DreINT0181182 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000055106 | znf148
Description
zinc finger protein 148 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-8769]
Coordinates
chr9:38824625-38831431:+
Coord C1 exon
chr9:38824625-38824743
Coord A exon
chr9:38824744-38825613
Coord C2 exon
chr9:38825614-38831431
Length
870 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
AATCGTATTTTCCCCCACAGTTC
3' ss Score
9.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAAAAACCCTTTCGCTGTGATGAGTGTGGAATGAAATTTATACAGAAGTACCACATGGAGAGACATAAGAGGACACACAGTGGAGAAAAGCCTTATCAGTGTGACTATTGCCATCAG
Seq A exon
GTAATATTTTGACTGGCAATATTATGAAAATGTTTAGGGTTGGCTTTGTTTGTGATTTTGATGCTATGTTCACACCAGATGTGGCATGCACAAACAAATTGCACTATTAGCATGTAAATAGACACGTGAACATTTTGTTTACTCACTTCATTGCGCGCCAAGTTTGCTTTATTCGCATGTCAAATTTACTTCACAATAGACTTGAATTTGCATCATGTGCAGGACATCTGTCTGCTCGGTGACTTTAGCTTTGTTGCTAAATGGCTAACATGGATTTTATTGAAATAGTAGCTGTGCTTTATTTAGGCTGAAAAACAGCATAGATTTGTTCGGCGTCATGTCTGAGTCCACTAGATCTTTCAGAGGTGCACCCAGCTCTGTGAGTTCATCAACTCCTCAAGTTTGAGAACCTGGATGATGGAGGTTTCCAGCGGTGCTTCAGCCGAGCTCAGTTTGATGAACGGCAAGAGGATTTCCCCTCAGGACACCAACAACAGGCATTACATCATAATCATGCCCCTACAAGAGAAAACATTTGATTGGGTAATGTGGCACAAATGTTCGCTGAAGTTCAGTTTTTTCAACTCGAGTGTCAAACCTGAAAAACGCTTAACTCGCACCACTTCATTCGTGCAAATCGCGTTATTTGCGCCACCTCATTTGCGCGAAACGAGCCACAAGATGTGTTTTCACATCTTTGCATTGACTTAAAATGTAAATCATTTACGCATTCACCCTTCATTCACTAGTGGTGTGAACGCAGCATTACAATACCTGTACCAACTCAGGCGTTTAAGTGGCCCTGAGGTCTGTGTTTAGATATATATTATGGGTTTTGGTATGCAACTGTAATCGTATTTTCCCCCACAG
Seq C2 exon
TTCTTCTCCAGAACTGACAGAGTACTGAAGCACAGAAGAATGTGCCATGAGAATAAAGACAGGAAGGTGCAGAAAACAGCTGTCAAAGATAGTCCTCTTCGCACTCCAGAGAACTTGGGCTTCTCTTTTCCTGCTAAGGATTGCACCCTTCCCAAGAAGAAACGTCAGAAGACCTCTGATAAAAGTCGGGCCTCAATCACAAACCCTGCTGTTGATAAAGTGGTTGAAGCTGATATGGATGAAAAGACGGAAGATCGACTTGCCAAAAGTGAGTGTCTTCCTCTTTATGCTGTAGCCACCAAGGTGAAGGATGAATATGTTGTGACCGATTATTCTGTGGAGCTCCCTGATTCCCCACCTGGCAGCAGGCATCTTGCAGGAGAGGAATCCAACGATGAAATTATCAGTCCTCCAAAACTAGTCTTAAAGAAAATTGCTAGCAGAAGAGGTTTCAAACAGCAGGCTCTAGAGCAGTCCCAGAGTCTCTCTCCATTGTCCTCATTCGAAGAGAGCAAAGTAACAAGATACACATTTGAGATTGTGGATAACAAAGGTTTGTTGGATGTAGAGACCAATCCTGACATGGAGTCAGTTGAAGCCCTACAAGTAGGACAAGCGAAACCTACAGGGAGCAGCACAAACTATGACGACGCCATGCAGTTTGTCAAGAAAAGGCGATATCTTCAGGCAGCTACGGCGAACACTAGTCGAGACTATGCGCTCAACGTGAGCAGCATCGTATCACAGTCATCTGTCACTCAAGCATCTGTAGCGACTGTCATCGATGAGACCGTTCCTGCCACAATCCTCTCTGAGACTCAGACGCTAAACGTGGAAATAAAGTCCAGTAATGAGAAAAACGTGCTTCCAGATGAAGTCCTGCAGACGCTTCTTGATCACTACTCCAATAAGGCCAATGGGCAGGCAGAGATTTCCTTTAGTGTGGCAGACACTGAGGTCACATCCAGCATCTCCATCAACTCTTCTGATGAGAGTAGCCCCGCGGAAGCTTTGGTAACCAGTTCACAAGCACCTCCGACTGAGAAGGCCAGCCTTTTGCAGGAGTACTCCAAGTTTCTCCAGCAGGCACTGGAAAGGACCAGTCAGAACGACACCTACCTTAACAACCAGAGTCTTACTTTTGTAAATGACAGTGCCAGTCTCGCTGGTCAGCCTTTGTTCTCCACAGAGAAGCAGTTCACCTCCCCACCCCGGTTCAGACCGACCATGAACTCTCCATTAAGATCCACCTTGGAGAAACCTAACTTTAACCTTTTAGTAGATACCCAACACTCCTTCTCCTTTTCAGGTGATGAGACAAACCCTTCCTCAGTTTCACCAACCGAGGACTTCCTCGACCAAGTGACCTCTCCCAAAAAGACTGACCCTCAAAGCATCAGCCAGACATTTCAGATCACTACTTTCGATCAGAACTTTCGATCTCAATTCCCAAGCTCTCGATCTGGAATATCCCCACAGTTTAGCATTGCCAGTGGACAAGTTACCCTGAGAGGTCATGGAGGGGCGGACTTCCCAGAGTTCTCTCTGGTTAATGAAACAAGAACTCAACTAACTTCATCACCAGATGCTACAAGCAGCCAAACCTTTGGCTGAACAAAAGCTTTTAACGATTTGAAGCATTTAAAAGGCACTTTATAGTTCTGTCAGTGAAGGCAATGTGATCTCTGTGCAAATACTTATGATTTTCCAATTCAATCTCTAAACAATCACGCCTGTGTAAGAATCAAGGGAGCTGAGTCACGTGCACATTAAGTTTCATTATTCTAATGTAGAACATAGAATATTCTGTGTCATTGCATTATTTGTAGTGCATGGACACACTATGGCTCACCAACTTGGTTAGTCTTTGCGTTCCAGATATCAAGCATTCAGTTTACTACTTTATGTAGTAGTGTGAATTTATTGGGTTAAAGTATCTTTCCCAAGAGAAAATTTTAAAGTCCGTGTGAAATCAAAATTGACTATGTTTACTTTGCTATCTTAAATTGTTATAGTTAATCTGTGCAGGTTAATCCACTGAATGTTTTTTGTTTGTTTTGGTAATCTTTAGTCAAAGTCTGACCATTTGCTTCTACATTTGTAGTGGCGATCCTTCTCTGTTGACGTCAACTTGATCCATAGCAATATTCTTAACCACGGCCCCTTACTGGTAGGTTGCAATGAAGTACATTGCAAAAATGGAAGTACATCAACATACTGGAATAAAAGTCTCAGCCACTTCTGGTTCACATGGACTTTAAAAAATCAGATTTAGCCACTTGTTAGTGTTCAGTTCTCAACTGAGTGACCTAATAGAAACTGCCCTAACCTTTCATTACAATCCATTTCCTTTCTTTTGAATTAATTTCGTGACATGTTGTCTAGAGAGTTACTGAAAGTACCTTACTTTGATGCCCTAGACTTGAGTAAGGCACTTACTAGGTTGTTCCTCTTTGTTATCAATGATTAAATAGTGACATTTATCGCACCCTAGTTACTCTATATATCTTTTATGCATTTATTGACTTTCATATGTTCTTGCATTCACCGCTCCTTGAAAGAATCTCACAAAGCAGCAATTTTCAGCTATCATCATACTGTGTTTGTATGGACCTAGCCCATAATTTTATAAGACTATATAATCTTGAATTATTTTTGCACATTTTGTCCTAAGATTATTTGATCAAAATGATGGTTATAATCAGCAAAAGCTACATCTGTCAGAATCAGTACGTTACGGTTTGATTTCTTGTATGCCACATTTTGAGGATGTCGTTTTAATTGTTGTCCAAGGCAACAGACACAGCAGGTATGCACTTCATCGTTATCTTCATTATGCCTAACTTAGTTCCAAGACGATTAGGGCATTTATCACTTTATTTATTTATTTGGTCAAGCCTGTATTCTTGAGTTTCCTGATGCACTCAAGATTTGATAAAACAAAAAATGACCCATTATATAGCACTTTGAGCTCATTGGCAGTTTTTTGTTTTTTTAAAGCACTTTTCAGTTCCCTCCCTCCATCTGTAAAATGCACATCTCCATTAGTAAACTTTAATTAAAACTAATTTCAAGAGGATCACATGCTTATGATTGTCCACAGCTGGTCTTGCATTAGCTTACTAGTGATTTACCAATCAGATGATTCTTAACTCGCTATATATGACCAGAGTTTCTTATTTCAGTACCTTCATCTTGAAGAATCTCCTCCACACACCCCTACTCCCCCTCCTTTAGATGGGTGACATGCAGCGCAGTGATTAGCACTGTTGCCCCACAGCAAGTTAAAGTCCCTACTAAACCAGATGACATTTCTGTCTGGAGTTTGCTCGTTTTCCTTGGGTTCTCCTGTTACCTCCCAAAGTCCAAAAAACAGGCAACCTAAGTAAATTGAACAAACCAATTAGCATCATAGTCAAGCTCTTAGCAAGCTGTATATATCCCTTTAGCCATCCCTATATCTGTCATTAGCCAGAAATAAGTCGGGGAAGTTCATCATGATCTACCTGAGCCCAAACTCCCCTCACACCCTGCTTGCGGAAGGGAGCCCAGGGCTCGAGGGTCTTATAAGTTCAGGGCTCTCTCCCGGGACAGCATGCCAAATAAGCTTATCAAATAAGCTAAGTGTGAAATCTTGAAATCTGATATAATCAGTTTAGAGCAAAATCAGCAAAGGTGATTTAAGAATGTATGGTTGAGATCATATTCATATGCCTTTTCTTTGTCTCAAAACACCCCATTCATTAGCAAATGCTTTCAAAAATCAGATTGCTTATTGAATTATTGAATAAAAAAATGGTGTAATGTTTGCTAAAATTGTACTAAAATCTATACGTAAGCATAACATGTTTGTTGCACATCTTTCTATGTTAGCTTTTTAACTAATCATGTACATTAAACTTTATTTTTCCGATTACGGAAATTTACCTGCTTGCCTCTTAAATGTAACTTGATTAATCTTAGTTTGATGATTTATAATCATAGTATCATGCCAACCTGTACTCATTGAATTTCTTTAAAGCATTCTTATGTAAATCGTTGAATGGTTTAGTACACAGCAAAATCCTCAAATTTACTCAGTTTAGAAATTTGGTCCCTCTCTAAATTGAGTTGAAGTTACTCAAGTTAATGAGACCATGACAAGATTAGTTAGGGGATGGTTGAGCACTGATGATGAAAACCTGCTGATAAACACAGAAGAGAAACACAAAACTTTTACTGACTTCAGTCACAGCCGTAAGCTGAGGTCACACTAGAGTTTGTGCATGCAAAATTCTGTAGTATGGCGCTGCGAAAAGTGGTGGGATTAAACAAGAAGATTAGACATTTTAAAAGAGAGCGATTGGTCCATATTTCAAATTTCTGTACAGAAAGGTCATGTTTTGATCTTTGATTGGTCTCACGCAGTCAAGTGATGCAATTTCGCAGGTCAAAATTCACCAAGCCTGAACTTTCCAACGCAGCGAACTGCAAAACTTGTCGCACAAGCTTGCGTTTCAAGCCTGAGGCATTCGCATGCGTATGAATGGAAGTCTAGGAGGGAAAAGTCCAGTGTGACCGCAGCTTTAGATGAAATCAGATGAAATTTTTCCTCTTATTCTTGCTGTCCATCTTTACTTTGTATCACAATTTGTTTTTTAATTTTTGCAATAAGCAATTCCTCAGTTAAATGTGCAACCCCACTCCCCTAGACAAAAAGGGGTTGTAACAATACATTGAATCTCTTAAAATCTCAGCAGAGGATCATTAAGCAACTCCGCAAACAGCAGCTATACTTTTATTACTAACCTGTTTGCCCCTTATTTAAAGAGGGACCAAATACTCTCTGAACCTAGTAAATTTTGCTCAGAGGATTGGGTAAACAATTCACACACGTTCATTCTGCTTGTTTCGTGAGTCCATCAAGAGCAGTCCAGTGAGTATTTTTTTTTTTTTGTTCATGATCTGCATGATCTGGCTGTCAAAGACGTTTACCATGTTTTTGATTACAGTTATTTTTCTGTGTGCCTAAACATTCCTTTATTCCTTTGTTTATATACATGCTGTAAATAGGTTGTGTAATTTAAGTTGTGCACTTTTCTTGAGATGTAGTATTTAGAGAGAGTGCAACTTGATTTGAGAATATTTGCTGCCATTTCGATTTACTCATTCCTACAGTCCCTGATGACTCTCAGCACAACAGTTGTGACAGTCATGTTTGTGTTGTTGTTTGTAAAATGACAAATGTACTGTCCTCTCTATGAATTGCCTCTGAATGCAGTTTTAATTGGATTAAAAAAAGACATTGTAAGGAGTTATTTATCATTTCAATATCACGTGATTCCTGCATTAAAATATTTAATCAATAATTACTGCTACAGATGCACCTGAAATTTCTGAAAGTGAAATGGTGGTTTGAGGGAAGAGCTTAATGCCTTGTTTTTGCTTTATTTTCTGATAGTAAATTATGATTGTTTTCTTTTTAAATGTTTTGAGTAATCTTAAATTGGTGTTGGTCATATCTGTTATTGAATGCATTATGGTTGTCCTTAATCTCCCCCCCAAGTTTAACTTGAGTGGAAAGCTGAATGGTTTTATTTAGTAAGAGAGCTCTTCTAAATAGTTTTTAGACATTTCATTTTATTGGGGGAGTGCATGTCCTCTGACTGTCTTTGTACACTGGTTATATTTTTATATGTATCCATTTTATTGTAGCCGAGTTACTTCCATAGAATATACTTTAATGCAATACTTTGCCTAAGACATGGGGGAAAGTTCTGATTGGATGTTTTTGATTGCGTGCCTCTTCTTGTGTAATATTAAATTTCCAAAACATCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000055106:ENSDART00000077389:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.144 A=NA C2=0.483
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=37.5),PF134651=zf-H2C2_2=PU(80.8=52.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(11.5=0.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACACACAGTGGAGAAAAGCCT
R:
TCCTTCACCTTGGTGGCTACA
Band lengths:
356-1226
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]