BtaINT0128925 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018855 | SCAF4
Description
SR-related CTD-associated factor 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19304]
Coordinates
chr1:3082579-3087125:+
Coord C1 exon
chr1:3082579-3082687
Coord A exon
chr1:3082688-3086951
Coord C2 exon
chr1:3086952-3087125
Length
4264 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAG
5' ss Score
7.1
3' ss Seq
CAATTTTTTTTTGTTTTAAAACA
3' ss Score
-3.13
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGGTTTCCTGGAGATGGCATGCCACAACCAACATATGCCCAACATCAGAACATGGATCAGTTTCCGCCTCGAATGATGGCAGTGCAGCAGGATCCAGTGCACCATCAG
Seq A exon
GTAGAGGCATTTCTAATTACCTAAGACGTGTTCATTAGCGCGTCTGGGTTGCACTTGCCAGAGTAGTAGTGTTTAGTTGTGTGGGTGGCTGAATAGTCCTTAAGCTGTACTAAAAGCTGTCAAGCACATAACTGATTTGAGTTGCTTTTTTGCTTTAATTAAAACAAGGATGCTAAATATTCATGCTAATAATTTAATAGGTATTTTTATTTAAATAGTTTAGAGAGAGATTGTTGGTTCTATTTTAAGGAACTGAGCTATTTAGTTATACACCTTTTCCCCTTCTGAGAAGCCTTTTTTTCCCCCGCTTTTCACTTTTATTTATTAATTTTTGTGGTACACTGTGTTTTGCAGGATCTTAGTTCCCCAGCCATGGGTTGAACCTGTGCTGCCTGCATTGGGAGCACAGAGTCTTAACCACTGGACTGCCAGGGAAGTCTCCCTTTTTTTTTTATTAATGTTGTGTGACTTGTTGCTTTAGAGGGCTTTCAGCTCTTCAGCAGTCAGGAATATAGTTTGAAATCTGCAGTATAAGGTAAGGAGGACATCATACTGGAGAATTTCAGGAAGTTAGACTGTGTTTGTTCGTTGGATCTATTTTAATAAATTCTCTAATTCAGAGTTTTCTAAACTTGTCCGTACATCTCAGTTGGAGGAACATACTACAAAATACATATCCTAGACTTCTGGTGCTATAGTCAATCTTAGAGAATCTTTATTTATTTTAATTATGTGATGATTCTGTTGTACCACCAGCCTTTGGGAAATGCTCCTTTTAGACTTAATTTAGAAAGTGCTCTAAGAAACCTTTTAGAATATATTCATTTTCTTATCTGTATCATGTTCAATCCATTATATATAAAGGCATACCTTGTTTTTTCATTTTTCACAGATCCTGCACTTTTTTTTTTTTTTTTAAACAAATTGAAGGTTTATGGCAACCATGGGTTGTCAAATGATTATTGGCATTTTTTTTAGCAAGATAGTACTTTTTAGTTAAAGCATATACATTGTTTTATTTGGATATATTGCACACTTACTGAACTGCAGTAAGTGTGAGCATAAGTTTTAAATGCTGTGAAAACCAAAATATTCATGTGACTCACTTTATTGCAGTATTCATTTTATAACAGTGGTTTGCAATCAAATCCATCATATTTTGAGATATGCTTGTATTTGGTCATATGAAACTGACATTGTGATTTAGTGACTTGTTGATCAGTTCAGTTCAATCGCTCAGTCGTGTCTGACTCTTTGTGACCCCATGGACTGCAGCACGCCAGGCTTTCCTGTCCATCGGCAACTCCTGGAGTTTATCCAAACTCATGTCTTTTGAGTCGGTGATGCCATCCAACCACCTCATCCTCTGTCGTCTCCTTCTCCTCCTGCCCTCAATCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCAAATGAGTCAGTTCTTCGCATCAGGTGGCCAGAGTATGGGAGTTCCAGCTTCAACATCAGTCCTTCCAATGAACACCCAGGACTGATCTCCTTTAGGATGGACGGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAGTTCTTTGGCACTTAGCTTTCTTCATAGTCCAACTCTCACATCCATACGTGACTACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGATGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTACTTTTTAATATGCTGTCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTCTGGAGCCCCAAAAAATAAAGTCAGCCACTGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTGATGTGACCAGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATCTTGAGCTTAAACCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTCTTTAATTCCCCTTCACTTTCTGCCATAAAGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATGTTTCTCCTGGCAATCTTGAGTCCGGCTTGTGCTTCCTCCAGCCCAGCGTTTCTCATGAAGTACTCTGCATGTAAGTTCAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACATACTCCTTTTCCTATTTGGAACCTGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCCTCCTGACCTACATACAAATTTCTCAAGAGACAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCAGTTTATTGTGATCCACGCAGTCAAAGGCTTTGGCATGGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCCATGATCCAGCAGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCAGGAAGTTCACAGTTCACGTATTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTTTACTAGCACGTGAGATGAGTGCAATTGTGCGGTAGTTTGGGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATTGGATTGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGCTGGCATATTGAGCACTTTCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTTGTTCGTAGTGATGCTTCCTAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGAATGTCTGGCTCTAGGTGAGTGATCACAGTATCGTGATTATCTGATCATGAAGATCTTTTTTGTACAGTTCTTCTGTGTATTTTTGCCATCTCTTCTTAATATCTTCTGCTTCTGTTAGGTCCATACGATTTCTGTCCCTTATTGAGCCCATCTTTGCATGAAATATTCCCTTGGTACCTCTTAATTTTCTTGAAGAGATCTCTATTCTTTCCCATTCTATTGTTTTCCTCTATTTCTTTGCACTGATCACTGAGGAAGGCTTTCTTATCTCTCCTTGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTTAAATGGGTATATCTTTCCTTTTCTCCTTTGCTTTTTGCTTCTCTTCTTTTCACAGCTATTTGTAAGATCTCCTCAGACAGCCATTTTGCCTTTTTGCATTTCTTTTTCTTGGGGATGGTCTTGCTACCTGTCTCCTGTACAATGTCATGAACCTCTGTCCATAGTTCCTCAGGCACTCTATCAGATCTAGTCGCTTAAATCTATTTCTCACTTCCACTGTATAATCATTAGGGATTGATTTAATTTAGGTCGTACCTGAATGGTCTAGTGATTTTCCCTTCTTTCTTCAATTTAAGTCTGAATTTGGTAATAAAGGAGTTCATGATCTGAGCTACAGTCAGCTCCCGGTCTGGTTTTTGCTGACTGTATAGAGCTTCTCCATCTTTGGCTGCAAAGAATATAATCAGTCTGATTTCAGTGTTGACCATCTGGTGATGTCCATGTAGAGTCTTCTCTTGTTTTGTTGGAAGAGGGTATTTGCTATGACCAATGTGTTCTCTTGACAAAACTCTATGACTTGTTGATAGATGAAATTTAAAAAATATTTTCTCATCCTGTTTAAAATACAAATGAAACCTATGAACTTAATTCCAAATGTTTAACAATTATTGATAGTTTATTAATAATTTAGAGAGACTGCTTTTTTATATTATAGTGATATTACACTATAATTGTATAATTGTATTGGCATTAGAATGTTAAGTGTATAAAATTGTTAGATTGTGAACATAGTACTCTTATTATAATGATATTTCAAACCCTAAATAAATTCAGCCGTAGGCATGTTGGCTGAAATTCCCCTTGGAGTAAAACTTAAAACAAACTTAGAAGTCAGTGCTTCTAAATACTTTTCCTCCCCTAAAGCTTAATTGCCTTTAAAGTTGAAGAGAGAATATTTGCAGTAGAGTACCTCTGATTTTAAGTTTAGTCTGTCACATTGCTTTCTCATATAAATGAAGGTATGTTTTTATAAATGAAGGTATGTTTTTAAATTATAAAACCTGACATTTGTGTTAATTTTAAAATGAGTTGTAGGATTTTTAAGCTGTGTTCTTGGATATAAGCAGTTTCTTTGGATAAAAATTGTATATGTAGAAATTGTTGGTCATGGTTGAATGTCATAGTTTTTCCTTGATCAAAATTTATTGAAGATGTTTTAGTTTTATATAAAGTTAACTAAAATTTTTTAAAAATTATTTTTGGTAGCAGTTACTTAAAATCTACTCATACAATTTTTTTTTGTTTTAAA
Seq C2 exon
ACAAACAAGGTTCCACTTCCTCCTAATGGACAGATGCCAGGCTTTGGCCTTCTTCCTACACCTCCGTTTCCTCCCATGGCTCAGCCCGTGATTCCTCCAACTCCACCTGTGCAGCAGCCCTTCCAAACTTCCTTTCAGGCACAAAATGAGCCACTTACACAGAAGGCACATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018855:ENSBTAT00000025104:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development