MmuINT0178650 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022811 | Zfp148
Description
zinc finger protein 148 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1332234]
Coordinates
chr16:33495431-33503989:+
Coord C1 exon
chr16:33495431-33495549
Coord A exon
chr16:33495550-33495831
Coord C2 exon
chr16:33495832-33503989
Length
282 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
CCAACCTCTGATTTCAACAGTAT
3' ss Score
6.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAAACCATTTCGCTGTGATGAATGTGGTATGAGATTCATACAGAAATATCACATGGAAAGGCACAAAAGAACTCACAGTGGAGAGAAGCCTTATCAGTGTGAATACTGCTTACAG
Seq A exon
GTAAGTCAGACAGTTTGAACTCTCCTACCTTAACTGCAGTGCAAAATCACTAACAAGTTAGGCACCATTTAGTACTAGTATCATTTGAGATTTTTAGGCTCTGATCAGATTTATAATAGAAACTTGATCAGTGAATTGGTTTAGAATTATTTATATTGATATTAATTATCTTGTTTCTTTTCTTCTCTTCCTTGTTGACCAAAAAAACAAAAACAAAAAACACCAAATAAACAAACATAAAAACAACAACAAAATACCACTTCCAACCTCTGATTTCAACAG
Seq C2 exon
TATTTTTCCAGAACAGATCGTGTATTGAAACATAAACGTATGTGCCATGAAAATCACGACAAAAAACTAAACAGATGTGCCATCAAAGGTGGCCTTCTGACATCAGAGGAAGATTCTGGCTTTTCTACATCACCAAAAGATAATTCACTGCCAAAAAAGAAAAGGCAAAAAACTGAGAAGAAATCGTCTGGGATGGACAAGGAGAGTGTGCTGGACAAATCTGACCTGAAGAAAGACAAGAACGATTACCTGCCTCTCTACTCGTCGAGCACTAAAGTAAAGGATGAGTACATGGTGGCAGAGTATGCTGTTGAGATGCCACACTCATCAGTGGGAGGCTCTCACCTAGAAGATGCATCTGGAGAAATACACCCACCCAAGTTGGTTCTCAAAAAAATCAATAGTAAGAGAAGTCTGAAGCAGCCCTTGGAGCAAAGTCAAACCATTTCACCCCTATCCAGCTATGAAGACAGCAAAGTTTCCAAGTACGCTTTTGAGCTTGTGGATAAGCAGGCGTTACTGGACTCAGAAGGCAGTGCTGACATCGATCAAGTGGATAACTTGCAGGAGGGCCCCAGCAAACCTGTGCACAGCAGTACTAATTACGACGATGCCATGCAGTTTCTGAAGAAGAAGCGGTATCTTCAAGCTGCAAGTAACAACAGCAGGGAGTACGCACTGAATGTGGGCACCATAGCCTCTCAGCCTTCTGTGACACAAGCCGCCGTGGCCAGCGTCATTGATGAAAGCACCACAGCATCCATACTGGATTCCCAGGCACTGAATGTGGAGATTAAGAGCAATCATGACAAAAATGTTATCCCAGATGAGGTCCTGCAGACTCTGCTGGATCATTATTCCCACAAACCTAATGGACAGCATGAGATTTCCTTCAGCGTTGCAGATACTGAAGTGACTTCTAGCATATCAATCAATTCTTCCGATGTACCTGAAGTCACCCAGTCAGAGAATGTTGGATCAAGCTCCCAAGCATCCTCATCAGATAAAGCTAACATGTTGCAGGAATACTCCAAGTTTCTGCAGCAGGCTTTGGACAGAACTAGCCAAAACGATGCCTATTTGAATAGCCCGAGCCTTAACTTTGTGACTGACAACCAGACCCTTCCAAATCCGCCAGCATTCTCTTCCATAGACAAGCAAGTCTATGCAGCCATGCCCATCAATAGCTTTCGATCAGGAATGAATTCTCCACTAAGAACAACTCCAGATAAGTCCCACTTTGGACTAATAGTCGGTGACTCACAGCACCCGTTTCCCTTTTCAGGTGACGAGACAAACCACGCCTCTGCCACGTCAACAGCAGACTTTTTGGATCAAGTCACTTCTCAGAAGAAAGCTGAGGCACAGCCTGTCCACCAGGCTTACCAAATGAGCTCCTTTGAGCAGCCCTTCCGTGCTCCATATCATGGATCCAGAGCTGGAATAGCAACTCAGTTTAGCACTGCCAATGGACAGGTGAACCTTCGGGGACCAGGGACAAGTGCTGAATTTTCAGAATTTCCCTTGGTGAATGTAAATGATAATAGAGCTGGGATGACATCTTCACCAGATGCCACAACTGGCCAGACTTTTGGCTAAAAAAAAAAAAAATGTGTAAATAATACTGGCACTTTAGAACAGATTACTCAAGAGTGGGGTTGCTCTGTAAAATGGAGTGCTGTACAGTTCTAAGAGCAGTGCGTTCATAGCAAGCTGATAAGAATAGCAAGATAATCCAATAACTGCATTTTGTTTGGTTAGTCAGCATTCCTTGAACTGCCTTACGTGTCGTCACCGTTAGAGAAGCAAATGCATTACCTGTTTTAGATCAGAACCTTGCTATTCACCCACACCAAGATAAAAGAAAAAGACTTTCGCACAATTGTTTCCTAACTGATAACATTGTACATTCTTAGGAGCGTAGTAATTGTGTGAAACTTCCTCATACTGTTTCTGAGTTTTTCAGCATAGTATTGCACTTCAGCAGGGAATCCGAGGATATGTCACAGACAGTGAACTTAAAGTTTCAATGTCAAGAGATTATGGCTTAAATACGTAGTTTGTCCTATAGGGGGGAATAAAAAGAAACCACCTTTAAAAATGATATGCCATATACCCTTGGTTTTCATTTTGCATTATTGACATGGTTTTTTTTTTTTTTGAAGAAAAAGTAATAAAAATCTGATAGTCTAAGACTCCACTATTTAAAAGCCTAATTACTTTTTAAGTATGCATACTTTCAAACCTTTTACCAAAACACACAACCGCTGAAGCACTCACTTCTCTATGGAAGTATGCATATCGGTGTCAGTTTCTTTGTACAGGTAAACTTAGATATTTTTTATGATTTTTCATGTGCAAGTATCAAGGTTTGAAGTTTTAGTAAAAAAAATAAATATTCTGTAGATTACATTCCCAAGAAAATAATGCTTACACAAAATGTATATTCCACGTTTTAAAGCTGAAATGTATTTTATTTTACACACTTCAGTTGACATAGAGCACTTAGAATTAATCTGGTATTTTTTGATTTCTCAAAGTTAAAATCATAGATTTTTTAGGTTTGATATGGTTGTGTCATAATCATCTCATAATTGACAATTTTGCTTTTTGGCAATAAAAGAAAGTTGGGATATCTTTGAACTGTAAAACCTGGTTTAATTCTTCTCTTTCTGGACTCTTGATAGATTGGATAATTAAACAGTATCCCAAGAAACTAAAGAAATGGGCATTTTAATTGCTTACTTACGTTACATTTAAGTGAATACTGCTCACGACAGTTTTACCAAGCGAAAGAGCTTACTGATTCCAGTAACTGCAATTTCTTTTTCAGCTAGATGAGTGATGGGAAATTTTTTGTTGCATTTCAAAATCTAAATAAACTACAGACTTTATCCTTATACCACGAATGTTTTTTTTATATATGTATACTTTGTCTTAAAATAATACAGCATGATATAATAAATAGTGCTTTTATATATATATATATATACACACTTTTATGAAGAATGATGGTTTGAGTTACACATTGAACAGTTTTAATTTTTGGAGACTAACATCGGCTCTACATCTCTTTTATTTGTTCTACTTTTTTGGGTTTTGTACTTTCCATTTCCGCCATCTTTATCGCAGTGCCCCAGTGGTGACCTGAAACCAGTACCCTTGGGAGATGACGCTTTGTTAACTTCCATTTTGACTTTGCTGTTGACCCTGTAGATGCGTGCTTTGTTTCAGTGTTGAGTATTTTATCCATTTAAATTATTTTTCTTTTATTTAATGTTATCCCAAGACTGTTCTCATAAAGAAGGGAACAAAGAAATATCCTCCCCCAGTGTCCTTCACTTACACTCATTTATTTTTTAAAATGTTGGTATTTTTATGACAAGGAATATAAGTTATGTTTATGTGGTTTCCTCTACACTTTGTTATGAAACTGCTTGAAATCATAGTTTTCCCATTTGACAGCTTTGCTGTCAGATCTTCAAGAACTTTAGACTTCTTTGAAGTGACTATTTTAAGTTCTGCCATTATCGATCTGAAGACTGATGTGTGTCTGTGGCGCATCACATAACCACAGGAACGCTTCATCAGATGAGGTGTGATGGACCGTGTGCACCCTAGATGGGTGCTTGTATTTTTCTCATAGTACTTTTGACAAGAGCAGACATTTATCTCCTAAGTTGAACCTGATTAAAAACACAGTGTGGTTCCACTGAGCACTTGATGCATTTCTTGTACAGTGTAAGGGTCTGTTTTTAACATCACCAGCACAGTTTTAAGAATGTGACGGTTGCTGAGCGGTTCAGGTCAGCTTAGGAAGAAAAAGCCTTTGAAAATGGAAGTTCTGTAAACAGAATTTCAGGTGTTGCATTCCTGTCTTAAACACATTTCTTTAAATCCACACAACGGCAGACTTTTCTACCAGGTAATAAGCATTCGAGATAACTGATAGCCAGCATAACTTACTGACTTACCAGTTAAGTATAGTCATCACTTACTGTGAAATTCCAGATGCCTGCCAGGCTCAGCTTGTATCTTCATCCTTCGAGAAGCATCTCAACAGGCTGGGTTTCCCTGTGTTGGTTTAGAAAGCTTTCCTGCCTGGGCATTAAAGAAAGAAAGTGGCCTTGTGTGCTGCTCTGGACAGATCCCTGGAGGATATGAGATACCCTGTCAGTTCACACTTCTCATTTCTTCTCCAAGCATAGCTCTAGCACCCTTCAGCTTCTGCTCACCGTTAGCCTGTCAGTCTGGGCCCACTAGACAAGGCAGGAGCTCTCCAGCATCCGAAAGCATTGCTGCTGTTTGCGCTTCAGTTCTTACTGCACATGTATCTCATTGGCTTTGGAATAGCTGAGTAGCTCCTGTGGTTTTTATTTTTGTGGATCTACAGTGTACATGTGCTACCTAGTCAGGTAGGAGTCCACCATCTTAGCTCTGACTCAGGGTGCCAGCAATGGGTCATTTCTGTCTCTTAGGAGGTAGAAGAGGCCTTGTGCTCAGGGCAAGCTTTCATTCCCACAGGTGAGGGACACTTGCAAAGTGCCAGCAAGGCTAGATGTTTTGCCACTTCTTTGATTTTTATTAATTTGGGCTTTTAAAGGGCTGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCGGCCGGGAACCTCTGAGTAGGTGTGCTGCGTCCGGAGCTCCCTCGAACCTAAGCTAGAGGTCATCTTTTACAGTGTACTTACTTGAAGAAGCTCTATTCTAATCAATGAGAATCTATTTGAGTCTGCAATTTAAGTTAAAACCTTTTCCGTTTCAAATTGCTTTATTTCAGGGAAATAATTTTCCAGTTGTTTTTGCTATATTCTGCAAATAAAAAGTGTGTGTTTCCTTTTTTCCACCTAAACTTTGGTAGGAAACAGACTAAAGCAGACAAACATTTCTTGTTGTGTTTGTTGCTTTCTTTAATCCAATGGATAAAAAAAGTAAAACCCTGTAAACATTATTTTATTTTTTTATGCAATACCATGCT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022811-Zfp148:NM_011749:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.150 A=NA C2=0.620
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=37.5),PF134651=zf-H2C2_2=PU(80.8=52.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(11.5=0.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACTCACAGTGGAGAGAAGCCT
R:
AGGCAGGTAATCGTTCTTGTCT
Band lengths:
300-582
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: