RnoINT0168831 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005624 | Zfx
Description
zinc finger protein X-linked [Source:RGD Symbol;Acc:1562664]
Coordinates
chrX:63165943-63178338:-
Coord C1 exon
chrX:63177769-63178338
Coord A exon
chrX:63166093-63177768
Coord C2 exon
chrX:63165943-63166092
Length
11676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTTGTAAGT
5' ss Score
8
3' ss Seq
TGTATTTTCTGCTTGCTTAGTGG
3' ss Score
5.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTGGTGCTACACACATGGATGGAAATCAAATTGTTGTGGAAGTACAAGAAACGGTTTATGTGTCAGATGTTGTGGATTCAGACATAACCGTTCATAACTACGTTCCCGATGACCCAGACTCAGTTGTAATCCAAGATGTTATTGAGGATGTTGTTATAGAAGATGTCCAATGTACAGATATCATGGACGAAGCAGATGTGTCCGAAACAGTCATCATCCCTGAACAAGTCCTGGATTCAGATGTAACCGAAGAAGTTTCTTTAACGCATTGCACAGTTCCAGATGATGTTTTAGCTTCCGATATTACTTCAGCCTCAATATCTATGCCTGAACATGTCTTGACAAGTGAATCTATACATGTGTCTGACGTTAGTCACGTTGAACATGTGGTTCATGATAGTGTAGTAGAAGCAGAAATCGTCACAGATCCTCTGACCGCTGATGTTGTTTCGGAAGAAGTGCTGGTAGCAGACTGTGCCTCTGAAGCAGTCATAGATGCCAACGGGGTCCCTGTGAACCAGCAGGATGAAGACAAAGCCAACTGTGAGGACTACCTTATGATCTCTT
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGATGATGCTGGTAAAATAGAACATGATGGTTCATCTGGACTGACTATGGACAACGAAACAGAAATTGATCCTTGTAAAGTGGATGGCACTTGCCCTGAAGTCATCAAGGTGTACATTTTTAAAGCTGATCCTGGAGAAGATGACTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005624:ENSRNOT00000065194:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.139 A=NA C2=0.471
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(98.6=73.8),PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=FE(14.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]