GgaINT0017182 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001916 | Q90Z43_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr13:4415114-4428331:+
Coord C1 exon
chr13:4415114-4415244
Coord A exon
chr13:4415245-4428176
Coord C2 exon
chr13:4428177-4428331
Length
12932 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TAATTCTCTTTTATTTTTAGTGT
3' ss Score
8.37
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001916:ENSGALT00000002967:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.038
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0221019=Laminin_G_2=PU(33.3=97.7)
A:
NA
C2:
PF0221019=Laminin_G_2=FE(40.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]