HsaINT0186263 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163848 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12933]
Coordinates
chr3:125225561-125234329:-
Coord C1 exon
chr3:125234211-125234329
Coord A exon
chr3:125233940-125234210
Coord C2 exon
chr3:125225561-125233939
Length
271 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CCATCCTCTGAATTCAACAGTAT
3' ss Score
5.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAAACCATTTCGCTGTGATGAATGTGGTATGAGATTCATACAAAAATATCATATGGAAAGGCATAAGAGAACTCATAGTGGAGAAAAACCTTACCAGTGTGAATACTGTTTACAG
Seq A exon
GTAAGAGAGATGGCTTGAAATTCTTCTACTGTAATTAAATTATACAATAATTATAAATTAGATTAGAAAATATTACAACTTAGAGCTATTTAAGGGGCCTTCTAACTCTTACAGATTAGATTTATAATAGAAAATTGGCTCAGTGAATTTGTTTGGAATTATGTATGTTATTGCATTAATATATCTTTATATTAATTGTTTTGTTTCACTTTTTCTTTTCTTGGTTGACCAAAACCACAAACAACCCACTACCATCCTCTGAATTCAACAG
Seq C2 exon
TATTTTTCCAGAACAGATCGTGTATTGAAACATAAACGTATGTGCCATGAAAATCATGACAAAAAACTAAATAGATGTGCCATCAAAGGTGGCCTTCTGACATCTGAGGAAGATTCTGGCTTTTCTACATCACCAAAAGACAACTCACTGCCAAAAAAGAAAAGGCAGAAAACGGAGAAAAAATCATCTGGAATGGACAAAGAGAGTGCTTTGGACAAATCTGACCTGAAAAAAGACAAAAATGATTACTTGCCTCTTTATTCTTCAAGTACTAAAGTAAAAGATGAGTATATGGTTGCAGAATATGCTGTTGAAATGCCACATTCGTCAGTTGGGGGCTCGCATTTAGAAGATGCGTCAGGAGAAATACACCCACCTAAGTTAGTTCTCAAAAAAATTAATAGTAAGAGAAGTCTGAAACAGCCACTGGAGCAAAATCAAACAATTTCACCTTTATCCACATATGAAGAGAGCAAAGTTTCAAAGTATGCTTTTGAACTTGTGGATAAACAGGCTTTACTGGACTCAGAAGGCAATGCTGACATTGATCAGGTTGATAATTTGCAGGAGGGGCCCAGTAAACCTGTGCATAGTAGTACTAATTATGATGATGCCATGCAGTTTTTGAAGAAGAAGCGGTATCTTCAAGCAGCAAGTAACAACAGCAGGGAATATGCGCTGAATGTGGGTACCATAGCTTCTCAGCCTTCTGTAACACAAGCAGCTGTGGCAAGTGTCATTGATGAAAGTACCACGGCATCCATATTAGAGTCACAGGCACTGAATGTGGAGATTAAGAGTAATCATGACAAAAATGTTATTCCAGATGAGGTACTGCAGACTCTGTTGGATCATTATTCCCACAAAGCTAATGGACAGCATGAGATATCCTTCAGTGTTGCAGATACTGAAGTGACTTCTAGCATATCAATAAATTCTTCAGAAGTACCAGAGGTCACCCCGTCAGAGAATGTTGGATCAAGCTCCCAAGCATCCTCATCAGATAAAGCCAACATGTTGCAGGAATACTCCAAGTTTCTGCAGCAGGCTTTGGACAGAACTAGCCAAAATGATGCCTATTTGAATAGCCCGAGCCTTAACTTTGTGACTGATAACCAGACCCTCCCAAATCAGCCAGCATTCTCTTCCATAGACAAGCAGGTCTATGCCACCATGCCCATCAATAGCTTTCGATCAGGAATGAATTCTCCACTAAGAACAACTCCAGATAAGTCCCACTTTGGACTAATAGTTGGTGATTCACAGCACTCATTTCCCTTTTCAGGTGATGAGACAAACCATGCTTCTGCCACATCAACACAGGACTTTCTGGATCAAGTGACTTCTCAGAAGAAAGCTGAGGCCCAGCCTGTCCACCAAGCTTACCAAATGAGCTCCTTTGAACAGCCCTTCCGTGCTCCCTATCATGGATCAAGAGCTGGAATAGCTACTCAATTTAGCACTGCCAATGGACAGGTGAACCTTCGGGGACCAGGGACAAGTGCTGAATTTTCAGAATTTCCCTTGGTGAATGTAAATGATAATAGAGCTGGGATGACATCTTCACCTGATGCCACAACTGGCCAGACTTTTGGCTAAAAAAAAAAAAAAAGTGTAAATAATACTGGCACTTTAGAACAGATTAATCAAGAGTGGGGTTACTCTGTGTAAATGGAGTGCTGTACAGATTTAAGAGCAATGCGTAATAACAAGTTAAGCTGATATGAATAGCAAGATAATCCAATAACTGCATTTCGTTTGGTTAGTCAGCATTCTTTGAACTGCCTTACATGTTGTCACCTTTATAGAAGCAATGCATTACTTGTTTTAGATCAGAAACTTGCTATTCCACCCACACCAAGTTAAAAAGGAAAAAAAAAAGACTTTCGCACAATTGTTTCCTAACTGATAACATTGTACATTCTTAGGAGATTAGTAATTGTGTGAAATTTACTCATACTGTTTCTAAGTTTTTCAGCATAGTCATTGCACTTCAGCAGGGAATCTGAGTATACTTTACAGACAGAGTGAACTTAAAAGTTTAATGTCAAGAGATTATGGCTTAAATAAATTAGTGTGTCCTATAGGGGGAAAAAAACCAAGAAACCACCTTTTAAAAAGAATGATATGCCATATACCCTTGATTTTCATTTTGCATTATATTGACGTGTTTTTTTGAAGGAAAAAAAGTAATAAAAATCTGATAGTCTAAGACTCCACTATTTAAAAGCCTAATTACTTTAAAAATATGCATACTTTCAGAACTTTTACCAAAACACACAACTGTTGAAGCAGTCACTTCTCTATGGAAGTATGCATATTGGTGTCAGTTTCTTTGTACAGTTGTACTTAGATATTTTTTATGATTTTTCATGTGCAGGTATCAAGGTTTTGAAGTTTTAGTAAAAGAAATTCTGTAGATTACATTCCCAAGAACATAATGCTTACACAAAATGTATATTCCACGTTTTAAAGCTTAATTGTATTTTACTTTACATATACACTTCAGTTAACATAGAGCACTTAGAATCTATTTGGTATTTTTGATTTCTCAAAGTAAAAAAAAAATTAGATTTTTAGGTTTGATATGGTTGTGTCATAATCATCTCGTAATTGACAATTTTAACTTTTGGCAATAAAAGGAAATTGGGATATCTTTGGAACTGTAAAACCTGGTTTAATCTTTTTCTTTCTAGACTCTTGATAGATTGGATAATTAAACAGTATCCAGAGAAACTAAAGAAATGGGCATTTTAATTGCATATTTTATCTTGAGTTACTTTTTAATGAACACTGCTCATTACAACTTTACAAACCAAAAGTGTTTACTAATTCCAGTAACTACCATTTCTTTTTCAGCTAGATGAGTGATCGGAAAATTTTTGTTGCATTTCAAAATCTAAATAAACTACAGACTTTATCCTTATACCATGAATGTTTTTTTTTAATACTCTGTCTTAAAATAATACAGCATGGTACAATAAATAGTGCTTTTATGTATATATACACACACACACTTTTCTGAAGAATGATGGTTTGAGTTATGCGTTGGGCAGTTTTGATTTTTGGAAGTTATATTAGTTATTGACTCTTTGTTACAACTTTTTCATTTTTACATTTTAAATTTTCTGCCATCGTTGTCACAATGCACATCCTGATATAGCACCAGTGAAAATCTAAAATTAATACCCTTGGAAAATGAAAATATTCTTAATTTCCATTTTGACTCTTATACTGGCCCTATAGCTCTGCAGTCTTTGTTTCAATATAGAATATGTTATCCATTTAAATTATTTTTTCTTTTATTTAATGTTATCCCAAGACTGTTCTCATAAAGAAAGGGAAGAAATAACTATCCACCCTTAACATCCTTCATTTATTTTGAATATATTGGTGTTTTTATGATAAGGAATATAAATTATATTTAATGTGGTTTCCTGTATACTTTGGTTATTAAGTTTTGCTTGAAATAGTAGTTTTCCCGTTTGACAGCTTTCTTTGCTGCCAAAGTTTTCAAGAATTTAAGACTTCTTTGAAGTAAATATTTAAGTTCTGCCATTATTGACTCTTAAGATTGTGTGTGTTGTGTTGTGCATTACATAATTACAAAAAGGCTTCATTCAGGTGATACGTTAAAAATGGAACTGTGCTCACCCTAAATAGGCATTGGTATTTTTCTCTTTTGGTGAGAGTAGGCATTTATTTCTTGAGTTGTTTTGGAGCCTGATCAAAAATTTTGTTCATGGAGAACTTGATGCAATTTTGATACAGTGGAGAGGTTTTTTTCGGTTGTTTTAACATCACCAGCATAGTTTTTAGAATGTGACTCTTGCTGAGCATTTAGGGTGAGCTTGGGAAGGAAGGCCTTTGAAAATGGTAGTTATGCAAGCAGACTTTCAGGTGTTGCATTCCTGTTTTCAACACATTTCTTTAAATCTACATAATGGCAGACTTTTCTACCAGGTTATAAGCAGTTTTTAGATAAGTGATACTCAGCCAGCATAACTTATTGACTTACCATTTACGTATAGTCATCACTCTCTTACTGTGAAATTCCAAATGCCTACCAGAGTTACCTTGTTCTATCATAATATGACAAACATCTCAACAGTTTTGGATTTCCCCACTTTGGTTCAGAAGGTTATTTAATTTCTATCTGGGCATTAATGGAGAAAATAAGTAGCCTTGTGTGCTGCTTCAGATTGAAACATGGAGGATATGAGATATTCTTCTGCAATTCATGTTTCTCATTTCTCAAAGTGAGCACATTGTTCTATAAAAACATGCTGGTACACCCTTAAACTTTTGATCAATCTGAGTGAGGTGTGCTTTTCCTCTTGGGACCTACTCACGTTTGAAGATTGGAAACATCACGTTAGGCGAGGCAGTATCTCTTGAACATCTTCTAAAGGGTTTTTTAAAACCTTATTCTCACATATTTCATTTGTCTTGAATATTTAAGTGGCTCTTAAACGTTTTGGGTCTACATGCAAATGTGGTACTTAACAAGGTAGGAATCCATCTTCTTAGCTCTGGCTGAGGGTGCCAGCCATCGGTCAGGTCATTTTTATCTCAAGAGGCAGAAGGCAGTTATGTCAAGAATTGTGCTCAGGGCAGGATTTCGTTTCCACAGAGGAGAGACACTTGCAGAGTGCCAGCTAGGTTAGATCTTTTGCCGCTTCTTTCATTTGATTAATTTGGGTTTTTAAAGGGCTGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCGGGAAACTTTAAAAGTAGGCATTACTGTAGTACTGCATTTCTTAGAACATTTTAAACTAGAACTCATTTTTTTTTCACAGTATATTTACTTGAAGAAGCACTATAATAATCATTGAGAAGTATTTTGAGTCTGAAATTTAATTTAATTTTCCGTTTCAAATTGCTTTATTTCAGGGAAATAATTTTCCAGTTGTTTTGCTATATTCTGCAAATAAAAACCGTGTTTCCTTTTTTCACTTAAACTTTGGTAGGAAACAAACTAAAGCAGACAAACATTTCTTGTTATGTTTGTTGCTTTCTTTAATCCAATGGATAAAAAAGTAAAACCCTGTAAACATTATTTTATTTTTTTATGCAATACCATGCTGTAAATATGGTTCATCAAATAAGGATGTACCTATGATTGAATCTTTAATTCTGCACAGTTAGAGTTTATATATAAACGTGTCTTGACAATCAAGGACTTTTATGTGAGTCTTCCTTTATGATGTTTATTAATGTTATGCATTCCATTTGTTTTGAAGTGAGTACCAATGTGCTAATTTGTATTGTCTGAAAGTATGTAATGTTTTTACAGCTTGTTTTTAAGAATCTGTAAATATGTACAAACAAATCACAGTACTGCTTTATGTTAGAAGGCATATGATGTTGTACTGTATGTAAGCAATAATACATAGCAGTGCTAACTTTACAAGTAGCATCAGGAAAGTTCTAAAAACATTTCAGAGTTATTAATTATCCTTATTTCATTTAATAATGATTATCTTTAATCAGTTTTTATAAGCAAATTCCATTGTTCCTCCTATTGGAACGTAACACTGTTTACACAGCATAATTGAAGTTGCAGGGGAGACAGGCTAAATCTGACTTCATCTGTACTCACTTTCACTAAGCATTGAATGGCCTTACCACTCTTCTGCAAGATGGAGGAAGACCGCAAAACTTAGTGCCCATCACACTGAAGGAAGGGATGTGGTTTTTTTTCCTGCTTCTGTACTGCTACCTAACTTTGTGATTTGCTTTGGATTTTAATATTTGTTTCTGTTTTAGATTCAAGCCCGTAAGTTTTGAGGTGACTTCAGCTCCATTGTGAAATAGATAGTTCTCTTCATATTTCATAACTACATTTCAATAATTCTAAACTTTCTACATTGATTTTTAGATACTTATTTTTCAAGCTTGGTTTCTCAGCTGATCAGATGAATTTATTCAACTTCAATACAAAGAAAGACAAACCTATTATAGTTTCAAGTGAGTAGATATTATACTGTACAGGACAGCTATTTGAACACACACATCACTGCTTTAGAAATAAAACCGCCAATTTATAAATGTATATGACCTACATTTTATAGGAAAAAATGTTTTTAAATGCTAGTCATTTATATAATGTGCTTTGAAGGATTTGCTAGTCCACTTCTGTCACTTTTTAGTACACTGGTATCTTTTATATGTAATGTATGCTTTTTATTATTGTAGCAAAGCATTTCAGTAGAAAGAATTTTGCAACAATATGGGGGAAATTTTTCATTGTTGGATTTGAATTATACTGGATTTTATCTGTGTAGTCTTACTTGTCTTTATTTTAATGCTGTCTGAAGGGAACTTGGTATCCAAATAAAGCAGGTAACCTCATTTTACTTCAAGGGCATACTGTGTAGTGCTGAATTTAATCTGAAAATCTGATGATTTTGAAAAGAAAAACAAGTTTATAAACATTGTACAGAAGAAATTAAATGTGTGTGATGGAAATCCTGATGGTGGAGCACGTTGAATTTTCTGATATATAGTGTTATTTTCCTGGGATCCCCTATGCCTTCTTTGTATTTCAACTAATAAAGGAAAAACCCTGTCATTAAAACTGGTAAGATAATAGGATATTCTGATTATACAGTATTACTATTCCTATCCCATTTTCTGACCTTTTCTCAATCACTGTAAATTTTTATTTTCTATTTCCTATTGATAATTAAATATGTACATAATATAGACACTGTTGTATAGAACTAAATGAATTGGGTTGCTATGCTTGAGTGGGTAGTGAAATGGAAATATTTGATGAATACTGAGAGTTCCTAAAATGCTAGAGCAAATTTCCGAGGGAAAGGGGGGCATCGTGTGTCTTGGGAAGGTTGCAGCAGGTTGTTTCTTCAACTCCCTAAGAAATCATTGGGAAGGACTCAACTGCAAACTCGGGATCAGATACAAAATGGGTCTTTCCTTCCCCTCTCCCCCAAAAAATAGGAGCACTAAATTTTAAAATCTACTCAGGTGACAGTTGCTTTGCAATGAAACTTATCACATTGAAATTTTCAGTGTTAAATAAAAAGAGATTTGTGATATTTTTAAATATAAACTTTTACATCAGTAGTCAGCAGCCTGACAATTGAAATTTGGTAAGTCGATATATTTTAAAATATTTTGCTCTCCAAATAGAATTGTTTTTAAACAATTGGGAGGTTTTTTGTTTCTTTAAATATGTTTTAATTGTCATTGTAAAAACAAAATCTTGCTTGACCCTATATTATGCCATGAATGAATTGCTGAGCCTTTATAATACAGTGACAGCTTGTTTCATGCATAGTCATGGAACATAGAGATGTTCTTTAAACTGACCTATTGATAAGAGGTTTAATGAGTTTCACGGCTTTCAACACTATTGTCATATAGTTATCTTTGCCATTTGGAGTTTATAAAACCATTTTATGTATTGTGATACTAAAGGAAGTTGTTTTGCTTTACTTTAAATTGAATTATTAGACTAATATTTGCAAATTCTGCATTTTAAATGTGGACACTGGCTGTTTGAAAAATAAAATATAGAATACAGTTTTATGGATAATTTTCGAGCTGAATTTTTCACAATATTCTGAACCAAATAACGAATGGTAAATATGCAAAAATCATGGTGCATAGATATAACCGTAAAGAGAAAAGAATTTCTGTGTGGAATTAACAGTTACACAAATTGGGTAACAATTATCAGGGCCTTTATTATAGCTTTATGTGGAATGTTATTCTAAAATGCAAGAGTCAAATGTTACTGTCATTGAATATTTTAGACTTGAAACGTGTTTATCATAGAGCGAAGAAAATATGTGTTCTTTTCTTTACAGATAAGACTCTGTTAACCCACTGTCAGCATACGTGGGATTTCTTTTCTTTTTTCTTTCATTAGTGGAGATTTGTTTTCATCCATCTACCACCTTGCCAGTACCCTAGCTTGTGACCAGCGGGATGCATTGTAAGAAAGTTGTCTGTGGTTAGGAGTGCAGTCTGGGTCCATGGAACAAATTTAAACTAATTGGCCCTCGCAATGATCAGTCCTAGGACCCTGGCCTTATTATTAGCATGGTGCTTTAACCAATTGTACATAATAATACCACTGATAGTCTACTAATGCATTTCCTAGATCCCAGTTTTTCTTGAATGATTAGGAATGGTGGGGAGAGGGGAGGGGAGATATTCTACATGATACTTCTCCAATCTTCTAAAGATTATAAGAAAAAATAAAAAATTGAAGTCACTTGAATTAATGTGTTGTCATTGAGTCTTACTCGACAATTTATCATGCACAAAGTGATTATGAAGATTTTCCTGATTATATGTTTGGATTGAATTTAAAAATTTTTTTTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163848:ENST00000360647:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.164 A=NA C2=0.592
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=37.5),PF134651=zf-H2C2_2=PU(80.8=52.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(11.5=0.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CCATTTCGCTGTGATGAATGTGG
R:
TTTTCTCCGTTTTCTGCCTTTTCT
Band lengths:
292-563
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains