BtaINT0136019 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015317 | SLC4A10
Description
sodium-driven chloride bicarbonate exchanger [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001033217]
Coordinates
chr2:34572522-34586138:-
Coord C1 exon
chr2:34586022-34586138
Coord A exon
chr2:34572532-34586021
Coord C2 exon
chr2:34572522-34572531
Length
13490 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGA
5' ss Score
5.13
3' ss Seq
GGGCAAGCTGATGTGTTCACATC
3' ss Score
-8.58
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATGATCCATCTGTGATCAATATTTCTGATGAAATGTCAAAGACTGCCTTGTGGAGGAACCTTCTGATTACTGCCGATAACTCAAAAGATAAGGAGTCAAGCTTTCCTTCTAAAAG
Seq A exon
GTTTGAAATCTAAAATAATGTGAATTTGTACTGAACCCAGTCATTTAATGACATGACTCCATGAGCAAAAGAATAGTATTGGTTTCCATTTAACTTAGTTCTAAAATATTTCAGAAAATTAAAAAGAGGTTAGAAATCACAAGGATCCCATTTGTTGGTATGTTTTCAGTATCCCCCTTTCAAATTAAAAGCTCACTCCAAAACTATGACAGTGGGGAGAAGCGGGGTATAAATGAGTTTCAGTGCAGGACACTTTTGGACATTCATTTTGGCCTGCTCTTTGACAGTAGGATTTAGTGTATTCCTTCATCATCCACTTCTTAGGACCCCCTTAGATGTCTGACCATACTTTGCATTCTCCTGTTGTTCTTTTTAAAACCCATATGGCACCTGCAATGGTAATTTTGTATTTAGTTTATTTCCAGTCCCTTATTCCAGCCCTGAAAAATCTTCCCTAACCTTTTTACCCCAAAACTTTCAGCTCCAGAAAGTTTTATGCATTTTTCTTCTCTGTATGCAAACATTACATACAACTGCTATAGCTGTAGATGACAGTTTTAAATGCATGAGGTGGGAAGAATGTGTTCTTAAATACCAAGAGTCATCACAGGATTTCCAAAATGCATTTTCCAGAATTTATAAATAAGAGTTCAAACCATCTTGTCTTCTTAGATGTTGATCTGAAGAAAAATCTCTGTGTTATGCTAATATTTCTTATTAAGAGAGACAGGGATTTGGAACAGTGTTTAATTATTAATTTCCTTTATTTTTATGACCTTAAATTAACTTTTTCTACTTAATTTTTTATATTACGTTTTTGTCATAAGCTCCCCTTCCTAATCACTCTAGAAGCTGATTTCCCAAAGGTAAGACCCTTTCCCTCAAACCTATTCCTTGGTTGCATTTCCTTTTGTTAAGTGGTGTCTTCTAGAAACCTGATCAGCCCATGTTCTTTGTGTGAGTTTTGGGGAGGCAAAAGGCATGGAGAGTCTTGGGCTTAGGTCCAGTATCAGACTGTTTACAGTGTTCCTATAACTCCTCAGCTCTTTAAGAGGGTTTGCAACTTGAGTACTTTTTTTTTGCACGTGACTTATACAAATGCATCGTATATAAATCAATAAATCTCATAGAACTGTATTTTGTAATAACATCAGAGTTCTATATTGGAAAAAGAAAATTTATCCCTTGAATTAAGAAATTGTAAAGCTGAGAGCTTCCATTTAACATGCCTCCAAAACTGCAAGCTTTATCTTCATGAGAATTATTTGGAAGCATGGGTTAGAAGAAGAAGCAATATTAAACTTAGAGACTTAGAGACTATCTCTTGTTGCTGGTTTTTTGTCACCCCAAAATGGCATGCTGCTTCAGTGTTCTATGTCAAACAGCAGTGGATGTGCAGAGAGCCTAGGGGTCTTCACCCCATAAAGCTGGGGATTACTTCCAGTTCTCTCTCTCCCTCTCCCTCTTTCTCTTGCTTTCTCCCCATCTCCCTCTCTTTCCCTCCTTCAGATACCTCCAACACTTGTTCCAAAAATTACTTGAAAGGCTCTTTCAAAGACTTCTGGTTGATATTTTCTGTCTTTTAACAGGGCTTTAAAATCTTCATGTATTTCTTCGCTTGGCTCAAGTGGAAGTAATATTTTATTCTAAGCCATGCTTGATCTTCCTTTCCCAAAGATCCCTGCTGCAGTCTTATAGAGTCATCCTCACAGTAACTCTGTTTTGCTAGAAGTCTTGGAAGAAAATCAGAGTCATGAGAAGGGTAGTTTCTCAAAGATATTGAAATATATGCTTGGGGACCCTTTCTCATTAAAAATATGGCATTTTTCTGATTTTTAAAAATGTGAACCCCGAGTTTATGAGCTCAAAATAAAATTCCAGGCATGAGAATATGTGGGAAATTTGAGGCAATCAAATTTAGAGATTGCTTTTCTTCCTGCAATATAGATGAAAATGCTTTCCCTATTTTCCTTTGGTTCAAGCAGCAGTTTTATGTCATGATATTTTAGGTACTCCTTAAAGTAAATGTCATGTGATGCTTTTCACCAGAAAAATTCAATTGTTTAAAATATCTATGTCAGATTACTTCTCACAGTAGATTAATTCCAGTGAACAATGTACCATGCTTAAAAGCAGATCCAATTTTAAATAGATCATCCTTTATATTTTCATCTAACCACTTTTTTTTTCTTATTCTTTGAACATATGTTCCCACTAGCATAAGATTCAAACTATTGTGGAATGAAAGTGTGCCCAGTTTTCTTTACCTTTAAATGTGATAAAAATCTGTAGCTTTCCATGTGATAAAATGTCTATTGGTTAGTGATTAATGTCTTCGTAATGGTGGAAACTGGCAGAAAGAGTGTGGCTTCTAGAAATCCTAAAACTACCAATACTAGTAACAGCAGCACTCTCCCAAAGCCACTGCTCTCTCTTGGTATCTGTTGGAGGCACTGCAGTTTGACGACTAGGAACTGTAGAAATGCTATACCTGCTGGAGTATCCACCCGCAAGAAAAGCCCTAAAGGCCAGCTTCCCAGGGTCTGACTCTCGAGACCTAAGCCGGCTTCCCAGTGTCTCTGACTCCCCAGCCCTAGTTGTCTCCCTCCTGCCCCCGCTATAGGCCCTACTGCCTATCAGAGAAGCCCAGGTGCCTTCTTCTGAGTGGCAGAATATAGCGGTTATATTTTCTCCATTATTTCGTTTACTTTACTTGTCTAAAAATATTCATCCAGTTTAACTGAAAGAAGTATCCAAGAACTGACTGTGGGCTCTACCACATCTGTGGGGTGTTTAATCTGATCCTAGTTCAATAGCGCTATACAAACCTGTGACAAGCTCCTCCACAGCTTATTTAAATGAACTGGTGAAAACCGGTCCCATTAAAAACCGTATTGACTCAGAGTAGGTGGGCAACTGCTTTGATAAACTGACACCCAAGAGCAGCATTTCTTGGGCGGGTACCTGGCAGCACTTGGTTTTGTTTTGGTGGCAGAAGCGGGGTCTAGGGACTCTCTCGCTGCTTTCCTCTGTCCCTCCACCCACCCCGCTCTGTGCTGGATGTTTCTTCACGCTGTTTTGCTAGGCCTCAGCCCTCTCATGACTGCTTGGTAAACGTTGTGTATATCAGCTATTATGGTGTCATTGACAAATAGCAGTTTCATAGCTTGCCTGGCAGCATGAAGGTAGTGGGTCATGTTTTGCCCTCTCTTGAAATATGACTTCCTTATGTTTCGTCTCATCCATCTTGTGTCCCCTGGTCCTTATAGAGTACCTGGTATATAATAGATATGCAATATGTGTTTATTGTGGTAGCATGTAATAGATATGATATAAATTTAATACATACATCTAATGTATTTGTTACAATGGAAGTTTAGAATTGGTTGGCATCCTGAAAATGATGTAGCAAGGAATAGAGTAATAGCCATGCACTAAGAAGATTCAAGTCAATAATATTTTTCATGAAAGTCTTGAGCAAGTTTTAAAATTTTCATCAGATAGAATGTGCTTTTCTATCTTTCAAAAGATAGAGCTCACTGGAATTGAGACTATTAGCCTCAGGATTCTGGTATTCAAGGTGCAAGAAAATGAGAGGCCATTTAGTCCAAAACTAATTGACAGATGAGGAAACCAAGTCCCAGATAAATTAAATAACTAGTCCAAGGTCACATAGCTCCTTCTTTGCTTCCCAAACTGAATGTCATCATCTGACTCTAAGCCCAGGGCTTCCTCCACTGCTCTGTGCTGCCCCTTTTCATTGGCTTTGTTTTCCAGAAGAGACTGGGAGTCAGGTAGTACCCAGGGAAAAGTTAATTTGGAAAGTAGGGTAGCAGACACTTGTCATCTGAAAGGAACTTAAAGTAGAAGAAAGTGAGTCATGCAGATAGAGGAGTTAAAAATACAGAGTTAAGCCTCTCAACACATCATGTGCACACTGTCATCTTTTCTCATGGAAGGAGAAAAGAAAAGAGAAAAAGTTGCTTTGCTCTGACCTGTAAGGAGCGTGTGCTGTGAAGTGTGGCAGGCACAAACCCGGGTGCCATAGACACCCGCTCACACCAGCTCTCAGCGCTGGCAGCGTGCCACAGATGGCAGAAGCTCCAGCACTTCTTACCTGATGGCGCCGGGTGGTGGTGACAACTGAGAAGGGCTGTTTCTAGCTTGAATTGGAGGAAAAAACAATTTAAAAAACACATTCTTAAAATGTGTCTTAAGTTATTGACCACTAAGAAAGCTGCACAGGAAGCCCCGTAGGAGAAAGGGGGTTTTAACTGTCACTTTTTTACTTGGAGGAGAGTTATATAAAACCAAGGGTTTCCCCACCATCAACCATTTCATAGTTATATTGAGCCAAAATGAGCACTAAAAGTGTATGGGTTCTTGCAGCTGAGGGACCCAAAGGCCGACTGTGGGTTGCCCTCGAGTCAGCAGCAGGAGAGGCGGGGAGAGGCCTCAGTGTGGGGCTCGCCTGTTTTGCACGTGGTTGGGAAGGAGCCGAGCTGCCCTCTGGAGCATGTGCTCTTGGTGTGAGCTTCCTGTGTGTCAGCACGTTATTTGAATTTTGCATGAAAACTGTCAACTTGAGATTAGGTAAAGTGTGTATTGGAAAAATATTTTTTTAAAAAATGAGAGTGTCACATTACCAGGTTGCCCATTGATAAAGTTAATTGGAGAATAGTTAAAACAGAAGCCACTTGGGAATGGGTTTGTTCCAAAAGGAGTGAGGTGAAACATGATTCCTCTAATGGACAGGAGGAGTTTGTGAGGAGATGGCATGGGTGTTTGGAGGGCAGTGTGCGGGGTGACCGGGTCCTTCAGACCAGCGGAGGCATGCCTGTTCCCCTGACAACAATGAAGTTCTCACGCAAGATCAGACTCCAGTCTGTTCACAAAGGATGCACCACTTGCAGCAGGGCCCAGAAATACCTACTGCGACATCTTGTTTATGTCATTCATCGTACAGTGCTATCTTAAGACAGGGAGGGGCATGACTGGCA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Seq C2 exon
ATCTCCCTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015317:ENSBTAT00000020366:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.175 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]