MmuINT0139030 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038371 | Sbf2
Description
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Coordinates
chr7:117571702-117582452:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
10447 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
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8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038371-Sbf2:NM_177324:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.257
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PD(13.3=15.9),PF123353=SBF2=PU(11.9=7.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: