BtaINT0165606 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014123 | ZNF507
Description
Bos taurus zinc finger protein 507 (ZNF507), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001206198]
Coordinates
chr18:43045848-43067815:+
Coord C1 exon
chr18:43045848-43045965
Coord A exon
chr18:43045966-43067680
Coord C2 exon
chr18:43067681-43067815
Length
21715 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTGTGA
5' ss Score
-4.19
3' ss Seq
TTTCCTTCTCGGTTTTTCAGATG
3' ss Score
12.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGCTCATTGTGTGGGTATGTGTGCAGCCATCCTCCTTCTTTGAAGTCTCACATGTGGAAGCATGCCAGTGACCAAAATTACAACTACGAACAAGTGAACAAGGCTATTAATGATGCAATTTCACAAAGTGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014123:ENSBTAT00000018782:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.125 A=NA C2=0.239
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139091=zf-H2C2_5=WD(100=60.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development