HsaINT0145173 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000133812 | SBF2
Description
SET binding factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:2135]
Coordinates
chr11:9989888-10011142:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
20951 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGAATCCAAATCCTCATATGGCATTCCAGAAAGTTCCACGGCCAACAGAAGGATCCCATTTGCGAGTTCATATTCTTCCTTTCCCAGAGATTAATGAAGCCCGGGTTCAGGAATTAATACAGGAAAATGTTGCTAAGAACCAGAATGCACCTCCTGCCACACGAATAGAAAAGAAATGTGTTGTGCCAGCAGGTCCACCTGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000133812-SBF2:NM_030962:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.304
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=FE(39.8=100)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PD(13.3=15.9),PF123353=SBF2=PU(2.2=7.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)