BtaINT0164791 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021023 | ZMYM4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13055]
Coordinates
chr3:110969774-110973819:-
Coord C1 exon
chr3:110973607-110973819
Coord A exon
chr3:110969925-110973606
Coord C2 exon
chr3:110969774-110969924
Length
3682 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TTTTTTTATTCTCTTAATAGAAA
3' ss Score
8.96
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGACATGAAGTTAATTACCAGAATGTGGTACATAAACTTTGCAGTGATGCCTGCTTCTCTAAATTTCGCTCTGCTAACAATCTCACCATGAACTGTTGTGAAAACTGTGGGGGTTACTGCTACAGTGGCTCTGGACAATGCCACATGCTTCAGATAGAGGGACAGTCTAAGAAGTTTTGTAGTTCAACATGTGTCACAGCATATAAGCAG
Seq A exon
GTATGTGACCATACTTCAGAAGGATCTATTTTGGTAGAAATTATTTATGAAAATGTCACAAAAATATTAAGTTCTTATTATTAGCTTAATTAATATTTTTGCATCTAAATAGTATTTGTGAAATGCTTGTATGTTAAACACTCTTGTTACGGAACTTTATAAGTACTAGTTGTACCCCAGTGTCCATGGGGGATTGCTTCCAGGAACCCTGAGGAAACCAGAATCAGAAGGCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCCACTCTGTGCGACCCCAGAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAATATTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGCCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGTTGTATATTATCTACATACATTCTCCTGCATACTTTAAATCATCTCCAGATTACTTATAATATCTAATACATTGTAAATGCCATGTAAATAGTTGCTGGCATGCAGCAAATTCTTTTGCTTTTTTGAAACTTTCTGGAATTTTTTTCATTAAATGTTTTTGAACAGAAAATGCAGAAGAGCACGAAGAAGAAAATATAATGCATCTCCCAGAAATCCCCAGTCTCATCATTTTGGTTTATGCATTCTAATTTTTGCATCTGCTAATCCCAAACTCCCAATCCATCCCTCTCCCACCCTCCTCCTGCCTTGGCAACCATCAATTTATTTTCTATGTCCGTCCCTCATTCTGTTTCTGTTTCATAGATAGGTTCATTTGTGTCCGATTTTAAATTCCACATATAAATGATATCATATGGTATTTGTCTTTTTCTTTCTGGCTTACTTCACCTAGTATGATAACCTCTGGTTGCATCCATGTTGCTACAAATGGCATTATTTTGTTCTGTTTTATGGCTGAGTAGTACTCCATTGTGCACATGCACCACGTCTTCTTTATCCTTCATCTCTCAGTGGACATGTAGGTTGTTTCCATGTCTTGACTACTGTGAATAGTGCTGCTATGAACAGTAGGGATGCATGTATCTTTTTGAATTACAATTTTGTTTGGATGTATGGACAGGGGTGGGATTGTGGTATCATATGGTAATTCTGTTTCTACTTTTCTGAGGAACCTCCGTACAGTTTTCCACAGTGCTGCACCAATTTACATTCCCACCAGCTGTGTGGAAGTGTTCCCTTTTTTTTTTTACACCCTCACCAGCATTTGTTATTTATAGACTTTTTAATGATGGCAGTTCTGACTGGTGTGAGGTATAGTTTTGATTTGTATTCCTCTGATAATTAGCAGTGTTGGCAGTTTTATTTATACTGCTTATATTTTGTTGATAAGTTTTGATTTAAAAATCCACTTTAAAATTGATACGAAAGATAGTAAGAAGTTTTTAAATTTTCAGTTTTATAATACTTTCCTGTTTCACTGCATCTACTGATCATTCTTTTTCATAGAATAGTAAATTTTTATATAGTTTATGAAAACTGGTGAATTTAATAATGTTGATTGAGAAATTTCTTTTAAATTGTTCTTAAAACTTTGCAGTGATCTTGAAATTTTAAACATTCTAGTGTTTCCATTTATTTCTTGGTAATGTGCAAGCATTTTTAAAGGACTTAGTTCCTAGTTAATCCTTCCTTAGAAACACTTCGTTTTCATTTTCACATGGGAAAAAAATCCAGCATCTTCATTTGCTTTATCTTTGTCCAAAAGACTGTTTTCCTGATACTGTATCAAGTTCTAAAAGTTACTTCTATTCGGTCTATTGGAAGATGGTAGTATGGTCCACCAGAGGAGAAATACTTTGAAATGCCTTAAGTTTAAGTTTATTACTTTTAATTTAGCTAATACCTATTAAACTTTTCACTTATTAGTGTGTACTTTAGAGAAAGGATGTGGATTTAGAAGTAAATGGATTTTGATTTGATTTCCAGACTTTCTATTCAAATAGAATTTTATATTGGGGAAAGCGGTTAAACTCCCTGACTGCATTTTCTTTTCTATAAATGAATGTGTACTACCAGTGTCACTGGGATGTTTCTAGGATTATGTGAAGTAAGAATGAGAAAGCACCTAGTGTACAGCCTGAAATGCTGAAGATGGTCATTTCTGCTACTTTTCTTTTCTTCTATATAATTGTTAAATTTATTTAACAAGCATTAGATGTGGTTCCTGTTTTGAGGTGCTATATGTTCCTTGGGGAGATACACATATAACTGTGTAGAGATGCTATGTAATTATTAAGGGATTCAGAAGGGCACCGCAGAAGCAAGGTCAGTTCTGCTTGGTAGTTTCAGAGATAACTCTTGACCTAATTCTTACAAATGAAGTTTGTATTTGTAGCCCTGATGGAGGAAGAAAGGACAAATGGGGTTGGAGATGCTGAAGACATTCCAGAATGCAAGAATGTGCTCACTTGAACATGTATTTATTTTAATAGCAAGTCTTACATAGGAATCTTGAAATCTTTTAATTGGTGCTAGATATACTGTATATGTTATCCTGAATGTATGACATGTTAATAGTATTTAGCATTATTTACTACTGATTCACAGAGTGGGAACTTAAGATAACAGATTCTTTCATTGTCTGTATTGGACACTTGGGATATCCAAAGTTTCTTCTCACTTTATTGCTTGGAGTGTGCTTTGCTGTTATTATTAATTTATTTTTTGGCTGTGCCATGTGGCATGTGGGATCTTAGTTCCCTGACCAGGGATCAAACCCATGGCCCCTGCAGTGGAAGTGTGGAGTCTTAACCATTGAACTGCCAGGGAATTCCCTGTGCTTTGTTATTGTTAGAGGTAGTATATTTGAAAATGAATTTTTCTGGTAAGTTTATTGATTTCCTTGGATTCACATTTCATTGCTATATGCAGCACCTTTTGTGGGAAAGTTCTTCCAATGTTTTGAAGAGAGTAAGAGCATGAATTCTCTGTTGTGTAATTTTTAAAATAGTGGGGGGGATTTGTTTGGTTGGAGTTTTGTATGGTATATTCTTATAGCTAATTTACTTTATACATAATACTGAATAGTTTGTACTTAACCCCTTATGCTTATCTTGAAGTGAAAGAAAGTGTTAGTCACTCAGTGTGTCTGACTCTTTGTGACCCCACAGACCTGTAACCCACCAGGCTCCTGTGTCCACGGGATTCTCCTGGCAAGAATAATGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCCGGGGATCTCCCCAACTCAGGAATCAAACCCAGGTCTCCCACATTCCAGGCAGATTCTTTACAATCTGAGAGGGAAGTCTAAAATAATGTTTTTAAAACAGTAGTTGCAATGAATTAATAGATCCCAAAATTAGTTGCTAAAGAGCATTGTTTTTTAATGAAGATGAGTAGAAAGGAAAAATATCAAGCTTATCACTATATATATTATTTTATGAAACTTTTCAGTTTTATGTACATGCTTATTTAATACACAACCACAAAACATCAGAAATCTAAAATATATTTCTTACTGAGGATTGTAATCATAAAAGTTTGGAAGCCACTAATTTAAAATATTTCAACAGCGTTAAGTATAAACATTTAAAAGAATTATGCTTTCACTTGTAATTTGGTAAAAATGAATGTTTTTTTATTCTCTTAATAG
Seq C2 exon
AAATCAGCCAAAATTACACCGTGTGCGCTTTGCAAATCATTGAGATCCTCAGCAGAAATGATTGAAAATACCAATAGCTTGGGAAAGACAGAGCTTTTCTGTTCTGTTAATTGCTTATCTGCTTACAGAGTTAAAATGGTTACTTCTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021023:ENSBTAT00000027998:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PD(55.0=31.0),PF064679=zf-FCS=WD(100=62.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]