BtaINT0165170 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019885 | ZNF280C
Description
zinc finger protein 280C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25955]
Coordinates
chrX:14039557-14046382:-
Coord C1 exon
chrX:14046245-14046382
Coord A exon
chrX:14039620-14046244
Coord C2 exon
chrX:14039557-14039619
Length
6625 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTTGTTTCTTGTCTTTCTAGCTC
3' ss Score
10.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCGGGGAGTATACACGTGCATTGAATGTCATACCAAAATAAAAGATTTTGCAAGCCACTTTTCATTATTTACGCGCTGTAATTTTTGCAAATACAGCACTAACTGTAACAAAGCCTTTGTTAATCATATGCTGAG
Seq A exon
GTGAGTTAAACATGTACACAGCCAGTCAAAACTACCATTCAAGATAACTTGGTTTTTGAAAACAAAGCCACTTTGTCACATCAAGGATCTAAAAAGATCTAGCAACAGGGAACTTCTAGGATATTACCCAATACTATTTTCCAGCATAATAACTCATGAAATTAGTGGGACAAAATTTTTAGAAACAGTTAGGCTAATGAAATTAGAATAGGTTTGGTAGGGAAGTTATTTTTCTAAGTCTTTCAAAAAGTGATCCATAAAATTTCAAATGTTCCAAAATATCTTATCAAATAAGTGCCTATAACTATGCGGTGTTCCCCACTTCAAAGCAATCTCTTTTAGAGACTTCAGCTTTGTCAAAAATGCTAGGAACATCATCAGTGCTCACATGCTCACTCTCTCGTGTTCTTTATCTCTCATTCTCCCTCTAACCCTCTGTCCATTTGTTTTTCAAGGCCTCCATCTTTTCATTCATTTGATGAAATGTGAAATGAGACTGTAGGAATAGTCCAGTCATGACATTACTGTTGGAATTCTTTTTCATATGTCAATTATTTTACATTATTTGAGCACCTACCATGTACTCTATGCTAGAGAAAGACTTCAAAGCTCACATTACTTTCGTTTGAATCTTATTGGTACTCTATTCCTTCAGTACGGATTTTTCTAAATAAAAATTGTTCAGATACAAATATGCTAATTTGATTATTCAAATGGAGGTAGGTCCATTTATTTTCAGTCAGAAATAAGATAAAACCAATAAAAGTGGTTTCTTGGAGCTTATAATAAAGGTCAAGTACCTTTACTCTGCCTGTCTTACTTTATGGTCATAGTTAGCTACCACTTTCAAGAATTTGCCCACATTTTTTAATGCCTTCAGCACTTAACTCTCAGTGTTTTTTTCCCCTTGATGATTCCCCAGCCCGACTTTATTGTACCTTGACTTTAATGCCAGCACTTCACATCCACCTGTAAGGCATTAAAAAATGCCACCATCCAATGTTACCTTGTCATATAAAATATTCATTCATTTTGAAATCTCATTACTTCTAGACTTTTAGTCTTGGCTCCACTTTTCAGTCCAGTATCACCAAATCTAATCTTATAGTTAACTTCAGCCTCAAAGTCATCTGTTGTGAATCTTGCTTTGTTTTTTCTTCTAGAATCCTTCATATATACAGCCATGCTTACCTTGCTATCCTTGACTCTCTTACCCTCTTTGATCTTTGCTCAGTTCTAGACTGTGCTTGATTTAGTCAGCTTTGAATTTATGACCTTTAATTTTAATGTGGTCGTCTCTTTTAAGAATACTTACTTGGTTTTGTCTACAACATCTGTGTAGATGCTTTTCAGTACCTTCAGGATTTTATTCTAGTCTCTCAGTTGTTAACCTTCAGTTCAGTGCAGTTCAGTTAAGTCGCTCAGTCGTGTCCAACTCTTTGCAACTCCATGAATTGAAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGTTCACTCAGACTCATGTCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATTTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATACCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTGGCATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTGTCACCTTTAGCATCATTGCCTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGATTGGATCTCCTTGGAGTCTTCAAGGGACTCTCTGAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCAACACTCAGCCGCCTTCACAGTCCCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTGTCTAGGTTGGTCATAACTTTTCTTCCAAGGAGTAAGAGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAATCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCGAAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTCCCCATCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGACCTTCGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTGAGTTCCTTTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCTGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTGCTTCCAGTCCAGCATTTCTCATGATGTACTCTGCATATAAGTTAAATAAGCAGGATGACAATATACAGCCTTAAGTACTCCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTATTCCATGTCTAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTACATATAGGTTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATACCCATCTCTTGAAGAATTGTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTACTTTTTCCATGATCCAACAGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCACGGTTCCCATATTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTAGCATGTGAGATGAGTGCAATTGTGCAGTACTTTGAACATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTATGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATGTGCTGGCATATTGAGTGCAGCACTTTCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTTGTTAGTAGTGATGTTTTCTAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGGATGTCTGGCTCTAGGTCAGTGATCACACCATCATGATTATCTGGGTTGTGAAGATCTTTTTTGTACAGTTCTTCTGTATATTCTTGCCACCTCTTCTTAATATCTTTTGCTTCTGTTAGGTCCATACCATTTCTGTCCTTTATCGAGCCCATCTTTGCATGAAATGTTCCCTTGGTATCTCTAGTTTTCTTGAAGAGATCTCTAGTCTTTCCCATTCTGTTTTTCTCTATTTGTTTGCATTGATCGCTGAGGAAGGCTTTCTTATCTCTCCTTGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTCAGATGCTTATATCTTTCCTTTTCTCCTTTGCTTTTTGCTTCTCTTTTTTTCACAGCTATTTGTAAAGCCTCCCCAGACAGCCATTTTGCTTTTTTGCATCTCTTTTCCATGGGAATGGTCTTGATCCCTGTCTCCTGTACAATGTCACGAACCTCATTCCATAGTTCATCAGGCACTCTTATCTATCAGATCTAGACCCTTAAATCTATTTCTCACTTCCACTGTATAATCATAAAGGATTTGATTTAGGTCATATCTGAATGGTCTAGTGGTTTAATTACTAATTACTCAGAGGTCATCTTTTTCATTTTTCCCAAGGTTAACCTTTTTCTACCTCAAATCTTTTCTCTTTCATCCAGACATTAATCTCAGAAAAAGACATGTCCATTTTTTCAAAGTTAGTTTTGCCCCTCATCTCCTCCATTTTCTCCATAATCTTATGCACCCTCATTTAATCTTTTTCTCTGTACCACATTCCTTCTGCCTACAAATATTTTCAGGGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTAGTATGAGGGAGAGTTGCCTTTATTTTGCATATTTTCTTGTCTTCCTTTCACTGTCAACATTTGTAAAACGTACTCTTTTATATCTTATGTTGTCATTTCTTTACCCTTTGTAATTTGCATATCACCCCCATCTTAATCAGTTCAAGCTGCCCCTTTCAAGATTATCAATCATGTCCTAATCACTAAATGTATTCACTGCTTTTCATTCTTACTCTTCTATGACTTCATTGAGTATTTAATACTTCTCATCAGTCACTTTTGAAACTCTTCTCAAGTTCTCCTACACGATTACCACAATTTTTTTCTTTTTTGCTGCTCCTCTATTTCATTACCTTTTCTTTCTTCAGCTCTTCTTGCCTCTTTGCATTTCTTTTCTTGGTACCTTAACCACTCTGAGAGTTTCATATTTTACCTTTCAACTGTGAATCCTCCAATTTCAATGCTGAGTTTTCCTGAGATCCAACTGTTCATCTCAAACTATTGGATAGATCATGGGACACAAACGGTCAAACATTTTTGTCTGTCTAGGATCCAAGCTATTATTACCTCCTCCCCTTTAAGCTCAGTCTGTCTCAGTGCATCATTTGCATAAATGTGGAGCATCACCTGGAAATAATAACACTTTTAAGTTTCTGAAGCCTATGGTGTTCTCCTGATCTGGCACCATTCATCATGGCTTCCTGAAAATCTGTCTTTCTGTAATTTACCACTCTGCCTCACAACTACTGCAGTGGTTCTGCACCTATGCCTCAGTTGTTCCAAACCAGACTCCAGCCACCCTTTCTCTGAGTATACTGCTGAGGGGAATGCTGGTCTCTTACTCTGTGCCAAACACATGGCTGCTCCAACAGGGCTTTAATTCTGCCCTGAATTTATAGGAGATTAAATTGAAAATTACCTTTGGTGTTCCTTAAGTTCATGGATCATTCTGTCCTCTCCCATTTGCCATAGGGTCCTCAACTGTATTGTGGGACCTCTGGCCCCATTCTACCCCAAAAATATCCCCGACTGGCCCTAGGCTTCCTTCATAAACTTTCTAATTTCCAGTGAGCCCCAAGCCTGTACTGCATTATCATCAGGGACACTTACTCATCGTTCGGCTCATATAGAAATGAAATTGTCCACTTCTACTCTTCTAAGGGCTTTGTAAGTCTCTCTGTGTTTCCCCTACTTCATTCATGCCTTGCTTCCTTGGTTGCCTCAAGTACCTCCCCTTAATTGGATACCCTCACTCTGACTCAGTGTGGACTTTTGTCA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Seq C2 exon
CTCTCATACCAGCCAGCCAGCTAAACGAGTCTCTATTTTTAAGAAGCGTTGTAGAACTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019885:ENSBTAT00000026492:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]