BtaINT0129399 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000038180 | SCN2A
Description
sodium channel, voltage gated, type II alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10588]
Coordinates
chr2:31054197-31066200:-
Coord C1 exon
chr2:31066082-31066200
Coord A exon
chr2:31054287-31066081
Coord C2 exon
chr2:31054197-31054286
Length
11795 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTCATATCC
5' ss Score
-14.87
3' ss Seq
CCTTGACGGTATTCTTCTACTTT
3' ss Score
-2.93
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATTTATAGTATTGAATAAAGGGAAAGCAATCTCTCGATTCAGTGCCACCCCTGCCCTGTACATTTTAACTCCCTTCAACCCTATTAGAAAATTAGCTATTAAGATTTTGGTACATTC
Seq A exon
ATATCCTTTTTTCAAATAGTCACTTACATGATTTTGCTCTTTGACTAACTTATTGAGTTGGGAATTTTTCAAAAATGTATGTGGTTGGCAACATTACATGCTCTTTCTTTTTTCCCTCTTCCTCAACAGTTTAGCGTTATTGCCAAATGGGATCACAGGTAAGTGAACCACTTTCCGCATCTTCTAAGTATTTCTCCTCTCCTTGACTCACTACTTATTTCTTTCTACCTCTGCTCCCTTCTGAATTGCCTACTACATCCGAGACTTGTTCATTAACTTTGACAGTGTTACCAGGCTCTCCTTTTATAAGTCTTCAGATTTTATAAGGTTATATAATGGGCAAACTCTGTGAACTAATTTTCTTTACTACTTTTACATTTGGAATATATCTGCATAATCTGAATTACACAATTTTATTTCTTTTGATCTTAATTTTTACTGCTTTCTGCTTTTCACTTTAGTATTTGAAAGCTTTGAGTTACAAATGTTTATAATTGTGATATGACTGTATATGCATTAGTCTTTCAATTATTTCTTCCAATTCTTTTCCCAAGCGTCATTTGTATTTTCTATTTTATTTTTCTTTCTTTTTTTGGTCACTTGTTCCTGTGTTTTATTCAACTCATGGGTCCTGCTGCAGTTTCTTCCCACATACATTCTCATTTCATTCTTTATTCTCCTTATGAAGTATCTACTTCCTAGAAATGGAATTGATGACACCTTGGTGGGAGATAGTGATTTGATTTAAGTTAAATAGAGTAGTTGTAAATGGGAAGTTTTCTTCCAGACCAGAGACAGTGGTCTGACTGACAGCCAGGCCTGGAAAAACCAAGGAGGCAAAGGTTTGGAAGACTGGGGGTATGTCAGTCAGGGACATTTACAGGAAGAACACAGAAGCCTTGGGATAAGGAACGGACACACATCAGGAACCAGAGGTAAGGAAGGGGAAACTGAAACTTAAGCAAAGTCTCAGATAGGACAACTTTAAATTTTGTTTCCTAATTAGAAAGAGTCATCGCCTTTGATTTACAACACGGTCAGTCCAGGGCCTGCTTCAAGGCTTCCAGTGTAAAAGCTTACTTTCCCTAGCAGGCCTAGAAAATAATTCAATTTGATATGGTAGGGAATTAGATAAGATAAGGAATTCAGGAGATAGAATGAACTTGATACAGGGAACTCATCTCAGTTCTGGGTGTTGGGCTGTAAAGCATGTCCCCAGACTTGCCTGGCAATTTGGCAAATGACGTCTGTAGAAGCACGGAGTTCTGGAATTCAGTTTCCTTTGAACCTCTAGGTCATCCCTCTCCATTACCCCCATGTTTTGCATAGATATATTTTAATTTCGTATTTATGTTTTAAGATTTAATAATTTTCTTGTGAGCTTTTTTAAGCAATAATGATTCCTTACTTCTGCTATTCAAATAAAAGAAACATTTTACAGAAAGAAAAAATGTCTTTGAATGAATAATAAGCTTTAGGAATGAATAATAAAGTTGAGATTTAGATTTGAGTCTCATGAACTATAAGTTATGGTCCATTATGATGTTTGAGTAGTTAAAATCTGTGCTCTGAATAAATATTTCCATAAATTATTCATTGTATCTAAAAATAATTGTTCATCCCTATGTAATCACAATTTATACATGAAATCATGTCAAAAAATTCAGACTTAGCCCATTGCTCTGTTTATAGTAAATACTGGGAGAGTGTGAATTAAAGAAGTAAGTGACAAATGAGTCAAGAAGTTAAATGATTAGATGCAAAACAAGTGACAAAATGGAAGTTTTGAAGAGGTCAGAAAAATCTATTTTGCCTTCAATATGAATGAAGAAATAACATTAAGAAAGCTCAGTATTAAAGAAAAAAGGCAGGACTGTTGTTGTTGTTATTGTTGTTTTAAAACTTTTGTGGGGAGATAGCATATTTTTTTGAAAATTTCATGAAAGCTATTATATCATCGCCACTCCAAAAAATTCTAGGAGGTTAGAAGACCCAGGAATCTTAACATAAAGCCTTCTGGGAAAAGAGACTTCCAGTGGTAGAGGATGAGAGTAGTTTTAGAAGTTCTGATCGGAGACTCTGGGCCTTGAATCAGACAAAGTTTATGGTGGGCTCTCTTTAGGAATCAAGATACGATTTGAATTTGAAGAATTTGAAAGTTTGCACTTACTTCCCAGAAGAAAGAAAACCTTCAAGGGGCACAGTTGTCAGAAGGTCTGCAGTGGTGTAAGTTGAAATGTGAAGGCAGCTAGATAAATCTAAGATTTGCTGAACTGAATGTTTGACTCTCCAAAACCTTACAAGTGGCATGGAGCTACACATTTCTTCTAATGCAGAAAAAGTAGATTTTTAAAAATCTCTGATTGCCTGAATTAAACTATTCTATCTCAGCTATCTTACCTTGGAGTAGAGATAGAAGATAGACACATTCTTTGGTCTTTTGGTGATAATGCATATTTGACTGTATGTCCTAGTAAACTTTGCTGTAAATAATACTGGACAGTGGCAGGTAACTTTCTCAGTGACTTTGTCTTATTCCTCACAATGCACATCCTAAGCTCAAATCCTGGTTTTCTAATTTTAAGTGCCTTTTGCTACAAGATAAAAATGCTTGAGGTTGCTATCTGCATTTTAGGCACAGTTAAGAGGGCATTGTGTATTTATTATCATTAGTTTATAATCCATAAAATGGTCATTCACAGTAAAAAAAAAAATTGGCATTTTCAACCTAGACTGGTGTCTCTTTTTCCAATGAAAACCTTGACTTATTTCTTCAGGAGCTGTTATCTTCATTAGGCATTCTTGCATATCAAATTAGCTTTGTGTCTTGATTTTGGCAGAAAAACCTTACGCTTACTCTATTTTTGCCAGAGTATATTTTGAAAACTGAAAATGCTTTTGATGTGCCTATTATCTTGTTTTGATAGTTAAATAAAATATGGTTATGTTTTCTAGATAGTAAACAAGTAAAAATTTATCCATATTCCTAAAATTTCCTATCAGAATTTTCAGTGTGTTGCACGTCAATTTTTTTATTATTTTAGCTTAATGTGCACACTCTCCTTCACTTTGCATTTGTTATTCATTTCTTCATTCGCAAATATTTACTAAGTACCTACTGTGTGGCAAGTGTTCTTCTAGACACCATGATGCAACATAGAACCTGCTAGTCCCTGTCAAGTAGCTGTATTCATGTGTATATGTGTGTTTGAGAGGAGAGAGAGAGTACAAACAATTGAGCTAGTGTCGGCTAGTGATAAATGCTATCAAGAAAAATAAAGCTGTATAAATAGAGAAGAGTGGTGAGGTACTGTTTTAAATCATATGATCAGGGAAGTCCTCTCTGAAAAGATAGCATCTGAGTAAAGATCCAAAGGAAGTGAGGAAGTGCAACGTGGAAATCTAAGGAGAAAGGTGAATAGCAAATATGAAAGCAAAGGATGAACGTAGAAGTGTACCTGGTGTATTCAAGAGTCAACCGGCAGCCCAGAGTGCCCAGAGGAGAGTGGGAAAGGTAGAGAGTAGAAGGGGATGAGGTCATTGAGAGTGGAGGTCAGGGCTGACATTGTAGGTGGTTGGTAAGACACCCAGTTTACCCTGAATTAGATGGAGAGAGAAGACCGGAGGGTTTTCAGCAAAAGAATGTCATCACGTGAGTCAGATTTGAAAAAGATCACTCTGGCTGCTGTGTAGAGAACAGATTGCCTGAGGGGAAAGGGTGTAAGTAAGAAAGTAGATTGGGGGTTTACTGCCTTTATGAAGGCAGAGGATGCTGGTGGCTTTGGTGGAAACGATGAGGGTAGCAAATGTCATCAAATTCAGTTGTGTTTTTCAGAAAAGCTGAAAGGTTATGCTGATCAATTGGATGTGGGGTGTGAGGGAACGAGCAGAACTAAGGAGGACTCTAGGTGTTTAGTATGGTCAAGAAAGAAAAGTGTAGCTCCTTGAGCTTGGGGCAGACAACATTAGGTGGAGAGATATGCTGGGTAAAATCAAGAGCTTGAGTTTGAACATTTGTTTGTTTATTGTTTTTGAAAAGCCCGTTAGACACTCAGTGGAGGAGCTGAGGTGTTAAATGGAATGCAGGTCTGGAGTTCAGGAAAGGATTGGGCTGGAGGTAAACCTTTGAGAGATGTAGTCATCATTATGTCGCTGTACAGATGGTATTTAAAGTGATGACAAAGACCTAAAACACTCCAAATCACACAGTAGTGCAGAACTGCCCATCATTCATTCAGGTTAGGAAAATGAAAAACGGATTTTGGAATCAGAAAACCTGGATTCAAACCCTACCTCTGAGATTTACTTATTGGCTCTATGACCTTGGTCCGAGTTACTCCAGATGTTTGAATCTCACTTTGTCCATCTATATTTTGCGATCATAATTTAAACATTAATGATAATAACTATGTAAGTACCTGACACTGTGACTAGCACTTGGTTGTTGTTCAGTCACTCAGTCATGTCTGACTCTTTGCAACTCTATGGGCTTCCTGTCCTTCACTATCTCCCTGAGTTTGCTCAAACTTACGTCCATTGAGTTGATGATGCCATCCAACCACCTCATCCTTTGTCACCTCCTTTTCCTCCTGCCCTCAATCTTTCCCAGGAGCAGGGTCTTTTCCCAATGAGTTGACTCTTCATATCTGGTGACCAAAGTATTGGAGCTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCAGAGAATATTCAGGGTTGATACAGCACTTGGTAGGAACTTGATAACTTGTAGCTAGGACAGCTGTTCTTGGTAGTACTAGCTACAATTCTAGGAGCAAGTGCTGCAAGATTAGCAAAGAAACAGTCTCATATTATTTAAGGAATTCCACAAATTCTGTACAAATCTCTAGTCTCTTGAGGCTTGATTTTGCAAAAAGAATGTTTATACAGCACCAGAGTTAGAAGCTGTTGAGTGACGGAAACATAATGTGGTCAGTCCCAAGCACAATCTCACTTTGCAGATGAGTTCATTGAGGCCCAGACATGTTT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Seq C2 exon
TTTATTCAATGTGCTCATTATGTGCACTATTCTTACCAACTGTGTATTTATGACCATGAGTAACCCTCCAGACTGGACAAAGAATGTGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000038180:ENSBTAT00000061380:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PU(0.7=6.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]