RnoINT0130915 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009812 | Sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1588657]
Coordinates
chr1:175208193-175215404:-
Coord C1 exon
chr1:175215306-175215404
Coord A exon
chr1:175208398-175215305
Coord C2 exon
chr1:175208193-175208397
Length
6908 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TCTTCTGTCTGATGTTACAGGAG
3' ss Score
9.21
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGTAGCTTTTGAAGTAGAGAGAATTAAAGTTGAAGAAAATAATCCACTGAAGATGATAAAGCACATCAGAGAACTTGCTGAGCAACTCTTCAAAAAT
Seq A exon
GTAAGTATATGTAGTCTGTTATTCTAGCAGTAATACCTATGCTGTGGATAATCAGTCCTAAGATGTCACGCTTGCTTCTGTGTGTCAGAATGTATCACATTTTTTATCAGTCACTGTATCATGAAAATGTCTTAGCCAGATTCTTTCCCCATGAATCTTTTGCCCTCATCATGAGTTTTCTTCTGAGTGCCATGTTTAATAGAGGAAGCTTAGACACACTGGTAATCAGAAGGACCTTAGACAGCACTGAGGATGTGCTCTGCTGCAGCGTGTTGAGGCCTGTCATCTGAGCTCCGTTGTTTTGAATTAATGAGGTAATGTGAAATAAGCTGGAAGAAGGAAAGAAAATCGGTCAGTGAACCATAGAAATCAAAGATGAAAATGCTCTCTGGGCAGAAGATGTGTTGTAAATCAAAAGATCAGGATGAGGTGAACTAACCACCTGAATTCTTAGGCTGGCAGGGAAGCTACATGCTTAAAGAATTGTGGTTTTGTGCTAAATGAGTGCTGACCACTCCTTCTTGTAAAGTTTGTGGTTCCTTTGCTAAGAAACATAAATCAAGTGGGAAATGTGGCACCATCTGAAGAGAAGCAGAGGGAACTTGTTTTAAGGAACTAGAATGAAGAACTTGATATTAGTGCTCTGGCCCCAGTGCATATTGTTTATTCTAGCTACTTGACAAGGCAAACAAGGATTTGACAGTGAGGCATTAGTCACTGCTTTGTCACATTCATTTGAAATTTGAGGACCAGTAAGTTAAAAGCAGAAATATTTAACTATTCCCTTGTTACATATTAGTGAATTATTTTCTTTGCTTGCCTGTAAATGCATGTATGCTTGTCTGAGGATTGAACCAAGCATGCTGTGTATCCACTGTACTTCTGGTGTTTTGAATTTGGCTTCATTTCTTAATACAGTGAATTCCAAGTTTATCCATGGTCACATAGAAAGGGAGATGACACTTTCCACTTGAGTAACATTCCACTTGAATAGATGGCCTAAGTTTTATTTCTCTGTTGACTTGCTGAATAACAATTTTGGCAATAATGAGTATCCTAAACATTTATACAGGTATTTACAAAAAATGTAAATTTTAATCCTCTTAGATAAATACTTAGGACTGAGATACCAGGATATATGGTAACACAACATTTAACTTTGTTTAAAAACTGCTGGTTGTTTTTCTAAGTGTCTATATTTTGTATTCCCACCTGCAGTATATGAGAGTTCCATTTGCCGTCTATCCTAAGCAGCACTCAGTATCATAACTTATGTTTTGTTTCTTTGTGTTTCTTGCAGTCATTCTCAAAAGTGTACAGTAGTGTCTCTTTGTGGCTATTTTAATTTCAGCAGGCAAATAAATGAATATAATGTTACCTAATCATTATATGCAAATGCTGCCTTAATATCTGTGATAAAAGTAATTAGGTAAGAACAGAGACTCTTTATCTGGAATTGTTAAAGTATTGATTCTCAAAACACTCAACCTTCCTTACTCTATCATTATCATATTGGGCAACATCAGAAGACACTTAGTTAGCACAGCTGGAGAGGCTGTGCTATTGTGCTAGTAAATACAGGTCATTGATGCTTCCAAATATTTTACAGTGCATGACAACACCCACATCTTCTCTAAACAAAGAATTGTCAAGTTTAAAATGCCAGTAATATCAAAAATAAGAAGCACATCAAATGCAAATGACACAGTTCATCACATTAGATGAGAAGAGCCTCAACACAAAGTGCATTAAGATTAAGAGAGCAGGATGGATGTCAGCGGTCATTAAAAGGTTAATAAAGTTAGAAAATTGAGACAATTACATTCCATCAGTCTCATCTACTGTCAGGTAGCCCAAGAGTCCAATTATATTGGTTTTCAGTGATTCACATAATAATAATAATGTCTTCAACTACATTTGGGAATATTTCTGTTATTCCCCAGAGTGCTGGGTATGAATAGTGGGTATTAAATAATTTTAAGTATCTGAACCAATCTAGAGTATTTAATAACCTCTAACAAAGAATGCTTGTTTTATTGTTGTTACTAGTGTGGCTGTGGCCTACTTTAGATTTCCAGTAAGTCTTAGGAGTTTTGTTTTGTTTGTGTATTTGACATGTGTGTTTGGCCTTCTTTTCTATAAATCCTAAGCATACTCTCATTTAGTCTGACAAATAATGAAGAAAATTGATGTTGCCTGACCACTGATTTATAGTTGGTAATTTTTTTAAAAATCTGACAAAATCAGTGAGCTTCTCCCTATGTGTACTATATCAGGATTTTGAAAATCATCATCAAAATTTAAAATTTACTCCCAATGAAAGGGCTGAATTTAGCCACACTTTCTCAGGCTGTTCATTCTGGTGGACTTGCACAAAATTGTTTCCGTGTCACTGTGTTTAGTTGTCTGAGTCTTTGGTTGTTACTTTAAATTTACATTCTCTGAACTCAAGTAAGAATTTGTTTGTTGGTTTGGACTGTTAGAAAATAACTGATTTCCTGGTTTCAGCTGTAAAACTAGATTACAGTTTTTAATGAAATCAGGAACATAAGAAGCCAGTCCAGACCAATTCATAGTGAGAAGAGTAGATATTTTTAAGACCTTCTGGAATATAGCAAATCCTAACTTGAGCTTCCTTTTCTTGCTGCTTGTTTCACACAAGTGATATGGGGTTCAAGCAGTTTTGTGACACATAGGTTCGTCTACACTTAACATGCTGCCCATTAGAGGGCAGTAGTGCACAGACACAGCAGCTAGGGAACCAAATAGTATATTTGCATCAGATAAACACGTGTGTCATAAATTACCAAATCTATTCAAGGTCTACATTTCACTATAGAATGTTTCTGCAACGACAGAGAGGCTCACCTTTGAACTTTTAGCATGGGGTTTTCAAAGGCTTATAGACTTGGTTTACAGGTTTTCTGATTTGTTTATAGGAACACTGTTAGTGAGCAACATCATTTCTTTAAGAAGTGATTTATTTTAGGCTTGCTGCTACTTCTACTACAAGTGCAATTGCTATTATTACTAGCATATACATAGTTGGTATTGCAATATTAGAAAGGAAAGGAGTACATTTCATTTTAAACACATGGTATCATACAAAGTATGTAATAATGAGCTATTTTTAAAATAAATGTAATCTAGACTTTTAGAAAATAGTCTGAGATTGATCCTGGGGTGCATGTAAGTATTTGTGTTATGAGAACGTCTCAATAACAACTGGTGATAGCCCTCACGAGACGTCTATGATACTTCAGATGAGGATGAGCAAGTCATCCTGTCCCGTATCATACTACTAATGAAGTACTCAGGCTTGGATGTGAACCCCCGGGCATTCTGAAGTCAGAAACATAAACTAAAAGTACCTTGTACCCTGGATTATCTAAATTTGCTGTTGAATTGTAATGCTACCTGGTTTTATCATGTTTTCATGTCTAATCTTGTTTCTGGGCTGACTATTCAGCTTGTTCATTTAACCCTTGACTAAGAGTCATAAGGTTATATAAGGTTGCATACATCTGGAAACCTTGACTCAGCCATTTTTCTCTCCATTAGTCAGTATAGTACTGGAAAAAAGTACCTGAAACAATTAACTTACAAGGAGGAAAGATTAATATTGACTTTATGGTTCAGAGACTTTAAGGAAAATCTGCTGGACTGATGTTTTGGGTATAGTGACATAGCTCATCATGATGACTGTTCATAGTAAAAGAGGCTGTTCATCTCAGTGTAGCTAAGAAACAGAGACAGGAAGGGGCCAATATCCTCATCAAGGGTGCATACCTTGTGATATAACTTCCTTCCTCTGGACCCTAACTCCTAAGGATTTTAGCACTCCCAGGAGCATCAATGGCTGATGACGAAGCCTAGCATATGGGTCACTGGGGGACTTGTAAGATCCAAGCTGTAGTCTTCTGAACTTCCTTGACTTTTATGTGTTTTTTATTTTCCTGTAAAGATAAACATGCCACATTACAGATTTTGACTAGAAGTGTTGTGTGTAACCTTTATTTTTTCTAAATGACCTTAGCCATTATTTGAACAGCAGGTAATAGAGATGGTAAGGAAAATAAAATGTAACTCAGAGATACTTGCATTATTATAAAACTTTCTACTTTAGTTTTTTTTTTTTATGTTTTAGAAGTTGTTAAAATGAGGCTCTATATGGCTCAGTGGGTAAAGCCATGTAAACCTGACAACCCGAGTTCAAATCCCCAGAGTTCATGTAAAAACAAGACACAGTAGTGTCCAAGTCCATAATTTATTTCAGTGTACTTCAGTGGGGAGGTGGAATGTACAGCTAGGAGAAATGCCAGAAGCTCGCAAGCATGCTAGCCTAACCTACACAGTAGTGAACAAAAGAGACCTGTCTCAAACAAGATATAAAGTGAGGACTAGCACCCAAAATTTTCCTCGGGCCTTCACACATGCTTCACTTGACACATATGAACATATACATGATACACATATACAAAAAATCTTTAAAAGCTGTCATGATAACTATTTACTTCATTTGAAATAAAGTACAGAGAAGGTTTTTTATTGCTATAAAAATTAGTCTAAATAGAAATAATATTTTTAAAGGATTTGGGATTCAAGGTCCATAGGAATTACCTCTCTGCTCTAGAAAAACTATGTCCACTGTATTTTAGAAAACATAATATTTTGAGAATATGGATAGAAGTCATGCCTAGTGATGAAAGCAAAGAAGTGAATCCTAGGGACCACGGAGGCTGATGTCTGTGTATTCCGGGCAGAAACACAAGCCTGATTATCTATCTATCTTAGGTGAGTTATTTGTCAAGCATCACACATTGAGCAGTACAAGACCCAAAATCAGTGTTTTGACACACCAGACTGTCTCATTTCCATTTTGTTCCAAGAAATGCTGTGTCCTCTGCCCAAATCCACCTTTTTCTTTTTCTGGATCTCAGCCATATAACCAGAAAGAATTTGGGGGGAATAGTTCTAATAGATGGTGACAGTTGACCATT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Seq C2 exon
GAGAATCCAAACCCTCATATGGCATTCCAGAAAGTTCCACGTCCAACAGAAGGATCCCACTTGAGAGTTCATATTCTTCCTTTCCCAAAAATTAATGAAGCCCGAGTTCAAGAACTAATACAGGAAAATCTTGCTAAGAACCAGAATGCAACTCCTGCTACACGAACAGAAAAGAAATGCATAGTGCCAGCAGGGCCACCTGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009812:ENSRNOT00000013126:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.342
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123353=SBF2=PU(12.5=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]