HsaINT0151745 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000085491 | SLC25A24
Description
solute carrier family 25 member 24 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20662]
Coordinates
chr1:108185828-108200358:-
Coord C1 exon
chr1:108199956-108200358
Coord A exon
chr1:108185955-108199955
Coord C2 exon
chr1:108185828-108185954
Length
14001 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGGGT
5' ss Score
7.07
3' ss Seq
TCTCTAATTTTTTTTTATAGAAA
3' ss Score
9.1
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCGGCGGGACGGCCACACCCTGCGCTCCGCGCGGGCTCGGGTGGGGTCTCCGCTCCTGCGCCCTGCGCCCTGCGCGCCGCAGCCGCAACCCCGACGGCGCCCCAAACGCTGTTGCGCCGCGCGCCCCGCCCAGCCCGGCCTCGCGCTGGTCCCGGTCTCGCCCCGCAGCCCTCGATCTCCCGTGACTTCCTCGGCCAGGCCGCCTGCGCCTCTGGGACCATGTTGCGCTGGCTGCGGGACTTCGTGCTGCCCACCGCGGCCTGCCAGGACGCGGAGCAGCCGACGCGCTACGAGACCCTCTTCCAGGCACTGGACCGCAATGGGGACGGAGTGGTGGACATCGGCGAGCTGCAGGAGGGGCTCAGGAACCTGGGCATCCCTCTGGGCCAGGACGCCGAGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000085491:ENST00000565488:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.052 A=NA C2=0.008
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(65.7=75.4)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=PD(36.1=51.2),PF134991=EF-hand_7=PU(27.3=41.9)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains