HsaINT0185637 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000005889 | ZFX
Description
zinc finger protein, X-linked [Source:HGNC Symbol;Acc:12869]
Coordinates
chrX:24197300-24225592:+
Coord C1 exon
chrX:24197300-24197887
Coord A exon
chrX:24197888-24225442
Coord C2 exon
chrX:24225443-24225592
Length
27555 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TTTATTTCCTTCCTTTTTAGTGG
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGATGATGCTGGCAAAATAGAACACGATGGTTCTTCTGGAATGACCATGGACACAGAGTCGGAAATTGATCCTTGTAAAGTGGATGGCACTTGCCCTGAGGTCATCAAGGTGTACATTTTTAAAGCTGACCCTGGAGAAGATGACTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000005889-ZFX:NM_003410:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090855=Adhes-Ig_like=WD(100=92.3),PF047048=Zfx_Zfy_act=WD(100=57.3)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)