HsaINT0154527 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000145147 | SLIT2
Description
slit guidance ligand 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11086]
Coordinates
chr4:20598265-20610167:+
Coord C1 exon
chr4:20598265-20598395
Coord A exon
chr4:20598396-20610012
Coord C2 exon
chr4:20610013-20610167
Length
11617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAG
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
CATTTTTTTTTCCGTTGTAGTGT
3' ss Score
9.41
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCCACAGATGAAGACAGCGGAATCCTCCTGTATAAGGGTGACAAAGACCATATCGCGGTAGAACTCTATCGGGGGCGTGTTCGTGCCAGCTATGACACCGGCTCTCATCCAGCTTCTGCCATTTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGTGGAGACAATCAATGATGGAAACTTCCACATTGTGGAACTACTTGCCTTGGATCAGAGTCTCTCTTTGTCCGTGGATGGTGGGAACCCCAAAATCATCACTAACTTGTCAAAGCAGTCCACTCTGAATTTTGACTCTCCACTCTATGTAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145147:ENST00000504154:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.002 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005418=Laminin_G_1=PU(32.6=97.7)
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=FE(39.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains