MmuINT0148326 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031558 | Slit2
Description
slit homolog 2 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1315205]
Coordinates
chr5:48283388-48296563:+
Coord C1 exon
chr5:48283388-48283518
Coord A exon
chr5:48283519-48296408
Coord C2 exon
chr5:48296409-48296563
Length
12890 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAG
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
TCTTTCTCCTCCCAATGCAGTGT
3' ss Score
8.51
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCCACAGATGAAGACAGCGGCATCCTCTTGTATAAAGGTGACAAAGACCACATTGCCGTGGAACTCTATAGAGGGCGAGTTCGAGCCAGCTATGACACCGGCTCTCATCCGGCTTCTGCCATTTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGTGGAGACAATCAATGATGGAAACTTCCACATTGTGGAGCTACTGACCCTGGATTCCAGTCTTTCCCTCTCTGTGGATGGAGGAAGCCCTAAAGTCATCACCAATTTGTCAAAACAATCTACTCTGAATTTCGACTCTCCACTCTATGTAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031558:ENSMUST00000173107:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005418=Laminin_G_1=PU(32.6=97.7)
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=FE(39.4=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types