GgaINT0111614 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr1:121647514-121655781:-
Coord C1 exon
chr1:121655215-121655781
Coord A exon
chr1:121647664-121655214
Coord C2 exon
chr1:121647514-121647663
Length
7551 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTCGTAAGT
5' ss Score
9.63
3' ss Seq
TTAATAACTTGTTTTTGTAGTGG
3' ss Score
6.11
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTGATGCCACACATATGGATGGAGATCAGATTGTTGTGGAAGTACAGGAAACAGTATTTGTTTCAGATGTAGTCGACTCAGATATAACTGTGCATAATTTTGTTCCTGACGATCCAGATTCTGTAGTAATCCAAGATGTCATTGAGGATGTTGTTATTGAGGATGTTCAGTGCCCAGATATTATGGAGGAGCCAGACGTATCTGAAACTGTCATTATTCCTGAACAAGTGCTGGACACAGACGTGGCTGAAGAGGTTTCTTTGGCTCATTGCACTGTCCCAGATGATGTTTTGGCTTCAGACATAACAGCAGAAGCAATGTCTATACCAGAACATGTACTGACGAGCGAGTCAATGCATGTACCTGAAGTTGGACATGTAGAACATGTAGTTCATGATAATGTTGAAGAAGCAGATATTGTCACTGATACTCTGGGAACAGATGTTGTTTCTGAAGAGGTCTTGGTGGCAGACTGCGCATCGGAAGCAGTGATCGATGCCAATGGGATCCCTGTGGAACATCAAGACGAGAAGGGCAACTGTGAAGATTACCTGATGATTTCTC
Seq A exon
GTAAGTGTCTGGGTAAAGCCATCAACATTTTTATGATGTGGGCTTGGGTGATGCTTGAAATACCTGAACGAAGGCTTACAACAGAACCAAAAGCAGATTTTCTGTATTATTTAATGAAATGCAGGTCTCATTACTGTGCTTAAATTGAGGCATCTTCAGGAATGCATACCTGCTAAAACTTCTGGTGAAATTAGTGGAGAGATCTACTGGCAAATGTATGACTGAGTATAGATATGAACAATAGAATAAGAATTGCAGTGAACTGTATGCCATATACTTAGTAAGAAGTGAAAGAAAATAAATGTGACATTGTTTGGAAGACCATTTATATACTGGTTACTAAGATTACGGCCAAGTCAATAAGAAAACCTAAAACTTATGTAATGGAAAAGGGAGAGTCAGAAAAGTGTTTCTTGGAAGCCTGAAACAACAATTTTTCCCTGTCTTTTTTTTTTATTTATTTTATTTTTGTGAAGGCCTCTTCTTCCACTCCATTTACAGTTAGGTACAAACAGCAGTGCATTTTGCTTTGCTTTTTTGGATGTGGTCTTTATTAAGCAGGGGACAGAGGTGTGCTGCTAATTAAAAGAGCTCATAGCTGAGAAGCAGTTGTGAATATCTTAGTCTTCGGTAGAACAGTGGTACGATCCATTTGACTCACATTTCAGAAGGCTTAGAAAGTGGGCAAACACGGTGTGTTATCAGTCCTTCTACTGAGGATATCCCGTAGTGTGAAGTAGAGCCTATTCTGTTACCCATTGCAGTGTTCGCTTAGTGCAGCACCTAGGAACATCCAGGTGTCACTACTAAATGTGTTTTTCATGGAAATAGAAAAGCTTTGTGAGGCTGATACATTTAATTGCAACTCCAGGCACTTCACTTTTGTCCAGCATGCAGTAACTGTTGATGAGGCGTGCTTTTTGCCCTCCTTCCGTTACCTTTTTTTTCCTTGTTTCTCTTTTGCTTTGGATACTTCCTTTGAAACGTATGATAATTTGTTTTAATTTTGTATTCTGTGCTTTGGGATTTTAATGTTGCTTCTCCTTACCTAGGATCACTGCATTTCTTAATTTATCATCTCTTGAGTTCCTTGAGTAACCTTGTGCAGCCATGTTTTGAGTTTATATGAGGTACAGTTAAATCTCTATTATCTGGGAAAACAATGAGATGGGATAATGCAATATATGAATAACACAAAATATTGTAAAATTAAGCTGCAGGAATGTACCAAAGTGGAGAGAGGAGGGATCAGGAATGCTGCTCCCTGAAATACTGTGTATCCAAACTGATAAATGTTCTCTGTACAGTATGCTGCACGTAGAGCTTTCCAATTCTGGTCCCCACTTAGGTCAGACGAAATTAAGCTTACGTGCTTCTGCACCTGCAACATGGTTAGGCAACAAAGTAGGTAACCCACCCATGAGACCTGACTGTAAGGGCCCCGCTGGTGATCCTTGTGTGTGTCGTATCCTTTACTGTAGTTCTTCCAAATGGTGTCACATCTGCTTCTCTGCTCACCCTTCCCCTGCAGGTTAGCATCCTGCAGCTTGGACAGCTGTGAAACTCTGAGGCTGCAAGCCCAGGAACACTTGGCATACCGTTGTCTGCATTCATTTAAGGGGGAGGGGTGTATAGAGAAGTCTCCCATTCAGCCGTGTCTGGTGTAGCCACAATAGAGGGTTGAGGGTAGAGGGATGAGGACAGAAAGTACTCCTTGATGCATTGTCATGTGATCACTAAAATACCCGACCAGCTGGGAAGCCTGTCAGATATAGGTGTCAGCAGCAGCTGGTACCTGACAGAAAACAGGAATCTGATTGTTGTGCTGAGGTAGTCTCCATTTTCAATCATATGCTTCTCTGTATGGATTTCTATGCTTTGATATTTTATTTAGTGTTAAACTCCCCTTTATTGTCTTGCAAAGTAGTTTCTTTCGATTCGGAACCTTAAATAAGGCAGCATTTAAAACGTTTGTTTTTTATTACCAAATATGTATCTTCTTTATTTGTGTTTAAAATGTTCAATGTGTGCCACAGCTCATTTTAAAGGGAAGTTCCCTATTACCACCTACTGTGTTTAAAGCCTGTGTAACAAGTTCTTCTGGTTGCAAAGGCTAGTGCTTTCCCGTCAAGTAAAGGCAATCTTTCCAAATAGTCTCTTCGTTGTGTGGAAAACATTATCTGAATTCATTTCCTTTTTTTCTTTCTTTTTCATGAGCAGTTGTGTGTGTTTATTGATCTTTTCTGTTGACTGTCTCAGTTCTTCAGCTGTGGGTGGTTTTTAAAAGGAAGTAAAAGCAACTCTGGTTTTTATTTATTCACCTTAACCTGTAAGCTCATGCTTGATTTTTGGCAAACCTCCTTGAGCTGCCGGGGTGGATGTTGGAATATCATTTTGTCAGCCATTTTAACGGCCAAATGTGGCTGTTCCCAGAGCTGGGTGGCAGATACTGTTAGGGATGGTTTTGTCTGTATGCTTTTATCTGGCTGCTTGTGAAGCAGGTGGTGATGCTTTGGGTTCTTTCTGTGGCCATAGGTTTTGCGGTCTGTGTTCTTGACAGAAGATCACAGACCAAACCGTTTTGCTGTCTTTCTCCTATCTTTTGGCTTTCATGAAATGTTTGCATTCTTCTTCCTGATGAACTGAGCCTACACAGATTTTTTTCAAATAAGGCAATTTCTTCACTTTTATCCCGAAAATGCTGGTTTCAGAATGACTAATGCGCGTGTACTTCAATGTTGTGTCTCTGCCTTCTTTCTTGGTTTCATGCTGTTTGGTATCGTGAGTGAGTGTAGTCCCTGTGGGTTCCATTGTGTGACTTTCCTTCAGTAAACTAAATTTTTCATTTCCAAGACAATGTTTCTTGGCACAGCTTGTGTTATCACTTGCTGATGGATATATTCACCTTTTTTTCTTGGATACTTTGCCCTCAAGCCTCCTTTTTTGGTCTGTAGTAGATGTGGGACACGGGAGGGCGGGGTCAGGTATATGTTCATTCACCAGAGAATGCAAACTGCTACTAATTAGTAGCTTGGAAAGGATTCAGGGAGGTCTGATAAATCGGTTCTTCTTTCACATAAGGCTTAACAAACCAGTTTATGGGGATTGCCCATACAATTTGATCAGGAAAGGATACGTTGTGCTCTGACTCACACCAATGCGTGTTGTTTGGTAGCAATTCTGAAGGCCTGTAAAAACCATCTCTCCCCATGTAAAACAGTAATGATGAGATAGGTGGTAGTTAGCAAAACCAAAAAAAAAACCAGCACTTGCTGACAGAGGAGAGTTGTACTGTATTAAGGAAATGAAGGTTTTTGCTTGTTTGATTTTATTTATTTTTAACATTTTGGCAAAGTAGGATGCTTGAAGTAGTTCCAAAAGACAAAGAAACTGTGCTCTGGTATTCTTGTATTTAATTGCAATAGAAACAGCGAGGCACCAGGGAGCTTTGATCAGAGGAGTGTGGGGAGAGGGAAGGGTCACCTTGCAAGGTTTAAGTTGGACTTCTAGAAAGTTAAGTGATGTATCCAAATGCAGGGAATATGTCATGTCTGTCCATGTCCTGTGACCGAGTTAGATGCATCTTTGCATGCTGTATCTGAACTAACGCATTTCGTTACAGGAGTGAGAATCCAGGGTGCTCAAAGAGACACAGTAATGACTGTGACTTTTCGTAGATTTAGGGGAAGCTCATCTGTTCTCATCCATGAATAATATGCTTAGGTTGAAAGGAATGGATCTTACACACAAAGCCATAATGTTCATGCATTCACCGCTGCCATACCACAGTTGACTTTTAGTTGACTTCTAATCAAGAAAACAGAATGTTTTGGTTTGCTTTTCTGGTGTAACTAGCGTAAATAGGTACCCCCCTCCTCACCTTTTTTTTCCTTTGAGGAACTCCTTTTTCTTTCTGTGAGGCAGAACTTGTTGCCATGTGTTCTGCTTGGCCTTCAGAAGGGCTCCGGCAGTTGCAGATGGGCTGCTCAGGAGGTCACCGTGATAGTGAGGGAGAGTTCCGTCTGTTTTGAGGTCTGGGGAGCAGAACCAGAAGGGTGAGTGAGAGTTAGATGCTACGGAAATGCTCCTTGATTGCTGCCCTGAGGGGAGCTTCAGACTCTTAAGGGTATGCTGTTGCTCGTGTGTAATGGGAAGGCATTGAAATGAAAATGGAGCAGATTTCTCTTTTCCCACAGGTTAGGAAACCTACTTTGCCATTAAAGAAATAACTGGATGGTAAAAACAAGTTAAGTGGGCTAGGAATTCTTTGTTATCAAGCACGGTGCAAGTGAAATGTTCGCACCACAGATAACTGAGTAGTCTGTCTGGGGAATGCAGCGTGCTTTTAATTATTTCAGAAAAAGCAAGAGAGTAAACGGTGTCCTTTGTCATTAAGAATGGGTAAATAGGGTAGTTTCTTTTTGTGTATTGCAATATCAATACTCTAATCTTTTTTCTAGCATGTGACTTAAGTTTAGTAACAACCTACCGTGTCCACTTTAAAAGAAATGATCTCTTTATAAGCTAAACTGATGATTTTAAGGTTGGTGAGGTTGGTGCTTTTTTGTGTGTGTTTTGTAATTTCAAAGAGGAAGATGTGCGTGGGATCCTTTTATGGACTGTGAGTTGGAATGAAAAGTATGAACATCATCGGAGCTCCGGTTTTTAACATTGATCAGTCAAGTAGTTACGAATATGAATAATTTTCTTTGATCGTATGACTGAGATTTGTGGCAAATGTAGAAACATAAGGAAAGTGTTAAATAGAAATCAGATTTCGTAAGTGCTACCAGAGCGTTAAAGAATCGGCATAGGTAAATGCCGTATATAATATAATATATATATATATATATATATTATATTATATTATATTATATCCGTAATATAATATAAATATTATATAAATATAATATAATATAATATAATATTATATTATATCCGTAGGACAAAATACTGTGGAAGTGGTGCTTTGTGTGATAGATACCCCCTTCTTTTTTGCC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Seq C2 exon
TGGATGATGCTGGTAAGATAGAACATGAAGGTTCTGCTGAAATTACCATGGAAGCAGAGTCAGAAAGTGGATCTTGTAAAGTGGATGGCATTTGTCCAGAAGTCATCAAGGTCTATATATTCAAAGCAGACCCTGGAGAAGATGATTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016327:ENSGALT00000026338:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.326 A=NA C2=0.373
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(42.6=73.7)
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=FE(15.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]