BtaINT0164457 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000007730 | ZFX
Description
Bos taurus zinc finger protein, X-linked (ZFX), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_177490]
Coordinates
chrX:126152630-126164872:-
Coord C1 exon
chrX:126164303-126164872
Coord A exon
chrX:126152780-126164302
Coord C2 exon
chrX:126152630-126152779
Length
11523 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
ATATTTCCTGCCCTTTTTAGTGG
3' ss Score
8.58
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTGATGCTACACACATGGATGGTGATCAAATTGTTGTGGAAGTACAAGAAACTGTTTTTGTTTCAGATGTTGTGGATTCAGACATAACTGTGCATAACTTTGTTCCCGATGACCCAGACTCAGTTGTAATCCAAGATGTTATCGAGGACGTTGTTATAGAAGATGTTCAGTGTCCAGATATCATGGAAGAAGCAGATGTATCTGAAACAGTCATCATTCCTGAGCAAGTGCTGGACTCAGATGTAACAGAAGAAGTGTCTTTAGCACATTGTACAGTCCCAGATGACGTCTTAGCTTCTGATATTACTTCAGCCTCAATGTCTATGCCAGAACACGTCTTGACGAGTGAGTCCATACACGTGTCTGACATTGGACACGTTGAACACGTTGTTCATGATAGCGTAGTAGAGGCAGAAATCGTCACTGATCCTCTGACAGCCGATGTAGTGTCAGAAGAAGTATTGGTAGCAGATTGTGCCTCAGAAGCAGTCATAGATGCCAACGGGATCCCTGTGGACCAGCAGGAGGATGACAAAGGCAACTGTGAGGACTACCTTATGATTTCCT
Seq A exon
GTAAGTCTTGTGGTACAGTGATTGTCAAAGGTGTTTTCAAAGGTTGTCTTTCCTAACTTAGGTTGGGAGGATATTTTCTTGACTTCTATAAAGTTAAATTAAATCTCATTGACCTTTCTTCATTGTTGTTTCAGTCTGGACCCTGTAAGATAACTCAAAATTAAGAAAACTGAAATGATACAGGATAGAGTCATTTCTTTTTAAGGACACAATAGAAGGATGAAATTTCTTTCGTCTAGAAAGACAAAGGTGGAAAGGAATAGAACTGAACTTTGTGAAATCATGAAGGATGTGATTAGGCTGTTACAAGCCTTTATTAGAATTAGGAACCCTCTTGAAACTTAAAAGAAAAATGTGTAGTCAAACTACTTATATTCTTGTATATGGATGTACTACTTACATAATACTTATTTACTTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCTGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAGGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCAGCTCTTAGCGACCCCATGGAGTGCAGCCCACCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCGACTTATGTACTTACACAGTATGTAAAGTGCTGTTTATTATAACAGCATGGAAAAGAGCTCTGGCATAGTATTTAAACAAATGATTCCAAAACATGATTTCAAATGTGACAGACTCATACTAGATTATCGAAGAAAAGTAACTGTTTTGGAACACACCTCTAACATCTGGGAGGACAGCTGTGTCGTCTTACAATCTGTTTCTTCGTGCCTCTGTCAGAGAGAAAATCCACAGTTGAATAGACCACAGTTCTGACCCAGTCTGGAAATTCCCATGCCTTTAGGAACTAAATTCAAACAAGACTCACAGACTGTTTGCTCATACAAATTTACAAGACTGTTTGCTTTGCTTGAATACCTGTTACAGTTAATTTAATAGAACATGTTGGAGTCCACCAGCATTTTAGGAAATAACCTTTTAAAAGTTCTTAAGATTTTGGAAATCAGAGAATTGTTTGTGAAAAGAAGAAAAATGCCTTCACTCCAACACGTTTATTGTGCCTCTACTGTGTTTCAGAAATTTGTGTAGATAGTGCAAATATAGACTATAGCCTGCCAGGCTCCTCTGTGCATGGGATTTCCCAGGCCAAATTACTGGAGTGGGTTGCCGTTTTTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATCAAACCCGCATCTCTTGTGTCTCCTGCATTGGCAGGTGGATTCTTTACCACTGCACCACCTGGGAAACCCAAGAATATGGATATATGCTAAATAAAAAAACACAAAAAACCATTGTTCTTGGAGAGCTTGCAGTCTACAATGGGAGAGAAAGATAGGTCACACTATGATGTAGAGGTATGACTAAATTAATCTGGAGACAGAATGGAGTTGCTGACCTTTGAACTCAACGATGAGTTCCTAGTTTAACAAGATGAAGGAGGTCATGGATGAGGAGGAGCCATTCCAGGAAAATGGTATAGTATGTCAAAAAGAGTCTTGGCCTCTTCTGAGAATCATGGGAACTTTAGGATGTACTTGTATCTTTGTGCACTTTCTGTTTAATTACTTAGAATGCATTCCTAGAACTAGTATTGATGGATCAAAGGGTACACATATTTACAAGTCTGGTTATATTTGCCTTGATAGTTTGCCTAATCCTAGTATTAACTCCACCCACCAAGTTTATGAGAATGTCCATTTCCCTACATTCTGACCAGCGTAGGACATTGTTTCCCCTTTTAATTTTTGCCACTCTGACAAGGAAAAATATTAATACCCTGTTTGAAACTTGAATTTATTTTAGGAAGATAATCCTAGTAGTAATATGGAGTAAGAATAGGTGAGGAGAGTTAGTGATAGAGAGTAGTCGAAATGGTTCCTAGATGAGACAAAGAAGATCTGAGTACCTACATAATAGTGGGAGTATAGAAGGGGAGTTCAATTTAAGAGAGTTTAGGAAGTAAAATGAATGTGATTTGGTGATAGATTTAGGGGTAGGGATTTAAGGAAGAAAGAATTCAAGGAGGACCCTAAGGTATTCTACCTTGGGAGATGACTGCCTGGTTATGCTGTTACCTGGGAGGAGAAATAAATTCAGTGGAAAGAAAGTGATTTAGGACCTGTTTAAAGTTTGGGTTGTTTGCTGGGAACAATCTGGTGGATGTTTCTGTGGAAGTTAAAAATATGAATTTGGTGCTTTTGAGAGAGTTTGTGACTAGAGAGGAAGAAATTTGGGACAAGAGGTTGTATAGCTGGTATCCTGTCCTATCTGGAAATGGATGGTGGGCCCCAGAAAGTGCTTATCAAATAAGAATGTCAAGTATTGATCCTTTGGGAATTTAAGAAGTAGGCAGAGAAGAGCCCATGAAAATCAGAAAGGTTTAGGAAAAAGAGGAAGAGAAAAATCTTTAACACTGTCAAAGATAAGAATTTCTAAGAGTGTCAGTCACTGAGGAGGGAGTGGCCTTTTTCTTTAGGCAGTTAAGAAGTCATTGGTATCTTTTTCAGTGAGCCTTTGTTTTTGTGGAAAGGCAACTTTATTTTTTAATTAAAATTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTAAATTAATTAATTTATTTTAATTGGAGGATAATTACAATGTTGTGATGGTTTTCTCCATACATCAACATGAATCAGCCACAGATATACATGTGTCCCCATATCCTGGACCCCCCACCTCCCTCCCCATCCCATCCCTCATGTATATTACCGTATGTAAAAAAATTTTTATTTTAACTATTGGGTATAATACAGGCTCAAGGATGTATAGTACAACATGAGGAATATAGCCAATGTTTTGTAATAACTGTAAGTGGAAAGGAACTTTAAAAATTATAATAAAAAGTTAGTGGTATCTTAATTAGAATAATTTCAATAAAGCATGGGCCAGTGGAGAGGATGTAGAGGAGATAAGCTATAATGGGTTGAGAAGTTGGTGGAAGTGGTGGGGTAGGTGAAGCAGTTTGTATAAATTGCCATTTTGGTCACTGAAGGGATAGAAAAAGCATGAGTACAGGTTTTGATGGTTGGCTGGATGGTGGAAGTGTGTTGAGCATTTATAGGTTTATAGGTGCAGAACACAAACTGTTGAACAGTCCTTCCTTTTCCCTTCAAAGTAATAATCATATTAAACTGTTGGCTTTGGAATCAAACCAGTTGAATGCCTTGTAATTAATTAGCTTTTCTCTTGTTTCTGCCTCCCAGTAAAGACACTTCTTTTATGCTGCATTTTAAGTTAAAACCTATATTGATTTCAGAAGTTTAGGATTGAGAGGGCTTTGTGCCAAACATACACAGGAATGGCCTGATTTTATCCGTGATAGAGAATGCCGAGATGCCATTATTAGCACTCAGCTTTAATGCTCTTCATAACATGAGAGAGATGGTATCTCTGAATTCCTGTGATGTTTATTCATTACTTGATAGGTCAAAGAAGAATATGAACAGATGTTCAAATATTCTTCTCATTAAAAATTTCAGGAAATCATTGAATCGAAAGAAAGAAAGATAGCGCTAAGTCGTGTGCGACTATTGCAATCCCATCAACTGTAGGCTGTCAGTTTCCTATGTCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGATTGCCATTTCCTTCTCCAAAGGAATTGAATCGAAGAGACTGCTAAATAGCTTTTAGAGTCTTTAGTGTCCATCTTGGCAGATTTCTTTCCTCTGAAGGTCTCATTTAAAAAGATGATGACATAGCAAGTAGTAGTGTTGTGGGTAGTGTACATTGGCACACTCTTTCACAGTATAAGCTGCCTTTGAAGTCAGAATGATCTCTATCTTTGCTGTCTAGATGTTGTGATTGCTTCTAAAGTGTTTCTTGAGGACAAGAACTATCTGTTGCATCTTAGCTACTTACATATCTTCCCCATCAAACCCTTTGGCATATTAGATGTGAAATATTTGTTGAATATATGAATGCTATAGCTGAAAATCTGTGGACATTATGCCTCATCTAAGGTATTAATGACACATTTCTTCCCTTCCAGTAGCTGTGGCTCTTGGTTCTGGTCAGGCTGGGTTTGGTAGCTTTGCTTTATGGCACTTAGGAGTTTTTTGTCTCTCTGAAAGTGGAGTGTTTGAGTCATCCACTTGTTACTCAAATTGTTCCTTAAGTTCTCCATTAATTTGAGACAGCTTCCAGACATCCCTAATTTCTTTGCAGTGATCTTCACCCTCCTATAGTTTCACTTTGCAGCTGCATGGTCAAGATGCTACTTGGTGAAACATCAGTTTGTACAATAGGGAAAGTTAGAGAAGATCTGGTGATGATGAGTTAGGCACTACCTTGCAACAGCTGCAGGAAACAAAATATTCTCTGGGTGCCTCTGATTGATCAACGAGATGTCACTCTAGGTCTTGTTGACATCTTTCATGTCTTTTAATTAGAACAGTTAGATCGGAGATGAATAGGAGTTAGATACTCCTTTCTAATCCTATATTCAGTTTAAGTTTTGAAATAAACTTTTTTTTTTATGGTAACAGCTTTGTACACATACTGTACCATTCACCCATTTAAAGTGTGCGATTCAACAGTTTTTAGTATATTCATAAGCTTGTGCAGCTATCCTCACAATTAGTTTTAGAAATTTTTTTCATTTCCCCAAGGAGAAACCCCATGTTCTTTGAAGTATCACTCATATCATCCCTCTCCATCCTCTCCAACTCTAAGCAACCATTCTGCTTTCTTTATTTGCTCATTCTGGACATTTCATATAAATGGTATCCTATAATATGTGGTCTTTTGTGTCTGGCTTCTTTTACCTAGCATAATGTTCTCAACATTTATCTCTGGTTTTTATCT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Seq C2 exon
TGGATGATGCTGGCAAAATAGAACACGATGGTTCCTCTGGAATGACCATGGATGCAGAGTCAGAGATCGATCCTTGTAAAGTAGATGGCACTTGCCCTGAAGTTATCAAGGTGTACATTTTTAAAGCTGATCCTGGAGAGGATGACTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000007730:ENSBTAT00000010165:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.234 A=NA C2=0.451
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(42.0=73.8)
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=FE(14.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]