DreINT0152471 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000034268 | slit3
Description
slit homolog 3 (Drosophila) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010306-4]
Coordinates
chr14:24202319-24212761:-
Coord C1 exon
chr14:24212631-24212761
Coord A exon
chr14:24202474-24212630
Coord C2 exon
chr14:24202319-24202473
Length
10157 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CTATGTGTTTTTTCTCGCAGTGT
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGCCACTGATAAGGATAATGGCATTCTGTTGTATAAAGAGGACCATGACCCACTCGCCCTAGAACTGTACCAGGGACACATCCGTTTGATCTATGACATTTCCAAATACCCCCCAACCACTGTGTACAG
Seq A exon
GTGAGGATAGAGTGAACATGCACACATACTTGTGGACAGTTTTTATTTTATTGAATACCCTCCTAAAGGTACATCTTTGTACCTTATTTACACTTGAAGTTTTGTTGTAGTACTGTGCATTGTAAAGTTGTAGTAAAGTGCATATTACTATTAGTATGGAAACTTAAGGGGTGGATAATGAACAAAATTATACATTTACTGCTGGCTTTATGAACACTAGAACTACATAGGCAGCTTGACTGTTTTCAATATTTGCAATTTTGATAACTTTGTTGAAATTAAACCCACAAAACTATAATACCCTAACTTTAAAAAAATGTTTATATTCCATTTTAACCTTGTTTTTTTATTAAAATTACAAAAAACAAGAAAATTTCTACCTTTAACTAGCATATCGTTCAAAATGACAGCATGCATTTCAGTGTCTGCTACTTTTCCCCCTGCCTATTTAACTACATCAACGTATACAACTTCAGATATACGTTATTTTTTAAATGTATATCTATAACATATTTCGGTGCCACGAAAAGCTTTCTGCGCTGCTCATGAAAGTGAAAATTAAATTGAGGTGCAGTTATTTGTGCTCCAGTACAAATTTATAGTATGTATAACCAAAAAGACTGTATTATTAGGGTGATGACTTAATGAAATATGACGACAGACATCCAAATTTAATTTTAATATCTAAATGAAAGCTTTTAATATTAACATGACGTGGTAATTCTAATAGTTATAGAATTCTGGTAATTCTTGTGTTAAAATACTATGGTTTAGGGCATAGAAACATGAATATTTTTGATAAATATATGCTACATGTGTAGTTAAAATGGATAGGAAAAGACTTGCATTTCTTTTTGGCAAAATAATTATAATACAATGGGCTGGATTAGACTGGTTGAAAGAAAAGAAACTTATTTTTTGTTATGTTTCACATCATCCAGAAAATAAGAGTACACATTGGTTATTTGCATTTTTTACAGAAATTGTAACAAACACTGGTTGTAAATTGGCAAATTGTCCTTTTAAAAGTAAAATTTTTTAAGACTTAAAGATAAGAAAAGACACTACACCATGCTCTAAGATCATTTGTTGAGAGAAATTAAAATTAAGTTACCTTCCCACATGGCCCAAAAGCATTAAGGACATGTCCGAATCCACTTTTGCTATTTTAAGGACGAAAAAATATTGCCTGCGCTCTGGTGCATGGTCTAACAGGGTTGTGCTTATTTTGTTAATGAGTTACGGGTGTGTTTTGAGCACAGCATGCATTAAACCAATCAGAGTCTCATCCCCCATTCCCTTTACGTGTCAGTTGTGTCGCGCCATGGCACATTTCCTATTTGAATTGCGGACTTTGCAAAACTATATGCTTAATCAGCGTAAAAAAAAAACAGTTAAACGGACTATCTGCAGTGCGAGGATAAAGAAATAGCCTCCTCCATTTGGCCACTTAACTTTCACTTTACTTTTACTCTTAGCTTTACTCCTTTACTTTCGTAAATAAGAAATGGTGATGTACACACTCCACTGAAGACATCCATAAGTCCACATAATTAAATTCCTTTTTTAAGCGCAGATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCTGTTCTAATTTTCAGCAAACAAATAAATGAACAATAATAACGAAGTGTGGTCAAATGAGTTATTTCCAAACATGTCTTATGCCCTATATGGTCCAAAACTCAACAGATGGAAAAATATAAACTTGTTTTTATTAAAACAAATATAAATATGCAAATAATAAGTAATACTAATAATAATAATAATAATAACAACATTATACAAATGCAAATTGTCATGAATAAAGCGAAAAAAAAAAAAACCTGATGTGAAGAAGGCTTGTGGGTATTGGTTTTATATATTTATGTAGAAATTAATATTTTTAAAGTTTAATAAATATCACACTTAAAGATATTTGTGTATTGCTGTACATCCTGTGTGTATTAAGCAATGTGTAAGTTTAGACCCGCATGGGCGCATAATTAACGCACTTTATGCTGGACTTTAGACCAGCTTTCAGTTGGTCAATGGCTCTATTTTTAGTTCCTCAAAATACCAACGTTCCAACAAAGCACCTAAACACACCTTCTTTCTAGACTGGAACACCCATTAGCCCACAAAGAGGCGCAAATGGATTTGCTATTTTATCGATGTGGTGCAAAACGTGTAAATTAGGGTTGCGCTGGTCTGAAAATAGCAACAAATTGCACCAAACATTGACTTGCACCTTATTGCGCCGGGTGTATGATAGGGCCCTAAGTTCATTAAAAATAGTTTGAAGTCATTTAAAAGCTTGTTGATATAAATGACACTTTTCTAATTTAGCTTAGAAACATGCTACCATCAGATTTTTGCACTGCAGATCTTCAGTGTGCCACGAGGAATGTTTCTCATGGCTGCTTATGATGCTCCCTTAGAAGGCAGCTGCTTGTGTAGCTCACTGGATTTTATAACGAACCCACAAACACAATTGCACCTCTGTTCTACACAGTAAATAAACCCATAAAGCCAGTCTTTTTTTACTGCGACAAAATCTAAACAGACATATAGCAGCCTAAATGATTTCAAAACATCAAACATACACACTCATTCGTCTTCCATAAACCCCCCTCGCTCTCGTCAAGAATAGTTCAGGGTAAAAAAGGCATGTTTGCGGGTAGATTTGCTCCCCGTTCTCAGGAAAGTTTAATCCCTGTAAGCTCATGGCACATCATAAAACCATATAGGGCCCTCAGGTTTGCATGACCTGTTTGAATCTGCCTCAGGCGAGACCTTGCTTCCCTCTCCCGGTTCCCATGTGAACGCTTCTGTGCTGCAATGCCATGATTTCTATGCTCATTGGAGCCCCCATAAACACAGAGCTCTTAGCCCTCACCCCCTGCCCTTTCAGCAGACAACAGTCTTGTTGAGTCTGGCGCAGATGGTGCCTGACTCCGGCCTGGTGGGTCACTGCGGATGTCATTAAGCTAGCACAGGCTCTGTAATGGGTTTCAAGAGCCCAGATTCAAGTCTTTAAATACAGCCTACACACAAACCAAGTAACAGCTTAAAATTTCAAAGCATTTCTAGATTGAAATCAGTGTCTTTTTTATCTCTGTTTGTTAAGAATGGGTATGTGGTGTAAATCAGGGTCTTTTTTATCTACATCAGCAGAAGTGTGAACATTTGTGACTGGCAGCTGTTTTAGCTGGCAGTAGATGTGAACAGTGGTGAGCTGGCTGCTCAGGCACTGCCTGCCTGCTTGATGACTTTGTATTGATCCATTGCCTCCCTTTCCTGCTGCAAGGGCCACTCTTCCCTTCTGCTTGCAGAGCTGGCCCAATCGATCGCTCTATGACTCTCAGAATGGAAAATACATTTTCAGCAAGAGTACTTGCCTTTGCAGCATAAGTATAGATGCAATTACAAATATTAATGCCATAATTAAGGACATTTATGCACTTTGTCTGCCTTTATTTGGAGGGAAGGATAAATAGTTTTTGAGGCCTTGATATTGGTCAATAATCCAAAAGTACAGCAACATCAAGCCTCTTTAAGGCTAGTTGATTCACTCGGCAGCCATCTTGAATTACAGCTTGAATTGGGGAAAAATCTCCTGCATGTTAAACCTGCTTTTGCAGGCTTGATAAGATGGAATGAACAGCATCTACAAGCAACACAGCTTACTGTTTCATCCCTGCAGGTACAGGACGTCAACATGATGTCATATTGATGTTTTAAGCATCACGGGTACGTTGGATTTTGTTTGTAAATGAAAATTGGGTCGACGTCAGAACCCAACTTCCAACCTAAAAATAACCTAAAATCAATCAAATATCAACGTCTAATCATGTTACACCTTGAAGTTGTATGGACATTACCGCTATAACATTTATTAGACATTCACTTTCCAACACAACCTAAAATCAACCAAATATCAGCATAATTTCACGTCATTATTGGACATCAAAATAACATTGTCCTTAGATGCTGGCCAGACATTGAATTTTGGTCACCTGACGTCATGACCTAAATCTAACCTAATAATAATGTCTTATGATGTTGTGTGCATGCTGGGATAGCATATGTACTAAATACTAGACTAGTGATGTATTTGAATTCCACTTATACCCTCATTGCTATTCCCTACATGTAATAATTCACTTAGATAGTCCACTTAAAGGAGTGAATGAATTTGAGCACTAAGTGCACCAGAAGTACAGCAATGCTGCCTTGTTTGTGTTTTGCTGGTTGATAAACTCCCTAGACGGATTAGATTTTCAACATCTTGGTCAGACACTGTGATAGTTAAATAATTATTCTGTCTATTAGTAATGACACAAAGTATTTAGATTTCTCTTATGCATCCAAACTTTACTTTTTATTTAAATAATATTTTTTTTGAAACTTATGGTCATGATTTTTTTCTAGCTGTTGAGTGTATATGGGTACTCATTGTTGCGGTGCATTGTGGGATTAATTGAGTGCACTTTAGAATGTCCACTATGGTTTTTGAGACCACTAAATTCTGGTTTATACTTCTGCGTCGAGTGATCGTCAAGACCCACAGTGTTCTTCTTTGTCGAGTTTCTTCAAGGTTGTTTTGTTTTTCCGAACGCTACCTTAATATACAAGTAACTAAAACTTGCTCATTCAGAGACAGGAACTGGCAGACATGCAATCATAAGGTCAACACAAAACATCTGGAGCTGTTTCATGGGACTCGACACTTGTAAACACTCACTACATTGGACTTATGGCTCTGAGCTCCGCCCACACTCGGCAATCACAGAGCTTGTGATAAGCGTCGTTGTGACGTGTAGTTACATTTTTTGAGAAGTCAGTGTCGGCATCAGCCATGGCAAGAACTATGTGACTTCACGAAGTCTGCACCGAACCATATGCGTGTGCTTGATGCAGAAGCATAAATCAGCCTCAAAAGTAGCTGCTTCCTCAAGTAGTGCACTATTTAAGAGTATGGGGTAGCTTTCGAATATAGGA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Seq C2 exon
TGTGGAGTCAGTGAATGATGGGCTTTTCCACACGGTGGAGGTGCTGATCCAGAATCAGACACTGAGTTTGGTGGTGGATAAAGGGACTCCTAAAAGCTTGGGCAAACTCCCCCGTCCCCCTGCTGTGGACCACAACACACAGCTATACATAGGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000034268:ENSDART00000146299:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.113
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0221019=Laminin_G_2=PU(34.1=97.7)
A:
NA
C2:
PF0221019=Laminin_G_2=FE(41.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]