BtaINT0164941 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000040031 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12933]
Coordinates
chr1:70287257-70294424:-
Coord C1 exon
chr1:70294306-70294424
Coord A exon
chr1:70293979-70294305
Coord C2 exon
chr1:70287257-70293978
Length
327 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CCGAACTTTGAATTCGACAGTAT
3' ss Score
1.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAAACCATTTCGCTGTGATGAATGTGGTATGAGATTCATTCAAAAATACCATATGGAAAGGCATAAGAGAACTCATAGTGGAGAAAAACCTTACCAGTGTGAATACTGTTTACAG
Seq A exon
GTAAGATGTGGTTTGAATTTTTTAAAAAGTTACTTTATTGAGGCATGACTGACATTGAAAGTCTTCTGTCTGGAATTCAGTGATAAAATAATTCTAATGAATTAAATTAGAAAATGTTAGTAACTACTAAAGCTATTTGAAGAATTTCCTAACTGTTGTTGATTCAATTTATAATAGACAGTTGGCTCAGGAAATTAGTTTGGAGTTGCTCATATTATTACACTTATATCTATCTTTATATTAATTGCTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTGGTTGACCAAAACACAAAACTAAAACAAAAAACTCCCTTCCGAACTTTGAATTCGACAG
Seq C2 exon
TATTTTTCCAGAACAGATCGTGTTTTGAAACATAAACGTATGTGCCATGAAAATCATGATAAAAAACTAAACAGATGTGCCATCAAAGGTGGCCTTCTGACATCTGAGGAAGATTCTGGCTTTTCTACATCACCAAAAGATAACTCACTGCCAAAAAAGAAAAGGCAGAAAACTGAGAAAAAATCATCCGGGATGGACAAAGAGAGTTCTTTGGACAAATCTGACCTAAAGAAGGACAAAAATGATTACTTGCCTCTTTACTCGTCAAGTACGAAAGTGAAAGATGAGTATATGGTGGCAGAGTATGCTGTGGAAATGCCCCATTCCTCAGTTGGGGGATCGCATTTAGAAGATGCATCGGGAGAAATACATCCACCTAAGTTGGTCCTCAAGAAAATTAATAGTAAGAGAAGTCTGAAACAGCCATTGGAGCAGAATCAAACGATTTCACCTTTATCCACATATGAAGAGAGCAAAGTTTCAAAATATGCTTTTGAACTTGTGGACAAACAAGCGTTACTGGACTCAGAAGGCAATGCTGATATTGACCAGGTTGACAATTTGCAAGAGGGGCCCAGTAAACCTGTGCACAGTAGCACTAACTATGATGATGCCATGCAGTTTTTGAAGAAGAAGCGGTATCTTCAGGCAGCGAGTAACAATAGTAGGGAGTATGCGCTGAATGTGGGCACTATAGCTTCTCAGCCGTCTGTAACACAAGCAGCTGTGGCAAGTGTCATTGATGAGAGTACCACAGCATCCATATTAGATTCACAGGCACTGAATGTGGAGATAAAGAGTAATCACGACAAAAATGTTATTCCAGATGAGGTACTACAGACTCTGTTGGATCATTATTCCCATAAAGCTAATGGACAGCATGAGATATCATTCAGTGTTGCGGACACTGAGGTGACTTCTAGCATATCAATAAATTCTTCAGAAGTACCTGAGGTTACCCAGTCGGAGAATGTTGGATCAAGCTCCCAAGCATCCTCATCAGATAAAGCCAACATGTTGCAGGAATACTCAAAGTTTCTGCAGCAGGCTTTGGACAGAACTAGCCAAAATGATGCCTATTTGAATAGCCCGAGCCTTAACTTTGTGACTGATAACCAGACCCTTCCAAATCAGCCAGCATTCTCTTCCATAGACAAGCAAGTCTATGCAGCCATGCCCATCAATAGCTTTCGTTCAGGAATGAATTCTCCACTAAGAACAACTCCGGATAAATCCCACTTTGGACTCATAGTTGGTGATTCACAGCACTCATTTCCCTTTTCAGGTGATGAGACAAACCATGCTTCTGCCACATCAACACAGGACTTTTTGGATCAAGTGACTTCTCAGAAGAAAGCTGAGGCTCAGCCTGTCCACCAAGCTTACCAAATGAGCTCTTTTGAACAACCCTTCCGTGCTCCATATCATGGATCCAGAGCTGGAATAGCTACTCAGTTTAGCACTGCCAATGGACAGGTGAACCTTCGGGGACCAGGGACAAGTGCTGAGTTTCCAGAATTTCCCTTGGTGAATGTAAATGATAATAGAGCTGGGATGACATCCTCACCTGATGCTACAACTGGCCAGACTTTTGGCTAAAAAAAAAAAAATGTGTAAATAATACTGGCACTTTAGAACAGATTAATCAAGAGTGGGGTTACTCTGTGTAAAATGGAGTGCTGTACAGATTTAAGAGCAATGCGTTAAAACAAGTTAAGCTGATATGAATAGCAAGATAATCCAATAACTGTGTTTTTGTTTGGTTAGTCAGCATTCTTTGAACTGCCTTACATGTTGTCACCTTTACAGAAGCAATGCATTACTTGTTTTAGAAACTTGCTATTCCACCTACACCAAGTTTAAAAGGAAAAAAAAAAGAGACTTTCGCACAATTGTTTCCTAACTGATATCATTGTACATTCTTAGGAGATTAGTAATTGTGTGAAATTTACTCATACTGTTTCTAAGTTTTCAGCATAGTCATGGCACTTCAGCAGGGAATCTGAGTATACTTTACAGACAGAGTGAACTTAAAAGTTTAAATGTCAAGAGATTATGGCTTAAATAAATTAGTGTGTCCTATGAGGGGAAAAAAGAAACCACCTTTTAAAGAATGATATGCCATATACCCTTGATTTTCATTTTGCATTATATCGACTTTTTCTTTTTGAGAAAAGTAATAAAAATCTGATAGTCTAAGACTCCACTATTTAAAAGCCTAATTACTTTAAAAAATATGCATACTTTCAAAACTTTTACCAAAATACATAACTGTTGAAGCATTCACTTCTATATGGAAGTATGCATATTGGTGTCAGTTTCTTTGTACAGTTGTACTTAGATATTTTTTATGATTTTTTCATGTGCAAGTATCAAGGTTTTGAAGTTTTAGTAAGAAGATACTCTGTAGATTACATTCCCAAGAACATAATGCTTATACAAAATGTATATTCCACGTTTTAAAGCTTAATTGTATTTTACTTTACATATACACTTCAGTTAACATAGAGCACTTAGAATCTATTTGGTATTTTTGATTTCTCAAAGTAAAAAAAATTTTAGATTTTTAGGTTTGATATGGTTGTGTCATAATCATCTCATAATTGAAAATTTTAATTTTTGACAATAAAAGGAAATTGGGTATCTTTGGAACTGTAAAATCTGGTTTAATCCTTCTCTTTCTAGAATCTTGATAGATTGGATAATTAAACAGTATCCAGAGAAACTAAAGAAATGGGCATTTTAATTGCTTATTTTATCTTGAGTTACTTTTTAATGAACACGGCTCATTACAATTTTACAAACCAAAAGTGTTTACTAATTCTAGTAACTACAGTTTCTTTTTCAGCTAGATGAGTGATCGGAAACCTTTTGTTGCATTTCAAAATCTAAATAAACTACAGACTTTATCCTTATACCACGAATGTTTTTTTAATATTTTGTCTTAATACAGCATGGTACAATAAATAATGCTTTTATATATATACATATTATATATATATATATATACTTTTCTAAAGAATGATGGTTTGAGTTACACATTGGACAGTTTTAATTTTTGGAAAATAACAGTTATATTGATTTTATTATCCTCTTTAATTTGTTCCAACTTTTTTGTTTTTTATTTTAAATTTCCACCATCTTTGTCATAATGCACACATACTGATAGAGCATCAGTAATCTAAAATTAATACCCCTTGAAGATGCAGCTTTCTTGTTAATTTCCATTTTAGCTTTTATATTGGCCTTATAGACCTTCAGTCTTTGTTTCAGTATAGAATGTTCTACATTTTAAATTATTTTTTATTTTATTTAATGTTATCCCAAGACTGTTCTCATAAAGAAAGGGAACAAAGAAATATCTAACCTTAACATCTTTTACATTTATTTTGAATATATGGTGTTTTATGATAAGAAATATAAATTATGTTTAATGTGGTTTCCTCTATACTTTGGTTATTAAACTTTGCTTGAAACTTTCCCATTTGACAGCTTTCTTTGCTGCCAAATTTTTCAAGAATTTTAGACTTCTTTGAAGTATATATTTAAGTTTTGCCATTATTGACTCTTAAGTATGGTGTGTCTTGCGTTGCACATCACAACCTCAAGAAGTCATCATTCAGGCGAGATGTTAACAATGAAACTGTGCTCTCTGTAGGAATAGGCATTTGTGTTTTTCTCATACTGTTTATTGGGTGATAGTAGGCATTGATGTCCTGAGTTGTTTGTTTTTGTTTTGAGCCTGATCAGAATTTCTGTTCTGTTGAGAACTTGGTACAGAATAAACTGGGGTTTTTGGTTTGTGTTAACATCACCAGCACAGTTTCTAGAATGTGGCTGTACTGCTGAGCAGTAAGCCTTTGAAAGTGGCAGTCAATGCAAGTAGAAAGAAGTTCAGGCGTTGCATTCCTGTGTTCGCCTTATTTCTGTACATCTACATAATGGCAGACTTTTCTACCACATTAGAAGCATATTTTGAGGTAAATGATACTTTGGCATAATTTACTGACTTACCACTTAAAGTATAGTCATTACTCTCTTTACTGTGAAATTTTACATGCCTACCAGAGTTACCGTGTATTAATATTATCATCATATGATAAACATCTCAACAGTTGGGTTTCCCCATTTTGCTTCAGAAAGTTACTTAATTTCTATCTGGGCATTAACAGAGAAAGCAAGTAGCCTTTTGTGCTGCTTTAAATCAGAATATTGAGGATATCCTTTTGCAATTTGGGTTTTGTTTTGTTTTTTAATTTCTCTTGGTGAGCAAATTGTTCTATGAAAACATACTCTTACATCCTTAAACTTGGTGAAATGTGAGCCAAGGTGTGCTTTCTTAGAACCTGTTCTCACATTTGAAGATTGGAAACAGATGACATTAGATGAAGTAATATCTCTTGAACATCTTCTAAAAGCGCGTTTGTTTTTTAACTTACTGTACACATATTTCATTTAGTTCAGAATATTTGAAGTGGCTCTTAAATTTTTTGGATCTACTTGCAGATTTTCTAGTTGATACCACAGAAATCCATCCTCTTAGCTCTGGCTGAGTGAGGACTGCCAGTGGTCGGGTAATTTTCTTGTTCTGAGAGGCAAAAGAGGCCTTGTGCTCAGGGTAGGCTTTCATTTCCACAGGCCAGAGAAGCTTGCAAAGTGCCAGCTAGGTTAGATCTTTTGCCACTTCTTTCATTTTATTAATTTGGGTTTTTAAAGGGCTGTTTAAAAAAAAAAGCCGGGAAACTTAAAAGTAGGCATTACTGTAAAACTATTTCTTAGACTTAGAACATTTTAAACTAGGACTCATTTTTCCACAGTATATTTACTTGAAGCACTATTATAATCGATGAGAAACTTTTTGACTCTGCAATTTAATTTAAACTTTTTCCGTTTCAAATTGCTTTATTTCAGGGAAATAATTTTCCAGTTGTTTTTGCTATATTCTGCAAATAAAAAACGGATGTTTCCTCTTTCACTTAAACTTTAGTAGGAAACAAACT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000040031:ENSBTAT00000000628:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.150 A=NA C2=0.588
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=37.5),PF134651=zf-H2C2_2=PU(80.8=52.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(11.5=0.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGAGAAAAACCTTACCAGTGTGA
R:
GGGGCATTTCCACAGCATACT
Band lengths:
358-685
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development