BtaINT0134628 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003752 | SLC25A24
Description
Bos taurus solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; phosphate carrier), member 24 (SLC25A24), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001099066]
Coordinates
chr3:35152469-35163935:+
Coord C1 exon
chr3:35152469-35152847
Coord A exon
chr3:35152848-35163808
Coord C2 exon
chr3:35163809-35163935
Length
10961 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGGGT
5' ss Score
7.07
3' ss Seq
ATTTTTTTTATTTTTTATAGAAA
3' ss Score
8.48
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCCCGTCCCCCGCGCTTCTCCGGGAGGCTGGCGCCGGCGAGCTCCTCCCAGAGCCGCAGCGAAAGCGGCCACTCCCTGTGCGCCGAGGCGGCTCGTAGGGTCTCGGCTCGTCGGACTGCAAGTGGCAGTCCCTTAACCGCCAGGCCTTACACCCCTGAGCTCCCTCGGCTGGGCGGGCCAGCGCCTCCGGTATCATGCTGCGCTGGCTGCGGGGCTTCGTGCTGCCCACTGCGGCCTGCCAGGACGTGGAGCCGCCAACGCGCTACGAGACCCTCTTTCAGAAACTGGACCGCAACGGGGACGGCGTGGTGGACATCAGCGAGCTGCAGGAGGGACTCAAAAGCTTGGGCATCCCCCTGGGCCAGGACGCCGAGGAG
Seq A exon
GTGGGTCGCTGCGGGGCGTGGCCCGAGGGGCCGGGAGGGCTGCAGGGACTCTGGGCGCTCCAGGACTAGGGCGGCGGCAGGAAGAAGCCGGACTTAAGGCGGCCAGCCCGCGAATGGTTCAGAAGCTCAGGGATGGGGACCGCGGCCAGGTACCCCGGAACCGATGCTCGTCGAGATCTGAAAGGCTACTGGTGTTTTTCCAGAACAATGAGTGCGGCAGTGCTCTAGCTCGCTCTTAACAGTTCAAAATCCTGTACCCAGTACTTTTGGTACCCCTCCACCCCCTTTTTGTAGCTCTCAGCCTCTGCAAACATTTAATGAAGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAGCTCTCACACTAAAGTGGCTCCAAGTTGTGTAAAAAGGCTCACATTTTGTATCTCTCTTCGAACCTGCTTTCTTGTATCAGATAGTTTGCTGTTTTAGAACTGTTTGAAAAACCATCGTATTTTCCCCCCAACTTCCCGTTGAGGAGGAGAGGCAACATTCCATTGTTTAAGACATTCTTAATACCCAAAGTCCACAAGTTGACCTGAAGGGTTGGCCCGTCGTCTGAACAATTTCGGCTTCTCTGAGTCATAATTGTGTCCCCGAGAGCGGCTCCTAAAGCAGGGCGGAGATACTTGGAACATCTCCAGCCCCTCTGAAACGTAAGAGGACACTTCGGCATTCTCTATCCCAAGAGGGAAAGTGAATACGTTCTGAGAGCGAACAACTGTTTTATAGTAGTATTTTAAGCTACTCATTCAATGCCTGTAGTAGTTACAGGCCTCTTCAAGTGGCTATTTCTTCTTGAGTCAGATTTAGTAAGCTACAACTTCTAGGAAACTGCCGATTTTGTCCAAGGTTCATAATACTTATATTCACTTACGGTTTTAAAGAAGTTCTGACTGTATCTGTAGTTGTTTTCTTCTTCTTCCCACCTTCAATCTCACGAAATCTTTTTTTATTGCCAGTCCTTCTCCCTGTCCCGGCCAACTTTGGTATTTTTTGCTGATTGTCTCTGTTTTTAAATTTTCTTCCATTAGCTTTTGTTTATTTCTTTCTACTTTCTTTAGGTTTACTGATTTGCCCCTTTTCTGATTTCTTGAGTTGAATGTTTGATTCATTAACTGACTTTTTGTGACCCCATGGACTGTAGCCTGCCAGGCTCCTCTCTCCATGGGATTTTCCAAGCAGGAATACAGGAGTGGGTTGCTATTCCCTTCTCCAGGGAATCGTCCTGACCCAGGGATGGAACCTGGGTCTCCTGCATTGCAGGCAGATTCTTTACCATCTGAGCCACCAGGGAAGCCCATTTTGAGCTATAATATCCCTTTGATCACTTCTTTCGTCTCATCCCATAAGTTTGTATTTTTGTCGTAACTTAGCTCCCAGTATTTTCTAATGTCCTATATGATTTCATCCCTGACCCATGAATTATTTAAATGTGTGCTTTAAATTTCAAAATATATGCTTTCTTTGTTGGTTCTTTGAGAGTATGAATAAAACATAAACCTCTGGCAAGACTGCTTAAGAAAAAGAGAGAACTCAGGAATAAAAAATGTCTTCAGTTTTCTAAAATTTATATAAGAATATATTATAAAATAAGTTGTATAAAACTATGTGTATGCAAACATATAGAACAGGATGGCATGTATTTGTCACATACCTAATATATGTATCTTATACATAAAATATACTTTACACATACATACATATACATACTATCACTGTGCTTATGCCAGATATTAACTCTTCTCAGTACTCTTTTTTGATTCTTTAATAAAAGTGTAATAATGATTGCTTTTGGATGGTATGAGTTAAATTACCTTTTTACTTTCTTCTTCATAATTTTTGTATTATTTCCGTTTTTAAAAATGATCACACATTATTATTTTTATGATTAGGAAAAAATAGAGGATTAAAAAAAAATTAAATATCATCTCTCTGGGATGAGCTTTTCCGGACCACCCTCTATAGACGAGTTCATCACTGGTCTCTCCAAAAGGTATTTTTATTTATTGACTGTTTCCTCCACTAATACCAAACATCCTGAAGATGAGGATCATGTCTCATGATCTAAGCACAGTGATACAAAAAGATTTAAGGCTTGTGATTTGAAATACCCTAAACAAGGCAGTGGCTCATTTGAAATAATTAAAAGTTGGTTATTAAAAATTAATCAATTAAATATTCAACTGCAAAGTAGTTGTTAATGGTTTTATTTCCAGCATATGTAGGACAGAAAACCAAAAGTTCTCCTGTTGTAAGATGCCCATAAATGCTGTATAAGATAAGATAAATATATAAAAGTATTTTTTAGAGCAGTTTTTGGTTTACAACAAAATTGAGAGGAAGGTACAAAGATTTCCCATACACCCTCTGCCCCTAGACACCGCACACATAAGCCTCCCCAACTGTCAACATCATTTAACAGAATGGTACTTTTTTGTTTTTACCAAGGATGAACCTACACTGACACATCATTATCACTTTAAGTTCATAGCTTACTTTAGAGTTCACTCCTGGTATTGTATATTCTATGGGTTTGGACAATTGTATAATGACATGTATTCATTATTATAATATCATATAGTGCTATTTCTGCCCTAAAAGTCCTCTGTGCTCTGCCTATTTATACCCACCCCCAACCACTGATCTTCTGTTTCCATAGTTTTGCCAGATAAACATCTTTTTACACACATAGATGAATTTGTAAGAAAAGTCTAGCCAAACTATCTGGGTTTAAATTGTGATTGTGCTACTTACTTGATAACTTTGGGGCAAATTTTAAAATCTCTCTAGCCTCAGTTTCCACATCTGTGACAGAGGTGATATCAGTACTTATTTCATAGGGTTATTGTGAAGTATAAATGAATTAAAATGTGTTAAATTCTTAGAATAATACCTGGTACCTAATAAACAATCAACTAATTATAGGCTTTAAATTATCTAATACTGTTATTATAGTCACTATTAAAAAGAAGTGTCAGAATCTCTATAATTGTAGATTTTCCAACTTTATAATTTTGTCAGTTTCCCCCTTTTATATTTTAAAAATAGACTATATAGTGGACTGTACTACTGGTGAGTTCAGATTTAGCATTGTTATATCTTCTTAGTGAATTGCTCTTTTTATCTTTATGGTTTCTTGCCTACCCTTGTAGCATCAGTTCAGTTCAGTTCAGCCCCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGTGACCCCATGAATCACAGCATGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCGGAGTTCACTCAAACTCACGTCCATCGAGTCGGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTATCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTTCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCTCATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAGTGAACACCCAGGCACAGTGCCTGACACATAGGACAGAAGTGAATGCACTACAGTTTGTTCTTCTGATTGACCCTGCCTTTACATGTTTCCAAATTGCCTCATTATGAAATTAATGTTTTAGATAAAATTCACGTTAAGTTCTTCTAGGACTCAGGAATTGTTTGTAGAGGGTAGTATAAGAAACAAGGAAATACAGTAGTTATTACTAATATTCCCATAAGAATCTAGTAATCCTGTCTGCTTTTTCTTTTTTCTTAGAATATCCCTCCTCCCTTTCCCCCTTCCCCTCCCTTCCTCCCTCTCCTCCTCCTCCTTCTGCCCTCCTCCTCCTCCTTGTTTTTCATCAAAGGCCACATTAAAACATTCTAAAAGGATATTAATATTTGGATATCATTTGAGATACTCTGAGGAAAAAAATTTCAGAACATCGAAGAGGAGAAGAAATAATCTAAATTTTAATTTACTGAAATGGAAATCAGAAAAGTAAACTGATGGAGAGTCAGCAATTTTAGCTGGAAGTTCTTATTTTGATTCAGTTCAGGCTTGGAAAACTTTGTAATAGTATAGGACCAAAAACAAACAAACAAAAATCTAGATTTAGAATGAATAAGCCAATATAATGAGAAAAGGAAGATCTTGACTTTTTTAATACAGATTTTTACAGATATTTTTTATTTCTCCTCACGTCGTGGCACCATTTAGTAGTAATTCTTTTATTAATAGGTGGAGGAAAAATGGGGCAGACTGTGTAGCATATGAAGGTATTCCTGTACCCATGTTCACAGCTAACTGATCTAACAGTTGTGTTCAGCTGGCCTCTGAAGTCATGGACAATTTTAAAACTTAAGTTGCCTGCCATGTATTCACAGGCACAAACTCTTACTGTAACTTTCTCAGGAGAGACTTAGAATCGTAAGAGGCATAGGACTCTTACAGCTGAGAGGATTACCAAGAGCTAGAAGGGAAGCAGCTCAAAGAATTTCATATTTGTTCTGGAGCCACTGCAGAAACCCAGTGAAGATAATGACCTGGTGTAGGGGCGCGGGGGTGATCACAGAAGGAAAGGCCCACGCTGGCAGATTTTCATTCAGGTTCCAAGCATCATTATAATGATTCCCAAGTTCCTTAACCTTAGAAGAAGTCTTAAAAAGTGTGACTAAACAACTTCAAAAAAAAAAAAAAAATAGGTGGACCAACACCACTAGTCATTACGACTCCACAGTTCATGTCTCAAAATTCCCCTACCCACTTTTCTATAAAAAGAAGTTCTACCTTTAGAGACAGACCTGTGCAGAAGTCTTTCAGGAAGCTTCAGGAGAAAAGACTCTTCCTGGAGTGAGGTGGAAACAGGCTTTCTGATTGGATGATCAGGGAGCCAGGCAGGAACTCGGCGACATCGCACGCCGGATCTGGCCCCCAACGCCGCGTGCACAGTGTGCCTCTGCTCTGGAGCCGTTGTCTGCACGGTCGACTTCCTGTTCTGTACCTGGCAGAAGGGCTTTGGCTTTGGTAGCAGAGAGACAGCTGCTACTTCAGGTCTCTTCCAACTCGGCCTGCGGTGGGCAGAGATTGCCATCTTGCCTTTCACATTTACCTCGAGACTCACAGGGTCACAGCGTGGACCACTCTAGTCGCTTCTCCCGCCAGAGACATCCCAGATGGACGCCTCCTATGAAAAACTGTTTTCTCACCTAGACCATAATGAAGACGGGATCCTGGACATCTTTGAGCTTCTGGAAGGCCTGCAGGGTGTAGGGGTCATGCAGGATGCAGGGAAGGTGGGCTTCAGAAGTGCTCTGGTCAGAGAGATGTTGGGGCTGAAAGTTCTGGAGGAGCCTTGGGCAGAGAAGCCTACAGTCAAATTTACAGGTTCCTAAACTTGATCTGGGCTGCCACTGTAGTTTTCAGGTCAATTACCAACCTTACTGAAGGAAGAATAACAATGTTACTAATAGTCTTCTCAAGCATTTTTCTCAGTTTTCCCCCTGGCTCTAATATGATAATTTAGGAATATAGTAAGGAATACAATAACCAATCATTACTAAGTGTTCCAAAAGTATCCAGGGAAGGAAAAAGACATCAAGGCAAGTCCTGAGACAAAATAACTAACTAGAGATGAACTCGGGCTTCTGAATTCAAATTGCTCTCAAGATATTGGATGCAAACTGGTTTTTGGGGTTACCTTGTTCAAGGTACTCACCTGTTATTAGTAGCCTATGAGCATCAACCCCAAGAATGCTCCCTCCCCTCTTTAGGGAACTGGCATAATCACTATGTGTGTGTTTTGAGAGTTGTGTGGTAGTTGAAACTTGTCTAATATTGGATTTTGAAGGAGGACAATCAGTCTGAATGGCTTGTAGTCTTGGGGTCTCACCCAAGCTAATATGTCCTTATAATTTGCTTTAATCATCAGACTTTTAAAAATGAGCTTGGGCATTGTTTGTTTTGCAGATCTCTCCCCCAGCAACCTAGGTTAGAGGATCCTTCTCAGTATGTGATGCTGCATGCATTTCTATTATTTCCAAGTAATTTTCTGTTTGGAAGTTATTATTGAGTATAATTATTGTTTTCCAATAATATTTGCTCTTTGGATGTTTAACTCAGAAGACTAGGAGATCCATGAGAGGTAAAGATTGGCAAATTCATTTGAAAAATTGGCACTTCATGCTCAAAAAACTGTCAGTTGGGTTCTGTCACGTTAAGATTTGGTAAAACTCTTCTTCTAATAAGCTGTGTGAACTTTGGAAGTCTATATTTTAATCATCCATTCAGTCATTGATCAGTTGTATTTTGAGCACATTTTATATGCCAAGCACTGTGTCTTGATTTCTTCATTTGTAACATCAGAGGCCTGGACTGGATATTGTCTATAGACCAGGCCAGTCCAAAATATTCTCTCTGTAAATTGCACTTGGATTTTTAAGTCATGTTTTCTTTTTAAACCTATTGCCCTTAATGCTTTTTTAAAGCTTCTCTTGTACTTAGATTTTCAAGTGTGACTTTTATTTATTTATTAGGAATAAACTAACCTTTCATAAGAAATTCTAGATTATGCCATAAACAGGTTCAGTCTTTGAAACACATTACTTCTTTATCAAAACAAAATTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTCTTGGTAATAGACGGTCTGAGCCATATATAAAAAGGCTTTTTGTGGCTGATGAGGGCTTATGTATCAAAACTCCAGAGGACTCTGCAGTAACTACAACAGTTCAGTTCAGTTCAGTTGCTCAGGCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCTATGGACTGTAGCATGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCTGGAGTTTACTCAAACTCATGTCCATTGAGTCGGTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTGTTGTCCCCTTCTCACCTTTAATCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCAAATGAGTCAGCTCTTCGCATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTCAACATCAGTCCTTCCAATGAATATTCAGGACTGATTTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATGTCCTTGCTGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCGTAAACTCTTCAGTGCTCAGCTTTCTTTGTAGTCCAACTCTCACATCCCTACATGACTACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTGGACGGACCTTTGTTGGCAAAGAAACGTCTCTGCTTTTTAATATGCTGTCTAGGTTGGTCATGACTTTTCTTCCAAGGAGTAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCCAATAATAAAGTCTGCCACTGTTTCCACTGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTCTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCTTCTTTGCTTTCTGCCATAAGAGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGCTATTTCTCCCAGCAGTCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGGGTTTCTCATGTTGTACTCTGCTATAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCTTTGATGTACTCCTTTTCCTGTTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTGCCTGACCTGCATACAGGTTTCTCAGGAGGAAGGTCTGATGGTCTGGTATTCTCATCTCTTTAAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGCCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTTGATGATCCAGCAGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTTCTCTGCCTTTTCTAAATCCAGCTTGAATATCTGGAAGTTCACGGTTCATGTACTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTAATTTACTAGCGTGTGAGATGAGTGCAATTGTGTGGTAGTTTGAGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTGACCTTTTTCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGTTGGCATATTCAGTGCAGCACTTTCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTTGTTCGTACTGATGCTTCTTAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGAATGTCTGGCTCTAGGTGAGTGATCATACCATCATGATTCTGGGTCGTGAAGATCTTTTTTATACAGTTCTTCTGTGTATTCTTGCCACCTCTTCTTAACATCTGCTTCTATTAGGTCCGTACCGTTTCTGTCCTTTATTGACCCCCATCTTTGCATGAAATATTCCCTTGGTATCTCTAATTTTCTTGAAGAGATCTCTAGTCTTTCCCATTCTGTTGTTTTCCTCTATTTCTTTTCATTGATCACTGAGAAAGGCTTTCTTATTTCTGCTTGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTCAAATGGGTATATCTTTCCTTTTCTCCTTTGGTTTTTGCTTTTCTTCATTTCATAGCTATTTGTAAGGTATCCTCAGACAGCCATTTTGCTTTTTTGTATTTCTTTTTCTTGGGGGTGGTCTTGCTGTCTGTCTCCTCTACAATGTCATGAACCTCTGCCCATAGTTCATCAGGCACTCTGTCTATCAGATCTAGTCCCTTAAATCTGTTTCTCACTTCCACTGTAAAGTCATAAGAGATTTGATTCAGGTCATACCTGAATGGTCTAGTGGTTTTCCCTACTTTCTTCAATTTAAGTCTGAATTTGGCAATAAGGAGTTCGTGATTTGAGCCACAGCCACAGTCAGCTCTTGGTGTTGTTTTTGCTGACTGTATAGAGCTTCTCCATCTTTGGCTGCAATGAATCTATCTATCTGATAGATGTGAAATCTATCTGATTTCAGTGTTGACCATCTGGTGATGTCCATGTGTAGAGTCTTCTCTTATGTTGTTGGAAGAGGGTGTTTGCTATGACCAGTGTGTTCTCTTAGCAGAGCTCTATTAGCCTTTGCCCTGCTTCATTCTGTATTCCAAGGCCAAATTTGCCTGTTACTCCAGGTGTTTCTTGACTCCTACATTTGCATTCCAGTCCCCTATGATGAAAAGGACATCTTTTTTGGGTATTAATTCTAGAAGGTATTGTAGGTCCTCATAGAACTGTTCAACTTCAGCTTCTTCAGTGTTACTGGTCAGGGCATAGACTGGGATTACTATGATATTGAATGGTTTGCGTTGGAAACAAACAGAGATCATTTTGGCACTTTTGAGACTGCATCCAAATACTGCATTTCGGACCCTTTTGTTGACTATGATGGTTATTACATTTCTTCTAAGGGATTCTTGCCCATAGTAGTAGATATAATGGTCATCTGAGTTAAATTCACCCATTGCAGTCCATTTTAGTTCGCTGATTCCTAAAATGTTGGTGTTCTCTCTTGCCATCTCCTGTTTTTTCACTTCTAATTTGCCTTGATTCATGGACCTAACATTCCAGGTTCTTATGCAATATTATTGCTCTTTACAGCAATACAGTAACCACACAGAACCTTTTGTTTCAGGGAATGCTATCTCTGGTGACAGTCCAAGAAGCTTAACTATGACTTCTGTAACAGCCCCAAATGGTCAGGAATTGATTGATCACTGACAGTTCCCCAATTTTTGTCCCTGCTTCCAACTTAGGACCAACCAGAGAGAGCTAAATATGTCCCCCAACCAATCACACAGGGTGACCCATTTAAATCCGGAAGTTTTCCCAGGCCAGCAGTCTCCAGTCAGGGCACATTGGAAAACTCCTTTTTTCCTACTATAAAGTTTCTCACTCTTCTTCCTGCCTTTGAGCCCAGACACAAGTGCAAATCTCTGTATGTGTTGAGTAATTACAAAATAATTTCTAGATGAAAATCATCCTTAATCTAATTTTGAAAGTAATTAAAGATTAATAATTATTTTTTAGTGACAATAAAATGTATTTGCTTTTAAAATGTGAT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Seq C2 exon
AAAATTTTCACTACTGGTGATGTCAACAAAGATGGGAAGCTGGATTTTGAAGAATTTATGAAGTACCTTAAAGACCATGAGAAAAAAATGAAATTGGCATTTAAGAGTTTGGACAAAAATAATGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003752:ENSBTAT00000004885:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(61.9=63.9)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=PD(34.9=51.2),PF134991=EF-hand_7=PU(27.3=41.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]