GgaINT0048558 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011040 | SCN3A
Description
sodium channel, voltage gated, type III alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10590]
Coordinates
chr7:19428570-19431785:+
Coord C1 exon
chr7:19428570-19428808
Coord A exon
chr7:19428809-19431611
Coord C2 exon
chr7:19431612-19431785
Length
2803 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
ACTAATTGATTTTGTTTTAGGTA
3' ss Score
8.93
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCTTGAAGAATCCAGACAGAAATGTCCCCCATGCTGGTACAGATTTGCAAATACTTTCTTGATCTGGGATTGCTGGAGTCCATGGTTAAAAGTAAAACATGTTGTCAATTTAGTAGTGATGGATCCATTTGTTGATCTTGCTATAACTATTTGCATTGTTTTGAACACCTTGTTTATGGCCATGGAACATTACCCAATGACAGAACAATTTAGCAGTGTCCTTTCTGTGGGAAACCTG
Seq A exon
GTGAGTGCTGTATCGTGCACTTTGATCTAGTACTTTTCTTTTCCTAAAAAGAGGAATGTGTAAATGCATTGTACTGGCTTTAAATCTATTCTAATTTCATTTATTTATTTATTTAATAATCAGTTTAGAAAGTATGATTTTCCTAAACAAACTGAGTTTCCTGGAGACTTTAACTTGAATCTGTTTGGTAACTATTGAAATGAAATAACTAGATATGTTTGGAAATGTAGTCTTCACTCGTCAGATTTGATTTCTTGAGGTCTACTTTGGGTTTTATCTTTCAAAGGTTAAGGTAGCTTATCTAGTTTTTAGTACAATGTTGATATTCCCTCACAGAAAATATTTTTCTTGTGTGAGAAGTTGATGAAACATTCGTATGTCAGAATTTCACTTTGAATTTTTTTCAGTTAAATTACGGCGTAAGTATGTTTCCAAGAAAGGAATATTTCTTGTTAGCAGTATATCCCTGACACTTTATATGACTGAAAAAAGTTTTATAAACAGGAAGATTATTTTTTATTCTCTAATAAAAAGCACTTTTTATTCGTAAGTCTATTAGTGATGCCATTCCTGGTTTTCATCTGATCTGGAGATTTACAGTTACATTCAATTCCCTTTCTGAGCAGATACCTAAATGTGGCATCACACATATGTATGTGCTTCTGATGATCAGGAAACAGAGGAATGAACTTTGCAAGTGCTTGTTTTAGGGGAGCGCTCATGCATTTTTTAATTGTTGCCACCTTAAGTAACTACAGGTAGTTTACACAGGAGAGATATGACTGACTCCCACAGCATGCAGTCCTGAGAAACCAAACCTACTGAGTCTTTTGCACTAATAACACAAGAAGGTTAGTTTTGAATATTCTGCTAATATTTGAATGGAGCAGTAATACATTTCTCAGTCACAGTACATTTTAAAGTCTAAACATTTTCCTTATATGTGCTGGTAATATAAATGTCTATGACTTTTAAAAAAAATACATACCTAAAAAAAAACGTACTGCCAAAAGATACCGTGTGAGCTAAAGTTTTCTTTCTCCTGGACAAAGGCTTAGTCTTTGGAATATTCTTATGTTCATCACCAATTACAGAATATACAATGATATTTTTATCTACCTTTCTAACAATTCAGTATCCTTAATCAGGACTACATACAAGCAATGAATATTATTCCTGCTGATTCCAATTAAGTTCTCTGTAGCTCACTGTACTAATCTATTAACCTTAGTTACGCGGTTGGCATACAAAATATGTTAATTTACTGTTCATTTGTGACATCACAGGCTGTTTAAGTTAAACAGAGCAAATATGAACATGCCTTTGTGTAGTATTTTAATGAAAAAGAAGAAATAATTATAAAGTGCAATTATTAATTTTCATAATACTGAAATTCAGTATGCAAAATTTGTAATTGTAAGAAAGCTTAAGTTTAATTCTGTTGAAAATGTACTACTTTTGTGTATTTGTGGATGCTGATATGCTCAAGAAATATAGTTTGTGGATGGCATGGGTGTGAAGGAAATACTTTTAAATGCTTTTAAAAATTTTTTTTTCAATTATTTTGACAAATATTATGACAGTTTTGTCAATAGTTATCTTTACCTTTTTATTTATATTTTATTATATTTTATTTCTTTATATTTTCTTTATACTTCCTTTATAGAAATACCTATTACATTCTCCTGAAGATATGGTAACACCTTTCATATCTCGGTTTAGTAGTGTATTGTTTCTAGCTATGCTTTCAGTTTCTCAGAAGTATAAACTTTAAAAATTATTAGCATTTCCAGTTTGAAAATGGTGAATATTTCCACACAACTATATCCACCGCCTAATATTCTTAAATTAAAAGCTGTTTATAATTGTCATGTTTATGTACACAAAATGTATGTAAAATTAAGCTTTGCTTCCATACAACTTGCTGGGAGGACTAAGGACAGTCTGGATAAAGAACTGTCAGAATGCAATTGCAGAGCATACCAGTTTATATCAGTAGACTTTTGGATCATGTGGGATAGCCTTTGAGTTTTGTGCACAATATTCATATGTTTTTAGTGGCTTTTACATTGTGCTCTAAAACTTCTTTATTATGCTGTACTTACCACTGATAAGTACTCACTGCAAAAATGTCATATTGGGATTAATTCTGTACTTTCAAAAAAACATGGAGCACTGATCATTTCACAATTGACACCTTCAGATATTTCAAGTAACATTTTCACCATGTAATTCTTTTCATGCAAGAAAATAGCTATCACACGGAAAAAGATCTGTTCCTGAATGCTCTACATCCTTACAAAAAGTCCAGTGCAAGAAATTTCAGCTTCCACCCATACACTTTGAGCTAAAACGGAGACCTTAGGAACCTGACCCCAGAAAGTCTGTCATAACACTTCTGTTTAGACCGTGGGAAAGGATAGAATTTACTGTCATTTTGTTTTATTTTACTGGGAGAATCCTTTAGAAGCAAAGCTAAAAGCATTAGATCATATCAGATCAGGAGATGCATGCTGAAATCTTTTAGTTGGTGAACTGGAGCTGAGCTGCTGACCGGTAAATAGATTTTTTTTAGAAGTTTATCAATTCTGTGCCCTCCTATATCTGTCTTGATTTAGTAATTTGCTTTTAATTACCAGTTTTCAGTGTGCAGAGATACTTAGATGCTATTTGGAGATAACTATCATCTGTTTTATGTAGCAACAGGTACAAACAGCAGGTAACAGAAATCAAGCTGGATTAGAAAAATTTGCTCAGATATATATGTGTGCCATAACAACTCAACTAATTGATTTTGTTTTAG
Seq C2 exon
GTATTCACCGGGATATTCACAGCAGAAATGGTACTAAAGATAATTGCTATGGACCCTTATTATTATTTCCAAGAAGGCTGGAATATTTTTGATGGTATTATCGTTAGCCTTAGTTTAATGGAGCTTGGTCTTGCAAATGTTGAAGGATTATCAGTTCTTCGCTCATTCAGATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011040:ENSGALT00000017981:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(1.6=3.8)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(30.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]