HsaINT0161630 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000165416 | SUGT1
Description
SGT1, suppressor of G2 allele of SKP1 (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:16987]
Coordinates
chr13:53254109-53262433:+
Coord C1 exon
chr13:53254109-53254290
Coord A exon
chr13:53254291-53261868
Coord C2 exon
chr13:53261869-53262433
Length
7578 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGA
5' ss Score
3.14
3' ss Seq
ATTTTTATTTTTCATTGCAGATG
3' ss Score
11.15
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTAAAGAACCTATATCCATCATCATCTCCTTATACAAGAAATTGGGATAAATTGGTTGGTGAGATCAAAGAAGAAGAAAAGAATGAAAAGTTGGAGGGAGATGCAGCTTTAAACAGATTATTTCAGCAGATCTATTCAGATGGTTCTGATGAAGTGAAACGTGCCATGAACAAATCCTTT
Seq A exon
GTAAGAATATAAACTTAAAGAAATATATATGGGAGCAAATTTTACATATTTTAAACGAGAAAATTGGTAATGTGAGACCAAATTGCGTGTACTATAGCTGGGAGAACTTTTTGAATAAGGTCTGTCTGAACGTTTCTTTTTGCTCTAAGAGTAATTTTTGAGGAAGTTGAAAACTTATGGAAGAGATGAGAAACAAGTGGTTTATCTTAAATAGGTATTTTTTATCAGTGAGTTAGATTGATATGGAGTCATCTCACTTGGATTTATCCCAGTAGCTGAGTGAACTTCTGTTGTTTCCCTTCTAGACTCATATGTAGCCTCAGTGTTAGAGATGAAGAATATAGATACGAAACTTTTCAGAATAGTGTTTGCAAGTAGAAGGTGCACGTTATTCATTGGTTTAACAACTCTCTTGATTAAGAAAATTCAGGCTTTTTGTCAGGGCAGCATAAATACCTAAATTAGACCTCAAAATTTTAGTAATAATTCGTCATTGTATATTTAGCTTGCAGTTGTAATCATGTGACTTTTATTAATACCAGTAGCTCTGGAAATATGACTCTTTTAAGACATATTTACAGTAGAAAGTTAAAATTAGTATTTTAATTTAATATTTAGTTAATGTGGTTGAGGCTTAGGTATTTCACACTTAAGAAATCTGTGGTAATTGGTCATGATTGTGCTTTTCACAGTTTATTTATTTAGAGACAAGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTTGAGTACAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCTGTCTGCCGGGCTCAAGTGATTTTCCTACCTCAGCCTCTGCAGTAGCTGGGACTATAGACATGCACCACCACGCCTGGCTACTTTATTTCTTGTAGAGGTGGGGTTGCGCCACGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGCTTCAAGCAATCTAGCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGGCACCTCAACCAGCCTCACTATTGATTAAAAAATTTTTTTTCATCACTTTTGGGAGACTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGCTAAAGATCTTGAGATTAGCCTGGGCAACATAGAGAGACCCTATCTCTACAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCTAGGCCTGGTGGCATGTGTCTGTGGTCTTAGCTACTTGGGAAGGTGAGGTGGGAGGATCTCTTGAGCCTGGGTGGTCAAGGTTGCAGTGAGCTGTTTTTTTGTGCCACTGAACTACAGCCTGGGCAACAGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGTCTTCATTAAACTTTTAGTTTTGAGATAATTGTAGATTGACATGCAATCCTAAGAAATGAGATTCTTTGTACCTTTTACAAAGTTTCCATTGATGGAAACATTTTGTCAAAACTATGCTACAACATCACAACCATGATACTGACAGTTAAGATAGGGAACCTTTAATCCCAGTGCTTTGGGAGTCTGAGGCCACAGGATCCCTTGAGGCTAGACCAGCCTGGACAATATGGTAAGTTCTGGTCTCTACAAGAAATTTAAAAGCTACCTTGGCATGATGTTGTGCCCCTGTCAGCTCAGGCGTCTGCGGCAAGAGTATTGTTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGTTGCAGTGAGCTATGATCGTGCCACTACACTTAGCTTGGGCAGCAAAGTGAGACCCTATCTCTTTAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGATAGAACATTTTCATGGATTCCAAGGATCCCTTATGTTGCTATCTTATGGCCATACTAACCCCACCCCCACCCTTCCATGATCCCTGATGATCACAAATCTGGCAATCTTTGTCAGATATGTAGTTTACACATATTTTCTCCCAGTATGTAGTTTTCATTTTCTTAATAGGGTCTTTCATAGAACCAAAATATTTCATTTTGATTAAGTCTAATTTACCGCTTTTTATGGATCATGCTTTTAGTTTCAGGTCTTATTAACTCTTTGCCTAGTCCTAGATCTCAAAGACTCTCTCCTATTTAAAAAATAAATAAAAGTAATATTGTTTTACATATTACATTTATTTTTTATTTAGAGACAGGGTCTCATTCTGTCACCCAGGCTGAAGTACAGTGGCACAGTCACAGTTCACTGTAACCTCAAAGTCCTGGGCTCAAGTGATCCTTATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGATGGGACTACACATCCATGCTGCCATGCCTGGCTAATTTTTAAAATTTTTTGTAGAGGTGGGGGTGTCTCCGTATTGCTTAGGGTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAAGCAGTCCTTCGGCCTTGGCTTCCTGAAGTGCTAGAGTTACAGGCGTGAGCCACAGCACCTGGCCTACATATTACATTTAAGTCTGTGATGCATTTTGAATTTTTATGTCAAGTGTGAGATTTAACTTGAGGTTCCTTTTTGTGGGGTGGATAGTATGTTCGGGTGTTCTGGCACCTATCTTTTCTCATTGAATTGCTTTTGCACCTTTCTTAAAAATCAGTTGAGCGTATTTGTGTGAGTCTATTTCTAAGTTCCCCACTGTGTTAGATTGAGCTGTATGTGATCTATATGTATGTTCCTCTGTCAGTCCCACTGTCTTAAGCTGTAGCTGTTTAAGTCTGAAATTGGGCAGACTCATTCCTCCTACTTTATCCTTTATTTTCACAATTGTTTTTAGATATTCTAACTCATTTGTCTTTCCATGTAAATTTTAGAATAAAGTGATTATATATAATTTTGGTGTTCATTACTAGAATCTAGACATACAGTTAATTTTATGTTTATCTTGTATTCTGTGACATTGCTGGACTCAGTTCTAGGAGTATTTTTGGATAGATTGTCATTTTTTTAATGTGGACAATCATCTTCAAATATGGAGGTTTTATTTATCTGCAGATACGGAGAGTTTTATTTCTCCCTTTTCTATCTGTATGCCTTTTATCTCCTTTTCTTGCTATATTTCACTGGCTGCAACTTCCGCACTGTGTTGAATAAGAGTAGTGAGAGTGGACATCCTTGCCTTGTTTCCCATTTTAAGGGAAAAGTATCTGTTGTTTCATCATTAAGTATAATGTTAACTGTAAATTTTTGGTAGATGATCTTTGTCAAGTTATGAAAGTTCTGTTGTATTCCTATTTTTCTGAAATTTTTTTATCATTAACTTTCAATATTAACTTTTTGTCAGATGTTTTGTCTGTGTTGATTGATAGGATTATATGATTTTTCTTCCTTAGCCTGTTAATATGGTGATTTTATATGATTAATATGATTGATTTTCAAGTATTGAGACAGTCTTGCATGAGCCCTACTTTGTCATATAGTGTATCTCTTAATTCTATCTTCTAATGTTTTGTTATGGGTTATTGTGTCTATATTCATGAGGAATATGAGTCTAATTTTCTTTTTGTGCTATCTTTGGTTTGGCATCAGAGTAATACTTCATAAAATGAATTAGGAAGCATTGCATCCTCTTCTGTTTTTTAGAAGATATTGTGTATAATTGGTGTTAACTTTTCTTAAGTATTTGGTAGAACTCACCAGTGAAACGGTCTGGGCCTGGAGATTTCTTTATTAGGAGATTTACAGTTATGAATTTAGTTAACCTAAAAGTTTTTATAGGACTGTTCCAATTATCTATTTCATATGGGTGACTTGTGGTTTGTTTCTGATAAATTTATCCATTTTGTCCAAGTTGTCAGTGTTTGTATAGTCCCTTATTCTTTTTGTTTTTTGTCTTTTGTTCTTGAGACGGCATTTTTCTATCGCCCAGGCTAGAGTGTAGTAGTGTGATCATAGCTCACTGCAGCCTCAACTTCCCAGGCTCAAGTGATCCTCTCATCTCAGCCTCTCCAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTGCCGTCACATCCAACTAATTTATTTTAATTTAATTTAATTTTATTTTATTTTGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGCCCAGTCTGGTCTGTAACTCCTGAGCTCAAGCGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGAGTGAGCCCCCATGCCTGGCCTCCCTACTCTTTTGATGTCTGCAGGGTTTATAGTGATATCTTTTTATCATTCTTATAATAGTAATTTGTGTCTTTTCTCTTTTTTCTTTGTCAGCCTTGCTAGAGGTTTAAAGGACACCTTATCTAGCATATGCTTACCCATTAGCTAGATTTGCTTATGTTATTGAATTTTTTCTTCCAAAGAATTAGCTCTTTGTTTCGTTTTTTCCTCTATTTTTTTGTTCTACATTTTTTTATTCATTTCTATTTTTATTTTCTTCCTTCTGCTTGCTTTAAGGTGCATTTTGTTCTTACTTTTCTAGGTTCTTAAGATGTACATTTGTCTATTATCTATTTCTATCTATTCACTCATTTTTGAGACAGGGTCTCCCTCTGTCGCCCAGAGGGGAGTGCAGTGGTGCGATCGTGGCTCAGTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCGAGTAATCCTCCTGAGTAGCTGGGATCACAGGCATGCGCCACCATTCTCAGTTAATTTTTTTTTATTTTTTGTAGAGACGAGGCCTCCCCATATTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCTTGAACTCAAGCAGTCCTCCCATGTTGACCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCTGGCCTGTTGTCTGAAAGTTTTCTGTTTTCCTAGGCAGCGTCCTTCCCTGATCTCTTGGCAAGAGAGAGCAGGGGTTTGTTGGGACTTTTTTTTTTTTTCCTTGTTTGTGCCCCTTGGTGTTTCCAGCTTCTTCAGCTCCAAGTCTAGGATATATGAGGCAAAAAGAAAACCCAGAATTTGCCACCACGTCATTTCTTGAGTCCCAAGGTCCCTGGTAGGTCTATCTTCACTTTACCTTTTGGTGTCTTTTTTTTTTTTTTCTAGTCAGGGTCTTGCTCTATTGTTCCAGCTGGAATACAGAGGTGCGATCATGAATCATTGCAGCCTTGAAC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Seq C2 exon
ATGGAGTCGGGTGGTACAGTTTTGAGTACCAACTGGTCTGATGTAGGTAAAAGGAAAGTTGAAATCAATCCTCCTGATGATATGGAATGGAAAAAGTACTAAATAAATTAATTTGCTCTCATCGTATTGTGTATATTCACCTAATGCCCATTGTGTATTGATATTGCATTCTTGAATTTTGAACACTGAATATCTTTTTGAAAGATTATACTTCTTTACCTCTTTGTGCTTTAGAAATTATTTTCCTTCAAGTGTTCAAGTCTAATGAAGAATGAAGATAACATTTTATCACTTCTGTCCTTAAAGGTTTCAGACATGGTGAAACTGAATAAAGCATGTCATTTGCTCCTAGATAGATTCATTCTATCTAGTTGTGGGGATGGAGAAATCTTTAATGGTATATTTTCGGTTATTGCCTTATTTTTGATACAGTATTCTGTCAGTAATTTATTAGACCTGGCAGCTTTGGGTGAGCTTAGATTTTTCACCTTCAGTGTTACATTGTGTTTGCTTTTAAAAACTGCTTTTGAATGGAGTTGTAAATACAATTTTTCTATGAAGATGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000165416-SUGT1:NM_001130912:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.164 A=NA C2=0.333
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0500210=SGS=PU(58.5=78.7)
A:
NA
C2:
PF0500210=SGS=PD(39.0=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)