACCGGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAGCCTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCTCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCCGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGCGTTTCTTATGATGTACTCTGCATATAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAGTATACAGCCTTGATGTATTCCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGTTTCCTGACCTGCATATAGGTTTCTCAAGAAGCAGGTCAGGTAGTGTGGTAGTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCGATGATCCAGTGGATGTTGACGATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGTTTGAACATCTGAAAGTTCACAGTTCACATACTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTAAGCATTACTTTACTAGCGTGTGGTATTGCTTAATTAACTTCATATTTGAATAGGTGGGTCTTTTTGGATGTTGGGTCATTAATCAGTGGGTTGTAACATCCTTTCGAAATCTAAGAACCAGTTGGATAAAAGCAGGATACTAAACTGTGTTTCTCTGTTTCATGATTATTCAATTATTTATAAATTTTATTTCTGAAGTTATTTTAAAACTTATCCCTTGGACTGATATCCTAAATTTCACATTTATAATTGTGTCCAATATGATAAAATTGTGTCCAATATGTTTCTTGTTCAATATGCTAAAACTTAAAAAAGAGTTCTATCAGAAGGCAAACTTGTGTTCTGTGCTTGGCTTTACCATTTATGGTGACTGTATAGAACTAATGTGTAGGGTGCTCATGTGAGAAAATTCTGTTGACCTATTGTAATAAGAATAAATACTGAGTGTTTAGCACAACATGCCAGGCATGGGATTAAGCACTTTACATACATTATCTCTAATCTTTACAATGTAAGATAGGTGTCATTATCCCCATTTTACTGGGAATAATTGATTCATGATCCTGTGGTTATTAAATGGTTATTAAGTGATTGAATCCAGATTTTTTAAATTCAGGAATTTTCATCTCTACAATACCTAAGACTATGTTCTTTCACTCCCACTAGGCTGACTCATCTCCAGTTGGACAAGTAGTGGTACTTCCAATGGTTGACTGTATACTTTTTTCTTTATAAAGCCCTTTAATGTATTTTCTCATTTCGTCTTGTAAATAGCCCTTTGAGATAGATAGGGCAGATGTCGGTATGTTAGGAAATTGAAGATTAGAAAGTTTTTTTCTTTGCTCACTAGGAGTGATTTATTTATGGATTTCAGAGAATAGCAAAACATTAAATGGGAAACAATGTTTGAGACTCTGGGACTGATCTCTTTAATAACTGAATGTTTATTTCTTAAGTTTTTACAAGATTATTCCAGAACTGCAAAATTCTATAGCCAGTAAGTGACCAGAGCTCTGTTCCGACACAGGTTTGTCTCTATCACAGGACTGAGTATGCGTTGTATGCAAGGGCATGTGCCAAGCCATTATAATGCAAAAACAAAGTCACTTAAATATATAATGATAATGTAAATTTAATCTATAACTTAATGATACCTAATTACACTAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGCCCGACTCTTTGCAACCCCATGGATAGTAGCCTGCACCAAGTTCCTCCATCCATGGGATTTTCAAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTACCACTTCCTTCTCCAGGGAATCTTCCCAACCCAGGGATCGAACCCAGATCTCTCACATTGTAGACAGATGCTTTACCGTCTGAGCCACCAGGGAAGTCCAACTTAAACTAAACCAACACAAAACTGAAAACTGAAGTGAAATAAGTATCTAGCAATTACACATTCTTGAGAGTGGATGTAAAACACAAACAGCTTGCATCTTATCGGACACTAGTAAGGCGATCATCATGAGGGATTGTATTATTAGGTAAGATATGGATATCGCTCTTCAGATGTTCTCTCATTTCTTGAGAACTTATTGAGCTTTTCCCCCTCCACAGTCTAATTCTGTTCCATTTAATTTAATCAAATCTACTCATTCAGTATGTATATTAGGCACGTACTAGTTCCAGGCATTTTCTAGGTACAAGATTCCACTAATATCCTTGAGAAGAGGATACACGTATATGATGAATGAGTATTTGAGAATATCCCAGTGGACTGTCAGCAGACTTTATGAGATTCCTTTTAGTTCTGTGATTCTAAAGTTCTTGATGGTCCTAACATTCCTAAAATAAATACTTAAAGTTAAAAAGCAGTCAGGATGCTAAAGTTACTTTCTTGGGTTGTACAGGAAGCTGAGGGGAGGGAGGAAGGATGGTCTCAATGCAAGGAAAATAATCCAGATGGTTCTATTTTTAACTAGTCTTTTTTTTTTTTTAATCATCACACTTCTAAAATTCCCTTTTGGTAAGCAAAAGCCAACCATATAATTTGACTGTTTCCTTAGTATTGGGTTAGAATTGAAACCTGGTTATTCCACTCCGTTGTTTGTAAATACTTGATTGCACTGAAGTCTGGTATGTGTATCTAGCCTCTCTGTTTTACTTCCCTTTGAAGTACCTCAGATACGAACCTTAATTGTTCACTTTCTTATCACCACTCCTTTATTGTGCTATTCAGAGAGCAGGAATGTGAGTAGATGTGAGAAGGATGAATTGCTGGGTGTAGCTGCTCTTTTAACTTTCTGGAGCTTCTTAAATAAAAGTTTCTGGTGAGTTTGGGAGGGGAAAGGGGAGGTGGAATGAAGAAGGAAAACAAATAAATCCATTAGAGACAAATGTGTAAGTGTTGGCAAAGTTATACCATGAACATTTTCATTGGCCATATATTGGTAGAGTTTTTCTTTCCATGCCCAGTTGATGATACTGTGACTGCCTATTTTGGTTTTCAGAATCTTTGATGTCTGCATATTTGTCATCTTTGATGACAGCATATTTAACTCCTGCACTGCTCTTTCTCTATGAGTCTTAGTATACATTTATAATAATCAACTAGCTGAATGCAAAATGAGAGTATTAAAATAATCCAGAACAAGCACTTTATCAGCATCCATTCCGAGGCATCAAGCAATCATTTGGACATGTGTTTTGCTGTTTTACACAGTGCAGTTTTTCTATTTGTTTTGCACCTGTGGTAGTACATAATCATTTGCTAGATTGTGTCATTTGTCTGTTTTCTTAAAAATTAAAGGAAAAATGAGAGGACTTGGACTTTCTTAAAATATGAGATTTCTATTTGTGTTTAATAGGTATTTCATTGCCCAGCATTGAAACAGATAGGTTTGAAAATTCTAATGAGAAAAGAAAGCCCAAATGCAGGAATAGCCATTCTAAATCGATTAGGTCTGTTTCCTTTACATTTCTGCAGAAAGTTAATTTTACTACTAGGCACATTTGATCTAAACT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Seq C2 exon
GAGAATCCAAACCCTCATATGGCATTTCAGAAAGTTCCACGCCCAACAGAAGGATCCCACTTGCGAGTTCATATTCTTCCTTTCCCCAAAATTAATGAAACTCGGGTACAGGAATTAATACAGGAAAATCTTGCTAAGAATCAGAATGCACCTCCTGCTTCAAGAGTGGAAAAGAAATGTGTTGTGCCTGCAGGTCCACCTGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000043981:ENSBTAT00000039913:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.348
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123353=SBF2=PU(5.5=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development