GgaINT0077307 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014419 | Q90XG3_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr4:77719330-77725345:-
Coord C1 exon
chr4:77725215-77725345
Coord A exon
chr4:77719485-77725214
Coord C2 exon
chr4:77719330-77719484
Length
5730 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAG
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
AATTAATGTTTATTTTGCAGTGT
3' ss Score
7.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCCACAGACGAAGACAGTGGGATCCTGCTCTACAAAGGCGATAAGGATCATATAGCAGTAGAGCTGTACCGTGGTAGAGTGAGGGTCAGTTATGACACAGGATCTTATCCAGCCTCTGCTATTTACAG
Seq A exon
GTGAAGCTAGGTTTAAAAAAGAATAATAAAATCTAACTGGAACAAAAGATATATTAATTATATCTGAAAATCATGTATTTTGAATAGATAGTTAAAAATAAATACATTCAAATGAATGTATTGTCAAACATTTTGTAATTAGTACATATTGCCAGTAGACCTGATTTTGCTCAGAAGGTAACTCTTATGTGTCAGAAGCATAATATATTATTTGATCCATTAAAACTGAGTAAAAGTTGGCTTTCAGTAGAATATTTATACATTTGTGTAAAACTCACATGTGAAAGTGTTGTGTTTATTTTTTTTTCCCAAGATGTTACTGCCAAATAATTTCCCTGTGTGCAGGGTAAAGTGCAGAACTGTACTGCATAAGCAGAAATGAGATGACAGTTTTTCTTCTTTTCTGTGTTAGGCATAAAAAGTGAGACTTTTCCCTGGCAATGGAAGAGAAAGCTAAAACTCTGATTCTAAAAAAAAGTCACTAGCCTTGAAAAATAAATGTTTTTTGCTCCCAGAATCATCAAGAGACAGAATCCACATCTATTTCTGTAGTATAGTTTTTTCTGCTTTTCTAAGTGAAATTTCTCTGATTCTGTGAAAAAAAAAAAATTACCTAAATTTCCCAGGAGATTTTATATCTCTCATTTCAAGAATTTGGACATTGACAGACATTGCAAGCATGAGCAAAAAGACAACAGGGATCACCTCTTCTCCTTAATCTTCCCTATTGTTTCTATGAACCCTTCCAGAAGTGAAAGGGAAGTATTGAATGAATTTTCCCTGAGTCTTGTTTTCTTCTGTAATTACACCTCTTACATTGTAAAACTTTATCTAGTGTTTATTTGTTTGCTGGAGATTGTAGTTAGCTGACACTGTTCTGTATTCTATTAGGGACATAACATTAAAAATACATTATTTTTAGAAATGATTGCATTCAATATAAAATCAAAAGCTTACGCTTATGTAGCAGGGAAACAATGCTAAACTTTGATAGGCAATAGCATCATGGGAACTGTGTTTTTTAGTACATTACTAAAAACATTCCACAGAAAAAAAGCCAACACATTTCTGTATAATATAATATAAAGATGTTTGGTAAAATCATAGACTTTTACAGTAAACATCTTAAGATTGTTTCTGTTTTCTGATGCAATATATGATTTATGACTTCGTTTACAGTTTCATGGAATAGTTTAACATGTAGAAATAGTAGCTGTATTTTAATTATATTAATCAAATTACAGAAAACAGACTTTACAGAAGATTTGAGTATTTAACACAAATGTAATATTGCCAAAAAGAATAAGACAAGTGGTACCTCACTGAGCAAAGATGAGATATCTAAAACAGAAACCAAAATAAGTATATATATGTGTGTATATATATATATATATATATAGCTAATAGATTCGAACAGAAGTTTTGTTATATAAATGGTAGTCAAGAAATGGTGTGTTGAGAAAGACTCAAGTGGGAGCTATAAAACCTGCAGAAATGCTTTTAGTAGCAACAAAAGAGTTACAAACAGATGATTTAATCATGATAAATACAGAGAATGAGCAATAAAAACAGTCTGTCTGTGTAGAATGAATGAAACTACTTTGCCAGTGGGAGTTTACTGAAGAAGAGCCATCATCCCAAAAGCAGTCAATCTGAGTAACAACATGAGATGATGATGGTACCTAGGCCAATCCACATCGGTTTTGTTCTATCTATTTTAAAATAGTAAATGTGTTTTCTTTCATAAAAAAGAAACCTATTCATTCTATAAACCCCTTTGCATCATATATTTACTGGAAAAATGTATTTCTTCTCAAATCACTATTCTTATACAGAGCTCCAGAAGCCTTAAATCAATTTTTGTTAGAGCTTTCCATTAGGATCTGTGCATTTCACTCTTTATTCTCGAGTGGGAAAAGTGCTATAAGTAATGTAAGTGCATTGGCAGGAACTATTGCACAAATATCCTTTGTGTTTACTTCCCCTTTAATTTAAACCACCCTTACCTAGGAGGGCTACTCTTTCTGCAGTAATTTTTTCTTAACCAGTAAAACAGGTAAAACTAGAAGCTTTTAATAATCACTCTTAAGAGAGATGCATTCCCTTTACACATTGTTTTATACATCCCTAGAATGACCTCCTGCTANNNNNNNNNNTTCTTCTTTTCTGTGTTAGGCATAAGCCTTGAGACTTTTCCCTGGCAATGGAAGAGAAAGCTAAAACTCTGATTCTAAAAAAAAGTCACTAGCCTTGAAAAATAAATGTTTTTTGCTCCCAGAGTCGTCAAGAGACAGAATCCACATCTGTTTCTGTAGTATAGTTTTTTCTGCTTTTCTAAATGAAATTTCTCTGATTCTGTGAAAAAAAAAATATTACCTAAATTTCCCAGGAGATTTTATATCTCTCATTTCAAGAATTTGGACATTGACAGACATTGCAAGCATGAGCAAAAAGACAACAGGGATCACCTCTTCTCCTTAATCTTCCCTATTGTTGCTATGAACCCTTCCAGAAGTGAAAGGGAAGTATTGAATGAATTTTCCCTGAGTCTTGTTTTCTTCTGTAATTACACCTCTTACACTGTAAAACTTTATCTAGTGTTTATTTGTTTGCTGGAGATTGTAGTTAGCTGACACTGTTCTGTATTCTATTAGGGACATAACATTAAAAATACATTATTTTTAGAAATGATTGCATTCAATATAAAATCAAAAGCTTACGCTTATGTAGCAGGGAAACAATGCTAAACTTTGATAGGCAATAGCATCATGGGAACTGTGTTTTTTAGTACATTACTAAAAACATTCCACAGAAAAAAAAACAACACATTTCTGTATAATATAATATAAAGATGTTTGGTAAAATCATAGACTTTTACAATAAACATCTTAAGATTGTTTCTGTTTTCTGATGCAATATATGATTTATGACTTCGTTTACAGTTTCATGGAATGGTTTAACATGTAGAAATAGTAGCTGTATTTTAATTATATTAATCAAATTACAGAAAACAGACTTTACAGAAGATTTGAGTATTTAACACAAATGTAATATTGCCAAAAAGAATAAGACAAGTGGTACCTCACTGAGCAAAGATGAGATATCTAAAACAGAAACCAAAATAAGTATATATATGTGTGTGTACATATATATATATATGTATATATATATAGCTAATAGATTCAAACAGAAGTTTTGTTATATAAATGGTAGTCAAGAAATGGTGTGTTGAGAAAGACTCAAGTGGGAGCTATAAAACCTGCAGAAATGCTTTTAGTAGCAACAAAAGAGTTACAAACAGATGATTTAATCATGATAAATACAGAGAATGAGCAATAAAAACAGTCTGTCTGTGTAGAATGAATGAAACTACTTTGCCAGTGGGAGTTTACTGAAGAAGAGCCATCATCCCAAAAGCAGTCAATCTGAGTAACAACATGAGATGATGATGGTACCTAGGCCAATCCACATCGGTTTTGTTCTATCTATTTTAAAATAGTAAATGTGTTTTCTTTCATAAAAAAGAAACCTATTCATTCTATAAACCCCTTTGCATCATATATTTACTGGAAAAATGTATTTCTTCTCAAATCACTATTCTTATACAGAGCTCCAGAAGCCTTAAATCAATTTTTGTTAGAGCTTTCCATTAGGATCTGTGCATTTCACTCTTTATTCTCGAGTGGGAAAAGTGCTATAAGTAATGTAAGTGCATTGGCAGGAACTATTGCACAAATATCCTTTGTGTTTACTTCCCCTTTAATTTAAACCACCCTTACCTAGGAGGGCTACTCTTTCTGCAGTAATTTTTTCTTAACCAGTAAAACAGGTAAAACTAGAAGCTTTTAATAATCACTCTTAAGAGAGATGCATTCCCTTTACACATTGTTTTATACATCCCTAGAATGACCTCCTGCTATAAAAACACATGTTCTGTGTTGCTCTCATCCTTGTAAATGCAATAGTGTGAAAGGTTCTTAAGCTGTAAAGTGGTGTTAGCTGCCGTGGAATAAGAACAGTATATTAGGGTTTCTTGTTTACTTAAGTCACAAAGTCACATCCATTTTTATCTCTTGACACAACCTTCTTTTCCTAGATTCACTGAAATGTGTTAAATAGGTTAATCCTGGCAGATTTCTTGTTGCTTGATCACAGCAAACAACTTCTTAATAAATTGAATAGATCATACTTTTTAGAAATATTGAACTCTGGCCTGTTTCTTTCCCACATGGAACCTCTCGGTCATTCCTCCTCCTCCGCATTCCCAAGAAGTGCTTATTCTGCCAGTGTCTGCATTGTGCATTTGCATTTTTATGTAGAACTAAGTTTATTTAAAGCATCATGCTACTATGCAGAACTTGTATCCTTATTGGTCTGGGCCTGCATAGCTGAAGTTGGTAATAAATAGCTGAGAAGCTGCTTAATGTGCCACAGCTGTAAACAACTATGTGAGCACTTCTGATCTGTTCCAGGAAAAAAGCAGTTAGGTTAATTAAAGCATCACTAAGGATGTTAAAAGGTAATTTGTTTGATTTTCACCCTGAGATTTAGGAAGCTAATCCTTTTCAACTATACTGCTTTTCTAATGAGAAGAGCTCACTGTCTGTATGACTGTTCTGTCCATCTCAGACTAACATCATACAATTGGTTCATTTAAATTACTTTTCAAAGGCTTAAGCTAACTTGTTTGATGGTATTCTGAAGCAAATAGATGCTGTCATGGGAATGGTAATAATGTCTGGTCCCTGGACTACAGCTTATTGTCATAACTTCCATCCAGTCATACATTTAGCTCCCAACTCTCCAGTTGAAAATGAGCTAGAAGTAATTTAAGTACAATGATATATTCAGTCCCAGAACTATTCAGTTCTGGGACTTTTCTTTCTGATGTGCTTAAACTGTGTTTAAATATTCACTATGTAATATCGAGGTCAGTAAGCACAGGCAAACATTTCTTGTGCTTAGTAACGTTAATGTGTAGGCTTGTGCTTGCATAGCATAAGTGCCATGCTTGAAACAAGCCTTCTCTGCTTGACACGCTTCAGGCATTTCCTACTAGTGGGCTTATATTCTGTGAATAAGCGGAAGGAAATGGTGTACAAAGGCAAGAAAACGAAAAAGACTGTAGTATTTATAGTGCAAGCCAGAAGCTAAACGTGGAAGTAACCAGGCCTGATAAACAAAACAAATTATTTTATTGCTAGCATCAGTAGAGCTGCCTGGATCAATGATATGATTTTGTCTGGCAGGACTAAGATTAGATGCAGTTCCATATTCCATTAAACTAAGTTTATATACTGAAGTAAACTCATTCCTTCCTACTTGCAGAATGTGTAAACTCACTACTGTGCAACATGCAGGATAGGATACACAAACACATAGAGACAAATAAGATCTTTGCACAAAGCCAAAGTTTTTTTATGTTTGGCTTCCTGCCTAGTAAATGTAGTTCAACTGTTTTGAATATCAGCTGTTACACAGTTCATGAGTTGATAAGAATGAATGAAAACGGGCTATTAGTAATTTCAAAACATATTACTAATAGAGTGTTATTGAAGGGTTATTACACTGTATTAGCTCTGACGCATGCATGCAGTTAAATCTAGCTTTCTGGAAACTGTGCTCTTGGATAAGTTTTGTTTTGAAACTGTGTTAACTGTCAAAGAGAAAGAAGATCAAAATCATTCTAACCAGAGCATCAAGTGTTTTAAATTAATGTTTATTTTGCAG
Seq C2 exon
TGTGGAAACTATTAATGATGGCAATTTCCACATTGTGGAGCTGCTTGCCATGGATCAGATTCTGTCTTTGTCTATTGATGGAGGAAGCCCCAAGATAATTACCAATTTGTCCAAGCAGTCCACTTTGAATTTTGATTCTCCACTGTATGTCGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014419:ENSGALT00000037317:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005418=Laminin_G_1=PU(32.6=97.7)
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=FE(39.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]