BtaINT0129413 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019385 | SCN3A
Description
sodium channel, voltage gated, type III alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10590]
Coordinates
chr2:31235876-31242859:+
Coord C1 exon
chr2:31235876-31236114
Coord A exon
chr2:31236115-31242685
Coord C2 exon
chr2:31242686-31242859
Length
6571 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TGCTCTCTATGTTACTTTAGGTC
3' ss Score
9.17
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTTGAAGAATCTAGGCAGAAATGTCCACCATGCTGGTATAGATTTGCCAATATGTTCTTGATCTGGGACTGCTGTGACGCATGGTTAAAAGTAAAGCATCTTGTAAATTTAATTGTTATGGATCCATTTGTTGATCTTGCCATCACTATTTGCATTGTCTTAAATACCCTCTTCATGGCCATGGAGCACTACCCAATGACTGGTCAATTCAGTAGTGTGCTGACTGTAGGAAACCTG
Seq A exon
GTGAGTTCATTTGAAGTTTACTTATTTACTTTGTCAGAGATAAGGCAGATAGACCAAAGAAGAAATCCATTTGTGCTATGCAGAACCTCCAAACTATACCCTCTTTTCTCAGAGGAAGAAATATCTAAAGGAATATTGAAGGCGTTCTCAGGGATAAGGTCTAGAATTCAACTGGTATGAATACTGACTGTTGAGACCAACATCTGTGCTGATTGATCATGGTGTTTTACCCTTTGTAAACTTGTTAAAATCTTTATTGTCAATCTTGCTGAAAAAAAGCAGAAATCATGAGGTCTAACTCTGGCTCCATAAGCATGCAGTTTTAATATACACAGCTTATGAAGAAATAGTTCTTTGAAGGGAATATATAAAGATTGATTTCTGTGCAAATGAGGGCATAGTTGTTTCAAACTGAACTGCCTAATAAAATGCTTCAGTAGAATTCACACAAGAGAAGAAATAGTTGATAAAAATGCATTTGTAATTTAGCCACACTCTGGTTCATGTTACTTGGGTAGACATCTGTATATGTGTATGCCGACATATACATTTCCTCCTTCTAATGAAGAAACTGAAATGGATGAACAAGTAAAAAAAGAATTTACATAGTTTATTAATTAAAACCTTTTTTTTTTTGGCACAAGATAGAAACAGAATTCAATAGCCTAAGAGGAAAATAAAAAGACTGTCTCATGAAATGGAAAGAAAAAGACAAATTACCAAACCATATGAGGATAATTTTGCAACTGGGCTTCAGGAAATGCTTTAACCAAGGGATTGGATGTAGCCCAACCATTCATTGCATCTTTTGTCTGTAGGTCAGGAAATATGATCACCCATACCTTGTTGGTTCTAAATCTTGTAACCTCTGCAATGGAAAAACACTGAATCTCTTTTTCAGTTCCAGTTTAAAGACTCTCGTGATAGGACTCTGATTAGCATAGCTTGGATCAGATGCTTCTCTCTGGTTTAACCAACATTGGCGAAGGTAGATTCATGTGCAAATCGCAGTTCTGAGGAATTACACAGGAGGAGGATTAATTCCCAACAGAAAGAAGAAAGGGAATACTGGGCAAACAACTGTCTAAGTGTCTACTTCAATAAGTGACCTCAACTTCACTGCATTATTTGACTCAGTATAACACCCACCAGATTCTTGAGACTTTCTTCATCTTTGACACCTGTGATATTGATTTTTGTGTGTGTGTGTCTAATTGGCTCCTTCATCTTTCCAATCACTCAATATCTCTGCTTCCTTTTCTGGACTTCTCTTCTTTTGCCTATTAGGGCTATGTTTTTCACTCAATATTTGTATGTATTCAACAGCTCTATGTATTATCTACTCTTATAAGTTGTGTTCTATTTCTGTATTTCCAGCTGTTAAAGATTATTGCCCCAGGATAACTTTAAACATCTGAAAGATGATCTTTCTCACAGTTTATTGAAAGCCCTAAAAATTTCAAGTTAGTTTTGTATTACCTCTAGCAGTAGCCTTTCAGTTTCAAAGAGGCTGCCAGCTTCAAAATAGAAACCTTTTATTTCTTATATACAATTTTATATCAGGACCCATTGTTTCTTTTTTCTAGGTATCAATTCTTTTTACCAATATAGCTACCATTAAAATTGTAATTCTAGTACTCTACACTCAGTCTGCTTTCATCTTGCCAAAGTATCTATTGTCTATATTTGTGGTTCAACAATCTTACCTGGTTTTCAACACTCCCCCTCTAATCCCATCCTTCCTATGTCATCTTATTTTCCATTGTTTCCTAGCCAGTCACCATCAGTCTTCTCAGAACAGCCTTGACACTATAACCCACAAATGTTTATATGTTTATATAGGGAAAGTAATTCACAGTTCTCTATATTCATATTTAAAGTGTCCTGACTCAAATCACTTCATCTCAATTTTTCATATTCTTTAAGGTCCAGCCATAGCTTCCTCTCTCCTCTAATATGACTCTCAGTCCATACTGAGCACACTTTTAACTCCTAATCCATTTCTGTGAATAGAACATGGTCGAACATTAAACATTTTCTTGTTGCATCATAATTCTTGTTTTTCAATTCCACTACATATTACTCCATGGCAGAGATCACATCCTACTTTTCTTTTGTATCTCTCAGAGTGTTTACATGGGTGTAGCTTGATAAATAACCATTTGTTTCCTATCCATAAAAGAACATGAGCTTTGGAATCAGGTAGAACTGGGTTTGACCTTACTAATAATGTAGCATCTGGACAAGCATGATAAAAACAATTTCGAGTCTTTGTTTTCTATTATTGAAACGGATATAATAATACTCATCTCCCAGAGTTGCTCTGACGGTCTAATGAGATAATGTGAAAACACAACACTTTGCCTGGCATCTAGCACGTGCTCAATAAACAGCTTCCTTCCTCTTATGTACGCTATTAACCTTTCTTTGAAATACTGATGGAAAACAGTTCTGGTCTAGCTCTGTATTTTTCCCAGGACAGTTAGGGAAGTTGAACTGTTAGGAACAATTTGGGAAATTTGTCAGAGTGACACAGGAAATTGAGGTCTTAAAGAATTTTGACGTTGAAGCAATGGAGTACGGAAGCACAGGATAGGAGATGTTGGATTATAGGATGGTCAAACGGAACAGCACTAGACTAAAACACCAAATTTGGGTCCAAGTCCAGTTGTCTGTGCTAAAAATCTGATCTTGAAAAAGTTACAAATATTGTTTTCTCATGAGTACAATGTGTTGGGACTAGACGAGTTTTCATGTCTCTCCTCATGCTAAAATCTATAATTTTGAGTATCAGTGGAGGTAATGAGGTGGAGAAGTGAGGTGAAATACTGATCAGTGGTTGACTGTAACAGAACCATGGATAAGCTGAGTTTAATATTAGGGAAACAAGACTCAAAGATAGAGAACACAGGTGACCGGAAACTGACGTAACTATTTGTAACCATAAGAACAGGCGAATGTGTAAACTGACTGTTACTACTAGCTAAAAGCTCATTAATATTCTCTCTTTCTCTCTGTGTGAGAGAGAAATATTGCTTGCATTATGAGTACTTAGCTGACTTTGGATCTATGGTATATACCATAGATGGGTGTTGCATTGCGTATTTTGTGAAGATTTTATAGTTTTCTTACTAAAATCAATTTAAAATTTCTCTGGACTAGTTTATTACTATTCAAGTGATTCCATACTGCCTTATAAATAAGGAAATTGAGTTTCTGGTTGAATTAATAACAAAAGAATGTGCCATAAAAGAGTTGTGGCACTTTCAGCCTTTATTTAGATAAATGTGCTTTTTTGTATCCTCTTTCTGCTGAAACATATAAAAATTATATCATTTCCCTGTTGATTGCATGGATCAAATTTAAGTTTCAAGAGACCTCAAATCTTGATTGAGTTTCTCTAAGATTCTGTTTTGCTTTTGTGTTTTTTTTGTTTGTTTTAACCACTATTAAACACATGCACTCATTTTACTGATTCTATAAGCAAAAAATCTTTCATCAAACATAGTAGGTTACATAATCCCTTCATCATATAAACATTTCCAACTACCCTGTAACTTTTTCTTCAGGGAATATCGATAGAGATCTCTAGCTCCTACACTATTTGTTTTTCTTACTGCAACTCTCCCAACTAGAGATTAAAGATTCACAATATCCCTCTATTCTGCTAGACCCAGATGGGAACTTAGAAAATGATACCTGTTCTAAGGACTTTATAGGCTATTTTCAAATAAAAGCCTAAAGAAACATGATTAGCAAATTATTTTAATTAAATGGTGTGGTTTAGGATGTGAATACAAAATCTTAGAAATCTTGAAGGAAAAAAATGGCTTTGTTTATTGAAAGATAATATCATTAGAAGCCAAATTCAAGAACTCACCTATGAAGCCTCTTGCATCAATGAAGAAGTGCTATTTGGCTACCTAATTCCTTTCCTAGTACAAGAGAAAATTGATTGTTGTCTCTTACTAAGCACTACTAACAAAATTGTTATGTAACAATAATTATGGGTACACCACAATTTCTAATAAAATTTGCTAAGCAATTTAATACTGATAGAAATCCAAGAATATTAAACACAGACCTGATGAATATCCCCATTTGACAGGTGGGAGAAAAGAAAATCATAAATGTTGACTGATTTCCCATCATTTTTCTTTAAATATATTTCAATTTCATCATCCAAAAAAGAATGAACAACAAATACTTGGGGGTACAAACCCAAAAGGCATGGGTATGATTAAACTAGAAGTATTAAAACAAGAAGCTAATAGTAATGGAATGAAAGGAGGCTACAGGTATGTCAAATTCACTACAAAAGAGTGGAATGTCAGTCTGGACATTCCAGAGATCCTGTGGAGCAAACTGACCAATATTCAAACTTCAGCCTTTAGAATGAACATTTCTATCTTTTTAATGTATGTATCAACAGAACTTTCCTCTCTAAGTAAATACTCAGTAAGGAAATTTTTCTATCCCTGAATTGAGACCTTAACCCCTAACATTTGATCATTCAAGCTCAGTGTCCTTCAAAACAACCCAAAATGCTCACAATTTGTTTACTCTTGGTCCAGACTCTCAGGCTGATTCTCATCCCTATCTTTAGTGCTTATGTTTTCACTAACTGTCATGTGTCATCATGTATAATATTAAAGATTTTTCACTAAACATCTCCTTATTAAAGAAGCTGCTTTGGAAGTCTATAAATGTATTGTCCATAAGAAATTTATCAGCCTAGATGAATTGGGTTTGCAATTTCAACTTGTATGTCCTAATTAGCACTGTATTTCTTTTCAAAGCCTAAAACAATGTGTAGTAAGTAAGCAGCTATTTTTTATGAATGAAATGAATGTCTACAGAAGCATGTAATCCAAACTTTCGAAAAACAAAAAGCTTCTGCAGAAGACAAGATATAATTAGCCTAAGTCCAAACAATAAACATTTGATAATTTTACTGTCTTAGTCTTCTCTTAACCACTGACAATGCTGAACTAGATTGA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Seq C2 exon
GTCTTCACTGGGATCTTCACAGCAGAAATGGTCCTCAAGATCATCGCCATGGATCCATATTATTATTTCCAAGAGGGCTGGAATATCTTTGATGGAATTATTGTCAGCCTTAGTTTGATGGAGCTTGGCCTGGCAAATGTGGAGGGATTGTCTGTACTGAGATCATTCAGACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019385:ENSBTAT00000025829:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(1.6=3.8)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(30.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]