GgaINT1024529 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011040 | SCN3A
Description
sodium channel, voltage gated, type III alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10590]
Coordinates
chr7:19436486-19447828:+
Coord C1 exon
chr7:19436486-19436971
Coord A exon
chr7:19436972-19447707
Coord C2 exon
chr7:19447708-19447828
Length
10736 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CTGTGGAACTTTACTTGCAGAAA
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGAACCTGTTTCTGGCCTTGCTGCTGAGCTCGTTTAGCTCAGACAACCTTGCTGCTACAGATGATGATAATGAAATGAACAATCTCCAGATTGCTGTGGCAAGAATTCAGAAGGGAATAGATTATATTAAAAAAAAGATACAGGAATTCATACAAAAAGCCTTCGTTAGAAAACAGAAGGCTTTAGAAGAAATCAAAGCACTTGAAGAGATAAACAACAAGAAAGACAGCTGCATTTCCAATCATACTGCTGTTGAAATAAGCAAAGATATGAATTATCTTAAAGATGGGAATGGAACTACCAGTGGTGTAGGCACAGGCAGCAGTGTGGAAAAATATGTTGTTGATGAAAGTGATTACATGTCCTTCATAAACAACCCAGGCCTCACCGTGACAGTGCCAATTGCTGTTGGAGAATCTGACTTTGAAAATTTAAATACAGAAGAATTTAGCAGTGAATCTGATATGGAAGAAAGCAAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAACTAAATGCATCCAGTTCATCTGAAGGCAGCACAGTTGATATTGCCCCTCCTGGAGAGGGAGAGCAAGCAGAAATTGAACCTGAAGAAGCTCTTGAACCAGAAGCCTGTTTTACAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011040:ENSGALT00000017981:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.160 A=NA C2=0.756
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=4.9),PF065128=Na_trans_assoc=PU(61.6=85.2)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(17.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]