RnoINT0131586 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005007 | Scn3a
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 3 [Source:RGD Symbol;Acc:3635]
Coordinates
chr3:51572500-51579979:-
Coord C1 exon
chr3:51579741-51579979
Coord A exon
chr3:51572674-51579740
Coord C2 exon
chr3:51572500-51572673
Length
7067 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CACTCTCTGTTTCCTTCCAGGTC
3' ss Score
12.81
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTTGAAGAATCTAGACAGAAGTGCCCACCATGCTGGTATAGATTCGCCAATGTGTTTTTGATCTGGGACTGCTGTGATGCATGGTTAAAAGTGAAGCATCTTGTGAATTTAATTGTGATGGATCCATTTGTTGATCTTGCCATAACAATTTGCATCGTATTAAATACACTGTTCATGGCCATGGAGCACTATCCCATGACCCAGCAGTTCAGCAGTGTGCTGACTGTGGGAAACCTG
Seq A exon
GTAAGTGCTATAGGGAAGGGAACAATGTAACAAAGAAAAAGAGATGGCAATGCTGTACCAAACTGTATCTTCTTTCCTCACAAGAAGAAACATCTAAAGGAGTGTTACAGCTCACCTCAGATGGAGTCTGAATTTCATCTGTGTTGATGCTGATCACGCAGGACAGTATCTTTGCAGATTAACCATAATGGTTAGCAGCCCCTCACGCTATAAAGGATTACATACTGGAAATGAAGGCTCAAAGGAAATATGAGGGCCACAAGACTTGAATTTGCAGGGTCGTCACAGAACCCACACCCAATTGAAAGGATAGCCAAAGAATCAATCTTTACTTTTAAAAGGCATAATAATTTAGAAGTGAATAAGGTAATAATAAGTATCCTTAGTGGTAATCAACCAATGGAGAAAATAATTGGTAAAATGCATTGGTAGGACCTTCAGTATGGCAAGGTAAGTGGCCATAAGGAAGAGTATACTAAGATGTATTTGCAAACAAACAACCCTCACGTTTCTTTCAGACTTTAAAACTGGCATCAGTTAACCTGTTCTTTCCCAGATATGCCTAGAATTTGGTTTCGACAACATTAAAATGCTCTATTACGTTTCAAGATGATTTGTCGTATTCAAACCCAATTAAGCAGCCTATAACACATCCATAACATCATCCCTAGGCCTGTGACTTACAAATAACTCAGTATAGCGTTCATTGCCAATTATAAAGTACTGATAGATATTTAATCTTCAGTAAGCAAATACCTGGATGCTTTGTCTTTCTGTGAAGGTTGTTGTATCCTTGCAAGGCTCCAGGGATGGGCCTGACGGAGACAGTGAAGGACTAAAGAAAAGAAAACAGACACAGATTAGCTGGGACTCAGTGGGTGGGCTCTCTGGTAGAGAAACTGCAGTGCCTGGAAGCTCAGTGTGTTCATTACATAGAGTTGAACAGAGAGATGGAGTAGTTGCCTATGGTTGACCAAGGAAGTAGTGTTCAGACACGCAGGTGAGCAAAGAGGCAGGGTTATTCTACACAGCTGGATCAAGTGGGCAGGTTTAGTCCATCTCAGTAAAACAGTCTTTGTTGAGGTGCAGTCCTCAGAGTGTAAATATGGGGTAGGCAGAAACTATGCTGGACGCTTTCTGAACACACTATCAACATCATGGGCTGCAGGTGCACCAGAGGAAGGCTTTGTTCTTCCTTTGATCCTCACTTCCAGGATGAGGGCTTTGCTCATTTTCCCCCATGGTTCTGAGGCTAAGATTCTTGACTTGGTGCCTCACGTCAACAATACATATTCGTTCAAACCTTCATATACCCAGGCCTTCCTTTGGTTGCCCACAGAAGTCCACTGAAGAAAACCACCCAAAGACTTGAACACTTTTATCTATTTGATTTTGGCTAGCTTGCTCTTTGAAACATTCAGTAGCAGTCAAAATGTGGAAAACTGCACTGTGCGAGACTTTGACTATTTAAAGATGCTATTTTTCTATTGGATATCTTTTTCATTGATCTACAGGAAAATGGTTTGCTCTCTGGTTCACTAAGATACAATACTTATCGTCTGTACCTGCATGATATTATGTACTGGTTTTTCCATGTTTATATCCGAGCCATTTGTAGAACCCAGAAATCATGATTGTGAACACATTTTAGGGGCATTCTGAGCATTGAAGCACATAGTATAGGAAACACTGACCAGCTCAGGATGTTCCAAAGCCCTTCAAAATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGACCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAACTTCAGTGTACTTTATACATAAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAATTCAAGAATCAGTTTTACATTCCCTCTGGAGTACCTGAATGGAATGTTTTGCTCCCCCTGGGTCCTTGTCCTGCCAAGAGCTAGTTAGCATCATAGCACACCTGTAGTGCACTTTGTAATATCAGAACAAAAAGTGTCGATTCTAACACATAATTGAATAAGAGTGCATTTATGCTTTATCCTTCCTTCTCACTCAGATGAGCTGAACTTGCCTTTGTGCCTTTGTACAGATGGACTTTTTTCCTCTTAGACCATAAAACACGGACATGCATAATAATTGTGCTGTCTGTAACCCCTGTGCTACATGACTGTTTAATATTTTAACCTTTTGCATTTAGACATAAATTTGTCCTTATAATTGAACATGTCAAATATAGTACTAATGAACACTTATACCATATGAAAGACAGCAAGAGAATCATAATGAGTGTTCTCTTTTCCTTCTGAATCCTCAGTGCCTAATGTCCAGAAATGTTTCCCACAAACTATTTGGGATAAATGATTCTTTACTGTAGTTTCTGGGAAGTACTTTTTAACTGGAGCATACGACTCTCCTTTGTGGAGTCATAAATGAAAGTGAATGCTGCTCAGCTGGTTAAGGCATTAAGGCTGATCACATTATTCTGATCCAAGAGCTCTAGCCAGGGCTTTCTACTGCAAGGATCTCCAGTTGTGACCAACGAATGTACTCTACAAAACAGGTTTTCTCATTATTCCTATCAGGTTTGCGTTAGAAATCCCCATTCGTTAGGATGTAAAGTCCCTAACGAGAACTGTATCTTCAAAATAGGATGATCAGAAGTAGGCGTGGCGGCACACGCTGAAAATCCGAATGCTCGAGAGGCTGAGGCAGGAAGAACCATGGTTCCCGGGCCAGCATGGGCTACATAGTAAGATGCTGATCCAAAAGAAACGGGAGAGAGATGGAGAGGAGAAAACAGGGAGGGAACATGGGTGAAAAGAAGTCCTAAGGTCCTTGATAGATAGAAAGTATTTTGGAAGTTAAGCCTTGAGCCACGTGAGTCTCTTCAGTTTGAAGGGTGTAAAGGTGAATTCGTTATAAACTAGACCTAATTCCCCCCAAATATTAGGCTTTTATTTCTTCTGCCTGATTTTTCTTCACTCCTACTATCTCTTCCCTAGAGCTTCAACTAAATAGTTGAGTTTACATATTTATTAGTTGACACCTTCCTTTTACTATCCAAGGAGTACTTGAATGATGGGGATAGAGTTGCCTCCTCAAGCACAAAAGACGAAGGGCCAAGCTTTGTGAAGGGTGAAGATGCACTGGTATTGGGGGCAGTGCAAACACTTGCGTCATCTCTCAGGGATAGCGAAGCTCACAGGCGGTACATCTCATATCATTTAATCCGAAAAAAAAAAAAAGGATAAATTCCTTTTTGAATTCCAGCATGATAGATAGAACTATGTTGGGCATATTTCATAGACAGTCACTTCTTGTATAACCAGCCTCAGAAGGAGGACTTGGAGTGGCCATTTGAAAACATGGCCGTCCCGAGTGGTCACACAGGTGGAGAAACTAGTCCCACCAGAAGGGTGGAGAGGGGTGTTGGGGAGACAGAGGTATAAATATGCATATTTATAACTCACCTCATCCTCTCTGTACTGTTGGTCTCGGGAGAACACCCTCCCTTTTCTTCAACTTTCACACCTATAATGCTGTGATGCTCAATCTGTCCCAATTATTTTCTTGAACATGCCAATCACTCCCTCCCTGATACTCTCTGTGACTGCTGTTACCGGCTTTTTGACTCCTTACATCATTCATGATGCTTTTGCACTCAATATGTTCACGTCCCAGCAACTTTAGGGACAATACTATAAAGCATGAGCTTGATTCCTTGATTCCTTGTGCCCTGCTGACACAGATCATTGGCCTAGGATTGCTTTAAGCACTGTATAGTCTCAGCTGAATAGCCATCCGTCCCACCATTTATGAGAAGCGCTATCATCCTCACTTCAATTTTGTGTCACGTTTAACAGAGCCTTCTAGCCACAAAGCTTAGAATTGTTAGAACCACGTGGAGTTAACGTTTTCTTTATTTCCCATGTCTACTTGATAGAAAAATCCATTATTTTTTTCCTTCAGGGTATTTGTCTTTTACTCTTAAAAACTTTAAAAAATATTTCTGGCATTAATGTCTGTTGTTCCCTTTATAACAACCCCCCCCCCACAAGCCACATCAGAAAAACTTTGTCACAGCACCACACAAACACCACACCAAAGTTTATGTGTTTAAATAGTCCACATATAGAATGTTCTCAAATCTCAATTCACATTCTGCCAAGTTCCTCTTCATCCTCTTTTCTTTTCTACCATGGTATTCAGCCCACATTAAGCAACTTCAGCTTATTCCCTAATGAACTTTCTCACACCAGAAGCTGTGGCTTTCCCATCTGTTGTGAACTTCTCCGTGGCAGACCCTGCATCCCTTTTTGTTTTGTGTCTCCCACTGTGTCTACATTGCAGTTCCTCAATAAACAAATGACTGGTTACTTCTACTCCCAAAGAGGCTGCTTCCCGAGCCAGGTTTTTGTAAAAATGACAGTCACTTAAGAGTCAACAGCCAGTCAGACCAGATTATAACTCTCACTGTAGATGAATAATATACTCTCTGGAAATGTACAACATTCTGCGCCTTGTTCTTTTATTGTTGAAATGGGTGTCACGATGCCCATCTCTGAGGCTGCGGTGCAGGTCAAATGAGGTGAGCTGGAAGAATCTAGCAGTGTGCCTAGCATCCAGCATGCTCTCACCGAACAGCTTCCTTCCTCCCACATGCACAGCATTAACCTTATGAACCTTTCATTGAAGTGTCAATGGAAAATATTCCTGCTCTGAGCCCTTATGTTTTTCTCAGGATATTGGGATGTTGGGGGAATTGAATAAATGAGGAATATTTTCAAAACTTTCCAGACTATGGACGGAAATAGATTTTTTTATGGTCTTCCAATGTCGAAGCTGTTGTATCTGTAAGTGTGGGGATGATATAATTTGGGCGATAGGATAATCAGGTGGAAAAGCAGAAGTCAAAAGAGCTTCAAGTCTGAGTCCTAATGACAGAGT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Seq C2 exon
GTCTTCACTGGGATCTTCACAGCCGAAATGGTCCTTAAAATCATTGCCATGGACCCCTATTATTATTTCCAAGAGGGCTGGAATATTTTCGATGGAATTATTGTTAGCCTGAGTTTAATGGAGCTAGGCCTGGCAAATGTGGAGGGGCTGTCTGTGCTTCGGTCCTTCAGACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005007:ENSRNOT00000006646:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(1.6=3.8)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(30.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]