BtaINT0137116 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017746 | SLIT3
Description
slit homolog 3 protein precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001178379]
Coordinates
chr20:329907-345679:-
Coord C1 exon
chr20:345549-345679
Coord A exon
chr20:330062-345548
Coord C2 exon
chr20:329907-330061
Length
15487 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CTCCCTTCTCTCCTGCCCAGCGT
3' ss Score
8.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGCCACGGACAAGGACAACGGCATCCTCCTCTACAAGGGGGACAACGACCCCCTGGCACTGGAGCTGTACCAGGGCCACGTGAGGCTCGTCTACGACAGCCTGAGCTCGCCGCCGACCACAGTGTACAG
Seq A exon
GTGAGGACCGCGGTCCTGCCCCCGCTGCACGAGCGCCCCCCACCCCAGCACCTTCCGGCCTGCATCCAGCACTGTGAGAAGCTGCCAGAGGCTCTGGTTCTGCTTCTCCCCACTCCCCACCTCCAACACACACACACACACACACACACACAGTCACACAGTCATACACACACACACACACAGTCACAGAGTGGCGGGTGGGAGCCAGAGAGGCGGTCTTGGAGGAAGGGAGGAAGGCAGACCCACAGGGAGATGACACCTCATTACCATAAGATAAATGGCCAGCTGGCTCCTGGGCAGGAGCCTCTGCTCCAATGGAGACGAGGCTGCTTAATGAGATGCCCTTTTAAAAATGTCATCCCAATCTTTGATTAGTTTAAGAAAGAAAACAGGGCGAGATGAGCTTGGAACTCAAGGGGAAGAAATTCCAGAGCATGGAGAGAGCAGGACTTCTCCTTAAGTGACTTTCAAACTGTTCTAAAGGACAGTATTTCCTAAACTTCAGTCTTTCCAACCATCACCCTGATTTTTACATTATCTGTATGTTAGCTGGGCTATTACTTAATGCCCTCCCTTACATCAGCTTTAAATCTGCTCACTTTTTAAACTTAGCTTCCTCCTGAGTGATAGCATCTGTGACATTACAGCTCTGCTAGTTCGCCATGCTATATTTTTTTCCTCAGTCAAATGAATTCTCAACTAGGAACATTTAAAAACTATTTTAGTTACAAATATTTTTATAATAGGTATAAAAGGAACTACTCAAACGAGACATGTTTGTCTGTGTTACACTTAAAATCACATAAAACCTCCCCGTGGAAGGAGAGCCATTCCTTGGAGAAAGCACAGAATGTAAGAGCAAATCCCATCCAGAGGCCGGCCCTTCCCCTCTGGAAGCAAGAGCACGTCTGGTCGCGATGAGTGAAGGGCAACGTTTTTCCCAGTAACTAAATCCTTTCTTCAATCAAAACTTCATGTGGAATTCAATCATGCTAAACACACAGGAGCACAGCCACCCTGCAGAGCTGGAGGGAGCAGTCTCCTCCTTCACACACACCCTCACGGAGGCCCCAGCCCACCTCCCACGAATCCCAGCTGAAAACCATCGGCACAAACCAGTGGTTCTTTTTTAAAAACTTATGTATTTGTTCGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGGTCTCTAGGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCCTGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCTACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGGATCCCAGGGCCAGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTCTGGGGTCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCATGTATTGTTTGGCTGTGTAGGTCTCGGTTGTGGCGTGTGGGATCTTCGCTGTATCAGGTGGGATATTTCGTTCCGGCGCCTGTGCTCAGCAGTTGCAGAGCTGGGGCTTTGTTGCCCCATGACATGTGGGATCACAGCCCCCCAACCAGGGATCGAACCTGTGTCCCTCGCATTGCAAGGCGGATTTTTCCTTTTAAGATTTATTTATTTGCTTTTATTTTTGGTTGTGCCCCATCTTTGTTGCTACGCACAGGCTTTCCCTGTGGTGGAGAGCAGGGACTTCTCTTGTGGCGCACAGCCTCTAGGCCTGTGGGCTTCAGTAATCAGGGCCTGTGGGCTCTACGGTGCGGGCTCAGTGGTTGCGGTGCACTGGAGTAGTTGTTCTGCAGCTTGTGGGATCTTCCTGGACCCAGGATTGAACCCGTGTCCCTGCACTGGTAAGGCAGATTCTTAACCACTGGATCACCACCAGGGAAGTCCCAAAGCAGTCGTTCTTGAGGTAAAGTCCCAGAGCAGCTGCAGAGCTGGAAGCTTGTCAGAAATGCACATTTTCAGACCCCACCCTGGACCTGCCAACCCAAGCCTGAAGCTCTCTGGGGTCCGACCCAGCCACCAGTTTTAAGGAACCTGTAGGAGATTCTGAGAAGTGCTTGCTTACCCATGAAGGCTTCCTGGAGGGGGAGCCATTTGCAGTGGGTCCTGAAGAAGGTGTGTGAGCAGGGAAAGCAGTGGGCCAGCAGGCTGGGAGAACAGCAGCCACCAGCCTGAGGGACCATGAAAAGGCAGTGGCCATGAAGAGTCACAGCAGAGGGGGTGGCTGGAGAGGAGACCAGGCAGGTTTGGCCAGCAGGTTCAGTGAACGTCCCAGTGGCCTCAGAGTTCCCTGGAGCCAGGGACTGCCACCGTCTGTGTTCCTGGGGCCGCTGGCCATGGGTGAAGTCCAAGGGACAGAGACCAGGTCCAGGGCTGCCTGACCAGAGCCTGAAGTGTCAGACGCATCTAGGTGCGGCTGAGTTCTCCCATGTCTCCGCGACATTCGCCTGTGTACTGCGGATGACAGCCCTGCGTCCCTCCAGGTGTGTTCCTGGGGGCCTGTACACGGACGGGGCAGGACAGAAGGTGACAGCCAGACTGCGGAGTGGCTGGGCTGGTCCAAAGCGTAGGGACTCCCCTGCCCTTCCCACACTGAGGTCAGCTGCTGGTTTGGTCAAGTGGTGTGCTGTTGATACAAATTTGGAATACTCTGCTGGTGTCTTAGTCAGGGCAGGAATGAATCAGACATGAATCAGGAACCCATAGAATGGCTACTCGCTTGTCAGGGAGTCAGGCGAGAGTTAGCACGTGGCCCTTGGGAGACCCCAGGGCCCTTTTCTTACCTCTAGGAGGAACCAAGTAAAGAATGTCCCTGCCAGGATCCTCATGCCAAGTCTGGTGACATATTTTGTGCCCTTCAACCCCCAATCCTAAAGGCCCAAGACTCTAAGAATCTCGTATTAAAAAATGGTTTTGCTGGAACTTCCCCAGCAGTCCAGTGGTTAAGACTCCATGCTTCCTGTGCAAGGGACATAGGTTTGATCCCTGGTCGGGGATCTAAGATCCCATATGCCATGAGGTGTGGCCAAAACATAAGTGGCTTTACTTCCAAATACTTTTCTCTAGGTAGCCCTGGTTTTTCCCCAGTAGTGCACTCACTCAGGGACATCTCTCAGGCACTGTTACTGAATCAGGTCTGACTGATTCAACTCAAGAGAAAGGCAAATGTTGATAGAAAGGGAAGTTGCTTTTAATCAGAATGCTGGCAATCTGGGGAGATGGTGGACTCAGTGTCCCCCAGAAACCACCTCCGAAGATTCTGTAGTGCCATGAAAGCTTTTAAAGAGGAAAGAGAAGAAGTCTGAGTTAATCACTGAGGCGGGGACTCAGAGTCGTCACCTCTCCCACTCTGCAGACCTGTCAACTTCTTGTGACTCTTCTTTAGACGCTGTCTTGCTCACAGAGTTTGTCTGTGAGATGACTGAAGGGGAAGCTGGGGAAGAGATCTGGTCATCTGTTACTTACTTACTCATTTGTTCTACTTTGATCTATAGAAAGAACAGATCAGGCAAAGTATTGTGCAATCCAAAGATCTGAGTAGAGATGAGTAGAGCATGGGGGTGCCCGATGTAAGGTTAGTGAAGACACAAGAGCCTCCTGCAGGGAGCTCTTTCCTGCCGAAAGCTGCTTACAGTACCTCGCCTTGGACCTGTTGTAGGGGTTGGAGCCACAGTGTTCAGAAGAACACAGTCCAGGGAGGAAGGCAGATGTGTCAATAAGCAAGTGTAGGAGCAGCATAAAAAAGGTCTCACAGGAGACGCCAGTGCCTGCTGTAGGGACAATGAAGAAGGAACAGACAGTTGATTCTGCTTAGAGAACTAGGGAAGGCTCCCTGGAGGAGAAGGTGATGTCTGAGCTGAGACATGAGCTATGGCTGATGAGTGTTTCCACAGGCTGAGAAACAAGGAGACTCTGGGGAAGGGGAGACCCCATCTGTATGCATGCAAGCCAGGCTGGGAGGAGCTGAACAGCAGCTGATGGAACCGGGAAGCCATACCAGCCTCAGAAAGATCTCCTCCCCCGAGTCACAGCAGTAAACTCTGACCTGCTCAGCCTCAGAGCCAGGGCCCACTAAGTTGCTTCAATCGTGTCCCGACTCTTTGCAACCCCATGGGCTGCAGCCTACCAGGCTTCTCTGTCCATGGGGATTCTCCAGGCAAGAATGCAGGAGTGGGTTGCCGTGGCTCCTCCAGCCTCCTCACAGGAAGGCAAACCACAGCTGATCTGATCCGGGAGGGGGCAGCTGCAGACCGTATTAGGGAAGTACAGGCCCAGAGCAGCTGGGTTCCGTGCAGGTTCCCAGCTGAAGTTGCAAGTAGAGAGATTCTGTTCCAGGCCCAGATACATAATACCCAAGCTACAAAAACCCACCCAAGTCCCCCCTGCCCCAGAATGGAGGCGGACTGCACTATTCCTCTGTTCTAAGACTTGTCTGAGGAGCAGACTCACCTGCATGCAAGGTCCAAGGGACCTGTAAGGCGACAGACTTGGGGGAAGCGGGTCCCAGCAGGCAGTGTTGGAGACCGTGGTAGCCCGGAGGGCACAGTGCCAACAGATGCAGCTGTGTGGGGAGGCAGAGGCTCAGAGTTACTTAGTGAAGTCGCTCAGTCCTGTCTTTGCGACCCCGTGGACTATAGCCCACCAGGCTCCTCCATCCAAGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGATCTTCCTGACCCAGGGATCGAACCCAGGTCTCCCACATTGCAGGCAGACGCTTTCACCTCTGAGCCACCAGGGAAGCCCCAGAGTCTCAAAAGAAGCTAGCAATTCAGGGTTTCCATGGGAATTCCAAGTTTAGAACAGCCCCTGAGATCCCTCTTTGGTGACCAGTGCGTGCTCCCTCCAGTCTTAATTACCACAGACCCATCCACTGCCAAGTCTTTATCTCATCCAGTCCTCACTGCAGGCCCCAGGCGAGCGTCATCACCCCAGTTTTAGAG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Seq C2 exon
CGTGGAGACTGTGAATGATGGGCAGTTTCACAGCGTGGAGCTAGTGATGCTAAACCAGACCCTGAACCTGGTGGTGGACAAAGGAGCCCCCAAAAGCCTGGGAAAGCTCCAGAAGCAGCCAGCAGTGAGCATCAACAGCCCCCTCTACCTTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017746:ENSBTAT00000049620:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.019
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0221019=Laminin_G_2=PU(33.3=97.7)
A:
NA
C2:
PF0221019=Laminin_G_2=FE(40.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]