BtaINT0147361 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000006222 | TFDP2
Description
Bos taurus transcription factor Dp-2 (E2F dimerization partner 2) (TFDP2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075241]
Coordinates
chr1:128002086-128009748:+
Coord C1 exon
chr1:128002086-128002248
Coord A exon
chr1:128002249-128009604
Coord C2 exon
chr1:128009605-128009748
Length
7356 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAGGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
AAACATATTTCTTTTAGCAGGCT
3' ss Score
4.32
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAACGAAGCAAAAAAGGAGATAAAAATGGAAAAGGCTTGAGACATTTTTCAATGAAAGTGTGTGAGAAAGTTCAGCGGAAAGGCACAACGTCATATAATGAAGTAGCTGATGAGCTGGTGTCCGAGTTCACCAATTCAAACAACCACTTGGCAGCTGATTCG
Seq A exon
GTAGGTAGACCACGCCTTGGTGTTGATGCTGCAGCGCTGTACCTCTCGGGATTGTCTCTGTCAAATCGAGGACTCAGACGAGTTAGCTACTGGGGAATTCTGTTTTGATTTTTTTGTTGTTTTGTTTTGAAAAGGATTCTTACTTATTTAAACATAAAGGTGGAAAAGTATTTTTAAAACATCTTTGGGGGTTATTGAAGAAACATACTTTTTAAAAAGTATACTTTTAATTTTTGAATGACTTTAGATACATCTGAATCTTTCAGTGTTTTAAGTCAGTAAGAAAATTTTATCTTATTTTTAATTGAAAAAATACTATATGAACATGTTTAAAGAAATTCATTTGTACCAAAGACTGTATAATAAAAAATTTTTCTCTTCTACCACAGACTCTAATCTGACTCCGCAAGGCACAGTTTACTATTACCAGATTCTTGAGTATCATTCCAGAAATTCCTTACGCACCTATATAATAAAATTTGTTATTTTAAACATAAATATGGTTGTGCTTTGCATGCTTCATTCTTAATTTTATTTTCTTAGTAATATATCTAGAGCCTCATTTTTAACACATAAAAATCATTCTCATTTTTTTTTAATTGAGATAAATTTACATGCAGGGAGGGAAATGTACATGTCTTAAGTGTACAATTAAACTGCTAAATTATTTTTTTATTTATTGTGGCTAGTTTACATACAACAAGATGTATCCAAGTGTAAAATCCAGTGAGTTTCGACATTTGTATGCTATCTGTGAAGCCACCACCTGATCAGGACGGAATGTTTCCATCGTTCCCAGAGCCTCTTCCTGCCTTTTGTAGTCTATCCCTCCCTCGCCCTCTAGCCCCAGTCAGCTGCTGATATGCTTTTTATAAATCAGTTCGCATTTTACTTAAATGTAGTCATACTTTATATATTCCAGAACAATATTAAATAATAGTAGTAACTCTAGTCATATTGAATCTTCACTTCTTAACGTTAGTGGAAATATTTATAGTTTTGCAGCCTTAATTGTGATAAAGGTTTTAAGATGATAGTAACCATAACTTGATGTTTTTCTTAATGAACATTTCTTTTTTCTTAATTAAAAAAAAGTCAGAAATGGAGTTGAATTTAATCAAGTCTGTCAGGAAGATAGCTTCCTGACATTTTAGGATTTTTACAATGGTATTCATGAATGAAACTGGTGGGGTTATTTGCTTTTATTTTTATTATCTTTGCAATTTTTTAAAATAACGTTTTTTCCATTCTGCGGTCTGGTAGCTCAGATGGTAAAGAATCTGCCTGCAGTCCAGGAGACGCAGATTCGATCCCTGGAGAAGGGACTGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGTGAATTACATAAACAGAGGAGCCTAGTGGGCTATACAGTCCATGGGGTCACAAAGAGTTAGACATAACTGAGCAACTGTGAATATCGCATTCACATATGATATTCCCAAACACAGCACTTGGTTTTTTCTTCTGACTCTGTTATTCTTTCAGTGTCTGTGTCACATAGATATTTCTCCCAATAGCATAGTTTGACCCTTATCCAGTGGGTGCACACAGGCCCTCATAGACCCTGGCTCTCCAGCATTGGGAGCTTGGTACTGCCTTCTGACCACACCCTTGTCTTTCTGTGCTGGGACTCTGCCTCCTTGTTCCTGTTGCCCTTGAGGTATCCTTAGGCCAGGAATGTCAAACATTTTATGTGTCAACCCTGAGTAAATACAGGAGCTACTTGGACCTTAGGGTCGAGGATAAGGAGGCAGACTGTGCCTGGATTCTTTTACAAAGAGTGCTGTGCTTGATTAGTGATGTCTGCCATGGCAACACCCGCTAGACACATGTCTGGAATGAAGATATTCGGAGAAGAGGCTGCGAGCTGGCCTGGTTCAGAAAGGGACAAGCTGTATGTTCCGTCCTTGCCTTAGGTGGTTGTGCTGATTACCAGGCTGCATTGTCTCTTTGGCCAAGTGGCTGGGGAGGCAGGCTGAAGGCCATGAAGCTTCAAATCGCTTCCCCAGGGCCTGGACGGAAGAGCATAAGCCCCAAGCTAAGAGGAGCCTGGCAGGGCAGCCCATGCAGGGCCCCCCAGGGGTCTACGTGCTGCAGGCCATCCTGGCATTGGCTCCTTATCCTCTGGAGTCAGGTTCCAGCAGAGCCAGCTGGTGGGCTTCAAAGAGTTAAGTGCAACTCAGAGGTAAAAACACATTTCCATAGCATATACACAGAAATAACGTTAATCTCTGGATAAACTCTCAAAAATTCCCAGTCCACACTAAAATGGTTTATTGCCTGTGTGCTACTCAGAAATCAAAATAGAGTATTAGTTTGACTTCAATCAGAGAGATTACTTTGCCAACAAAGGTCTGTCTAGTCAAGGCTATAGTTTTTCCAGTGGTTATGTGTGGATGTGAGAGTTGGACTATAAAGAAAGCTGAGCGCAGAAGAATCGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCGTTGGGCTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATCCTAAAGGAGATCAGTCCTGGGTGTTCTTTGGAAGGACTGATGTTGAAGCTGAAACTCCAGTCCTTTGGCCACCTCATGCAAAGAGCTGACTCATTGGAAAAGACCCTGAAGCTGGGAAAGATTGGGGGCAGGAAAAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCATTGACTCAATGGACACGGTTTTGGATGGACTCCAGGAGTTGGTGCTGGACAGGAAGGCCTGGCGTGCTGCGGTTCATGGGGTCGCAAAGAATCAGACACAACTGAGCGACTGAACTGAACTGACTTTAATCAAATTCCACAGTGAAGGCACACTGCTTTGGAAAGCGCTGCCTCAGGAGAAGATACAGGGTGTGTGTAAAAGAATGTTTATAGAAAATACCAAGGGCACCAAACATGACCCCAGTTACCTTCCACGCCCCTCCATGCCCCAGGCAGGGGCGCTGCTTCCCCCAGGGCACTCGGGGCGTGTCACGGTGCTAGTGAGTGTGTCCAGGTGCCTCTTGAGCCCTCTGCTTTCAGCTTGTGAGTTTGGGAAGCTTTCTTCAGGATCCTCCCCACTTGCCATTTCTATTGCATCTCCTCGAAGGCCAACTGTGTGGAAGTACCCTTGTCCCAGGCCACACTGCTTCTTGTTCTTTTTATTTTTTGTCCATGCCCTGTGGCATGTGGGAGCTTACCGTCCTGACAAGGGTTTGAACCTGCACCCTTTGCATTAGAAGTTTGGAGTCTTAATCACTGGGCCACCAGGGAAGTCCCTCCTCCTTGTTCTTTATACTCATTCCCATTGCTTCCTCAAGTTTTGATTTGTCTTTGTCCTGTTCCTCCTTCTGCTTGGTCACGCCGAGCTCCGTGATGCCTTTTAGACTCAAGAGCCCACTTTTGACCTGCTTGCCAGCCTCCATGGCACCTGTTTGCAATCAGTACCATCTTTTCAGTTTTGATAAGTAGTGTCATGCTGGCTTTATAAAATAAGTTTAGAGGTCTTCGCTTTCTCTTTTGCTTTACTCCATCACAGATTTAATGGCATGGGATGTCTAGTTTTGTTCCCTGCAATCTAATGGAAATCACCTGAGATAACTGTGGTGATTCAGTGGGGGGTTTAGATAGCTTTCTTCATTTCTTATTTGGTAATCCATCTCTTTAAAATTGCTTTCTCCCTTTGAGTCAGTTTGGTGTTTTTTTGTTTTCTTAGAACATTCTCCATTTCATCCATGTTTTCCAAATTATTTGCGATTGTATTCCCCCCCCAAAAATCTCTTGGATTTGTTTGTATGGACCTCCGGTTCTGAAGTTAATTTCTGTTTTTATCTGTATTTAATATTCTGTTCTCTTTCCTGAAGTTACTTTTATTATTTCTCTACCCTGAAGACTGTGATATATGCTTTATTTACTTTTAATTTCTTTGTTTAATATTGAAAGTCTTTATGGCTGTTATTTTCCTCTTGTACACTACCCATATCCCCATTCATTCTGGTATGTTACTCTTTATTCTGTAACTTTGGCTTAAGAATTGCATTGAAGTTTCTTATAGTTCTAGGTGATAGGAATTTTTGTTTATTGTCATGAATTTTGACTTTTATTACCTGTGATCAGAAATTTTGAGTCAAACTGTTTCCTTAAGGGGGGGATTGCTTTGAGATGTTTCTTGTGAGCTCTTGTATGGTAATTTCTATTTAATTTCCCTGGGCGCTTGAAAGTATATGGCTTTCTAAATTTGACTGAGAGTCTCTCTGAATGGTGCAGCAGGCCCTGTGGGACCTGGCCCTCTGCTGCCTCTCGTCTGCTACCGAGCACCCTCTCAGTTACTACACGCAGCCACACGTGTTCTTTGCTGGGGGTTTCCATACAGTTCTTTTCTCCCGTCTAATTTTCACTCAGATGTCACTAAAGTGAAGCATTTCTTCTTAGCACTTTTCAATATCTAACACACATTTTTAGTAACCACGCCCCCATCCCCACTCCTGAATATAAGCAAGGATTTTTTTTTTTTCTGTTGATTCACTACTTTGTTTTTCTCATAATTTGGAGGCCCTGTAGTCTGTAATTCTTTAAAGTTATTTTTATTATAACCAGTATTTTATAATTTCAGTAATTTCAGTATTTCATTTCTTGAGTTATCACCTATGGACTGTGATTGATTATGGAAGAAAAAATAAATCCCTATGCCTGTTGTGTTCCCATCTCCCATCTTTCCCCTCTTTCCCCTCTACCACAGGATTCAGGTGAATATACTAGTGGCCGTTGTTAAAAGAATGTTATAATTATAGTTGTTTTTATGACTTTGAATATATTGTGCTAAAATTATTGCTTAGTTCATCTGTTTTGAATAGTTCATCTGCTTTGAATTCATAATTCCTTCCAGTATCAAAGAAGAGGAAATCGGGTACTTCCCTGCTGGTCCTGTGGCTAAGACTCCTCGCTTCCAATGCAGGGGGGCCCTGGTTCAATCCCTGGTCAGGGAATTATATCTCGCATGCTCCAACTAAGAGTTCGCAGGCTGGGACTAAAGATCCCACAGGCTGCAACTAATAGATGCCTCGTTTTGCAACCAAGACCCAGCGCAGCCAAAAAATACTTTAAAAAAACAAAAGCACAAACTATTTCTAAAAAAAGAAGAGGAAATCAGCAGACTTGCTGTTGCCTCCTAACGTCTGTTGTTATTTTCTCATTTTCTACAGTATTGGGATTTCTAATATTTACATTCAGTTCTATAACTTAAAATCTCCCTTTTATATAAGTGAAATGAAGTTGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCAACCCCGTGTACTACAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATAGGATTCTCTAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTCCTCCAGGGGATGTTCCCTACCCAGGAATCGAACCCAGGTCTCCCGCGTTGCAGGCAGACGCTTTAACCTCTGAGCCACCAGGAAGCCCTTTATTTAATTTTACTTCTGTATTTAAGTGGATTCAGTGTTGTCCACCATCTTTTATTATCATGGCATTTGATTGGTTGGATTCAGTTCTTAGAAACTGCCTGTCCACCAAAAGATAAGGGGCTTTCCCACACTGTAAGTTAACATAATTTCTGTTATTATAAAGTCTTGCTACCAAAAAAGGTCAGCTGAACTACACAGTGTGCCTAGTGATCTGTGTGATTACATTTTGTTCAGGTTCACCATTTTCATAGTGTACAACAGTTTGCAGATCAGCACTAGTGTGTGGAACACATTTTGAGAAGCACTGCTAACTAGAACTTAAAGGGTACATCTTGGACTTTTCAAAGTCTGACATCCTCAGAGACACTACAAGACCTTAGCCCACTTTAACTCCATTACCCCTTTCTCCTATATATAGTATTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAATCGTGTTTGACTCTTTGCCACCCCATGAACCTCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCAGCACCAACTCCCAGAGTCCACCCAAACCCATGTCCATTGAGTCAGTGATGCCATCCAACCGTCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTCCTGCCCTCAATATTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCAAATGAGTCAGCTCTTCACATCAGGTGGCCAAAAGACTGGAGTTTCAGCTTCAGTCCTTCCAATGAATATTCAGGACTGATTTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTGAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCTGCACTCAGGTTTCTTTATAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACTACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTAGACAAAGTAATGTCTCTGCTTTTTAAGATGCTGTCTAGGTTGGTCATAACTTTTCTGCCAAGGAGTCAGCGTCTTTTAATTTCCTGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGAATCTGGAGCCCAGAAAAATAAAGGCAGCCACTGCTTCCACTGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTTAGTTTTAAGCCAACTTTTTCATTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCTTCACTTTTTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCCAGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCCTCCAGCCCAGTGTTTCTCATAATGTACTTTGCATATAAGCTAAATAAGCAGGGTGATAATATACAGCTTTGATGTACTCCTTTTCCTATTTGGAATCAGTCTGTTTTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAGGTTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTACTGTCCTGTATATTAGTTCTTTTTATATTCTAGACTCCCCAAGACATTGTAATTTATAATGAGTATTAATTGAGATTTACCTTTTGAGTTGGTCTTCATGTCCTCTTACATCATCTCCAAGTTCCTATCTTAGATTCTTTTCCTTTGACTTAGAAGAGGCCCTTTTGCATCATTTAATTTAGATATATTAGGAACATAATCCTTATTTTTAAGATTGTTTTGTGTTTTAGATTGCTTGAAAGTATCTTTATTTCATCTTTACTTTTTTTTTAATCTTTAGTTTTGAAGGATACTTTCACAGGGTGAAGAATTCTTTCAGAACTTTGAAGATACTTATGAAATTATTGTTAAATATTTTAATACCTTGTGACTATATCATGACCTTTAAAGTTTATCACTCAATAAACATATTTCTTTTAGCAG
Seq C2 exon
GCTTATGATCAGAAGAACATTAGGCGAAGAGTTTATGATGCTTTAAATGTGCTGATGGCAATGAACATAATTTCAAAGGAAAAAAAAGAAATCAAGTGGATTGGCCTGCCTACCAATTCTGCTCAGGAATGTCAAAACCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000006222:ENSBTAT00000008169:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.382 A=NA C2=0.068
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0231915=E2F_TDP=PU(56.1=83.6)
A:
NA
C2:
PF0231915=E2F_TDP=PD(41.5=70.8),PF087815=DP=PU(18.2=12.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development