BtaINT0143296 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002137 | SUGT1
Description
Bos taurus SGT1, suppressor of G2 allele of SKP1 (S. cerevisiae) (SUGT1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046203]
Coordinates
chr12:11131393-11140890:-
Coord C1 exon
chr12:11140709-11140890
Coord A exon
chr12:11131531-11140708
Coord C2 exon
chr12:11131393-11131530
Length
9178 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGA
5' ss Score
3.14
3' ss Seq
ATTTTTATTTCTTATTGCAGATG
3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTAAAAAACCTATATCCATCATCATCTCATTATACAAGAAATTGGGATAAATTGGTCGGTGAGATCAAAGAAGAAGAAAAGAATGAAAAGTTGGAGGGAGATGCAGCTTTAAACAAATTGTTTCAGCAGATCTATTCAGATGGCTCTGATGAAGTGAAACGTGCCATGAACAAATCATTT
Seq A exon
GTAAGAACATAAACTTTAAGAAAATCTATTATAGTAGTAAATTTCAGAAATTAAAAATATAAGTAAAGAGATCAGATTGTATGTACTGTAGTTGGGAGACCATTTTAAATGGGCTTTGTCTGACCATGTCTTCTTGCTTGAAACTTAATTATCTTTCAAGAAAGTTGGGGACTTGTGGAAGAGGTGAGAAACAAATGGTGTGGTCCACATAAATTTTTTTCATCAGGGAGTTAGAACTGGAAAGACTTGAGATCCCAAGATTAGAGTGGGTGATAGGAGTTATTCTAGTCAGATTTATCACAGTAGCTGAGTGAGTGTCCAGTGTTTTCCATCTAGTAGCATATGTAATCTCAGTGTCAAGGATGAGGAAGATAGAAGGGAGACTTCCAGAACAGTGCTGGGCAAGTGGTCGGTGCACTTTGATTATCCACTGGTTTGTTAATAATTTCTGTTAAGAAAATTCAGGCTCTTTGCCAAGGCATGAATACCACCTGAATTAGGCCTCAGTTCTGTAGAACTGTGTAGATTTTGCTTGAAGCTGTAATCATTGGACTTTCACCTGTAGCTCTGGAAGTGTCACTGTCTTCTTTTAAAGCATTTATTTTTACAGTAGAAAGTTAAAGTTAATATTTAATAATTAAAATTAATTAACATACGGGTAATAAGTGTGTTTGAGGCTTAGATATTCCATATCAAGTTACCACGTGGTAACTGATCATGACTGTGCTTTTCACTATTGCTTTACAATTTTTTTATATTAAACTTTTTACATTGAGATAATTGTAGATTCACATACAGTTGGAGAAAGTACAAGAGATGCCTTCTATCTTTTATGGATTTCCCCAGTGGAAACATCTTGCAGAATTAATATTACAGCCATGATGTTGACAGTTAAGATAGAGAACATTTCTGTTGCCGCAGGACTCCCTCATCGTTGTCATCTTATACCCATTCACACCCTTCTTTCCTACCTGTCCTTAGCCCATGGCAGCCACTAATCTGGCGAGTTTGTCAGATACGGAGTTTGCAAATAGTTTCTCCCAGTCTGTAGCTTGTCATCTTCTTTTCTTTAGCAGAGCTGAAGTATAATTTTGATGAAGTCCAATGTATCAATTTTTGTTTTAGGATCATGGTTTTGGTGTCAGGTTCTAAGACCTCTTTGCTTAGTTCTAGATCTCAAAGATTTTCTTCTGTGTTCCTTTTTTTTAAAAAAAAAATTTACCTATTTGGCTGTGTGGGTTCTTAGCTGCTGATCTTTGTTGCCTCCTGCGCCATCTCGTTGCAGCACGCGGACTCTCTAACTGGGGTGTGCGGGCTTCAGTAGTTGCAGTGCACAGACTTCGTTGCTCTGTGGCATGTGGGATCTTAGTTCCTTGACCAGGGATCGAACCCACATCCCCTGCACTGCAAGGCAGACTTTCAACCCCTGAACCACCAGGGAAGTCCCTGCGTTCTTTGTTTTAATAAAAGTTTTTCTTACTTACTGCATCTTAGTCCATGATCCATTTTGAGTTAGTTTTTATATGAAGTATGAGATGCAGGTTAAGCTTTTTTTTTTTTTGACCTGTGTATGTTCAGTTGCCCCAGCACCATTTGTTGAAATGGTTGTCTTTCCTTCCTTGAATTGCCTTTCATCTTTCTCAAAAATCAGTTGAGCATATTAGCATTGAGTCTGTTTCTGGGGTCCCTGTTCCATGTTCTGAGTGTCTGTTGCTCTGTTAATAACACAGTCTAACTTACTCTTGCTATTTTAAGTCTTGAAATTGGACTGATTTATTTCCCCTACTTTATTTTTCATTTTCAAAATTGTTTTGGATATTTCAGTTCCTTTGCCTTTCTATAAATTTTAGAATAGATTGTCTAATGTGGAAAAAGTCCTGTTAGGAATTACATTGAGCTGTATACCGGTTTGGAGAAATTGACATCTTTACTGTGCCGAATCTTCCAGCTTCATTTATTTAGATCTCTTATTTCTTTCATCATTGTTGTACACTTTTCAGCATTTAAATCCAGTATGTGTGATACACCAAAGTATTTGGGTCTTTCTTTGAGTGATTGTCAATGGTATTATATATTTAATTTTCTTATGCATGTGTGTGTTGCTAGTGTCTAGAAATACAGGGTTTTGTTTGTTTTTTAATGTTTATCTCGTCTTCTGTGACCTTGTTGAACTCACTGGTTCTGGGAGATTTTTTTGGTAGATCGCTTGTGATTTTCTGTGTAGACAGTCTTCAAATAGGAACAGTTTAATTTCTTCGTTTCTGATATGTGTGCTGTTTATCTCCTTTTATTGCTATACTGATTGACTAGACCTCCCATTATTATGTTGAATAAGATTAGTGAGAGTAGACATCCATGCCTTGTTCCCCATCTTAAGGGAACAACTGTTCAATGTTTCACTGTTAAGTATGATGTTAGCTGTAGGTTTTTGTAGATGCTTATCAAGTTAAGAAAATTTTGCTCTGTTTTTGTTTTCCTGAGATTTTTTTTTATCATGAATGGCTGTTGACTTGTGAAATGTTTTTTCTGCTTTGAATCAGTATGGTTAGGTAGGTTTTTTGTTCCTTTAACCTGTTTAAGTAGTGATTTTATATGATTAATATTATTTTCTTCATGGAACCAACTTTGCACCCTTGGGATAAACCCCACTTGGTCAGTGTATAATTCTTTTTGTAGTATATTATTCAGTTCTGTTTTCAAATGTTTTAAGCATTTTTGTATCTGTGTTTATGAGGGATATTGGTCTGTAGTGTTCCTTTTTTTGGTGCCATTCTTTTCTGGTTTGGTATCAGGGTAATATGGGTAATACCTCATAGAATGAATAGGAAAGTGCTCAGTCCTCTTTTTTGAGGGGAATGGATTTGTAGAATGAGTGATAATTTGTCTTTAAAGATTCTTTAAACCAATGAAGCCATCTAGGCCTTGATACTTCTTTTTTGGGGAGGTTTTAAATTATGAATCTCATTATCCTGATAGCTTATAGGACTGTTCAAGTTAACTATTTCACATTCAGTGACTTGTGGTAGTTTGTTTTTGAGGGATTGGTCTGTTTTGTTTAAGTTGTTAGTATGATTTCCTTCTTAGCCTTTTGATGTCTTTGGGGTCTGTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGACAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGGGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGACAAGAGTACTGGAGTGGGATGCCATTGCCTTCTCCAGCATGGTCTGTAGTGATAACCCATTTCATTCCTGTGATAGTAATTTGTATTTTCTCTCTCTTTTGTCTTTGTCTTGTTAGGGTTTGTCAGTTTTACTGACTTCACCCTCTTTTTTCTTGGTTCCCCCAAAGAATCAGCTTTTCTGTTGATCTTAAATTTTTCCTGTTTTTTATTCTAAATTTCATTTATTTCTGCTTTTAACTATTTTCTTCCTTATGCTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCATAAATCGCAGCACACCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAGCTCCTGGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGGCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCTGAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAGTGAGTCAACTCTTTGCATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAACGCCCAGGGCTGATCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGATTTGGGTTTATTTTGCTATTCCTTTTTTTAATAGGTTCTTCAAATGTGTGCTTAGATTATTGATTCAACTCTTTAATTTCTGTTTTCTATTATATGTGCTTATGCTCTATGTTTCCCTCTCAGGAATTTTAACTGTCTCCTACAAATTTTTATTTTATATTTTCATTTTTATTCAGTTCAATATATATTTTTATTTCACTTGAGACTTCTTATTTTAAGTATATGTTCCACTTGAAAAGAATGTATATTCTGCTCTTGTTGAATGGAGTGTTCTGTAGATGTCAGTTAAATCCTGTTGATTGATAATCTTAGTGAATTTTTAAAAAATATTCTGAGTGGATTTTCTGTCTTACTGTTCTGTTCATTGTTGACAGAGGGTCTTCAGCTACAATCATGGATTTATTGATTTCATATTTAGGTTTTGTGAATTTTTGTTTCACATATTTTGCAGCTCTGTTTAGTTCATATGTGTTTAGGATTGTTACATTTTCATGGTGGATTGCTTTTTTATCATTATACAATGTCATTCTCTAGCTCTGGTAATTTTTTTGCTAATATTAATATAGCTGATTATGTCTTTTGTTTAATTTTTGCATGATATATCTTGTTCCATCCTTTTATTTTCAGTCTGCCTAAGTCATACTTTTTTAAATTTTAGTTTTTAAAAATTTTATTGGAGTATAGTTGATTTACAGTGTTGTATTAATTTCAGGTTTACAAAGTGATTCAGTTATATATACACACACACATATATTCATTCTTTTTCAGATTCCTAAGTCATATTTAAAGTATCTTTTGGACAGCATGTATTCATGTCATGTTTTTGTTTAATTTACTCTGATGCTACTGCTGCTAAGTTGCTTCAGTCGTGTCCCACTCCGCAACCCCATGGACAGCAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCACGGAATTCTCTAGGCAAGAATACTGCAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCTAATTTACTCTACCAGGCTCTTTTAATTGATGCATTCGGACCAGTTACATTTAATTATTGATACATTAGGACTTATGTCTGCCAAGGAAGTTTTCTCTTTG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Seq C2 exon
ATGGAGTCTGGTGGTACAGTTTTGAGTACCAACTGGTCTGATGTAGGTAAAAGAAAAGTTGAAATCAATCCTCCTGATGATATGGAATGGAAAAAGTACTAAATAAATTTGTTTTCACTGTATTGCATATATTCACCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002137:ENSBTAT00000002771:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.098 A=NA C2=0.303
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0500210=SGS=PU(58.5=78.7)
A:
NA
C2:
PF0500210=SGS=PD(39.0=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development