HsaINT0154527 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000145147 | SLIT2
Description
slit homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:11086]
Coordinates
chr4:20599888-20611790:+
Coord C1 exon
chr4:20599888-20600018
Coord A exon
chr4:20600019-20611635
Coord C2 exon
chr4:20611636-20611790
Length
11617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAG
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
CATTTTTTTTTCCGTTGTAGTGT
3' ss Score
9.41
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCCACAGATGAAGACAGCGGAATCCTCCTGTATAAGGGTGACAAAGACCATATCGCGGTAGAACTCTATCGGGGGCGTGTTCGTGCCAGCTATGACACCGGCTCTCATCCAGCTTCTGCCATTTACAG
Seq A exon
GTGAAGATCTCTCAGTTACGGGTAAAGGTGAAAAAAATTGCTTAATGAAGAACTGCTTCTCCTCTATCATTTTATTATGGAGAGGAGAGAGACTAAGTTGGCCCCAGCAGGTTTTAGGATGAGGGTATTAGTGAAAAACCTGGCAGGAACAGAGGGCATACTCAAACTGGAGAGTGTGAGGAGGGATTTGTAAGGGGACTGCTATGCACAAAGAGGTGACTGGGATAGTATAGTAACCTGGGGCTGGAAACAAGGGATGCAGGGAGGTGTTGCTACCCATATGCCTGAAGGATCAAGAGGAGGGAGCAGTTATGGAAACTCATGCTCTGTAAAGGCTTTGTAGAGAGGCTTGCCTGCCAGAAGCCTCGACCTTTAATAGACGTTTGCAGTAAGTTCTCAAGGAAACAACCAGCTTTTGAAATACACAACCTCACTCTCTTTCCTCCCAACAATCTCCTGTCTGTGTTCCCCACGGGCCACACTGCATGCCGGGAAAGAAGGAATCTATAGACTCTAGTAATGTAGCTTGCACATGAGCTTCCTGGGGCTCAGAGCTGGGTAAAGAAAGTTGGAAGGGAGCTCCAGAGAATCAAATGAAGATATCCAGCACTGTGAGTAACTTCAGGTTGCCATTCATACCTCAGAGGTTTATTGAGCACTTACTATGTGCCAGACCTGTCCTGAGCTTTAAGGAACAAAGCCCCTGCTCATTTGGAACTTACGCAGAATAAGCAAATGGATTCATACAATGTTGTCTTAGGGAATCTTGACCATCCATTTTGGAAGTTTTCTAATGATTAATGATATTAATAATATACTGGAGACGTGAAATGGGTGGTATTCGTGGGGTATAATTTTTAGTCCTTATTGCATAAGACTAACTATCAGAGCCCCTCTGTTGGAACCCAACACCAATTCCCTAACATCCTGCAGACAATTTAGCTATTTAATTTTTTCACATGTAGAAATTCACCCTTTAGAGAAGGGATCACAAACTCCTAAGTAGTCAATTTTTCCAGATAAGTAACATAAATGATTAAAGAGGTCAAGTGCAAGAAAATAATATGCTCTCACCCTTTTATTCTGTAAAAGATCTAAATTTTTACATAAGTATTATTTTATTATAAATAGCCTTGATGTTGGCAATATAAAAGAAGTGGTTGTGACTGGAATGAACCAATAGTAAATATTTGTCAAAACAGGATTTCATCTACTCAGTTCTTCGTGGAGAAAATATGGACTTAGGTTTTTCCAAACTCTTGACTTTTCAGGAAAAAGGCAGAAATCTGGGGTTTTTTTAATATAAATTTTCTCTCCTTTAGATATCAGTGTGCATTTTTAATACTATATATAATGAACAAAACATATCTGTAGGTCAGACACACTTGGCAACAAAAGAATAGGCATTGATTATGACATAAAGTGGAGACACTGGCCTGCATGTTATTGATATTCTCATATGTATCAATGTGCTTTAAAAGTCTGCACATCTTATTTGATGCTTCATAATAGTTCTGGGAAAGTACAAGCCACTTGTAGCCATGAATGGAATTTGATATCCACCACTTGTGAATATTTGGAGCATGGAAACAAACACATAATTATTGGTTTCCAAGTTGAATACAATACTTATTTTATCTCCAAATGGTGATGAATTAGTGCCAAGATTTTAGATATTACGAGGCCTTAAATTTTCTTGCCTCAATGTGTTTCAGCCCATAAAAAGATTTCAGAAATTTGTGGTTCATTTTTTTTAATTTTTTTTTAATTTATTTTATGTAATGGTGCAGCACAGAACTCTCAGAAGCCATAGTAAAGGTTTTTGGTTTGGCTTATTAAAGCTAGCATTCATATCACATATGGCAAAATATTTCTAAATACTTTGTAGAAACCCAAGTGATTATATCCAAACAAGGACCTACCATAACGAGTTTGTTTGAGTTTATGTTCATTGCCATTTCACCTAACAAAGGATGGAGTGTATCTTGTGACATTTATAAAGGGACTATTATGTTGCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCACTCAGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACGGGCACCCACCACTATGCCTGGCTAATCTTTTTTGTATTTTTAGTAAAGACGTGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGACTCGATCTCCAACCTCGTGATCCGTCCATTTCATATTCTTTATTAGAAGCTGCAAGCCCATGTTTCTGGTGGTGGATCATCTAATAGAGATACAAAATGTGAGGCCTAGAGCAAATACAGCTTTAATTTAATTATTGCCTTTTGGCTTATGACCAAAAAAATTTTCTTGATTTTCCAATCCAGAAAAGCTATGACCTTATTTTTTAATAAAAGAGGCAACAATTACCAAGAATTCAGATATGTAGATATGTATAATACATTTTATTAACATATTAAATATAGAATATTATTTTTATATTGAGAAAATAATATAAGAAAAAAGGAAGAAAGAAAGGAAGCAATGAAGAAAAAAGAAGGAAGACAGGAAGGAAATGTAAGGAAGAACAAGTTCAAAGGAGATAAATATAAGCACTTACATTTTCATGTATTTGCACAAAGAAAAACTAGACACAAAGAAATAGAAACAAGACTTCTGCATGAATACCATTTTATATCCATTTGATTTTTGAGCCATTTCAATGTCATTACCACTCAAAAATAAAATTGAAATAATAGAAAAAGCTGCTGTTCTAGAGATAGTCTGGCTTGATTCAAGTCCAGCTCTGTTATCAACTAACTGTGTGTCTTGGACAGATTGCTTCAGCTCCCTGGGCCTCATCTGGCAAATGGGGATAACAAATAATAGTGTCCTTTTTGTGAGATTACGGTAAGAATTGTACGACATGATAAATGTAAAATATTTGCAACAATGCTAGGTAAACCATAAACAATGATGGCTACTGGTATCACAAATTCAGGATGTCCAAAACTGAATTTATTTCATTTGCTTCACCCAAACCTGTGTTCCCATTGCATTCCTTCTTTCATTGAAAGGCATGACAGGTGCAATGGATCTACTCTTAATCCTCTCCTTTCCTTTACCTTCAATTTGCAGTTTTACATAACTCTTAGCTCTGATACGGCTAATTTTTTGGCCTTTTTTCAAATGCCAGAAAATGCCAAGCAAGGCAACCTCTGTCCTGGGCCAGGCCTTTACTACAGTGTAAAATCTTTGATGAAAGATAGTACTTCTCCATCCCTGTAGTAAAATCTATCAATAACAGTGTTGCAATCAGCTGTCCCATTAGTTGCTAATAAATATTTTGTCTGGGTGAAGTACATTTTCAAATTTTGATTTGTTTCCACTTAAGTTCAGTTTTATTGCCATAATTCTATGTTATATAAAATTTACTTTGGTAAAACATTGTTTTCCAAATTTTGCATTATTTAATATATTATTGGGCCTTGCACTTGGAAATAATTTTATACCTCAGGTGCATCATTTCAATTGCCTGCTTAATTCTCCACATTGAAGAAAATTGATTTTATTTTAGCAAAATGAAACCTAATAAAATGAGGGGAAAGTAATAATACACTTATTAATTCTATAGGGTATTTTTGGTTAAAATTTATTTTATATGTCAACTATTGTTTCACATAAATCAGTATGAAGACAATTATTTTATGAAATTATCTCTAGACTGGTAATTTGCTGCCCTTCAAAAAGACTTTCTTTTAATCTAGATAAGGGGAAACATTTTTTACAAAAGTTAATGAAAAATATGTGCTTCTTTCTTTAAATTCAAATTAATGTCATTTTCCAAACCAGACAGCCTCTTTGAAAACACAGCCAACTATGTTAAAAGTTAAAAGACAGTAGTTAACATAGCTTGAAGTGTGTTTAAGAAAACTCAAGATGTAGTAATTATTCTTTTAGCGTAGAAATAAAGTAGTATGCATATTTTCTCATCTTATCTGTTACATCTGGATAGAAGATCATGGCTTCTTGTAGACATGCCTGCTGTTAACAGCACCAAGCATACAGGCAGTAGTGTAGAATGGTTGTTTCCAAAAGTCTGCATTGGAATCACCTGAAAAACATGTTAAAATACAGGCGTTGGGCACCACCCCTAGTTTCTGATTCTGAAGCTCTTAGCTAGACCCGAAAATTTGCATTTTTAACAAGTTTCCAGGAGATCTTGTACTCCAGGGACTACACTTTGAGAACCCCTTGCGTAAAAGGAATATGTACTTTGAGAGCTGATTGTCTGCATGTCTTCTCATATCCAAGTTCTACAACATCATGCTTGATGCTCACATTGAAATCAGCCATATTGGGAATATTCGCACCACAAAAATCAGCAAAGCCTACAAATCCAGGTTTTTGTTCTTGTTTTTTTTTTAACAGTACCAGTTGTTAAACATTTGCCAGCAACCTACTGCCTAAAGGACTCTAACCAGCAACATAGATGAAATGAGCTGCCTAATAAGGGAATGGATTTGGAATATGGCGCACGGGCCTAATATTTACAGCACTTAGAGAATAGCATAAAGAGGGACTTAGTAATTGTATTAGCCTGTTTTCACACTGCTGATAAAGGCATACCTGAGACTGGGTAATTTATAAAGAAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTAGGGAGGCCTCACAATCATAGCAGAAGGCGAAAGGAATGTCTTACATGGTGGCAGACAAGAGAGAATTGAGAACTAAGCGAAAGGGGAAAACTCCAGTAAAACCATCACATCTCGTGAGACTCATTCGCTACCATGATAACAGTATGGGGAAAACCGCCCCCATAATTCGATTATCTCCCACTGGGTCCCTCCCATAACACGGGGAATTATGGGAACTACAATTCAAGATGAGCCAAACCATATCAGTAATAGTGCCATGAATGAATG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Seq C2 exon
TGTGGAGACAATCAATGATGGAAACTTCCACATTGTGGAACTACTTGCCTTGGATCAGAGTCTCTCTTTGTCCGTGGATGGTGGGAACCCCAAAATCATCACTAACTTGTCAAAGCAGTCCACTCTGAATTTTGACTCTCCACTCTATGTAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145147-SLIT2:NM_004787:33
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.003 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005418=Laminin_G_1=PU(32.6=97.7)
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=FE(39.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)