BtaINT0132115 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018555 | SFXN5
Description
sideroflexin 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16073]
Coordinates
chr11:11360395-11371673:+
Coord C1 exon
chr11:11360395-11360506
Coord A exon
chr11:11360507-11371604
Coord C2 exon
chr11:11371605-11371673
Length
11098 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CTCTCCCGCCCCTTCTCCAGACA
3' ss Score
8.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAGTGGCCATGGCGGATACAGCGACTACAGCATCGGCGGCGGCGGCTAGTGCCGCTAATGCCTCGACCGATGCACCGCCCTTCCAGCTGGGCAAACCCCGCTTCCAGCAG
Seq A exon
GTGAGGACCGGGCTGTGGCTTGAGGGTCGGTGGGTGGCACAGGGAGGGCGAGCAAACTCCTCTCCAAAAGCCTCTTTAGCCCTAGGGTCTCCGACCCGCGGCCACCAGGGAGCCTGCAGCTACTGCCTGGTGGACCTCGGCCACAGTCACCTTTTTCCCATTGGTCAGTGGGGTGGGCGAGGGCTGATGTATTGGCTCCCTATTGGCCATCGGCGCCGTCATTCCCCAGCCGCCCGCGCCCTCCAGCCCTTCCTGCCAGAGGCGCTCTGTGATTGGACACTGCCCGCCGCGGCCGGGGATCCTAGCCCCGGGATCCAAGCTGCTTCTTCAGGGTCGCTTGGGCAGTGCAGCCGCCCACTCCAAGCGGAAAGTTCGAATCCGGCCCTGGGTGAAAAGTTGGCGTGGTCGAGACGCCTTCTAACTTTTTCCCCGGTTGGTGACCCACATTCTTTCCGAGCTGCTCCGCTCCCAGCTCTCCACCCCAAGCAAGGTCCGCAGTGGGGATGGGTTAGGACCGCCTGCCGAGGGGTGCCTGGCGACCCCTGCCCCCTCCGCTGATGCAGCCAGTCGGCCGGCAGGTGCCCTGTCGGGGATGGAGTGAGGACGTGCGGGGAGAGCCGGGGGTGCAGAGGAAACGCTGTGTCATCCCCGGAGCTCAGAGGGTCCGCGTCCCCGGGAGCTTACCCCAGCCCCCTAACCCGCTGCGATCTCCACGAAGCGCTCGTCTCTGTCCGACCCTATATGGCTCTTCGGAGCACGGTGACAGTCGTCCTTTTCCTTCGGACCCTCCTCTCCTCACGACAGGGCGTCTCTTCCTCTCCCTCGGCCCAGGAGAGAGAGTCCGCAGTTCAGACTTATTGCCCGGGCAGGAGCCTGGGAGGGACCGTTCCTACACCGCATACCCGGGTCCCTGCTGGACTTTGTTAAGAAAAGGGGCAAAGAGACTTGGCTAAAGTGAATCAGGCTTGCCTGGGGTTGGGGGGCGGGGGGAACGCCACGGAGGTGGATGGAAAGAAGTTTGCAGGAAGAAAGAAAGTTGTACCAAGATCGGTGCGGTGGTTGATTGGTTGGTTATTATCATGTTGGTGGGAGAGGGACTGGTTCCAGCAAAGCGGTGCACTGAGATTTGCTAATTAAGGAGCTGCGCTTTTGAGCCTTCTGAGAAAATATCCTCACTGTTTTAAAACAAGACTTTAATTCCTTTGAAAAATAAACCATCTCAGCATGCAAGTATCTAAGGGGAGACTGATGTCACCCTGCCAGTGCAAGGTGCCACCCGAATGGCCTGTTGGGGTGCCTGTGCCTGGACTTGAGTGACCATTAGCTGACCACTTCCCCACTCCCCAACCCCACATTCTACTAGTCCTTCAAGACTCAGGCCCACCTCCTTTTAAACATTTCCTCCCTTCTTTCCCTTATCCCCTGATGGGACCCCTTCCTGCCCAGCTCTTTGACTACCCCGAGTGGGATCCTCATAAGTCAGCCTTTACTGCAGTCTGCCCTGTGGTCCTCTAATATCCCTACTCCTCTGTGTGATTACTGGTCCTCCTCAACACTGGTGAACACACTCTGAGAGGAGGGGCTGCTCTTGCAGTTCCGCCTGTCTTCATGATACCCTGAGCTGGGGCTCAGCACATAGTAATGTGCTCAATTAATTTATGGGTTCATTTTTTTTCCAGCAACTGTCCTGGGACAGTCACACACAGATATTTGAGAACCTCCTAGTGGCTCCGAATGACGGAGCCCATTGCTGTTATCCCTGCTGGAGACGTAAACGCATACTTGAGGCTAGTTTGTCGAGGCAGCCGTTGCTGGTACCTCTTTTTGGCACCACTCCCGAGGGCAGCAGGTGTTTGCTCTATTTGCTTTTGCAGCAGCTCTCCTCCAGCCCTGTGTAAAGCACAGTGCATGTGATATTCGTTCATGTTAAGGAACCTGCCTTTCCTCCAGTTCTGCCCCTCTCACACGACTCCCTGGTTGTGCAAGCAGCCCAAACTGCCATCAAGTTGACTCTAAGAGACCCAGAGTCCCCTGTGACTTCCTCTCCTTCACCCTCTAAATACAAACAGGATTTTCATCTCATATAGCTCTCAGATCCACTTGTCTCCACTGCTGGAATCCTAGACTGAGCTGCCATTCACTGATCTCTTGAGCCACTGCAGAAGCTTCCTACCAGGTCTCCCTGCTTGCACTCTGGCCCTCTTCCAATCCCTTCCTCTTCACATGGCAGAGTTCCAACAGTGCAGGTCTGATCAGGCGATGCTGCACCCTCCCTCAACACGCATGTTCTTAAATGTCTTCCAGTGGCTTCCCCTGCTTCTGAGGTAAAGACCTCTATTTTGAAGACCCCAAAGGCCTGCATGGCCCACCTCTGCTGCCCTCCAGTCAAACCCCCATCCATTCCCTGGAATCCTGCTTTCAACCACACTGGTTGCGTTTAGCACGTTGAACCCTGAATGGTTCATAATCCAGGGTTCAGTCCCAGAGCCCACACCAGGGACACTGCTCTTAATCCACTAACCGATAACACCATTTTCTGCAAGACTGCACAGAGTCTTTCCTTACTCCCTGGAGTCCCCCAGAACCCTTCTTGCTTTCATTCCTCAAGGATCTCTCTCTGTAGGGGGCAGGGGAAGGAGGAGCTCTGAGCCGTGTCAGAGGGTGGAGAAAGCTTGCTTCAATGGGCTTTGGTCTGTGAACATCTTTCTCCCCATAAGATGATGATGCTAGCCAAGCATTGTTCTAACCTTTTCATGTATTGACCAATTTAATTTTCATGACAACCATGGGAGACAGGTTGAGACAATTACCCTATATATTCTAGGTGAGAAAACTGGCACACAAAGAAACAGATTCAGTAGGCAGTCTGGCTCCAGAGTCTGCGGTTTTCTGTTTATTGTCAACTTTTTTATTAGGGAAATTTTCAAACATACAAAATTGAGGACAATTGTCAGTGAACTCCTGTGTACCCATCACCCAACTTCAGCAATTACCAGTGTTAGGCCAGCTTCGTTTCTATGCCTCCCACCCTCAATCAGGGAATTATTTTAATGCGAAGCCCATTATTCACTCTACCTGCTATAGGTAATGCTAAAACAGAAAGACTGTTTAAGTTAGCTTTTCTAAATACACTTTGTACCATTGGAAATCATTTCATGTGTGCAGAATTTGAGTAGCAGGATTCCTGTATAAGCCTCACCTCGTTTCCCCTGAAGTCATCTTCTCTGATTACCGTGGCACATTTGTCGGAATAAGAAACCAGCATTACTATTAATTATACTCCAGACTGTTGGATTTTACTATTTTTTACACTAATGTTATTCTTCTGTTCTAGGATCCCACATCGCATTTAGTTGTCATGTCTCCTCAGTCTGCCCTCTGTTTTATGACAGTTTTTCAGACTTACCTTCTATTTAATGACCTTGACTATTAATGACCAGTTTTGAGAAGTACTGGTCAAGTATTTTTTAGAAGGTCCCTCAGTTGGGGTTTGTCTAGTGTTTTTCTCATGGTTAGACAGTTATGGGTTTTACAGAGAGAATATCACAGAGGTGAAGTGCCTTCTTTTTCATATGATATCAGGGGATTTTTAAATTAGTTTTAACATAACCACTATACCATTAACACACCTAAAATAATTATTTCTTAATATCATCAAACCAGTCCGTTTGGACTGCAGTAACAAAATACTGTAGATTGGGTAGCTTGTAAACAACAGAAATTTATTTTTCACAGTTCTCAAAGCTGGAAGTCCAAGATCAAGGCACCGGCAGATTCATTGTCTGATGAGAGCTAACTTTCTTGTTCATAGATAGCATCTTCTAGCTGAAACCCATGGCAGAGGGGAGAAGGGATCTTTCTGGGGTTTCTTTTATAAGGACATTAATACATCCCCAAAGAAACCACTTCTTAAAACAATCACCTTGAGGTGGGAGGTGGGTGTTAGGATTTCAACGCTGACTTTGGGAGTGTGGGGACAGGCGTTCAGTCCATTGCACTGTTCACATTTCCCTTACTGTGTTTTAAAAACAATTGCTTTGTTTCGATCAGAACCCACAGAGCGCACACATTATATTTGACTGATATGTTAATCTATTGGTTCATCCCTCTTTCTTTCTATTGGGTTGGCCAAAATGTTCGTTCAAGTTCTGCAAGCAAACCTTTTGGCCAACCCAGTATTTGTTGAAGAAACTGGGTTGTTTGTCCTGTACAATTTTCCTATTCTGAACGTGGCTGAAGGCTTCTCTGTGGTATTAGTTAAGATGCTCCTCTGCCCACTGTTGTTCCTGTAAACTTCAAGTCCATGCTCTTACCCATGGCCCCGTGTTACCTGGTGAAATGGCCAGAGTGCATGGGGGAGCTCTGTGTTCTGACTGCTCCCTTTACTTCTTTTCTACTCATTTCCTTTCCTGAACCCACTCTTTTCTTCCTTTAGGGCTGACACCATTTTTGGCAAGTTGAGGCCCCAGGACAGGAAAAAAACATACATGATTCTTTCCATTTGTGATTTAATCTACCCAGAAATGTTTGCTTTATTATGATTATTTTTAAACTTCCTTGTTCCTTCAGAATCTCACTTATCTGCGAAGATGCCTGGGGGTATAGGTATGCTGTGTGTGCTGGGCCCCGAATCCACCGAGGCCTATGAGAACAGAGCAGGTGGCTTGTTGAGGGCTGCCTCTGGGGTCCGGGCAGCTTGTGGGCCCAGAAATGCACTCTTCACTTCAGGGTGGAGAGGTTTGTGTGGGCTGAGAGTCAGGAGGCAATGGGCAAGTTTCTCATATAGTTTACTGAAGTAAGTTCTGAAGTGAAAGTGCCTTGCAGGTGGTTATGTTTTAAATCATGTGCGTCCTATGGGCTAGAGAGCGACTGTGTTGCAGGGCTAGTCCTAGGGCTTCTTTGTGCCTTGGAGACGGTCAGCACCTTCGAGTCCAGTGGTTCTCACCCCTGCTGCACAGTAATCACCTGGGCGGGTTTTTAAACAGACTCTCATGCCCCGA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Seq C2 exon
ACATCCTTCTTTGGTCGCTTCAGGCACTTCTTGGACATCATCGACCCTCGCACACTCTTTGTCACTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018555:ENSBTAT00000047335:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.490 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0382012=Mtc=PU(0.9=5.9)
A:
NA
C2:
PF0382012=Mtc=FE(10.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development