MmuINT0145572 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040322 | Slc25a24
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, phosphate carrier), member 24 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917160]
Coordinates
chr3:108926067-108939256:+
Coord C1 exon
chr3:108926067-108926305
Coord A exon
chr3:108926306-108939129
Coord C2 exon
chr3:108939130-108939256
Length
12824 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGGGT
5' ss Score
7.07
3' ss Seq
GTTTTTTTTTTTTCCTGTAGAAA
3' ss Score
10.79
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGGCCTCCGCACTCGGATCGCGCCCCACCAGCTCACGGTGACTTCCCCGGGACCATGCTGCGCTGGCTGCGGGCCTTTGTGCTGCCCACCGCCGCCTGCCACGACGCGGAGCCGCCCACACGCTACGAAACGCTCTTCCGGGCGCTGGACCGCAATGGGGACGGCGTGGTGGACATCGGAGAGCTGCAGCAGGGGCTGCAAAGCCTGGGCATCCCGCTGGGCCAGGACGCGGAGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAATTTTCACCACTGGCGATGTCAACAAAGATGGGAAGCTGGATTTTGAAGAATTTATGAAATACCTGAAAGACCATGAGAAGAAAATGAAATTAGCATTTAAAAGTTTGGACAAGAATAATGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040322-Slc25a24:NM_172685:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.023
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(63.6=68.9)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=PD(33.3=51.2),PF134991=EF-hand_7=PU(27.3=41.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: