GgaINT0058192 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005716 | SBF2
Description
NA
Coordinates
chr5:10084658-10089871:+
Coord C1 exon
chr5:10084658-10084756
Coord A exon
chr5:10084757-10089666
Coord C2 exon
chr5:10089667-10089871
Length
4910 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ATTTTGCCTTTGCTCTGCAGGAG
3' ss Score
9.25
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGTAGCCTTTGAAGTTGAAAGAATTAAGGCTGATGAAGGTAATCCACCAAAAATGATAAAGCATGTTAGAGAACTTGCAGAACAGCTCTTCAAAAAT
Seq A exon
GTAAGTTTGCTCTACCTATTGCACTTCAGAATTGATAACACTGAAATTTTGGTTTTCTGAGATTGATCCAGTGTCTGAAAACAGAAACGAGTGCTTGTGATAGTCATCTGCATTGTAACTAAAGACTTGGGAACTTTAAATCCCAACAATTTTGAATGTTAAGGAAGTTCAATATATTAATACTGATCTATTAATATTAATAGTGATTTGTCAATGTCCTACTGCTAATTAGCACAGTTTTCTCCATGTGTATTCACTAAATATATGTAAGCTGTTACTTTCTCTGCTGCAACCTGTCTGTGCCAAACAAGTCTCCTATCTTACCTCAACAGTTTCCCATAAGAAAATTGTATATCCAGTTTGGCGTAAGGTATTCTTCCAGCAGATGTGCCCTGCTGTGTAACCCAGGCCCCTGGTCTATGTTTAGCAAGTGTTAACTATTTAACATCTTACAGGTTGCTTCTTGGACTCTTTGGGTTTCCTAGTATACTGTTTCCAGTTTCATTCTTTTCTTCCTTACATGCCTTTATGTTGTACATTGCTTTTCTAAAATCCCTGAACATTCCATTAAATAGGGTTTTTTTTTTTATTGTTTACTTGTTTTATTTGGCATCAGCTAATCTACATCCTCGTCGTATTTCCTGTCGTTGTTCAGACTCAACAGAGCAATATCTATTTTGCAATCAGTCAACACCTTTATCACCCTATCTTTTTCTGTATCCCACTTCCCCAGAACTATAATTTACAACTGCTCTGCTATGAAAAACACAGAAATTTCTAACTAGTGCTAAATTCTGGGCTGTTTTTTTGCCTTTTTTTTTTTTCCATGATGTCTTTGAGCATTTCATCCGTGTTAATGCAGTCTCTGCTTTTGGTAGGGTTAATATATTTAACGTAGTAAATCCAAAATCTTACAACTCTTGCATGTGACGATCCTGTGTTCTGTAGATTTTGGATGGAAAATACATCTATGCATTTTAAATGGTGTGTCTGAAAAGAGGATAGTCTGGCTTTCAATATTGTCCTTGGTTCCAGGAAGCTGCTGAGGGAGAAGAGCTGACCAGGGTACACTGGTCAGCAGTCACTGGGTACTCAGGCACTTGGGAGTTGGGAAATGGGTCCTCTGTGTTGTCTGGGTCATGGTGAATGCATGACTTTGGAAACAACCAGTAACTGTCACTGTGCTCTTCTGCTATAAAAGTGGTTCTGAATTTTCCATCTGCGTTCTCATACACTAACAAGATAGAGCTGATGAATGTGAATGGTGCACAGCAGATTGAACCATGAACCCTTTCTTGTAATCTCAGTACAAGAGCATAAAATTAATGGCAGTGGAGGAAAAAAGTTCAAAAATTCCTTCATGGCATTTTATGCCAAGCTTTGTGTAGGGAATTCTGTTTATTTAGGTGCATGTTTGTTGCAACTGGATGTGCAGTTTTTACAACTGAAATGGAGTTTTAAATGTGCTTCTTGGGTGTCCCCTCCCTGGAGGCGTTCAAGGCCAGTCTGGATGGGGCTTTGAGCAACCTGGTCTAGCAGGAGGTGTCCCTTCCCCTGGCAGGCACTTGAAACTTTGAAATCCTGGAGGTCCTTACCAACCCAAACCGTTCAGTTGTTCTAATTGATACATATGTTAACCTACTTTGTTTATATTAGACGTTAAAAGAGACAGCAAATGCATCTTTCTGAACTAAAAACATTTCACATTTAAAAATGTGTAAGAAATGTTATTTTTGTCCATGTGTGATGGAGCATAAATGTTAGAGTATCTTAACACTGATAACCTCATAAATATGTCTTAGACTTATTTTAAGTGAATATTCCTTTGGAAAACATAGTGGAGCATCAGACAGGAGAATATTTGTTACATACCTTAATTTCATCCATGAAATTTCATCTGTAATAAAGTATTACCTATTTCATGGTATACCTCCTTGTGCTGTACCATTCTCTTACTGATATATCTTGATGGAATCATTTTCTATTACAAGTTAAAGTTATGAATCCTGAAATTAAAGTTTCTGAATAGAAGTTATATTCTGTGCCACTTAACAGTAATGCTCTACATAACAAAATGCTGTCTCCAGATTCAGATCTTTATTTCAGGCTAACACTGATGGAAGATTTATTGATTGACGGTTCTACAGCATTCATGACCATTATGTTCATTAAAAAGTCAGTAGGCAATGTTCAGGTAAACTAGCCTGGTTCTTTTTGGTTAGATGGTAGAAATATGTGGATTCAAATATGAAGAAGGCGTGGCAGAAAAAAAATGAGGAATAGAATGCTTAATTTTCAGTAAAATTGAGCTATTTTTTAGAAGGTTGCGTTTGTTTTTGTTGTCTTCATTTGTTTTTTACAGTGCCTGGGGCTACAGTGTTATAAGCATGTGACTAAGGTGGTAATGTCCCATAAATATAGAAAAATTCTTCCAAAATATAATTGTTATTATGATTCTGAACTACTACTAATAAAATGGGGAACATTTGTATTTGTTTTCTAGTCTGTTTGTGTCTGTGTGCCTCTCTCTCTCTATATATGCCTTTTGTAATGAAAGAACCCACTGTATACGTACAACTTCTCACTTAAATGATTTCTTAAAATCAGTGTCGACTCTCATTCATTTTTATTTGTTCTCATGATAAAATTTATATATACCATTGCAATTGACATTGTAGTGCTTCACTACCACTAAGTCAATGACTTCAAAAATCTAATTTTTAATAATAATGCATCTTTAAATAACGTACTTCAGTAAGCAACATTGCTTCCAAAAGTTATGCTTAGAGTGATCTCATTTTAATCTCATTTCATGACATATTCTAATCTTATTCTACAGTTTTAATAGTCATCATACTGTAGCTGTAATAGTGTAAATACATATGAGAAACAAGGTTTGTTAGGGAGAAATAATGTTTTTATTAGTCTAGCTGGTACAAGTGGAAAGTCTAGACAAGTTTTTGGCATCTCCTGCTTCAGCAGTTGAAGACATTAGACCTACGTTCCTGATCTGTGTATCATTGCATATGCAGAGCTGGCATTAGCTTTGTGATGTCCAAGATGGAAGTAACTCTTTCTGTATCTTTCCTCTGGATCTCTCCTGTCCATGAAATGGAATGTGAAATAATTATTTTTCCTTTCTGTCTTTTTTCCCATTTAATATCATCTGTTACCCCCTGTTGATCTTGTGTTCCCTTTCTCAGCCTTGCGTCTCCTGGCATCTGCTACTGTCATCCTAATAGCTAGATTTTTGGCTTGTTGCATTAAGCTCTCCACAAAGAATTTGTACAGCTAAGTAGCTGGTTTGTTTTTCTGCATCTGAGACCAAGTGTATCAATTTCAGACTGCTTTGTCTCAAATTGACGTATTCAGTCTCCTTGTTGCCTTTGGCTTCTGTAAATGAAAGCATCAGGCTAACTGCTAGTTTTGAGATTTATTGCAAGCTGGTTGTGCTTGTATGACAGAAACCTGATTGATTGAATGGCACTCTTCGGCAGCTGTATGTAGCCAATTATAAGGAACAGCACGGAGTAAAAGTGAATAAGAGTAAGTTCAAATATGACCAATGACAACCCCGGTATATGAATGAAGAGAAGAAAATATACTGTTTGATTTGATTGGTATTATGTTGCTCAGGACACAAGATGCAATGCTCTTAATGGTGGTAGAAACCTTGTGTTGCCTTTAGATCTCTGCAATATTTTGGAAAAGGTAGCACCTGAAACCAGAAAACAGGCAAAAAACCAAAAAAAACCTCAGAAAAGATTGTCAGCTATTTGAGGAAAAAAATAAAAGAAATTGTGAATTTTCATACTTTGCTGTCCTTAGGATTTCTTTCTGAAATCAATGTGGAGGCAGTGAAGTGAAATTTGGTCGTTTGTGGTGTACTCAATTGTTGACCACCTGTGGCAAAAGATGCTACAAATGCTGGAGAGCCTACTGACACAGAACAAGGAGCGAAGTATCTCACATATAATCAACATCTCTGTTGTATGGTAGAGAGCACTTTTTGCTCATCTTTGGTATTGCTGTACTGCACAGTAATGTCAAGATGAAGAAAATTATCAGAACAATTATGCAGTAGCAGATGGAGCAATTATTTTGGTAAAACAAGTAAGGCAGTGAAAACCTAAAAGCAAGGGTGAAGATTTTGTGCTTATTACGCTTGCAATGACCATAAAAGAATGAGTGGAAAATAACTGTAGACCAACTTTACTTTTCACAGTGGAAACTTTGACTTTTGATCATGATAGAAGTCTTTTCTGTCTGTTGAGGACACTTCAGAATCTGATGTGACAGCTTCCTTTTTTTTTTTTTCAATGCAGTTTTGGTCCATCATTTCCTCTCTTTGATCACCTGTAAATCTTCCATTTCTTTAGTGTAAACAGCGAACTGTATGATATTTTTATGATACATACAAAAGATAGAAAATTATTACCTAGTGAAAGAGGGCAATAGTTTCAAACATGATACAAAAACGAATTTTCATTTCTAGATTTGACCACAATGAGAATGTTTCTGAGTACTTTGTGATAAGACTGTATATTGTAATATTTTAAAATTTGTCTCTAATCAGTAAGATGATTTACAGACTATCTTCTATTTAAACTATTAAGTTGTATAAAAACAACCTAAGTTAAAATTGTGATTTTTTTTTTGCTCTTTCTTTTTTGAATTGCACTGAATTTTGGCAAATGTAGTTTTATAAAAGCACTTAATGAGGTTGGAAATACTGCATTTAATGAATCAAAGATGATACGAAATTCAAATTCATTAGTCATCTGTGTTAGTTGGCTTAGTCCCTCAGATATGACTGGTAATAACAGTGATAAAAATGATTGAGACAGCTAGTAATACAAGAAGAAGAAGAATACAAGATTTTTGTTTAACATTTTGCCTTTGCTCTGCAG
Seq C2 exon
GAGAATCCCAATCCCCACATAGCATTCCAGAAAGTGCCACGGCCCACGGAGGGCTCCCACTTGCGGGTTCACATCCTCCCATTCCCCCGGATCAATGAGTGCCGGGTACAGGAGCTGCTCCAGGAAGGCCTTGCAAGGAGTCAGGGTGCCCCCTCTGCCACTAGGGGGGACAAGAAATGTGTTGTTCCGGCTGGGCCCCCTGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005716:ENSGALT00000009170:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.026 A=NA C2=0.217
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123353=SBF2=PU(2.7=8.7)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]