RnoINT0138406 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005307 | Slc4a10
Description
solute carrier family 4 member 10 [Source:RGD Symbol;Acc:631407]
Coordinates
chr3:48265599-48276307:+
Coord C1 exon
chr3:48265599-48265721
Coord A exon
chr3:48265722-48276239
Coord C2 exon
chr3:48276240-48276307
Length
10518 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TGTTACATTTGTCATTCCAGGAA
3' ss Score
8.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGGCACTGGTATTTGTGAGAAAGTTGATGGACTTCTTGTTTACCAAACGGGAACTTAGCTGGCTCGATGATTTAATGCCTGAGAGCAAAAAAAAGAAACTGGAAGATGCTGAGAAAGAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGAACAAAGTATGCTAGCCATGGAGGACGAGGGCACAGTACAACTCCCACTGGAGGGACACTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005307:ENSRNOT00000007218:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.210 A=NA C2=0.299
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]