HsaINT0153331 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144290 | SLC4A10
Description
solute carrier family 4 member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13811]
Coordinates
chr2:161965051-161974316:+
Coord C1 exon
chr2:161965051-161965173
Coord A exon
chr2:161965174-161974248
Coord C2 exon
chr2:161974249-161974316
Length
9075 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGA
5' ss Score
6.42
3' ss Seq
CTTTACATTTGTCTTTTCAGGAA
3' ss Score
11.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTAGCCCTGGTATTTGTAAGAAAGTTGATGGACTTGTTGTTCACGAAGCGGGAACTCAGCTGGTTGGATGATTTGATGCCCGAGAGTAAGAAAAAGAAACTGGAAGATGCTGAAAAAGAA
Seq A exon
GTAAGAGCAAAATCAATGTTTTATAAAGAAAGAAAAAAGGAACATAGTAATATTTCTTTGCAAAACTAAATTATTGTTTTTATCTTTAGACAGTTTTGTCTTTAGACAGTGATCACTAACAACCACAAGTAGACTAGTTTGGAAGTTTAATGTTTAAAATCATAAAGATTTGAACAGAGAGAGAATGAAGATCTTATAGGAGGAAACCAAATCCTAATGAAATATGGAAATACTTTGTACTAAAATACCCTCCAAATTGTAAGGCTCATTTTTCTGATTCCTCTCCTATGGATGGCAGAAACTTGCTAATACTTAACTATTTCCAAATTATGATCATGCAGTGATTGTTTTTTTGTTACATATGTGAGAACAAAAAGAAGAGACATTATTACTGTTGGTATTTTCCTAGGGAACAGAGTTTTAATCAAAATATTCTAATGAATAATTATTTATTCTTGAAATAGGTGAAATGTTTAGTAGGAAAAATGTTGATCTGATTTGCTTTCAAAGTGATTTAAGATTGAGTAGATGTTGCAGAAACTTCTGGAATTTATTTTTACAGGCTACTTATTTATTTTATTCTATTTTATATGGTATAACAATGTATTATAAGTTTCGTGGCATATTTAAAGTTTATATGTAAGCCTGAGTCTATTTTGAAAGCACTTAATCAACATTTTTTTAAGTATATAAAAACTACAAAGAGTGTAAATGAGGGAAAAATAACTAGCGTAACATTTAGCAGGATGATTGAGCCCATACAATGTAAAACACAACAAAGTTTTCACATAAATAGAAATGAGATTGAAATAAAATATTTGATGAGAATTATACTATTTTTCTCTATAAGTAGTCAGTAAATGTATTCAACTTTCTATTTCCTCAAACCATAGATATATTTCCTATTTCCTTTGGGGAATTCATTTGCAGATGTTTCAGAGGTCTTAGTCATTTAATGAGGTCAGATCAGGCCATAAATCAAATGAGGTTTTTTCTTTCTCAGAAATTTATACCAATATGGTTACGTAATGTGTAATTGGTAATTCCCTTACTCTACATGGTGTTCTATCACTAACAATGGATTCCCACAGATAGAGATTCATCATGATGATGTGTCTTAATCCTGTAAGAATGTTTCAATTTTTCCAAATATTGTAGAAGGCAATACTTAGACTCATACTTCTAGTAATATTAATGTTAACACAAAAAATGATATTATACAATTGTTATTATTTATTTTTCTGTTTGATATATTTTTATTTAAATATTAGTGCTTTTTTAAAAAATAATACTTTGAGTCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATGCTAGCAGTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCAGATCACGAGATCAGGAGATAAGACCATATTGGCTAACATGGTGAAACCCCGTGTCCACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGCACACCTGTAGTCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAACCGGGAGGTGGACGTTGCAGTGAGCCACTGCACTCCAGCCTGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACTTTGACTAGGATATTTTGATAGTCTCTATTTCTTTTTAGGCCTTTAGTAAACGTTTGCTTTCATCCTCAGATACTCTTCAAGAAAATATGGTATAATTTGGCACAAGTTAAATTTAAATAAAACGGACACTAGAACACAGAAATTCTAAAATCTTAAGTTATCTATATTTGATGTAAATAAAATTATTGAGATCAAACACAACACCCAAGAAGGTTTAAATTAATTTAATTTTGATGAAAAAGCTCTTGGCTGTGAGCTTGCCTTTCAGTCTTTTTGATAATGTCAGTACAGCAGACCCTTGAATAATATAGCATTGTTATAATGTTGATGAGAAAAGAAAAAAAAAATTCCCTGGCCAGGGCCACTGTCTGTAGGGAGTTTGCACATTCTCCTCATATCTGTGTGGGTTTTCTCTGGACACTTCGGTTTCCTCCCACATCCCCAAAATGTGCCCATTAGGTTCATTGGCGTGTCTACATTGGCTCAGTGTGAGTGAATGTGGGTGTGTGTGTGAGTGTGTGCTGCAAGGGAATAGCGTCTTGGCCAGTCTTATTTCTCATCTTGTACCCTGAGCTGCCAAGATAGGCTCCAGCCACCCTCGACCTTGAACTGGAATAAGTGGGTTGGAAAAGGAATGAATAAATGAATACAAATGACTGTAAAATAAAAATTCATCAAGTATACGATAATCACACAAATGTACGACAACAATTTGGTATGAAAATGCTCAGTGAACCCAGCCATATTTGCTATTGTTTTTGAACTGCTTGGTGGTAAGATGTGCTCCTTACAATTTTCACTTTGCAAACATTTATTCCTGATTTAATCCACCCCTACTATGGCCTCAGTCACTCTCTCACTCACCAGAAATTTGGTAATTCAATATCTTACTTGCTTTTATTAACTTTTCTTACATGTTTGTATAGCTCACATTTATTTCAATGTTTAATATTAAAAACATTTTGGGTCTTTAGTTAGAAGTTTGGTGATGTTTTTGTGACCAGATATTGCCATAGGAATTTAACTCTTGTTTATATCAATTAGCCTATGGTAAAATTGGTTTTATTTATTCTTAATGTCACAGTCTCCGAGAACCTATCAATAACTTTATGTGAGCACTTATTGTACTATTAATTATACTCAAGCAGTAACTTACATATCTAATTTTGCTTTATTTTTCTGCTTTTTTTTGTTAACTGTCTTTACTGCTTCTGGAAAAAAAAAAAACGAACACAGCCCCAGACATATAATCATCTCTTTCACAGTATTCTCCTTAGATCATACTCATACCGTGAAACATTCTTGCCTTTTAGAAGTTCACAAAATGAAAAATGATATGTAATCTATTATGTAATGTTTAATATTTCTGTGACTGTGATTCAAAGATAATTTCAGATTCTCCTTTTATTTTCTGTGAAACAGGAGAGAACAAGTTTAATAATAATTGTAAATTTATTAGAATTTGCCATTCCCACTGCCCAGAACCACTCACATAGCTATGCATGTATGGTACTTATATGTGTGTGTGCCATATGCCCATTTTGGAATTTATGAATCTCATAGGGCAGAGAACATATGTAATCAGTGTCTAATCTTTTTATATTATATACCCACTGTACTTTAATGGGCATTTACTGTTCTCTGATTATGAAGATAAAGATTTTAAAAGTAACTAAATAGCACTAAATTTCCTAGAACTCATGCTTTCTGAAAAGATACAAAAATGGATTAAAGATTTCCTGGGGCAATTTTACTGCTAAATCCTTCATATCCAAGTTAGAGGGAAAAGCCTTGCAGTACATTAACTAGGCAGGTTTATAGATCCTTAAAATCTCAGATGGGTTAATATGATGATACTTTCATGTGATCCTCAGTACATGGAAAGAAACAAGAAAATCAATAATACAGTCAAGAAATAATCTATAATTGAACAATAAAATATAGCTCTGACTAGTGCAAAGACAGCTAATTCTCCATCGAACAGGAAAGAAAATAGGAAGTTTAAAGAGGTTCGCTTTCTAGCTTAGAATTAGTATTAAAAGAGTATGGTCACTAAAGACATTAGGAAGATTTAGGAATAATTATACTAAAAGTTAAATTCCTGGTTGATTTGTTTGCCCGGATCTTGGTATTCTATTTTCTTGAGGCTTACAGACTCAGTAGAAGGATGTGATCTTACTGTGGCATCTTATACTAAGGCCCAGTCTTCTAAGAGATTGTGTGTTAAGGTGGTAAACGGACAAGTTCTCCAGAAATGTTGCATTTCTGCAATTGCTCAAATTAATTGAGTAACTTTGATCATGAACTGGCAAGATGGTAAATAGCAGAAATGTCTCAGCTCCCTGAGACTTGAATTTAAAGTAGGCTCACCTCTTGTCCTTTTGATGATAGATACAAGCTTTTACCTTTAGCCTCCAGGGTTTTCCTATCAGTAGCCCATTTCTGGTCTTATGGCACTGAGAAAACATTCATTTGACCTTAAAATTCAATAATGAGTTAAGCAGAATAAATAGCTACACAGGCCAGTCCAAGGTCGCAGAGCTTCTGTTCCAAATTTTCATGTACTTCATGCATATGCATATGCATATGCTTCAGTTTTTAGAAAGAAAGGATTATAATCAGGGTAGAAATGAATATTGGAACCCTGACATTTTGCACATTGCTCTGTGTAAAGGGAAGACTGCAGAATCAAATTCTGGATGTCCAAATGTGCTCAGAGTACCAACATGCCTTCCTTCCTACTTAAATATTCTCTAGGCCATTGTACACATTTGACAAAAGGCTACTTACTGTTAAAGGCAGAAAATCCCAGCAGAATGTTTGCTCCTGGGTAGGAGGAAAGGGGGTTAGTGTTGGATAAATCCTAGAAATTCTACTCTGTGGAAGTGATCATGATAGTGATACTTCTTGATTTACTGGGGCTTCACTCTTAACATATACACTATAGGAGAAAACAAAAAGAGGGCAAATGGGACCCTGTGATCCCAATGCAGGATCATGAAAAAGGTCAAGAAAAAAGCAATCTAAAAACAAGTGCAACTAAACAAATTACAGAGGACGACTTACTGCTAAGATAGGTCAGAATTGGTTATGGATTTGGGAAGCATGGCCAAATTATTACACAGACAAATGTCATTTCTAGCTGAATCTTAGAGTGGGGCAAGCATATTCTTCTTCCATAAGCAGTGGTTGCCCAAAGTGTGGTTCCAGAACCACTGCCACATCAGCCAACACCTGGCAACCTAGAATGCAAATTCTTGGGCCCTACTTCAGACCTACTGAATCAAAACTCTGGGGATGGGGCCAACCATCTCTGTTAATAAGACCTCTGGGTGATTCTGGTGCTAAAGTTTGAGATAAGTCCTTTCCTAAAACCACAGAATAAAATATAGTCTTCTAAATACAAGGATACTCT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Seq C2 exon
GAAGAACAAAGTATGCTAGCTATGGAAGATGAGGGCACAGTACAACTCCCATTGGAAGGGCACTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144290:ENST00000415876:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.206 A=NA C2=0.290
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains