MmuINT0180124 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000079509 | Zfx
Description
zinc finger protein X-linked [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99211]
Coordinates
chrX:94082150-94098852:-
Coord C1 exon
chrX:94098283-94098852
Coord A exon
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Coord C2 exon
chrX:94082150-94082299
Length
15983 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTTGTAAGT
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8
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000079509:ENSMUST00000088102:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.145 A=NA C2=0.462
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(42.1=73.8)
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=FE(14.9=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types