BtaINT0136017 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015317 | SLC4A10
Description
sodium-driven chloride bicarbonate exchanger [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001033217]
Coordinates
chr2:34588692-34598841:-
Coord C1 exon
chr2:34598719-34598841
Coord A exon
chr2:34588760-34598718
Coord C2 exon
chr2:34588692-34588759
Length
9959 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TTTTACATTTGTCTTTCCAGGAA
3' ss Score
11.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTAGCTCTGGTATTTGTAAGAAAATTGATGGACTTTTTGTTTACCAAACGGGAACTCAGCTGGTTGGATGATTTAATGCCTGAGAGTAAGAAAAAGAAACTAGAAGATGCTGAAAAAGAA
Seq A exon
GTAAGTCAGAGCAAAATCAATATCTTATAAAGAAAAAGCAACACATGCACAGTAACAGCTTTGCAAAATAAATTATTGTGTTTCTCTTTAGTGATTACTAACAAGCACAGGTGGACTACTTTGAAAGATGAGTGTGTAAAATCATAAAGCTGAAACTTGAACAGAGAGAGCACATGTCTTATATGAGCAAACTCTAGTGAAATATGCAAATACTTTGTACTTCATTATCCTTCGAATTATAAGGTTTATTTTTCTGATTCCTCCCCTTAGGATGGCAGAAACTTGCTGATCCTTAACTGTTTCCAAATTGTGATCAAACAGTGATTGATTTTTGGTTGAATATGTGAGAAGGAAAAAAAGAGACATTATTACTGTTGGTATTTTCCTAGGGAACAAAGTTTTACTCAAAAGATTCTAATTCTAATTAAAAGATAGAATAGTTATTCTTGAAATATATGAAATGTTTAATAGGAAAGCATGTTGCTCCGATTTGCTTTCATCACTTCTTGGCCTTTTGGTTAGGTCAAGTGTGATTTTCTTTCAAAGTGCTTTCAGTTCAGTTCAATCACTCAGTTGTGTCTGACTCTTTACAACCCCATGAACCACAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCGTCACCAACTCCCGGAGTTTACCCAAACTCATGTCCATTGAGTCGGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCCTCTCCTCTTGCCCTCAATCTTTCAAAGTGCTTTAGGACTGAGTAAATATTGTTTGAGAAACTTTGGGGATTTTATTACTTTCACAAACTACTGATTTATCCTATTCTGTTTTACATGTTAAAACAATTTGTTTTAAGTTTTATGACATTTAAAATTCATGTATAAATCTGGATCTATTTTGAAGGCTAGTAGTCATAATATTTTTAAAGTATTGCAAAGAGTATAAATGAAAAAAAAATGACCAGTACATCATTTAGCAGAATGACTGAGTCCATAAGTTGTAAAACAGAAGAACAAAATTTCTGTATAACTGGAAATGAATTTGAAAGAAAATACTTAGTGAGACTTGTGCATTATTCCCTCCCTTTTTTGTTCTACAAAGCAGTCAGTAAATGTATTTGGTTTCCTCTCTGTGGTATATTTTCTCAAGCCATGGGCATATTCCTCTTTCTTCTGAGGAATTTGTTTGCAAACATTTCAATGGTCTTAGGTTTTACTTAACCATTAGATGAGTCCAGATTAGGCCATGAAGTCTAATGGGATTTCTGCTCAGATGTTTCTACAAACATCTCTACATAATATGTGACTGGCATTTCTTCACGTTTCCATGGTGAAGAGCTTGTCCTATATGTTGTAGAAGGCATACTTTGAATTATACTTCTAGGCATACTAAGGGAATGGCAAATCACTCCAGTATTCTTGCCTCAAGAACCTCATGAACTGTATGAAAAGTAATACTGATATAATGTTGAAAATGTCAATATAAAGTTATCAAGCATCTTTATTTTTCTAAGGTTGATATACTCATATTTAAGTATGAGAAATTAAAAAAAAATAGTGCTTTAACTATTTTTCTGTTTTTTCTAAGCTTTAACTACTTTTCTAAGTTTATACTCTCATTTAAGTGTGAGAGATATTTTAATAGTGCTTTAACTAGGGTATTTGGATAATCTGTATATGATTTTAGGGCTTTATTAAAGGTTTGCTGTCATCCTCAGGTACTATTCAAGAAAAATGCAACAGAATTTGGTATAAAATAAATGTAAATAAAGTGAATATGAGTATAGAAATATTAAAGGCTTAAATTATTCATACTTGACATAATTAAAATTTATTTAGGTTGAAAATAATTTCTAAGAAGTTTCAAATTCTAAGGAAGACAACTTTGAATACAAAACTCGTTGACCACAAGGTTTTCCTTAGATTCCCTGATAATGAAAATGTTAAGTATTCTGATGCAGTGACTTGTAAATGTAATTTTGCCTTATTTTCCTGCTCTGATTTCCTGTCAAATGTCTTTACTACTTCTGTAGGAATCAGCTAGCAACAGCCCCAGGCATACAATCATATCTTCTACAGCATTCATGTTATGCCATATCCGTACCATGGAGCATTCTTGCCCATCTAAAACTTTGTAAAAAGAAAAATACCATGTATATATAATTGTTATCATCTTTCAATCACTGAGCTGTGTCCTACTCTTTGCAACCCCATGGACTGTAGCACACCAGGCTCCTGTGTTCTCCACTATCTCCTGAAGTTTGCTCAGACTTGTGTTCATCAAGTTGATGATGCTATCTAACCATCTCATTCTCTGCCACCCCATTCTCCTTTTGTCTTCAGTATTTCCCAGCATTAGACTCTTTTCCAGTGAGTCGGCTCTTCGCATCAGATGACCAAAATATTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAATTTTCAGGGTTGATTTCCTTTAGGATTGACTGGCTTGATCCATGTGAATAATATATACAATATATTATGCTTAATATTTCTTCCCTTTTTTCATTCAAAGAAAATTTCATATTCTTCCTTTATATGTCTGTGAAATAGGAGAAAGCAAATTTGACAGTAATCATAAATGTATTAGAATATGCTATTTCCATTGCTGAGAACCATTCACATAGCTGCATATGTATGGTACTCATATGTATGTGTGCCATATGTCCATTTTGGAATTTAGTAACTTCAGATAGGCAGAGATGCTATGGAATGAGCTTCTAATCTTTTTACATTATAGACTCATTATATACCAATGGTTATTGACTGTTTTATGATTATGTAGGTAAATAATTTAGAAGTAATTAATATTACTAAATCGTCTAAGTATTTTCTAAAAGGATTCAAAAAGAGATAAAGGATTTATTGAGGAAAAGTTACAGCTGTATCCTTCAGTTCAGAGTATGACAAAAAGTAAAGGAAAATGCCTTGCAATACATTAATCAGGTAGGTTTACAGACCTTTAAATTCTCAATTAGATTAATATGATATACTTTAATGTGATCCTCAGTACTTATAAAGAAACAAGTAAATCAATAATACAGTCATGAAATAATCCATAGTAGGACATTAAAATATAGTTTGGACCAGTGCAACGAAAGATAATTCTACATTTGACAACTGAAGAGAGAAAGTATAATTTAAAGATATTAACTTTCTAACCTGGAATTAGTATTAAAAGAATATGATCAGTATAGAGAGTAGGAAGATTTAAGAAGGATTATACTGAAACTCGGAGAGGGCAATGGCAACCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAACCCCATGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGGTTGCAAAGAGTCGGACACAACTGAGCGACTTCACTTCCACTTTTCAGTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCGCAGGGATGGCAGAGCCTGGTGGGCTGCTGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCATACTGAAACTAAAATTCTGGTTGATTTTCTACTTGGTAACCCAGATTTCGGTATTTCATTTGCTTGAGGCTTATGGACTCCACTGAAGAGTGTGATCTTACTGTAGCATCTTATACCAAGGCCCAGTCTTCCAGGAGAAGACTGGAGAAGACGTTTACATGAATGTGGTAAATGAACAAGTTCTACACAAAATGTTGCATTTCTGCAATTACTTAGATTAATTGAGTAACTCTCATTGTGATCCAGAAAGATGGTAAAGAGCAGAAATGTCTCAGCTCACTGAGATTTGAATTTTAAGTAGACTCACCTCTTGTCCTTTTGATGATAGTTACAAGCTTGTACCTTTATCTTTCAGGGCTTTACTATCAGTAGCCCACTTCTGGTCTTATGGCATTGAGAAAACATTAGTTTGACCTTAAAATTCAATAATGAGTTAAGCAGAATAAATAGCTACACAGGCCAGTCCAAGGTCGCAGAGCTTCTGTTCCAAATTTTCATGTACTTCATGCATATGCATATGCATATGGTTCAGTTTTTAGAAAGAAAGGATTATAATCAGGATAGAAATGAATATTGGAACCCTGACATTTTGCACATTGCTCTGTGTAAAGGGAAGACTGCAGAATCAAATTCTGGATGTCCAAATGTGCTCAGAGTACCAACACACTTTACTTCCTACTTCAGTATTCTCTAGGACATTGTACACATTCGACAAAAGGGCTGCTGATAAAGCAGAAAGCCCAGCAGAATGTTTGCTCCTCAGTGAGGGAAGAGGAGGTTAATGTTAGATAAATCCTAGAAATTCAGCTCTGCTCAGTGATCATGATATTGACATCTCTTGGTTTGTGGGAGGTTCACTCCAACATATATGCTATGGGGAAGAAATGGAGGGGTGCAAGTGGGACTTACGATCTGTCTGAAGCAGGCTCGTGAGCAAGGCCAAGATTATACGTATTAGAGAGCATATCTTATGCTAAGAAAGATCAGCATCAGTTGTGGATTTAGGAAGCATGGCCTAATTATTGTACAGGCAAATCTTACTTCTAGTTGAATCTCAGAGCAAGGCAAGCATATTATTCTTCCTCAAGCAGTGGTTTTCAAAGTGTGGTCCTAGGATCTCTGCTGTATCAGCCAACACCTGTCAACTTGTCATAAATCTGAATTCTTGGACCCTACTCCAGACCTACTGAATCAAAACTCTGGATATGGGCCCAGAAATCTGTGTTAACAAGATCTCCAGGTGATTCTCATGAGTTCTGAAATTTGAGGTATGACCTTTCCTAAACCCCCAGACTCTGTATCACCAGAATATATTCCTCTAAATCCAGAGTTACTCTGTCAGAATTTTTTTATTTTATAATAATTTTGATAAGTCAATTAGAGAAATTGAATCAAATATGCTGATGAAAAACGTATGTTGCCTCCATCTGTTTATATGAATTCTATATGGACTACTCCTCCTCCCCACTTTTTTTT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Seq C2 exon
GAAGAACAAAGTATGCTAGCTATGGAAGATGAAGGCACAGTACAGCTCCCACTGGAAGGGCACTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015317:ENSBTAT00000020366:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.220 A=NA C2=0.217
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]