BtaINT0129416 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019385 | SCN3A
Description
sodium channel, voltage gated, type III alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10590]
Coordinates
chr2:31246357-31258095:+
Coord C1 exon
chr2:31246357-31246827
Coord A exon
chr2:31246828-31257974
Coord C2 exon
chr2:31257975-31258095
Length
11147 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
CAATGGGGTTTTGTTTCCAGAAA
3' ss Score
6.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGAACCTCTTTCTGGCCTTACTGTTGAGTTCATTTAGCTCAGACAATCTTGCTGCTACTGATGATGATAATGAAATGAACAATCTCCAGATTGCAGTAGGAAGGATGCAAAAGGGAATTGATTATGTGAAAAATAAGATACGGGAGTGTTTCCAAAAAACCTTTTTCAGAAAGCCAAAAGTTATAGAAATCCATGAAGGCAACAAAATAGACAGCTGTGTGTCTAATAATACTGGAATTGAAATAAGCAAAGAGCTTAATTATCTTAAAGATGGGAATGGAACCACCAGTGGTGTAGGTACTGGAAGCAGTGCTGAAAAATATGTAATTGATGAAAACGATTATATGTCATTCATAAACAATCCCAGCCTCACTGTAACGGTGCCAATTGCTGTTGGAGAGTCTGACTTTGAAAATTTAAATACTGAGGAGTTCAGCAGTGAGTCAGAACTAGAAGAAAGCAAAGAG
Seq A exon
GTAAGAATGATTTTAAAGTTTTTCTTGCGTTTCCTATACAAACCATGTACCACAGTTACTTATAATTTTTATTGTGTTTATAGGCATTATTAAAAAGTATATTAAAAGCCATATATAAAGTAATGTTGGACAATTATCAGATATTCTTCTTTGGGAATTCCTTCCATTGAAATTCCAACTTTTCACAGGAAATCATCATTCTGAATAGTTAGTATATTCATCTTGATATTTTAAAGTCTGATTAAAAAATATGGCCTTCCAAAAAAGAGATTTTATTTAACACATTCTTTTATACACTACATTATGCTCTTTAGAAAAATAAACAAACCATATTTTACTGATCATCGTGAAAGTGTCATATCTTTACTTTCTATAATACGTTAAGTTTTGCTATGATATTTTAATGTGAATGTTTGTGTAGTTTTGTTCACCTCTGAACCTTTTATTGACTACTGATAACAGTGTTATTCATTAATGAAAATTTTATACATAATAGGAAAATAAGAGTAGTAATGATTACATTTTGGCCCAGTCAAGGAAGAGCATATTTATAAGGTCTTCCAGATTAACCTGGAAATACTAAGAACTATTTGGAAAAACTCCGCTTAAGGATTACAGCTGAACTGTAGACTGAAAAGCTATTCTTACTGTCATATTACTACTTATTTAAAAGAAAAGGAAAAAGGAAAGGCAATGTTATTCTTGCAGGATTAGAATTCACAGGAGTCTATGATAGTAGTTCAAGGCTATTAATTCCCCAATTCTGTGTTGTGGAGATCAGGATTAAATTTTTTACTATTACTTATTTATAGAGTTCTGATATGCTAGTAGGAAGTTAAGTCTAGCACAGAGCTATAAAGACAGATTTTAACTTGAAAGTATAAATAGTGACACCATAGGAATCAGACAAATGACATCTGATTCTGTGAGCATATTTGCATAGTTTGGAACTTTCTTTTTTTAATAACAGTGGCAACAGAATTTGTATAAGTAGCTGACAGTGTCACAATTCACATGCCTTTTTTCAGGCATTTCAGAGCTTCTGAGATATATTATAACAGTAAATTTGGAAATATTTTGAAAAAGGTAAAAATGTATACAAAATGAGGCATAATATCCTTTCTCTGAAATTCCACTCAAAGTCTACTTAATGAGTTCAATTCTAATTTATATGTTGCTCCTTCTGGTAAGATAAGAATTCAATTCTAATTTTATTTCCCATCACTTGACAAAGATTTACTTAAGAAAATCATCAATTAGTTAACAAGCATTTATTGAGCACTTCTGTGAACTCAGCAACTTCTGGGCAGTAAGGGTAAAGGAAGAGATAAAGGAGAGATTCATAATATAACTCTTTTCAGGGAATTTTCAGAATCTTCAAGGAAGCTAATACTAACTCAGAAAATCATTAAAGGCCTATTAAAAAGTTTAATCCTAAAGGACTGACTATAAGAGTATAAAGACAATAGGTATTGAGAACAGCAAGAACATAGTAAATTGCTAAATGAAGAGATAAAATTGAAGTAGGCCTCGAAATGTGGGTCAAATACATGAACAGAAAGCCAAAAGCAGAAAACCACTAAACAGAAGCCAGAGTTAGAGTGAGCTTGGCAGTTAGGTGCAGCAGTGAAATAATCAGTATGAATAATGTATCGGCTGAGAAAGTGGAAAAACATGTTTGAGTGAGTAAGGTAGTTTCAAATAATACAGTCTTGAAAATCAGCCAAAGAGTTTGGAATTGGCTATATGATCAATAAGGAGCTATCTGTTCTGAAGCAGGTGAAAAGCAATAGGAAAGGGATGCTTTAGGAAAATTTATTCCATAGTAATGAGTAAAGCAGTTTAGAGTGAGGAATAAGGGTTATCTTGAGGAATAATGAGGTAACAATCATTTGATTATAATAAGGTGATAGAAATATGGGCTATGTTAATAAGTATGGCAGATGAGACTAACTGGCAATTTGACAAACCTAGTAAAGAGTCTGAGAAACTGGAAAAATAGTAATGCAACTGTCTGAAATGATCTTTTGGGTTACCAGGTTTATGGGAAAAGAAGGAATTCAACTGGGATATACTGAATTAGAAGTGGGATACAATGGGAACCACAGCCTAGATGAGAAGTCAGGGTTTAAAAATAGATATGATAACACAGATTTCATCATTATCTGATTTCTTAAAAACAAAGGAGTTCGCCACAGAAGTAATTGCAAAGAGAAAACAAGGGAAGATTAGGGACAAGACTAGCTTGGGGTCAGGAAGAGATAGAAAAGCCAAAGAGGTTGAGAAACTTTTGCTACATTAATATTATAGGTTTCATCTCACTGCACTCATGGAAATGATATATGTTAATTTCTTTTTAACAAAAAGTTGGTTTCCAGAATACTTCAAAAACTCTATTTCAAATAGATATTTCAAATGATTGCTTTAGTATACTACTACCTTATTAGTGTATCTTTTTAATAGCTAAAAAATCATAAATTTGGAACAAGGAAATATATCTTTATTTTCAAGCCATTGAAAACATTTTATTATTGGAGTAAGATTTCTTTTTTGGGTGAATTTTTAAAATAATCATCTGTCCTCTTCCTAGCTAGTTTTGGGTAGATAGAATTCAGTTACTGAATTAAATTAAATTGTTTAAAATATACAGATATAATAGAGGGAAAATACTTGCAAGCTAATATAAAATCAAATACTTCTATAAAGTTAGGATAAAACTTCAAATTATTTTGCACAGTAAAATTAAATTCAAGCATAAGTTTTATGCGGATGAATTTTTTAAATAGTAGGGCAATTCTCAAGTATGCTCACACAAAGTGTAAAAGTACAGTTGACCACTGAACAACACAAGTGTTAGGGGTGTCAACCCTACACCCAGATGAAAATCCCAGTACAATTTACAGTTGACTCTCCATATACAAGGGCTTCCCTGATAGCTCACTTGGTAAAGAATCCAGCTGCAATGCAGGAGACCCCGGTTCGATTCCTGTGTTGAGAAGATCCACTGGAGAAGGGATAGGCTACCCACTCCAGTATTCTTGGGCTTCCCTTGTGGCTCAGCTGGTAACGAATCCACCTACAATTCAGGAGACCTGGGTTTGATCCCTGGGTTGGGAAGATTCCCTGGAGAAGGGAAAGGCTACCCACTCCAGTACTCTGGCCTGAACAATTCCATGAGCTGTAGGGGTCTCAAAGAGTAGGACGCAACTGAACGACTTTCAGTCCATATACATGGTTTTGTAACTGCAGTTCCACATCAGCAAATTCAGCCAACTGAAGACCCTACGGTACTGTAGCATTTACTACTGAAAAAAATCTGTGTGTAAGTACACCTGAGTAGGTCAAACCTTTATTGTTCCAGGGTCAACTGTACACTGTTTTTAAAAACAAAAGCAAAAATAACCATTATAGAACAGATTTAGATAAATTTCAGCAAATTTCAATTTTGATCTGAAATCTCTGAAAACTGCTGTCATTAAACACAGGTCACAAGTCAGATTTATATTTATGTTGGCTGGGTTGTTCTTTTTTAATAGCTATAGCACATACACACTCATACATACACACATAAATTAAAAATAATGTATCCATAAGATAGCATTTTGGTTTATGCTTATTCGTTTTTTGAACACAAGTAGAAAAAGCATATTGGGCTGGGCTTTGGGGGACACGAAATGTCTTTTTGCTGACAAACTGAAAAATCATACAAGTTAAACCTAACAGAACAATATATTTCAAAAGAAAGGAAAAAGAAAAGAAAAAAATTTTTGCAACATTATTTGTGCTTTAAGAAGAGGCAGTAAATTAATCATTAATTTAGATAGTATTTAAAAACTCAACTCGATTACTTCCACTCATTTTCATAATAAAGTATATGTAGCTATACCACAGTCGAGGAGAAATGATCTCTAGAAATTTTTCAAAATAAAAATATGAATTGCTATTATATTATGTAATATAAATTTTATACATGTGTATCTTTCTATGGACCGCTAGCATAAAAAGACTTGGTATAGAAACAAACATAAAGCTTTGCATGAAAAAAATTTAAGGAAATTGAAGGCATGGATTTCAAAATAGTGATCTTTTTATTTTTGCAAACTTGGAATTATACCTGTCTTGTGACAAGATTTAATATAGAATTTTGCTTTTATATTTTTACAGTTCACATAAACATAATTTCTTGACATTTTTATGTAACTATGGATTTTTACAATTTAGTTCTTAAAAGGTTTCATTGTCTTCCTAGGTGAAGGATATAGAATAAATGCTCTTAAGAATCATATTTGAAGTTGAATTCCATAGCACAATCTAGGAATATCATCCTGTGACCTTCACTGCTTACCATTCTTACTTCTCACAGGGGTAAAATCAAGCTGGAGCCATCAAGAATGAAACTCTGGTGTTTTTAAACCAGCCAGAGGCTCGTGTCACCACTTTTACCCAGGTTACCCAAGCAAGTTGTACATGTACAATCACTTTCTAAGTAAATTTTGACTGGCCTGCATGCTACTCAGCTGTGTTCCTTCCCCTGCCATGGCAAGGAAGTGCTAGACGTGCCCAGCTGCTGTCTGCTGAATCGTGTGACACATCACAGCATGGTCAGGCAAGACGGGCAGTCCCAACACCACATTGGATTCTGCTAATGACTTTCCAGTTTAGTCTTTTTAGGTTTTCAAAAGCAATAATTGCATGCTCTATAGGATTTATATCTATTTTTAATGGTAGAAATGTTTAAAGTTCAATTTGAGAGCATGCACTTTTTTTCTGCTTTTGTTTCATTAAAATAAGATCACAACTTTTTGTTGTTGTTGATTCAGCCCTTATAAGTAAATTGTATTACCAAAATGAGCCTCGCAGGTTTTTTTTCTAATAGTATTGCCATTTTCAGATCATTATATTCAGATCTGTGAATATAATTTTCAACCCATCCAATTCGTGTGCTCCAGATGGAAATGTTTGCTTTCATGTTTTGTGGGAAGCCTCTGTTAAAAAAAAAA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Seq C2 exon
AAATTAAATGCAACCAGCTCATCTGAAGGAAGTACAGTTGATGTTGCTCCACCTCGAGAAGGTGAACAAGCTGAAATTGAACCTGAGGAGGACCTTAAACCAGAAGCTTGTTTTACTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019385:ENSBTAT00000025829:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.166 A=NA C2=0.756
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.1),PF065128=Na_trans_assoc=PU(60.7=84.7)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]