RnoINT0134272 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000037871 | Sfxn5
Description
sideroflexin 5 [Source:RGD Symbol;Acc:628706]
Coordinates
chr4:117097390-117111653:-
Coord C1 exon
chr4:117111404-117111653
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr4:117097390-117097458
Length
13945 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
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3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ACATCCTTCTACGGTCGCTTCAGGCACTTCTTGGACATCATCGATCCTCGAACACTCTTTGTCACTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000037871:ENSRNOT00000057537:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.472 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0382012=Mtc=PU(0.6=5.6)
A:
NA
C2:
PF0382012=Mtc=FE(14.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]