MmuINT0147092 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026904 | Slc4a10
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter-like, member 10 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2150150]
Coordinates
chr2:62142710-62151406:+
Coord C1 exon
chr2:62142710-62142832
Coord A exon
chr2:62142833-62151338
Coord C2 exon
chr2:62151339-62151406
Length
8506 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
CATTACATTTGTCATTCCAGGAA
3' ss Score
7.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGGCACTAGTGTTTGTGAGAAAGTTGATGGACTTCTTGTTTACCAAACGGGAACTCAGCTGGCTTGATGATTTAATGCCTGAGAGTAAAAAGAAGAAACTTGAAGATGCTGAGAAAGAA
Seq A exon
GTAAGTCAGAAAAAAATCGGTACTCTATCCAAGAGAGAAGAACAATAGTAGCCCCTTGCAAAACTAAATTTTTGCATTTTTTTCATTAAATGGTGACTACCAAATACAACAGGAAAAAAAGGTTTGGAAGTTTAATGTTTAAAATGTTAAAAATATAGCTGGGGGTGGAGGGCACTTACCTGAGTAAGTTAGCCCTACAAGAAATATGCAAATGCCTCTATTTAGTTATTCTCCAAATGCCTCTATTGAGTTATTTTTCAGAGTTTATGGTCATGGATGGGAGAAAATTACTGATGTATAACTGTTTCTGAGTTAGTCATGTAACTATTGCTTTTTGATTGACTATGTTTGCAACAGAAACAATGTAATACCTCACTTGGTATTTTTCCTGCTAACAGGTTTGAATCAGTAGATTTAAATAAAATTGTTATTCTTAAGACAGACAGAATATTTAAGAAGAAAAAATTGACCTGGTTTGCTTCTAAAATGATCCAAGCTTTAAAACAGTGTTTGTGCTTTGGGTTTTAGCTATCTTCCAAAGCTACTGATTTATCCTATTTTGTTCATAAGAGAGAAAAATGAGATGTGAGTTTTATGAAATATACAGAGCTCATATGTCCACCTGGGTCTTTTAAAAGACTATTTAGTCATACCCATTATTAAAGTACATAAGAGCCACGAGAAATATAAATAAAATAATGAGACACTCAACATTTATTAATTGAGTAACTGAGCCCAAAGATCACAAAACCTGAAACAAAAATTTTGATTAATAAATGAAATGAATGAAACATTTTATAATTGTGTATTTTTTCCAGTTTTGTTTTCATGGGTGTTTATTAAAAGGATTCATCCTCTTTTCTATAGAATATGTTTGGATCATACATGTATTTCTTTTCTCCTGCTGGTAATTTTATTTATAAATATGAAGAGCTTTGGTTTTACTCAAATCATTTAAATAGGCCAGATTGGACCATAAATCCTATGAGGTTTTAGCCAAAAGCATTCTATGAACAGAGCTCTACAGCATGTGGCGGATAGTCCCTTTCTCTGTGGTATCTACAGTTAGAGACAACACTATGCTGCATCTTCTTTCTGCATGAGTGTTTCAACTTTCCAAAATGTCATAGAAGGCATACAGAGAATCATACTTCTAATAATGTTAATGCAACATCAAAATATTGTGAAACTGTCATTGTTTGTTTAGTTTTCTGTTTACTATACTCAACACTTTACCAATCCATACATGGTATATTAATACTTATTCCACCTGACAATTTTTTCCCAAGGTTAGAAGTTTGAAGGGAAGTAATTTTGAAGACAAAATTTATTGCCCTTGATTTTTTCCCCATCTTCCAAGTCATTATACCTCCAAGCTTACTCATCTGGTAACGGACACACTGTGTTTTCTTAATAAAGAAAATAGTCTTACTCTTATTTCGTATCAAACATCTTTGCTGTATCCCGTACAAGCAGAATATATAGATATGGTAGAGGCACCCTCTTTCATTGACTACCATCCCTTTCATAGTATATTCCTGAGGCCATTCTCAGCATGAAACCTTTTTAGAATTTCATTTCTCTTAGTATTTGGAAAGCACTTCAGGAAAATGCAGTGTAATCTCTCATGCTACCTTATTGTCTCTAGAACTATAGAAAGACACCATTGGTTTCTCCTGTTTGTTCATGACATTGTAAAGAACAAGTTGACAGTGATCAGAACTGTAGTAGAACTTGCCACTGAAACTTTGCACAGTGGTACCAAGTCAAAGCTTTAACTGAGATGTGATTATCGCTAGTAGAATTAGCCATTCCTTTTGCCCATAAGTACTGGCAATGTTTATTTGGCATTTATACGGGTGTGCATATCATGGATGCATTCAGAGAATTTATTAACCGGCCTGAGACCTTGTATAGAGATTCCATCATTTCACACTCTGCCTTATCATGCTCTCATTCTGTTTACTGTTGTTGTTTTTAACTTGAAAGTAAAGATTTTAAGAACAACTGAATACCACTAAATTTCCTAGAACTTATACTTTCAACAAGGATATAAAAATGGAATAAGACTTCAGTTCCAAATGAGAGGGAACAAACCTTACAATATATTTATGGGCGTGGTTTAGAGATCCTGAAAATCTTACATAGATTATGACAATGATACTTTTCATATGATCCTAATTGCATAGAAATAAATGGGAAACCCAGTATTTCATTCAAGAAATAACCTAAACCCAAACATTAAAATATAGTTCTAAGAAGTGCAAAGAGGACATTACTCCAGCAAAGTGGAGAGATGGAGGAAAGGGCATGTGGAGACGCTTATGTTCTGTTTGGAATTAGCACTGGGAAAGCAGCGTGGAGGAGGACATGCGGGGGATGACACCAAGCTCACATCCAAGGTTCACTTTCTACTTGAGGGCCCAAATTTGGGTATTTTCTTTTCTGGAGCCTATGAATTCCCGTGAAAGTTATGGTAGTTCTATAGCATCTTGTACCAACGTTTAGTGCTCCAAGAGTGTGTGCAATAGAGTGGATAATGGACAAGTTGTTCTGAAATGTTCACATTAATTGAGGAACTCTGGTTGTGATCTGGCAAGATGATAAACAGTAGAAATGTCTCAGCTCCCCGAGACTTGAATTTAAAGTGAGCTCACCTCTTGTCCTTTTGATGATAGTTACAAGCTTGTACCTTTATCCTCCAGGGTTTTCCTATCAGTAGCCCATTTCTGGACTTATGGCTCTGAGAAAACATTCATTTGACCTTAAAATTCAATAATGAGTTAAGCAGAATAAATAGCTACACAGGCCAGTCCAAGGTCGCAGAGCTTCTGTTCCAAATTTTCATGTACTTCATGCATATGCATATGCATATGCTTCGGTTTTTAGAAAGAAAGGATTATAATCAGGGTAGAAATGAATATTGGAACCCTGACATTTTGCACATTGCTCTGTGTAAAGGGAAGACTGCAGAATCAATTCTGGATGTCCAAATGTGCTCAGAGTACCAACATGCCTTCCTTCCTTCTTCAATATCCTCCAGGACATTGCACACAGGACAGACAGACTGCCACTAAATGCAAACAACTCAACAGAATGTTTGCTCTGGGGTGGTGAGCAAGAGTGCGGGCATTAGGTAGAGGCTGGGAAGGCAGGTCTGTAGAAGTGTTCGTATCTGCACCTTCTTCCTTACTGATTGATCACTCTAACACATACAGAATAGAAGCAAACAAAAAGAAGGCAAGTGGAGCCTTGTGATCATGAAAAATTCCAAGAAAGTACAATCTAAAAATAAGCACAATTAAACAAATTACAGCAAATGCTTTCCTTCTTAGAAAGGTAAGAATTGGCTGTAGGTTTAGGAAGAACGTCCTTATTACTGACATCCATAAGCGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTATAATTCAGCTATAGAGTGGGGCAAGCATGTTCTATCTCCTGAAGCAGCACTTTCCCAAACTGTGGTTCTAGGAGCTCTGCTGCTCCAGCCAGCACCTTGTAGTATTTTAAGAATGCAAATTCATAGGCTTGTTTCATCAAAGTGCCGACGCTAGAGCCAGCAGTCTGTTTTTTGAAGACCTCCAGGTGATTCTGACATCTGAGATAAACATTTTATTAGACTCACAGACTCTCAACCTCTCTAAAAAAGCTAAGTTCTTAATATAAGACGACAGTGTCAGAATTTTGAACTTACAGTAATTTAGGTGATGACTTAAAGGTGCTGAGTCAGGTCCAGGGAGAGTGAGGGGGGTCAGCAGTCACAGGCACTGCCTGGCAATCTGTCCTCAAGATCTTTCCTAAACCCACATGTCGAAGGAGAAAACAAACTGCTGCAAACTGTCTTCTGACTGCCACATGCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTCAAAAAGTTGCTGAGTCAAGTTCTGATGCATCCATAGCCTTACACCAGATTACCTTTTAAGGGGTTTATTGTTTTATGTTACCAACTCTTTAATCCATTGGAAATCAGATATAATACTTCTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTACATTCCAGTCGTTGTTCCCCTGTCAGTCCCCCCTCCCACAGTTCCTCATCCCATTTCTCCTCCCCTTTGCCTTCCTAAGGGTGCTCTCCCCACCCAGAACCTGCCCCCTTCCCTGGGACCTCAAGAGTATTAAGCTCTTCTTCTCCCACTAAGGCCATACCAGGCAGACCTCTGCGATATTTGTGCCAGGGGCCTCGGATTGGCCTGTGTATGCTCCTGGTTGGTGACTCGGTCTCTGGGCGCTCCCTGGGGTCTGGGCTAGTTGAGCCTGCTGGTCTTCCTATGGGGTCCCTCTCCTTGTCAGCTTCTCCAATCCTTCCCCTAATTCAACCATACAGGTCCCCAACTTCAGTCCAATTGTTGGGTGTAAGTATCTGCTCTGTCTCAGTCAGCTCCTGGTAGGGCCTCTCAGAGAACATCTGTAAGCACATCATAGCATCAGTAATAGTGTCAGGCCTTGGTGTTACTCTCAAAAGATGGATCCCAAGTTGGGCAGATCATTGGACAACTTTTCCTTCAGTCTTTTCTCCATTTTTGTCCCTGCAGTTCTTTTAGACAAGAACAGTTCTGGGTTAGAACTCTTTGTTAGTCACCTTGTCCCTACACTTGAGGCCCTGTCTATCTACTGGAGGTGGACTCTTCAAGGTTTCTCTCCCCACACTGTTGGGCATTTTGTCTTAGGTCAACCTCACTGACTCCTGAGGGTGTCTTCCCTCCCTGGTCTCTGGTACCTGATCCTGTTCCCTTTCCCCCTCCTCCTCCTCTCTCCCACCCAAGGCCCTCCCTCCCTCTGCCTTCTGTGATTATTTCCTTTCTCCTTCTAAGTGGAATTGAAGCATCCTCACTTGGGCCTTTCTACTTGTTACACTTCTTAAG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Seq C2 exon
GAAGAACAAAGTATGCTAGCCATGGAGGACGAGGGCACAGTACAACTCCCACTGGAGGGACACTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026904-Slc4a10:NM_033552:22
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.220 A=NA C2=0.313
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: