BtaINT0137083 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005108 | SLIT2
Description
slit homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11086]
Coordinates
chr6:41616925-41630378:+
Coord C1 exon
chr6:41616925-41617055
Coord A exon
chr6:41617056-41630223
Coord C2 exon
chr6:41630224-41630378
Length
13168 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
TGTTTTGTTTTTTGTTTTAGTGT
3' ss Score
11.27
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCGCCACAGATGAAGACAGTGGAATCCTCCTGTATAAGGGTGATAAAGACCATATTGCTGTAGAACTCTACCGAGGACGTGTTCGTGCCAGCTATGACACCGGCTCCCACCCGGCTTCTGCCATTTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGTGGAGACAATCAATGACGGAAATTTTCACATTGTGGAACTACTTGCCCTGGATCAAAGTCTCTCCCTCTCAGTGGATGGAGGGAGCCCCAAAATCATTACCAACTTGTCAAAACAGTCCACTCTGAATTTTGACTCCCCACTCTATGTTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000005108:ENSBTAT00000061059:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005418=Laminin_G_1=PU(32.3=97.7)
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=FE(39.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]