DreINT0130964 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059460 | sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030911-10]
Coordinates
chr7:66795543-66798745:+
Coord C1 exon
chr7:66795543-66795641
Coord A exon
chr7:66795642-66798540
Coord C2 exon
chr7:66798541-66798745
Length
2899 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGC
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TACTTTCGTGCATCCTATAGGAG
3' ss Score
6.49
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGGTGGCCTTAGACGTCGACTGCTTTAAGGATGAAGACGAGAACCTGGTCAAACTCCAGAAGCGCTTGAGGGAGCTGTCCGAGCAGCTTTACAAAAAC
Seq A exon
GTAAGCACATGACGCTGATTCTCATGTCCCTTCCGTCAGGTGTTTGAGAACTTCATTGGCCTCCACTGACCATTTATAAGCTTGTTGATGCGAGAAGTGTTATTGTAACACCGCTGCTAGCTAAAGTGTCAAAACAGCTCATTTGTTTCAATGGGAGCGAAAGACAGTGTGCTCATATTTAATAATGTGGGCATCAAGGAGATTGAAAATGAGCCCACCCCAAATGTTCTCATTGGTTGAGGTCTGTGATGATGTCTATTCCTCGCCAGTGTTCAGCACTCAATCACTTGTGACCTCTTTGTGTGTGTTCAGAGCCAAGCAGTGGATTTTTAAAGTAATATAAAATCTGTGTTAACTTGCATTGAAATAAGTGTTGGCATTAATTAATTGTGTTAAATCAGTTGCATAATTGCGTTAATGCAACAATAACATGTTAATATGCTCAGATCTAATATTTATGTATAATATCTTTGCATGTAATACCTATTCTGTATAAATATTAGTGCTGGGCGAAGATTAATTGCATTCAACACATTCAACACAACATAATAGATTCTTTTAACATAGTTTGAGCGTGTGAGTGTGTGTGAGTGAGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCATGTGTGCATGCGTGCGTGTTGGTGTGTGTGTATTATACAGTTGAACCCTGAAGTTTACACACACTGTATAAAAAGGCACATAACCATTTTTAAAATGTCAGATTTTTAATGTGACTAAACTTTTTCTCTTTTAGGTAAGTTAGGATTATCAAATTTGTTTCTGTTATGCTTAATAGCAGATTAATGAGAGATTTTTTTGAAAGTCAAGTTTACATACAATAAGATTATTATGCCTCTGAAAAAGCTCAGATGATGGTGTCAAGGTTTTGGAAGTTTCTGATTGGCTAATTGACAACATTTGAGTTAATCGGAGGCACAACTGTAGAATAGTATTTAAGGAAAACCTCAAACACACTGTTTCCTTGTGTTATAACATGGGAAAATCAACATGCCAGAATCAACAAAAAAAAAAAGCCAGATTACAATTTGCTAAATTACACTGGGAAATGTTTTTGAAGACGTCCTGTGGAACTAAGATTGAACTGTTTGGTCATAATGACCAAAGTTACATTAGGAGGACAAAAAGGAAAGCTTACAAACCTGGGAACACCATCCCAACTGTGAAAAATGAGAGTGGCAGAATCATGTTGTGGGGCTGTTTTGCTGCAGGAGTGACTGGTCCACCTAACAGCATAGATGGCATCAAGAAGAAAGAACATTATGAAGAAATACTGAAGCAACATCTTAGGACATCAGACAGGAAATTAAAACTTGGCCACAAATGAGTCTTCCAAACAGACCATGACCCTAAGCATACTGCCAAATTAGTTCAAATGTGCTTTAAGGACAACGGAGTGAATGTTTGGGAGTGGCCATCACAAAGCCCTGATCTCAATCCTATAGAAAATTTGTGGGCAGAGTTGAAAAAGCTAGAGCGAGCAAGACAGCCAACAAATCTGACTCGGTTACACCAATTCTGTCAGGCGGAATGAGCCAAAATTCCTTCAAAGTATTGTGAGAAGCTTGTGGAAGGAAACCCAAAACATTTGACCAAAGTTATACAGTTTAAAAGCAAAGCTGAAAAAATACCAAGGAAACGTATGTAAACTTTTGACTGTCTAGAAATAATACAACATTCTCAAAGAAAAAAAATCTCTCATTATTCCTTCATTTAGCAAATGTAAATGATTTAGGTAATCCTAACGGAACTAAAATAGTTTAGTATGATTTACCTTCAGACAATTTCATAAATGGTTGTGTTCCTTTTTTAGAGTGTATGTAAACTTCTAGTGTCAACTGTATATACAGTATTTATTATGAATATGTGACACACACACACGCACACACACACACACATACTAAACTACTAAACAAAACTATACTAAACAATTTTGTAACATAGATATTTTAATTTATATCCAATTTGTATCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGGATTTTCTCAAATATATGCCTCCATTTATGTATTTAATATGTATACATAATACATTTGCACAGTCCGCACACACACACATACAATGTAAATATTAACTACTGGCTTGTTGACTACATATTATTAAGATATTAACTGTTCATTAGATGTTATAAAGTATGATCTACCCAAAACCTAACCACAACTTCTACCTTATTAACTATTAATAAATAGCTCATTCGTAGTTTATTAAGCTAATAGTGCTAATTAATGGTTTGTTAATACACTGCATTGTGACCTAAACTAAAGTGTTTTTTTGTTTTTATTATTTTTGTGTATTTTATGTATGTGTGTGTCGGTATGCATAATAAATATACAGCACTCATGCATGTATTATGTTAATAGAAACCCTTATTTTAAGTTGGATTCAATGATGATTAATGGTTCAACAGCAATACTAATGTGAATTCTTGGTCGCTCTATATTTTGATGGTCCGTTAGTTGAATTTAAGTTACATTGCATCTACATGCCAACTAATTCTCATTAGATTATAAGTAGACTGTTAGGTTGGGGTTAGGGTTGGGGTTAGATTTAGTGTATGTTAAGATGTAATTGCAAAGTTCTTATAGTCAGTTAAATGTCTGTTAAAGGAGCAGTATCAGCAGATATTAAGCTGACAGTCTACTAATACTCAAATGGATCATCAAAATAAAGTGTTAACACATTTTTTACCAAATATTACGTGGAAAAACAATAAGTAACTCACCTTGAAAATATCACAAAAGCTTAAATTTAGACTCTTGTACTTTCGTGCATCCTATAG
Seq C2 exon
GAGAACCCAAACCCTCACATGGCCTTTCAAAAAGTACCCCGTCCCACTGAGGGCTCTCACCTCCGGGTGCATGTGGTGCCGTTTCCCATGTTGGAGGAGGAACGGGTGGAGGAGTTGATTCAGGAGGGCCTGGCCAAGCAGCACAGTGCCCCCGTTAGTACCCGTCCTGAGAAGAAATGTGTGGTGCCCGCCGGACCCCCTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059460:ENSDART00000082664:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.061 A=NA C2=0.297
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123353=SBF2=PU(2.6=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]