HsaINT0186719 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000056277 | ZNF280C
Description
zinc finger protein 280C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25955]
Coordinates
chrX:130209653-130215333:-
Coord C1 exon
chrX:130215193-130215333
Coord A exon
chrX:130209716-130215192
Coord C2 exon
chrX:130209653-130209715
Length
5477 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTTGTCTCGTGTTTCTCCAGCTC
3' ss Score
9.81
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCGTCGGGGAATTCACAAGTGCATTGAATGTCATTCCAAAATAAAAGATTTTGCAAGCCACTTTTCTATATACATCCACTGCAGTTTTTGCAAGTACAATACTAACTGTAACAAAGCCTTTGTAAATCATATGATGAG
Seq A exon
GTAAGTTAAACATGTAAACTGCCAATCAGAATTTCCATTTGGGTCATTTGTTTTTTGAAAACAGAGTTATCCTATTGAAAGCAAGTTTGTCTCATCAAGGAACTAAAAGGGTCTAGCAATAGGGAACTTCTAAGATGTTCCTTGTACTATTTTCCAGCATAGTAACTCATAAAATTACTGGGACAAAAACTCTGAGAACAATTAGACTAATGAAATTAAAATGAGTTTGTTAGGGAAATTTGTTTTTTCTATGGGACTTTTTTTTCTTTTATGTCTTTCAAAAAGTGGTTATTTTTTAACATAAAATGTTAAGTGTTTTCAATATATTTATCAAATAAATATGATCAGCTCTTGCATTCCACATCTGTGGATTCAACCAACTGTAGATAAAAGTGTTTTTAAAAAATTAGGTCTTTACTGAACATGTGCAAACCTTTTTCCCATTATTCTCTAAACAATACAGTATAAAACTATGTAATAGCAGTTACATTGTATTAGGTATCATAGGTTCACAAATCTAGAGATGATTTAAAGTATACAGCAGGATATGTATAGTTTATGTGCAAGTACTATGCCATTTTATATCAGAGACTTGAGTCTCTGCAGATTTGGATACCTGCAGGAGGTCCTAGAACCAATCCCCCATGGATACAGGGACCCCTGTATATGTAATTTCCTGAGTGTTATCCTCTTCACAGCGATCACTTTGAGAGGTTCCAGGCTTTTTAATGATGCTAAGAACATTATCCTGTCTCTGTCTCCCGCATCTGTCTGTCCATTTGTCTTTATGATCATCCATCTTTGCATTCATTCAATGAAACATAAGAGACTGTAGGAATATTCCAGTCATGATGCTACCGTTAGAATTCCTTTTCATGCATTGATTCAACTTAATTTGAGCACCTATGGTCTACTCTACACAAGGGAAAGACTTCAGAGCCCCCCTTACTTTCATTTGAACCTCATTCACAGGGGCTTGCTTTATTCCTTCAGATTGGATTTTATTTTAAATAACCAAAAAGTTTCCAGATATAAGTTCATTATTCTAATTAAGATAGTTCCATTTATTTTCAGTTAGAAATAAGATACAACTAGCCAGGCACAATGGCTCATGCCTGTGATCCCAACACTTTAAGAGGCCAAGGAGGGAGGATTGCTTGAGCCTAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCAAGACCTCATTTCTATTTTTTAAAAAAGAAATAGGTATAACCAATAAAAGTTGTTTTCTTGCAGATTATAACAAGACCTCTATATTATTTTCTGCTCATAATCAGCTACCACTTTGAAGGATTCACCCACGTTTTTTGATGGCTTCAGCACCTGGCTTGCAGGGATTTTTTTCCCTTTGGTGGTCAGCCTGACCTTATGATACCTTTACTTCTTTAGTGCTAGCACTTTACATCCCTTTCTGCTTTGTTGTATCCCCTTTCTTAACACCATCCCATTTTACCTCATTGTAGACAATACTTATTTTGAATTCTCATTACCCCATGACTTTCAGAGTCTTGACCCCTTTTTCTAGTCCAGTAGTATCAATTCAATTTTGTAGCCAACCATGCCCTCAAGGTCTTCTGTTTTGAATGCTGCTTTGTTTCTGTCCTAAAATCCTTTATATCTTCAGGCATGCTTAGTCTTGCTATCTTTGCATCTTTTATCCTTTTTGATGTATCCCTATGCTCAGTTCTAGACTACCACACCATGCTTGATTCAATCAGCTCTGAATTCATGATCTTTAATTTGGTCCTGCCCTTTTAAAAATACCGCTTTGTTTTTGTTTCGTTTTGTTTTGTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCATGCCATTCTGCTGCCTCAGCCTCCCCAGCAGCTGGGACTACAGGCACACGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTTTTGTATCTGTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTTCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCAAAAATACCACTTTGTTTTTATCTACAACATCTGTCAGATTTTATTCTAGTCCCTCAGTTGTTAACCTTGCCTAATAATTACTCAGAGGTCATACTTTTCGTTTTTCTCAAGATTAACTTTTTCCTGTCTCAAGGTTTTTTTTCCTTCAGACATTAATCTCAAAAAACAGACATGTCCCACTTTTTTTAAGTTAACCCTGTTCGTCATCTCTTGCATTTCCTCCACACCCTTATTTCATTATTTTGGACCTTCAGTTCATCTCTTTCTCTCTACCACATTCATTGTGTCTGTAGATATTTTCAGGCTTGTTTTTAGGATGAGGAAGATCTGCCTTTACTTTGCATGCTTTCTTGTTCCTCCATTTACCATCAACATTTATAAAGAGTATTCTTTACTAGCCTGTTTGTCATTTTTTGACTCTTTGTGATTTGAGTGTCACCCCCCCACCCCCCAACGCCACCTACATACAGCTAAAGCTTCTCCTTTAAAGGTTATCAGTCATATCCTAACTACTGGATGTACTCATTATTTTTCATTCTTACTCCTCTATGACTTCTTCAGAGTATTTGACATTTTTGATCACTTACTTTTGGAACTCTTCTCAACTTCTGTCTGTTAAACTGTTACCACCATTTTTCTTCTTTCCTTTTGGCTGCTACTCCTCTATGTAATTATCTTTTCTCCCTTCAACTGTTCTTGTCCCCTTATAATCCCTTTCTTGGTACCTTAACCATTCTTAAAGTTTTATCTTTTACCTTTCAACTGTAAATCCTCTAGATTTCAAAGCCGAGTTTCCCTGAGACCCAACTGTTTGTTTCTAACTAGGATTCAAACCACTTTTACTTCAATACCCTTTAAGCTCAGTCTGTTTCAGGGCATCATTTGCATAAACATGAAGCACCAGCTAGAAATAATTTACTATCCCAAGTTTCTGAAGCCCATGGAGTTCTCTTGATCTGCCACTATACATCCTAGCTTCCGGAGAGTCCACCTTTTGCAGTTTACCAGTCTGCCTCTTCCACTACTACAGTGGTTCTGCACCTATACCCCAGTTTCTCTAAAGCAGACCCTAGCCAACCCTTCCCCCAGTACACTGCTGTGATTAATATTGTTCTCTTATTCTGTGCTAAACACTTGGCTGCCCTAGTGAGGCTTTAATTCTGCCACTAATTTATAGAGGATTAAATTGGAAAATATTTTTGGCATTACTTAAACCCATGTGTCATTCCGTCCTCCCCTCTCCCATTTTCCATAGGCTCACCAACTGTCTTGTAGAACCTTCAGCCCCATTCTATCCCCAGACATTCCCAATTGACCTAAAGTTACCTTCATAACATTTTCCTAATTTCTGGTGAGCCCCTGCACTGTCATCACACACATTGAGCTCTTACTCATCATTAACCTCATCTAGAACTGAAAGCTTCCACTTCTACTCTTCTGAGGGCCTCGTAGGTCCCTTTGCTTTTCCCCTACTTCAAGGGTACACTGTTTCCCTCATTGCTTCAGGTACCTTCCTCTGAATGGTGCACCCTCACTCCTACTCGGTGTGGACTTTTGTCATAGGTTTGAGTTCTGTATGTTCAGAGGCTTCATTTTCTCAGAGGTTGAGTACCTTTATTCCCAGGCTATGCCAACTCTTATGAGAAGACAGGCCCTCAAAATTGATCTATCTTCCCCAATGTATAGGCTCTTCATATTCAGTATCTAAAGTAGTTTTTCTTATTCTTGATTATTCTCTGAAATGCCCCTCTCCTTCCTCTCGTTTCACCCTCTGTGAAGTATCTGATCAGCACAGCCAGTCACAAGAATCATTCCTTTCTTTGAGTTCCGTAACATTCTGCTCTTCTGCCTCACATGTGTCTCTATTACCTCTTTGAGAAAGAAGCTCTTTCGTTGTATTCACCATGGTGCCTATTCTGAGGATGTTTTCTTGGAATTACAGCTAGCCAGAATCTTTATTTTCCCATGCATATATAGTAAGCTGGTGATGGTTACCTTGTGTCTGAGGGTAACTGTTGACCTGCTGTGTTGGGTCTGTCAGTGCAAGATAGGGCTAGTGCTTCTCAAACTAGCTTGCATAAGAATCAGCTGGAAAACTTGGGAAAACAGATTTCTGGGCCCCACTGCCAGAGATTAGTTCACTATGTTTGCAGTAAGGCCTGAAACTTTGTGTTTCTAACAAGCTTCTAGGTGATGCTGATGATGCTGGTCCATGGACCACACTTTGAGTAATACTGTGCTAGGCTAATCCTGGCTAATCTTGCCTGGTTGTCTAACACAGGAAGGCTTTCCTTATCATTTTAAAGGGAGGCATAAAAGCTATTACCATTGGCTGTGAAGCTTGATTAGTGGTTTTCTGATCTGTGTGTAGGAGAAGCATTGTTTTAATTCATGAGCTCTGCTCCTTAATTTGCTCTCTTTGAAAGTTCTCCTGGTAATTGCAAAGGACTCTTTAAATGTTTCATGTTTATTGAATTAAGCAATGGCCTTTATCTCAAGTAGTGTTTACTTCCAGGATCATTCAGATTATCCCCCTCCCCAAACATATTAAGATTAAAATGTAATAAGTAATTATTATTTTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTGTCTGAAACAAAAAATAATAATTATTATAACAATTTCTATCATAGCAAAATACATTATCAAATATCCTTTAAATTGTTCTCTTAATAGTTAAAAAACTTTAATTTGACACTGCATTTTTAACTCAAGCATTGTTTTTAGTAATGGTGAGGTACTGATCATCTAAGAAAATTCTCAGGGAAATATGTCATTAGAAAATATAAAGGTAAAGTGGAATGTAAGTTAAAATTCTTGAATTAAACAGAGATGACTGTCTTCGTCCATTCAGGCTGCT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Seq C2 exon
CTCTCATAGCAACCATCCAGGTAAACGGTTTTGTATTTTCAAGAAGCATTCAGGAACTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056277:ENST00000370978:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.010 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains